# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 2_81 - 254 UPF0020 PF01170.13 180 0.00033 14.7 0.0 1 1 5.2e-06 0.0016 12.5 0.0 16 126 88 185 76 221 0.68 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 2_72 - 203 RrnaAD PF00398.15 262 0.00061 13.3 0.0 1 1 2.6e-06 0.00079 12.9 0.0 52 92 104 144 80 170 0.84 # 55716 # 56324 # -1 # ID=2_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.496 1_14 - 418 MipZ PF09140.6 261 1.4e-11 38.4 0.1 1 2 1.4e-08 4.2e-06 20.4 0.1 2 39 116 156 115 170 0.78 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 MipZ PF09140.6 261 1.4e-11 38.4 0.1 2 2 5.4e-07 0.00016 15.2 0.0 77 126 236 287 213 297 0.75 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 YhjQ PF06564.7 244 0.0023 11.8 0.2 1 2 0.00059 0.18 5.6 0.1 6 41 119 157 115 170 0.78 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 YhjQ PF06564.7 244 0.0023 11.8 0.2 2 2 0.002 0.6 3.8 0.0 115 149 257 291 233 297 0.83 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_35 - 126 SSB PF00436.20 104 0.0015 12.8 0.1 1 2 3.3e-05 0.01 10.2 0.1 2 83 8 87 7 94 0.74 # 39650 # 40027 # 1 # ID=1_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.370 1_35 - 126 SSB PF00436.20 104 0.0015 12.8 0.1 2 2 0.033 9.9 0.6 0.0 43 60 92 109 88 112 0.83 # 39650 # 40027 # 1 # ID=1_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.370 2_81 - 254 Methyltransf_18 PF12847.2 112 4.4e-05 18.5 0.0 1 1 2.7e-07 8.1e-05 17.7 0.0 3 107 102 198 100 203 0.77 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 1_33 - 595 UvrD_C_2 PF13538.1 104 2.5e-12 41.3 0.0 1 1 4e-14 6e-12 40.1 0.0 47 103 496 562 450 563 0.79 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_95 - 680 UvrD_C_2 PF13538.1 104 7.8e-11 36.5 0.0 1 1 1.7e-12 2.5e-10 34.9 0.0 40 104 520 607 486 607 0.81 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_37 - 353 AAA_2 PF07724.9 171 1.4e-05 19.5 0.0 1 1 1.1e-07 3.4e-05 18.3 0.0 5 83 98 177 95 184 0.74 # 41123 # 42181 # 1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.409 2_26 - 695 DUF87 PF01935.12 229 0.00052 14.3 0.0 1 1 4e-06 0.0012 13.1 0.0 25 68 200 242 189 279 0.89 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_81 - 254 MetW PF07021.7 193 0.00036 14.4 0.0 1 1 3.5e-06 0.00053 13.8 0.0 13 102 100 192 90 202 0.76 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 5_4 - 564 MetW PF07021.7 193 0.0019 12.0 0.0 1 1 2.1e-05 0.0032 11.3 0.0 17 83 423 487 409 499 0.84 # 963 # 2654 # -1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.472 1_95 - 680 AAA_22 PF13401.1 131 2.3e-05 19.0 0.1 1 2 0.00014 0.021 9.4 0.0 4 65 17 75 13 100 0.79 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_95 - 680 AAA_22 PF13401.1 131 2.3e-05 19.0 0.1 2 2 0.00096 0.14 6.7 0.0 41 108 152 232 117 246 0.67 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 2_26 - 695 AAA_22 PF13401.1 131 0.0005 14.7 0.1 1 2 7.6e-05 0.011 10.3 0.1 5 24 199 218 198 295 0.71 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_26 - 695 AAA_22 PF13401.1 131 0.0005 14.7 0.1 2 2 0.043 6.5 1.4 0.0 89 121 505 534 458 544 0.72 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_81 - 254 Methyltransf_11 PF08241.7 95 0.0012 13.8 0.0 1 1 9.2e-06 0.0027 12.6 0.0 5 86 109 191 105 198 0.78 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 1_109 - 476 DNA_methylase PF00145.12 335 9.7e-76 249.4 0.0 1 1 4.2e-78 1.3e-75 249.0 0.0 1 333 92 455 92 457 0.87 # 101246 # 102673 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.468 2_71 - 417 N6_N4_Mtase PF01555.13 231 1.6e-22 74.6 0.0 1 1 7.8e-25 2.3e-22 74.0 0.0 1 227 128 389 128 393 0.81 # 54297 # 55547 # -1 # ID=2_71;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 1_14 - 418 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.9e-09 31.4 0.8 1 2 0.0076 2.3 1.6 0.0 214 