# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_18 - 343 Mg_chelatase PF01078.16 207 4.8e-06 17.5 0.1 1 2 4.7e-07 1.9e-05 15.5 0.0 13 56 158 201 147 252 0.83 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 Mg_chelatase PF01078.16 207 4.8e-06 17.5 0.1 2 2 0.057 2.3 -1.1 0.0 169 200 290 321 278 325 0.80 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_8 - 216 IstB_IS21 PF01695.12 178 7e-06 17.2 1.0 1 1 4.1e-06 0.00017 12.7 1.0 50 84 3 38 1 103 0.66 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_8 - 216 MipZ PF09140.6 261 1.2e-13 42.3 3.1 1 1 7.3e-13 3e-11 34.5 3.1 2 129 2 108 1 131 0.77 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_25 - 916 AAA_22 PF13401.1 131 2.4e-05 16.1 0.0 1 2 1.6e-05 0.00065 11.5 0.0 8 37 538 578 535 699 0.66 # 21218 # 23965 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_25 - 916 AAA_22 PF13401.1 131 2.4e-05 16.1 0.0 2 2 0.018 0.76 1.6 0.0 75 109 740 778 737 794 0.72 # 21218 # 23965 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_18 - 343 ATP_bind_1 PF03029.12 238 2.4e-05 15.6 0.0 1 1 1.1e-06 4.3e-05 14.7 0.0 2 25 173 196 172 205 0.87 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_8 - 216 SRP54 PF00448.17 196 7.9e-05 13.8 0.7 1 1 3.5e-06 0.00014 13.0 0.7 10 98 10 92 1 132 0.75 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 AAA_17 PF13207.1 121 0.00015 14.3 0.3 1 1 3.5e-05 0.00071 12.1 0.1 2 19 170 187 169 220 0.80 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_8 - 216 AAA_17 PF13207.1 121 0.00022 13.7 0.0 1 1 1.9e-05 0.00039 12.9 0.0 1 96 2 106 2 133 0.66 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 MobB PF03205.9 140 4.5e-05 14.8 0.1 1 2 1.6e-05 0.00032 12.1 0.0 2 24 169 191 168 205 0.83 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 MobB PF03205.9 140 4.5e-05 14.8 0.1 2 2 0.078 1.6 0.1 0.0 79 102 299 324 252 341 0.61 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_8 - 216 MobB PF03205.9 140 6e-05 14.4 1.5 1 2 0.00016 0.0033 8.8 0.3 2 49 2 48 1 82 0.72 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_8 - 216 MobB PF03205.9 140 6e-05 14.4 1.5 2 2 0.0029 0.059 4.7 0.1 44 75 83 117 70 132 0.77 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_8 - 216 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.2e-06 16.5 0.7 1 2 2.2e-07 9.2e-06 16.5 0.7 3 38 2 38 1 46 0.91 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_8 - 216 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.2e-06 16.5 0.7 2 2 0.039 1.6 -0.8 0.1 29 59 99 132 84 178 0.66 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 T2SE PF00437.15 272 5.2e-64 207.3 0.0 1 1 1.4e-65 5.9e-64 207.1 0.0 3 270 20 322 18 324 0.96 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00018 12.3 0.0 1 1 7.4e-06 0.0003 11.5 0.0 17 60 168 214 157 244 0.82 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_8 - 216 VirC1 PF07015.6 231 6.5e-07 20.2 0.8 1 1 8.1e-08 3.3e-06 17.9 0.8 6 199 5 197 1 213 0.67 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 AAA_16 PF13191.1 185 0.00017 13.2 0.0 1 2 5.9e-05 0.0024 9.5 0.0 21 51 166 194 150 239 0.83 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 AAA_16 PF13191.1 185 0.00017 13.2 0.0 2 2 0.018 0.73 1.4 0.0 33 80 265 315 264 334 0.78 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_8 - 216 CbiA PF01656.18 195 3.5e-19 60.6 1.2 1 1 2.7e-20 1.1e-18 58.9 1.2 1 173 3 159 3 175 0.74 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 AAA_14 PF13173.1 128 0.00027 12.5 0.0 1 1 1.3e-05 0.00055 11.5 0.0 2 47 167 210 166 261 0.81 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 AAA_29 PF13555.1 62 6e-05 14.3 0.1 1 1 3.9e-06 0.00016 12.9 0.1 22 41 166 185 158 191 0.84 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_17 - 606 TraG-D_C PF12696.2 128 2.9e-25 80.3 0.0 1 1 1.2e-26 5e-25 79.5 0.0 2 127 407 526 406 527 0.91 # 13288 # 15105 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.402 1_8 - 216 AAA_31 PF13614.1 157 9e-07 20.6 