# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_140 - 316 cobW PF02492.14 178 0.00088 12.4 0.6 1 2 0.0076 1.3 2.1 0.0 131 161 120 150 82 161 0.76 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 cobW PF02492.14 178 0.00088 12.4 0.6 2 2 8.2e-05 0.014 8.5 0.2 2 21 221 240 220 253 0.88 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 Rad17 PF03215.10 519 0.00022 13.6 0.1 1 1 2.9e-06 0.00048 12.5 0.0 43 68 217 242 206 262 0.81 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_84 - 283 MipZ PF09140.6 261 9.4e-07 21.7 0.0 1 2 4e-05 0.0068 9.1 0.0 2 39 5 42 4 53 0.89 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_84 - 283 MipZ PF09140.6 261 9.4e-07 21.7 0.0 2 2 1.4e-05 0.0024 10.6 0.0 73 127 103 157 88 162 0.84 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_83 - 113 SSB PF00436.20 104 1.8e-07 24.7 0.0 1 1 1.2e-09 2.1e-07 24.4 0.0 3 99 3 90 1 95 0.89 # 59221 # 59559 # 1 # ID=1_83;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 1_130 - 386 DUF87 PF01935.12 229 0.00097 12.6 0.0 1 1 1.1e-05 0.0019 11.7 0.0 28 45 161 178 159 190 0.86 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_66 - 328 NmrA PF05368.8 233 0.00012 15.0 0.1 1 1 5e-06 0.00084 12.2 0.1 1 104 3 108 3 115 0.85 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_140 - 316 AAA_22 PF13401.1 131 1.2e-05 19.1 0.0 1 1 3e-07 2.5e-05 18.1 0.0 4 30 219 245 215 288 0.76 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 AAA_22 PF13401.1 131 0.0002 15.2 0.0 1 1 5.9e-06 0.0005 13.9 0.0 3 24 155 176 152 201 0.86 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_130 - 386 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00037 13.7 0.0 1 1 3.4e-06 0.00056 13.1 0.0 1 26 161 186 161 203 0.87 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 AAA_17 PF13207.1 121 1.6e-05 19.4 0.0 1 1 2e-07 3.3e-05 18.4 0.0 1 23 221 243 221 263 0.89 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 AAA_21 PF13304.1 303 0.0022 11.6 0.0 1 1 1.9e-05 0.0031 11.1 0.0 3 35 160 194 158 220 0.68 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_91 - 697 Helicase_C PF00271.26 78 2.6e-06 20.9 0.0 1 1 3.4e-08 5.7e-06 19.8 0.0 23 77 289 343 274 344 0.88 # 63844 # 65934 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_130 - 386 T2SE PF00437.15 272 5.7e-32 104.3 0.0 1 1 1.4e-33 7.8e-32 103.8 0.0 128 270 156 306 25 308 0.87 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 T2SE PF00437.15 272 2.6e-20 66.0 0.0 1 1 6.7e-22 3.8e-20 65.5 0.0 10 172 90 266 84 281 0.82 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_139 - 197 T2SE PF00437.15 272 6.2e-14 45.1 0.4 1 1 1.4e-15 7.9e-14 44.8 0.4 203 270 2 68 1 70 0.90 # 107855 # 108445 # -1 # ID=1_139;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_17 - 278 RNA_pol_Rpb1_4 PF05000.12 108 0.0011 12.4 0.1 1 1 1.6e-05 0.0027 11.1 0.1 53 75 154 175 121 180 0.83 # 9406 # 10239 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.410 1_156 - 84 Cytidylate_kin2 PF13189.1 179 0.00016 15.2 0.1 1 1 9.5e-07 0.00016 15.2 0.1 112 146 40 74 8 82 0.77 # 118554 # 118805 # 1 # ID=1_156;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.417 1_140 - 316 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00092 12.0 0.0 1 1 1e-05 0.0017 11.1 0.0 18 38 221 241 212 250 0.88 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 SMC_N