# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 5_2 - 267 IstB_IS21 PF01695.12 178 4.7e-71 231.5 0.1 1 1 1.9e-72 1.1e-70 230.3 0.1 1 178 63 242 63 242 0.98 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 IstB_IS21 PF01695.12 178 5e-27 88.1 0.0 1 1 1.1e-28 6.1e-27 87.8 0.0 1 74 17 90 17 101 0.94 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 4_5 - 55 IstB_IS21 PF01695.12 178 6.8e-16 51.8 0.0 1 1 1.4e-17 7.7e-16 51.6 0.0 135 174 2 41 1 44 0.94 # 1421 # 1585 # 1 # ID=4_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.467 5_4 - 400 MipZ PF09140.6 261 2.3e-08 27.1 0.1 1 2 0.0004 0.067 5.8 0.0 2 48 110 161 109 186 0.76 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 MipZ PF09140.6 261 2.3e-08 27.1 0.1 2 2 3.8e-08 6.4e-06 19.0 0.0 88 135 234 281 216 288 0.87 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 YhjQ PF06564.7 244 0.00086 12.3 0.7 1 3 0.076 13 -1.3 0.0 175 199 28 53 2 95 0.53 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 YhjQ PF06564.7 244 0.00086 12.3 0.7 2 3 0.038 6.4 -0.4 0.0 9 46 116 159 110 169 0.63 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 YhjQ PF06564.7 244 0.00086 12.3 0.7 3 3 3.7e-05 0.0063 9.5 0.0 106 183 235 311 215 322 0.78 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 1_6 - 1632 UvrD_C_2 PF13538.1 104 1.7e-07 25.0 0.7 1 2 0.017 2.9 1.8 0.0 6 44 1102 1140 1098 1169 0.76 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 1_6 - 1632 UvrD_C_2 PF13538.1 104 1.7e-07 25.0 0.7 2 2 3.6e-08 6.1e-06 20.0 0.2 3 102 1216 1319 1214 1321 0.77 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 5_2 - 267 AAA_22 PF13401.1 131 3.6e-06 20.8 0.2 1 2 4.1e-05 0.0035 11.2 0.0 5 22 110 127 106 145 0.83 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 AAA_22 PF13401.1 131 3.6e-06 20.8 0.2 2 2 0.00082 0.07 6.9 0.0 88 102 161 187 129 209 0.67 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA_22 PF13401.1 131 0.00035 14.4 0.1 1 1 1.1e-05 0.0009 13.1 0.0 5 21 64 80 60 99 0.83 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 1_13 - 87 Rad60-SLD PF11976.3 72 0.00018 14.8 0.1 1 1 1.5e-06 0.00026 14.3 0.1 12 39 41 68 33 77 0.83 # 10155 # 10415 # 1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.418 16_2 - 107 AAA_17 PF13207.1 121 0.0016 13.0 0.0 1 1 1.7e-05 0.0029 12.1 0.0 2 17 66 81 65 101 0.86 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_4 - 400 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.00093 11.9 0.0 1 2 2.4e-05 0.0041 9.8 0.0 5 42 112 156 109 173 0.74 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.00093 11.9 0.0 2 2 0.068 12 -1.6 0.0 124 136 242 254 222 255 0.81 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 16_2 - 107 PhoH PF02562.11 205 1.3e-07 24.7 0.0 1 1 3.1e-09 2.6e-07 23.7 0.0 11 51 55 96 44 100 0.77 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 PhoH PF02562.11 205 1.6e-07 24.4 0.1 1 1 7.2e-09 6.1e-07 22.5 0.0 11 49 101 139 90 148 0.80 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 Ras PF00071.17 162 0.0013 11.8 0.0 1 1 1.3e-05 0.0023 11.0 0.0 2 28 66 92 65 104 0.85 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 19_3 - 172 Mur_ligase PF01225.20 83 0.00068 13.4 0.0 1 1 6.1e-06 0.001 12.8 0.0 8 49 60 107 58 138 0.78 # 582 # 1097 # 1 # ID=19_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.523 24_1 - 376 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.0005 12.8 0.0 1 1 6.8e-06 0.0012 11.7 0.0 98 135 317 354 303 356 0.93 # 131 # 1258 # 1 # ID=24_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495 5_4 - 400 VirC1 PF07015.6 231 2.6e-05 17.0 0.0 1 2 0.0061 1 2.0 0.0 6 28 113 135 110 163 0.81 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 VirC1 PF07015.6 231 2.6e-05 17.0 0.0 2 2 3.1e-06 0.00054 12.7 0.0 51 136 210 297 206 344 0.87 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 16_2 - 107 