274 14 76 6 87 0.78 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.9e-09 31.4 0.8 2 2 2.4e-10 7.3e-08 26.2 0.1 8 136 122 269 115 274 0.80 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_33 - 595 PhoH PF02562.11 205 9.3e-07 22.7 0.5 1 1 8.8e-08 2.6e-05 17.9 0.5 6 177 5 246 2 258 0.76 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 2_65 - 795 TIGR02432 TIGR02432 189 0.00067 13.8 0.0 1 1 4.4e-06 0.0013 12.8 0.0 2 41 77 116 76 148 0.70 # 48729 # 51113 # -1 # ID=2_65;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.510 1_14 - 418 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.00028 14.6 0.0 1 2 2.7e-06 0.00079 13.1 0.0 7 58 122 176 116 201 0.79 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.00028 14.6 0.0 2 2 0.1 30 -1.9 0.0 30 65 324 358 321 391 0.61 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 CbiA PF01656.18 195 2.3e-22 73.8 0.0 1 1 1.1e-24 3.3e-22 73.3 0.0 1 178 117 348 117 365 0.73 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 2_26 - 695 KaiC PF06745.8 227 2.9e-05 17.7 0.0 1 2 7e-06 0.0021 11.6 0.0 22 78 201 259 199 342 0.79 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_26 - 695 KaiC PF06745.8 227 2.9e-05 17.7 0.0 2 2 0.0019 0.57 3.7 0.0 48 105 357 414 348 425 0.85 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_37 - 353 AAA PF00004.24 132 0.00065 14.4 0.0 1 1 4.7e-06 0.0014 13.3 0.0 1 74 99 178 99 237 0.73 # 41123 # 42181 # 1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.409 1_33 - 595 UvrD_C PF13361.1 351 5.1e-42 139.0 0.0 1 1 6.3e-44 9.4e-42 138.1 0.0 2 348 254 564 253 567 0.86 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_95 - 680 UvrD_C PF13361.1 351 4.6e-22 73.3 0.0 1 2 0.0039 0.58 3.9 0.0 74 118 332 377 287 388 0.79 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_95 - 680 UvrD_C PF13361.1 351 4.6e-22 73.3 0.0 2 2 5.1e-22 7.6e-20 66.0 0.0 290 347 538 607 517 611 0.91 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 2_65 - 795 PAPS_reduct PF01507.14 174 5e-08 27.4 0.0 1 1 4.2e-10 1.2e-07 26.1 0.0 3 150 78 264 76 269 0.70 # 48729 # 51113 # -1 # ID=2_65;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.510 1_37 - 353 Sigma54_activat PF00158.21 168 0.00037 14.4 0.0 1 1 7.9e-06 0.0024 11.8 0.0 20 120 94 189 78 223 0.65 # 41123 # 42181 # 1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.409 2_81 - 254 N6_Mtase PF02384.11 311 1.1e-08 28.9 0.0 1 2 1.1e-05 0.0011 12.5 0.0 55 136 109 176 79 180 0.60 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 2_81 - 254 N6_Mtase PF02384.11 311 1.1e-08 28.9 0.0 2 2 6.5e-06 0.00065 13.3 0.0 161 200 179 219 176 245 0.76 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 5_4 - 564 N6_Mtase PF02384.11 311 7.5e-06 19.6 0.0 1 1 1.3e-07 1.3e-05 18.8 0.0 89 138 445 492 425 504 0.88 # 963 # 2654 # -1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.472 2_56 - 164 N6_Mtase PF02384.11 311 0.0024 11.4 0.0 1 1 3.1e-05 0.0031 11.0 0.0 37 78 14 59 5 84 0.72 # 44086 # 44577 # -1 # ID=2_56;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.500 2_26 - 695 TraG-D_C PF12696.2 128 2.1e-11 38.2 0.0 1 1 1.5e-13 4.3e-11 37.2 0.0 2 112 505 617 504 631 0.82 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_14 - 418 AAA_31 PF13614.1 157 5.4e-08 27.4 0.2 1 2 9.4e-08 2.8e-05 18.5 0.0 9 128 123 270 121 292 0.83 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_14 - 418 AAA_31 PF13614.1 157 5.4e-08 27.4 0.2 2 2 0.00088 0.26 5.6 0.1 14 89 299 381 284 410 0.72 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 2_81 - 254 Methyltransf_26 PF13659.1 117 4.5e-13 43.8 0.1 1 1 1.2e-14 1.9e-12 41.7 0.0 1 115 101 201 101 207 0.81 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 5_4 - 564 Methyltransf_26 PF13659.1 117 1.3e-08 29.4 0.0 1 1 1.9e-10 2.9e-08 28.2 0.0 3 