PF02463.14 220 0.0014 11.5 0.0 1 1 1.4e-05 0.0023 10.8 0.0 23 44 155 176 151 186 0.88 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_84 - 283 VirC1 PF07015.6 231 2.7e-08 26.8 0.2 1 2 6.3e-07 0.00011 15.0 0.1 2 43 4 45 3 50 0.89 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_84 - 283 VirC1 PF07015.6 231 2.7e-08 26.8 0.2 2 2 2.1e-05 0.0036 10.0 0.0 79 132 124 180 99 271 0.75 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_84 - 283 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.0025 10.6 2.2 1 2 0.0001 0.017 7.9 0.0 7 37 11 41 4 51 0.83 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_84 - 283 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.0025 10.6 2.2 2 2 0.0057 0.96 2.1 0.0 204 247 234 278 211 281 0.79 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_140 - 316 AAA_16 PF13191.1 185 8.1e-05 16.3 0.0 1 1 2.2e-06 0.00019 15.1 0.0 12 46 211 241 204 247 0.77 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 AAA_16 PF13191.1 185 0.0004 14.0 0.0 1 1 1.4e-05 0.0012 12.5 0.0 27 51 159 183 152 226 0.86 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_130 - 386 AAA_23 PF13476.1 202 1.3e-06 22.5 0.0 1 1 2.8e-08 2.4e-06 21.6 0.0 18 40 155 177 138 199 0.82 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 AAA_23 PF13476.1 202 2.8e-05 18.1 0.1 1 1 1.2e-06 9.9e-05 16.3 0.0 20 39 220 239 210 258 0.83 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 AAA_18 PF13238.1 129 1.1e-05 19.5 0.2 1 1 2.8e-07 4.7e-05 17.4 0.1 1 21 222 242 222 270 0.80 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_17 - 278 adh_short PF00106.20 167 1.1e-31 103.6 0.2 1 1 4.4e-33 1.5e-31 103.2 0.2 1 165 32 198 32 200 0.94 # 9406 # 10239 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.410 1_2 - 249 adh_short PF00106.20 167 3e-27 89.2 0.1 1 1 1.1e-28 3.8e-27 88.9 0.1 4 166 7 172 4 173 0.92 # 757 # 1503 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.498 1_64 - 235 adh_short PF00106.20 167 4.3e-27 88.7 0.1 1 1 1.5e-28 5.2e-27 88.4 0.1 2 166 4 170 3 171 0.88 # 46596 # 47300 # -1 # ID=1_64;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 1_8 - 263 adh_short PF00106.20 167 2.7e-14 47.1 0.0 1 1 1.8e-15 6.1e-14 45.9 0.0 2 163 9 170 8 173 0.73 # 4224 # 5012 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.432 1_66 - 328 adh_short PF00106.20 167 3.7e-07 23.8 0.0 1 2 9.9e-05 0.0033 11.0 0.0 3 34 3 33 2 49 0.81 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_66 - 328 adh_short PF00106.20 167 3.7e-07 23.8 0.0 2 2 0.00023 0.0078 9.8 0.0 76 141 52 112 47 120 0.85 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_84 - 283 CbiA PF01656.18 195 2.8e-21 69.4 0.0 1 1 3.7e-23 6.2e-21 68.3 0.0 1 162 6 200 6 234 0.81 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_66 - 328 Polysacc_synt_2 PF02719.10 294 2.3e-14 46.6 2.1 1 3 0.0032 0.54 2.7 0.1 1 22 3 24 3 36 0.83 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_66 - 328 Polysacc_synt_2 PF02719.10 294 2.3e-14 46.6 2.1 2 3 1.9e-14 3.2e-12 39.5 0.3 56 128 37 107 28 111 0.94 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_66 - 328 Polysacc_synt_2 PF02719.10 294 2.3e-14 46.6 2.1 3 3 0.0039 0.66 2.4 0.0 132 158 132 158 127 168 0.80 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_140 - 316 AAA_14 PF13173.1 128 0.00034 14.2 0.0 1 1 4.5e-06 0.00075 13.1 