# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_47 - 341 cobW PF02492.14 178 0.00012 13.5 0.0 1 1 6.8e-06 0.00035 12.0 0.0 3 29 155 180 153 197 0.71 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 IstB_IS21 PF01695.12 178 4.4e-66 213.6 0.0 1 1 2.2e-67 1.1e-65 212.3 0.0 2 177 56 233 55 234 0.96 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_31 - 216 MipZ PF09140.6 261 2.1e-08 25.5 5.5 1 2 0.00031 0.016 6.2 0.6 6 22 7 23 2 39 0.83 # 29006 # 29653 # -1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.454 1_31 - 216 MipZ PF09140.6 261 2.1e-08 25.5 5.5 2 2 5.1e-09 2.6e-07 21.9 0.5 83 150 59 126 33 154 0.83 # 29006 # 29653 # -1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.454 1_12 - 74 SSB PF00436.20 104 5.8e-27 85.6 0.0 1 1 2.7e-28 6.8e-27 85.4 0.0 1 65 6 71 6 72 0.98 # 9416 # 9637 # 1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495 1_24 - 77 SSB PF00436.20 104 9.9e-10 30.3 0.2 1 1 4.9e-11 1.3e-09 29.9 0.2 72 103 1 35 1 36 0.90 # 24612 # 24842 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.506 1_17 - 260 AAA_22 PF13401.1 131 6.4e-07 21.6 0.0 1 2 8.3e-06 0.00021 13.4 0.1 4 28 101 125 98 148 0.75 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AAA_22 PF13401.1 131 6.4e-07 21.6 0.0 2 2 0.0016 0.042 6.0 0.0 77 101 151 178 124 201 0.64 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 AAA_22 PF13401.1 131 2.6e-05 16.4 0.0 1 1 2.3e-06 5.9e-05 15.2 0.0 2 67 150 228 148 259 0.68 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 KAP_NTPase PF07693.9 325 3.5e-05 14.8 0.0 1 1 1.6e-06 8e-05 13.6 0.0 18 53 150 183 135 225 0.78 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 AAA_17 PF13207.1 121 8.8e-06 18.5 0.0 1 1 6.9e-07 1.7e-05 17.6 0.0 1 64 154 226 154 275 0.61 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 AAA_17 PF13207.1 121 0.0002 14.2 0.0 1 1 1.3e-05 0.00033 13.4 0.0 2 26 104 131 103 216 0.74 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 PhoH PF02562.11 205 1.6e-07 22.7 0.1 1 1 5e-09 2.5e-07 22.0 0.1 14 56 96 138 84 163 0.80 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AFG1_ATPase PF03969.11 362 0.00016 12.5 0.0 1 1 5.8e-06 0.0003 11.6 0.0 64 214 103 251 81 258 0.78 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 T2SE PF00437.15 272 4.3e-48 155.4 0.0 1 1 9.8e-50 5e-48 155.2 0.0 7 270 31 302 25 304 0.94 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00012 13.2 0.0 1 1 5.7e-06 0.00029 11.9 0.0 14 43 150 179 139 230 0.82 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 Arch_ATPase PF01637.13 234 3.7e-05 15.4 0.0 1 1 1.4e-06 6.9e-05 14.5 0.0 6 50 140 181 139 227 0.76 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 AAA_16 PF13191.1 185 1.2e-06 20.6 0.0 1 1 8.3e-08 2.1e-06 19.8 0.0 20 57 148 185 138 228 0.75 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 AAA_16 PF13191.1 185 7.5e-06 18.0 2.4 1 2 2.4e-06 6.1e-05 15.0 0.1 23 51 100 128 86 149 0.80 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AAA_16 PF13191.1 185 7.5e-06 18.0 2.4 2 2 0.071 1.8 0.4 0.0 124 162 143 175 125 192 0.74 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 AAA_23 PF13476.1 202 1.4e-06 20.7 0.0 1 2 0.037 1.9 0.7 0.0 70 133 34 92 7 110 0.78 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 AAA_23 PF13476.1 202 1.4e-06 20.7 0.0 2 2 2.7e-07 1.4e-05 17.5 0.0 19 39 152 172 142 174 0.91 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 AAA_18 PF13238.1 129 4e-05 15.9 0.0 1 1 2e-06 0.0001 14.6 0.0 2 23 156 179 156 225 0.76 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_31 - 216 CbiA PF01656.18 195 2e-05 16.0 2.7 1 1 1.8e-06 4.7e-05 14.8 2.7 3 174 6 156 4 174 0.67 # 29006 # 29653 # -1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.454 1_17 - 260 CbiA PF01656.18 195 0.00049 11.5 0.0 1 1 2.5e-05 0.00064 11.1 0.0 3 42 105 145 104 254 0.75 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 KaiC PF06745.8 227 0.00019 12.5 0.0 1 2 0.07 3.6 -1.5 0.0 137 180 23 63 15 80 0.72 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 KaiC PF06745.8 227 0.00019 12.5 0.0 2 2 1.3e-05 0.00064 10.8 0.0 16 81 149 210 138 253 0.72 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 AAA_14 PF13173.1 128 1.8e-07 23.1 0.0 1 2 1.7e-08 8.8e-07 20.9 0.0 3 97 102 203 100 219 0.64 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AAA_14 PF13173.1 128 1.8e-07 23.1 0.0 2 2 