0.2 1 2 1.1e-06 4.4e-05 15.1 0.0 2 42 2 42 1 62 0.89 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_8 - 216 AAA_31 PF13614.1 157 9e-07 20.6 0.2 2 2 0.004 0.16 3.5 0.1 114 149 74 108 61 112 0.85 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 AAA_30 PF13604.1 196 0.00046 11.4 0.4 1 1 3e-05 0.0012 10.1 0.1 10 41 159 190 152 200 0.76 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 1.8e-06 19.2 0.0 1 1 3.4e-07 7e-06 17.3 0.0 7 59 135 188 130 194 0.77 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_25 - 916 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 5.2e-06 17.7 0.0 1 1 4.6e-07 9.4e-06 16.8 0.0 36 70 532 566 521 568 0.90 # 21218 # 23965 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_18 - 343 ABC_tran PF00005.22 137 3.7e-06 18.9 0.0 1 1 1.8e-07 7.4e-06 18.0 0.0 5 45 161 201 158 223 0.83 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_25 - 916 AAA_10 PF12846.2 304 9.4e-33 105.5 0.0 1 1 7.7e-34 1.6e-32 104.7 0.0 3 303 536 834 535 835 0.88 # 21218 # 23965 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_18 - 343 AAA_10 PF12846.2 304 0.00018 12.6 0.0 1 2 0.056 1.2 0.1 0.0 112 154 114 153 56 166 0.72 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 AAA_10 PF12846.2 304 0.00018 12.6 0.0 2 2 5.3e-05 0.0011 10.1 0.0 4 23 170 189 167 204 0.85 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 ResIII PF04851.10 184 0.00022 12.8 0.0 1 1 8.7e-06 0.00036 12.0 0.0 24 46 166 188 127 217 0.77 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 Viral_helicase1 PF01443.13 234 0.00026 12.1 0.0 1 1 1.4e-05 0.00057 11.0 0.0 1 25 170 193 170 223 0.78 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_17 - 606 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1e-17 55.4 0.0 1 1 8.5e-19 1.7e-17 54.6 0.0 165 380 322 540 305 542 0.81 # 13288 # 15105 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.402 1_18 - 343 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 6.6e-05 13.2 0.0 1 1 5.3e-06 0.00011 12.5 0.0 16 40 168 192 160 214 0.85 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_17 - 606 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 1.4e-95 312.2 0.0 1 1 4.4e-97 1.8e-95 311.8 0.0 45 452 132 553 85 574 0.87 # 13288 # 15105 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.402 1_8 - 216 ArgK PF03308.11 267 4.2e-05 14.0 1.1 1 2 0.00028 0.011 6.0 0.2 38 66 10 38 1 45 0.85 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_8 - 216 ArgK PF03308.11 267 4.2e-05 14.0 1.1 2 2 0.00013 0.0052 7.2 0.1 133 192 65 121 59 212 0.64 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 Pox_A32 PF04665.7 241 2.7e-05 15.2 0.0 1 1 1e-06 4.2e-05 14.6 0.0 16 67 170 218 161 247 0.73 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 UPF0079 PF02367.12 123 9.1e-05 13.8 0.1 1 1 3.8e-06 0.00016 13.0 0.1 10 37 162 189 153 199 0.82 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_18 - 343 NACHT PF05729.7 166 0.00018 12.8 0.0 1 1 2.2e-05 0.00045 11.5 0.0 2 22 169 189 168 195 0.91 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 1_25 - 916 NACHT PF05729.7 166 0.00019 12.8 0.0 1 1 2.3e-05 0.00047 11.5 0.0 5 29 539 563 537 568 0.85 # 21218 # 23965 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_8 - 216 AAA_25 PF13481.1 194 6.9e-05 13.9 2.0 1 1 1.2e-05 0.00025 12.1 2.0 42 185 10 141 2 142 0.57 # 5863 # 6510 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 343 AAA_25 PF13481.1 194 0.00015 12.8 0.1 1 1 1.6e-05 0.00032 11.7 0.1 31 54 165 188 158 199 0.90 # 15137 # 16165 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.403 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/d837fdd1-b488-4431-b6d6-6e95048d9662 # Target file: checkm_output/bins/pm889/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm889/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/d837fdd1-b488-4431-b6d6-6e95048d9662 checkm_output/bins/pm889/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 17:10:48 2020 # [ok]