116 422 516 418 517 0.80 # 963 # 2654 # -1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.472 1_33 - 595 AAA_30 PF13604.1 196 0.0001 16.4 0.3 1 2 2.9e-05 0.0043 11.1 0.0 4 66 6 66 4 90 0.72 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 AAA_30 PF13604.1 196 0.0001 16.4 0.3 2 2 0.018 2.6 2.0 0.0 91 132 187 227 162 261 0.83 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_95 - 680 AAA_30 PF13604.1 196 0.00084 13.4 0.0 1 2 0.00018 0.027 8.5 0.0 7 40 10 39 4 84 0.71 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_95 - 680 AAA_30 PF13604.1 196 0.00084 13.4 0.0 2 2 0.013 1.9 2.4 0.0 97 133 213 248 195 301 0.82 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 2_26 - 695 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 3.7e-07 24.2 0.0 1 2 5.4e-07 0.00016 15.6 0.0 22 80 181 236 170 243 0.86 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_26 - 695 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 3.7e-07 24.2 0.0 2 2 0.00047 0.14 6.0 0.0 169 204 510 542 500 543 0.81 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_81 - 254 MTS PF05175.9 170 3.5e-08 27.5 0.0 1 1 3.7e-10 5.6e-08 26.8 0.0 35 144 104 205 89 224 0.72 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 5_4 - 564 MTS PF05175.9 170 9.5e-07 22.8 0.0 1 1 1.1e-08 1.6e-06 22.0 0.0 94 156 475 532 447 543 0.80 # 963 # 2654 # -1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.472 5_4 - 564 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 0.0016 12.3 0.0 1 1 9.7e-06 0.0029 11.5 0.0 105 138 471 502 451 516 0.71 # 963 # 2654 # -1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.472 1_95 - 680 AAA_19 PF13245.1 76 1.1e-09 32.4 0.1 1 1 3e-11 2.9e-09 31.0 0.1 14 75 21 86 11 87 0.88 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_33 - 595 AAA_19 PF13245.1 76 4.4e-09 30.5 0.0 1 1 6.1e-10 6.1e-08 26.8 0.0 3 75 12 86 10 87 0.84 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_14 - 418 AAA_19 PF13245.1 76 0.0011 13.2 0.0 1 1 2.7e-05 0.0027 11.9 0.0 20 48 125 152 123 182 0.82 # 15460 # 16713 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.378 1_12 - 894 AAA_10 PF12846.2 304 2.5e-65 215.3 0.0 1 1 3.7e-67 3.7e-65 214.7 0.0 1 303 456 812 456 813 0.93 # 8942 # 11623 # 1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.422 2_26 - 695 AAA_10 PF12846.2 304 9.5e-17 55.8 0.0 1 1 1.9e-18 1.9e-16 54.8 0.0 2 296 199 578 198 585 0.73 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_33 - 595 AAA_10 PF12846.2 304 0.00079 13.3 0.2 1 1 3.5e-05 0.0035 11.2 0.0 1 25 16 40 16 49 0.80 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 AAA_12 PF13087.1 200 2.1e-08 28.2 0.0 1 3 0.00079 0.24 5.2 0.0 98 153 33 84 13 94 0.78 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 AAA_12 PF13087.1 200 2.1e-08 28.2 0.0 2 3 0.0028 0.84 3.4 0.0 5 51 240 286 237 391 0.75 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 AAA_12 PF13087.1 200 2.1e-08 28.2 0.0 3 3 5.2e-07 0.00015 15.6 0.0 136 196 497 563 412 567 0.81 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 2_81 - 254 Methyltransf_31 PF13847.1 152 0.0012 12.9 0.0 1 1 9.3e-06 0.0028 11.7 0.0 8 106 105 197 99 230 0.77 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 1_95 - 680 Viral_helicase1 PF01443.13 234 2e-11 38.3 0.1 1 3 7.8e-07 0.00012 16.1 0.0 2 59 21 77 20 88 0.79 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_95 - 680 Viral_helicase1 PF01443.13 234 2e-11 38.3 0.1 2 3 0.00024 0.037 8.0 0.0 61 118 208 263 179 348 0.74 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_95 - 680 Viral_helicase1 PF01443.13 234 2e-11 38.3 0.1 3 3 0.0006 0.089 6.7 0.0 187 232 540 606 528 608 0.61 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_33 - 595 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.9e-08 26.7 0.1 1 3 0.0057 