0.048 2.5 0.0 0.0 14 46 215 247 212 257 0.80 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 AAA_29 PF13555.1 62 0.00016 13.1 0.0 1 1 8.8e-06 0.00045 11.7 0.0 21 40 150 169 144 170 0.82 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 AAA PF00004.24 132 1.1e-08 27.3 0.0 1 1 4.1e-10 2.1e-08 26.4 0.0 1 70 104 175 104 207 0.82 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 Bac_DnaA PF00308.13 219 2.6e-09 28.9 0.0 1 1 7.8e-11 4e-09 28.4 0.0 36 136 103 201 90 209 0.84 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 DUF258 PF03193.11 161 0.00011 13.4 0.0 1 1 7.3e-06 0.00019 12.6 0.0 26 59 92 125 80 153 0.82 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 DUF258 PF03193.11 161 0.0003 12.0 0.0 1 1 2.1e-05 0.00053 11.2 0.0 22 69 138 186 123 196 0.81 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 NTPase_1 PF03266.10 168 0.00012 13.8 0.1 1 2 0.0015 0.077 4.6 0.1 2 30 104 132 103 143 0.82 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 NTPase_1 PF03266.10 168 0.00012 13.8 0.1 2 2 0.0003 0.015 6.9 0.0 87 108 155 176 141 202 0.77 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 ABC_tran PF00005.22 137 5.5e-05 15.5 0.0 1 1 4.6e-06 0.00012 14.4 0.0 8 49 149 190 146 211 0.82 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 ABC_tran PF00005.22 137 0.00027 13.2 0.2 1 1 4.1e-05 0.001 11.3 0.1 8 31 98 121 95 132 0.86 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AAA_19 PF13245.1 76 0.00034 12.3 0.2 1 1 2.6e-05 0.0013 10.5 0.0 11 35 103 126 95 157 0.81 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_1 - 795 AAA_10 PF12846.2 304 3.8e-34 110.4 0.0 1 1 2.7e-35 6.9e-34 109.5 0.0 7 303 415 705 410 706 0.91 # 1 # 2385 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.417 1_17 - 260 AAA_10 PF12846.2 304 1.9e-05 16.1 0.2 1 2 0.029 0.73 1.1 0.0 106 155 28 69 4 89 0.61 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AAA_10 PF12846.2 304 1.9e-05 16.1 0.2 2 2 8.8e-06 0.00022 12.6 0.1 3 35 103 135 101 172 0.84 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.0002 13.4 0.0 1 1 6.3e-06 0.00032 12.7 0.0 9 64 87 144 84 229 0.70 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 Herpes_ori_bp PF02399.10 824 0.00059 9.7 0.0 1 1 1.8e-05 0.00092 9.1 0.0 47 78 150 180 137 184 0.85 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_47 - 341 UPF0079 PF02367.12 123 1.5e-06 19.9 0.0 1 1 4.9e-08 2.5e-06 19.1 0.0 7 44 144 181 138 186 0.85 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_31 - 216 AAA_24 PF13479.1 213 0.00024 12.7 0.3 1 1 1.4e-05 0.00035 12.1 0.3 10 76 9 82 1 152 0.90 # 29006 # 29653 # -1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.454 1_17 - 260 AAA_24 PF13479.1 213 0.00067 11.2 0.1 1 1 6.1e-05 0.0016 10.0 0.1 5 23 103 121 99 127 0.85 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 NACHT PF05729.7 166 6.5e-05 14.6 0.0 1 1 4.1e-06 0.00011 13.9 0.0 3 49 104 151 102 200 0.81 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_47 - 341 NACHT PF05729.7 166 0.00044 11.9 0.0 1 1 3.7e-05 0.00094 10.8 0.0 3 28 155 180 153 233 0.64 # 41052 # 42074 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.437 1_17 - 260 AAA_25 PF13481.1 194 3.7e-07 21.7 0.1 1 1 2.2e-08 1.1e-06 20.1 0.1 9 60 72 128 68 201 0.77 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_2 - 271 IPT PF01745.11 233 0.0022 9.1 4.9 1 2 0.019 0.95 0.5 0.1 125 173 41 90 28 99 0.75 # 2382 # 3194 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.402 1_2 - 271 IPT PF01745.11 233 0.0022 9.1 4.9 2 2 3.5e-05 0.0018 9.4 1.6 134 214 168 250 157 264 0.88 # 2382 # 3194 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.402 1_17 - 260 AAA_28 PF13521.1 163 0.00013 13.9 0.0 1 1 5e-06 0.00025 13.0 0.0 1 49 103 156 103 171 0.73 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 1_17 - 260 AAA_5 PF07728.9 139 9.3e-06 17.4 0.0 1 1 4.6e-07 2.3e-05 16.1 0.0 1 74 103 172 103 177 0.80 # 14965 # 15744 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.621 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/4bc8edb8-d358-452a-bd89-e69a9150be5b # Target file: checkm_output/bins/pm1414/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1414/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/4bc8edb8-d358-452a-bd89-e69a9150be5b checkm_output/bins/pm1414/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:56:32 2020 # [ok]