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00087 12.7 0.0 1 1 1.4e-05 0.0012 12.2 0.0 7 37 50 80 47 102 0.80 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.0016 11.8 0.1 1 1 7.1e-05 0.006 9.9 0.0 8 37 97 126 94 147 0.79 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA_16 PF13191.1 185 9.3e-05 16.1 0.0 1 1 1.8e-06 0.00015 15.4 0.0 12 41 54 80 41 84 0.75 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 AAA_16 PF13191.1 185 0.00012 15.7 0.4 1 1 5.8e-06 0.00049 13.8 0.1 16 41 104 126 91 157 0.78 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_4 - 400 CbiA PF01656.18 195 4.7e-22 72.0 0.0 1 1 4.5e-24 7.7e-22 71.3 0.0 1 144 111 294 111 321 0.74 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_2 - 267 AAA_14 PF13173.1 128 2.4e-06 21.2 0.0 1 1 2.6e-08 4.4e-06 20.3 0.0 2 96 109 210 108 227 0.67 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA_29 PF13555.1 62 0.0012 12.1 0.0 1 1 2.3e-05 0.0019 11.4 0.0 18 39 58 79 50 84 0.77 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 AAA_29 PF13555.1 62 0.0016 11.7 0.0 1 1 3.9e-05 0.0033 10.7 0.0 19 45 105 131 96 147 0.69 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 AAA PF00004.24 132 3.4e-07 24.2 0.0 1 1 7.8e-09 6.6e-07 23.3 0.0 1 74 112 187 112 220 0.77 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA PF00004.24 132 0.00033 14.5 0.0 1 1 7e-06 0.00059 13.7 0.0 1 30 66 95 66 103 0.78 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 Bac_DnaA PF00308.13 219 2.4e-09 30.8 0.0 1 1 4e-11 3.4e-09 30.3 0.0 37 136 112 209 82 214 0.85 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 Bac_DnaA PF00308.13 219 0.00028 14.2 0.0 1 1 4.1e-06 0.00035 13.9 0.0 37 64 66 93 36 99 0.86 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 Sigma54_activat PF00158.21 168 0.00022 14.4 0.1 1 1 1.6e-05 0.0013 11.8 0.1 18 54 105 141 89 206 0.70 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 Sigma54_activat PF00158.21 168 0.00079 12.6 0.0 1 1 1.5e-05 0.0013 11.9 0.0 18 42 59 83 42 97 0.77 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 16_2 - 107 DUF258 PF03193.11 161 1.2e-05 18.2 0.0 1 1 1.8e-07 1.5e-05 17.9 0.0 21 53 49 81 30 99 0.73 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 DUF258 PF03193.11 161 2.4e-05 17.2 0.0 1 1 4.2e-07 3.6e-05 16.7 0.0 21 78 95 164 77 196 0.71 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 2_4 - 754 TruB_N PF01509.13 149 0.00055 13.8 0.0 1 1 6.4e-06 0.0011 12.8 0.0 20 103 10 99 7 114 0.81 # 2447 # 4708 # 1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.484 5_4 - 400 AAA_31 PF13614.1 157 8.6e-08 25.9 0.1 1 2 0.00019 0.033 7.8 0.0 3 44 111 158 109 210 0.86 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_4 - 400 AAA_31 PF13614.1 157 8.6e-08 25.9 0.1 2 2 7e-07 0.00012 15.7 0.0 108 148 235 274 233 279 0.87 # 2179 # 3378 # 1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.443 5_2 - 267 NTPase_1 PF03266.10 168 0.00047 13.5 0.1 1 2 0.0025 0.42 3.9 0.1 2 28 112 138 111 148 0.76 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 NTPase_1 PF03266.10 168 0.00047 13.5 0.1 2 2 0.0002 0.034 7.5 0.0 88 113 164 189 150 211 0.72 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_6 - 1632 AAA_30 PF13604.1 196 2.6e-44 144.8 13.2 1 3 0.096 16 -1.4 0.0 42 86 99 144 96 154 0.73 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 1_6 - 1632 AAA_30 PF13604.1 196 2.6e-44 144.8 13.2 2 3 1.1e-05 0.0019 11.5 3.0 9 146 297 426 291 436 0.83 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 1_6 - 1632 AAA_30 PF13604.1 196 2.6e-44 144.8 13.2 3 3 2.1e-44 3.7e-42 137.8 1.4 1 187 843 1032 843 1036 0.94 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 5_2 - 267 ABC_tran PF00005.22 137 0.00027 14.9 0.3 1 1 2.6e-05 0.0022 12.0 0.0 8 30 106 128 100 140 0.86 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 ABC_tran PF00005.22 137 0.00038 14.4 0.0 1 1 