0.85 3.5 0.0 2 21 20 39 19 91 0.63 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.9e-08 26.7 0.1 2 3 0.0086 1.3 2.9 0.0 40 135 167 261 132 297 0.74 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.9e-08 26.7 0.1 3 3 5.6e-07 8.4e-05 16.6 0.0 174 232 485 562 400 563 0.67 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_104 - 273 ThiS-like PF14453.1 57 0.0023 12.3 0.0 1 1 1.7e-05 0.005 11.2 0.0 25 54 165 194 146 196 0.94 # 97376 # 98194 # 1 # ID=1_104;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_33 - 595 DEAD PF00270.24 169 9e-05 16.5 0.7 1 1 3.8e-06 0.0011 12.9 0.7 4 105 8 107 5 222 0.77 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 2_26 - 695 DUF853 PF05872.7 504 8.5e-05 15.4 0.0 1 1 6.2e-07 0.00019 14.3 0.0 10 60 187 237 179 245 0.87 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 5_4 - 564 Methyltransf_27 PF13708.1 194 7.2e-56 183.2 0.0 1 1 9.9e-58 1.5e-55 182.2 0.0 2 194 93 296 92 296 0.95 # 963 # 2654 # -1 # ID=5_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.472 1_104 - 273 Methyltransf_27 PF13708.1 194 1.7e-46 152.7 0.0 1 1 1.4e-48 2e-46 152.4 0.0 3 194 72 266 70 266 0.95 # 97376 # 98194 # 1 # ID=1_104;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 2_26 - 695 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.4e-16 54.5 0.1 1 2 6.1e-07 0.00018 14.6 0.0 16 52 199 235 190 345 0.87 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_26 - 695 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.4e-16 54.5 0.1 2 2 8.1e-14 2.4e-11 37.3 0.0 164 345 412 604 390 646 0.77 # 23139 # 25223 # 1 # ID=2_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 2_81 - 254 N6-adenineMlase PF10237.4 162 2.1e-05 18.7 0.0 1 1 1.1e-07 3.4e-05 18.0 0.0 84 133 163 214 133 225 0.77 # 64347 # 65108 # 1 # ID=2_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 2_72 - 203 TIGR00755 TIGR00755 256 0.00015 15.2 0.2 1 1 1e-06 0.00031 14.2 0.2 32 87 83 140 61 149 0.86 # 55716 # 56324 # -1 # ID=2_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.496 5_7 - 278 MethyltransfD12 PF02086.10 260 1.3e-48 160.2 0.0 1 1 4.7e-51 1.4e-48 160.0 0.0 1 257 13 256 13 259 0.91 # 4414 # 5247 # 1 # ID=5_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.446 1_95 - 680 Herpes_ori_bp PF02399.10 824 0.0015 10.9 0.0 1 1 8.6e-06 0.0026 10.2 0.0 52 108 20 82 9 218 0.83 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_95 - 680 UvrD-helicase PF00580.16 315 1.2e-38 127.6 0.1 1 1 1.1e-39 1.7e-37 123.8 0.1 2 307 6 260 5 268 0.91 # 89337 # 91376 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_33 - 595 UvrD-helicase PF00580.16 315 1.1e-30 101.4 2.9 1 3 1.1e-16 1.6e-14 48.4 0.0 2 105 5 91 4 95 0.92 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 UvrD-helicase PF00580.16 315 1.1e-30 101.4 2.9 2 3 1.1e-17 1.6e-15 51.6 0.3 208 314 145 248 107 249 0.86 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 UvrD-helicase PF00580.16 315 1.1e-30 101.4 2.9 3 3 0.056 8.4 -0.0 0.0 92 128 413 455 374 528 0.75 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_33 - 595 AAA_25 PF13481.1 194 0.001 12.9 0.0 1 1 1.8e-05 0.0053 10.6 0.0 17 63 3 46 1 62 0.78 # 36541 # 38325 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.414 1_37 - 353 AAA_5 PF07728.9 139 7.3e-34 110.9 0.0 1 1 3.9e-36 1.2e-33 110.3 0.0 1 139 98 238 98 238 0.96 # 41123 # 42181 # 1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.409 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/6a2c150b-d6be-49c7-8d36-488fb6a28c37 # Target file: checkm_output/bins/pm514/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm514/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/6a2c150b-d6be-49c7-8d36-488fb6a28c37 checkm_output/bins/pm514/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 17:06:51 2020 # [ok]