7.5e-06 0.00064 13.7 0.0 8 29 60 81 54 87 0.86 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 16_2 - 107 TIGR03263 TIGR03263 180 0.00091 12.2 0.0 1 2 0.046 7.9 -0.6 0.0 138 175 19 55 6 59 0.67 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 16_2 - 107 TIGR03263 TIGR03263 180 0.00091 12.2 0.0 2 2 1.8e-05 0.0031 10.5 0.0 4 33 66 95 63 100 0.84 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 1_6 - 1632 AAA_19 PF13245.1 76 6.9e-08 25.9 1.4 1 1 6.7e-09 3.8e-07 23.5 0.3 2 76 851 922 850 922 0.75 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 5_2 - 267 AAA_19 PF13245.1 76 0.0006 13.2 0.0 1 1 2.6e-05 0.0015 12.0 0.0 10 42 110 137 103 161 0.80 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA_19 PF13245.1 76 0.00098 12.6 0.0 1 1 3e-05 0.0017 11.8 0.0 10 30 64 83 57 93 0.80 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 AAA_10 PF12846.2 304 6.8e-06 19.3 0.3 1 3 0.026 2.2 1.2 0.0 121 169 42 89 6 102 0.58 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 AAA_10 PF12846.2 304 6.8e-06 19.3 0.3 2 3 1.8e-06 0.00015 14.9 0.1 1 33 109 141 109 179 0.87 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 AAA_10 PF12846.2 304 6.8e-06 19.3 0.3 3 3 0.067 5.7 -0.2 0.0 202 247 149 199 141 208 0.67 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA_10 PF12846.2 304 0.00055 13.1 0.1 1 1 1.9e-05 0.0016 11.5 0.0 1 24 63 86 63 94 0.86 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 ResIII PF04851.10 184 0.00055 13.4 0.0 1 2 0.00018 0.015 8.8 0.0 8 48 96 132 57 142 0.79 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 ResIII PF04851.10 184 0.00055 13.4 0.0 2 2 0.011 0.97 2.9 0.0 112 164 138 194 132 211 0.72 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 ResIII PF04851.10 184 0.00098 12.6 0.0 1 1 1.3e-05 0.0011 12.5 0.0 7 51 49 89 12 102 0.78 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 1_6 - 1632 Viral_helicase1 PF01443.13 234 0.00086 12.5 0.0 1 2 0.00026 0.045 6.9 0.0 1 23 863 886 863 1065 0.75 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 1_6 - 1632 Viral_helicase1 PF01443.13 234 0.00086 12.5 0.0 2 2 0.0045 0.76 2.9 0.0 166 234 1257 1322 1206 1322 0.61 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 1_6 - 1632 AAA_11 PF13086.1 236 0.00014 15.1 2.1 1 1 2.5e-06 0.00043 13.5 0.0 2 75 844 914 843 934 0.80 # 1707 # 6602 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.600 2_4 - 754 Plug PF07715.10 108 2.5e-10 34.3 4.8 1 1 1.5e-12 2.5e-10 34.3 4.8 13 107 61 166 43 167 0.89 # 2447 # 4708 # 1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.484 16_2 - 107 AAA_24 PF13479.1 213 0.0009 12.5 0.0 1 1 7.1e-06 0.0012 12.1 0.0 3 23 63 83 61 96 0.82 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 16_2 - 107 AAA_25 PF13481.1 194 3.1e-05 17.1 0.0 1 1 4.5e-07 3.9e-05 16.8 0.0 18 55 47 85 30 90 0.77 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 5_2 - 267 AAA_25 PF13481.1 194 4.8e-05 16.5 0.0 1 1 9.2e-07 7.8e-05 15.8 0.0 22 58 97 134 78 184 0.79 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 AAA_28 PF13521.1 163 0.0021 11.7 1.5 1 1 2.2e-05 0.0038 10.8 0.1 1 44 111 159 111 176 0.71 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 5_2 - 267 AAA_5 PF07728.9 139 4.3e-05 16.9 0.1 1 1 3.5e-06 0.0003 14.2 0.1 1 74 111 180 111 192 0.76 # 652 # 1452 # 1 # ID=5_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 16_2 - 107 AAA_5 PF07728.9 139 0.00095 12.6 0.2 1 1 3e-05 0.0026 11.2 0.1 1 16 65 80 65 85 0.89 # 1226 # 1546 # -1 # ID=16_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/e9af55e9-c21c-4cea-bd42-7c34cd4a998a # Target file: checkm_output/bins/pn13/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pn13/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/e9af55e9-c21c-4cea-bd42-7c34cd4a998a checkm_output/bins/pn13/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 17:12:18 2020 # [ok]