0.0 3 28 220 247 218 280 0.77 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 AAA_29 PF13555.1 62 1.4e-05 18.2 0.0 1 1 3.9e-07 3.2e-05 17.1 0.0 25 43 158 176 149 179 0.84 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 AAA_29 PF13555.1 62 3.2e-05 17.1 0.1 1 1 8.1e-07 6.8e-05 16.0 0.1 21 40 218 236 211 241 0.86 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_17 - 278 KR PF08659.5 181 4.7e-18 59.1 0.0 1 1 1.5e-19 6.3e-18 58.7 0.0 2 166 33 198 32 217 0.85 # 9406 # 10239 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.410 1_2 - 249 KR PF08659.5 181 5.9e-13 42.5 0.0 1 1 2e-14 8.3e-13 42.0 0.0 4 159 7 164 5 177 0.86 # 757 # 1503 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.498 1_64 - 235 KR PF08659.5 181 2.5e-08 27.4 0.1 1 1 7.7e-10 3.2e-08 27.0 0.1 4 156 6 159 4 172 0.84 # 46596 # 47300 # -1 # ID=1_64;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 1_8 - 263 KR PF08659.5 181 6.4e-06 19.6 1.1 1 1 1.2e-06 5.2e-05 16.6 1.1 2 163 9 169 8 175 0.67 # 4224 # 5012 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.432 1_109 - 777 TraG-D_C PF12696.2 128 2.1e-06 21.3 0.1 1 1 2.3e-08 3.9e-06 20.4 0.1 1 126 439 556 439 558 0.75 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_66 - 328 NAD_binding_2 PF03446.10 163 0.0012 12.3 0.0 1 1 1.2e-05 0.002 11.6 0.0 10 75 10 76 7 108 0.81 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_84 - 283 AAA_31 PF13614.1 157 3.4e-07 24.0 0.1 1 2 1.1e-05 0.0018 11.9 0.0 1 38 4 41 4 51 0.92 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_84 - 283 AAA_31 PF13614.1 157 3.4e-07 24.0 0.1 2 2 4.2e-05 0.0071 9.9 0.0 111 133 122 144 115 164 0.85 # 59609 # 60457 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_140 - 316 AAA_33 PF13671.1 143 0.00017 15.1 0.4 1 2 0.032 5.5 0.5 0.0 22 81 47 107 41 119 0.71 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 AAA_33 PF13671.1 143 0.00017 15.1 0.4 2 2 8.1e-06 0.0014 12.2 0.1 1 19 221 239 221 253 0.91 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_66 - 328 2-Hacid_dh_C PF02826.14 178 0.0016 11.2 0.0 1 1 1.6e-05 0.0027 10.5 0.0 39 102 3 67 1 76 0.84 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_140 - 316 AAA_30 PF13604.1 196 4.2e-07 23.4 0.0 1 1 4e-09 6.7e-07 22.7 0.0 4 42 205 243 202 256 0.90 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 1e-05 18.7 0.0 1 1 2.3e-07 1.9e-05 17.8 0.0 41 70 159 187 149 199 0.88 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00035 13.7 0.1 1 2 0.083 7 -0.3 0.0 150 175 45 78 24 108 0.62 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00035 13.7 0.1 2 2 2.4e-05 0.002 11.2 0.0 41 58 222 239 202 267 0.85 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 VirE PF05272.6 198 0.00083 12.5 0.0 1 1 9.3e-06 0.0016 11.6 0.0 54 78 221 245 216 254 0.89 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 ABC_tran PF00005.22 137 6.8e-05 16.8 0.1 1 1 2e-06 0.00017 15.5 0.1 13 36 221 244 216 256 0.85 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_130 - 386 ABC_tran PF00005.22 137 8.9e-05 16.4 0.0 1 1 2.3e-06 0.00019 15.4 0.0 16 33 161 178 153 220 0.89 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_66 - 328 NAD_binding_4 PF07993.7 249 8.3e-17 54.5 0.0 1 2 0.023 3.9 -0.1 0.0 1 12 5 16 5 23 0.92 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_66 - 328 NAD_binding_4 PF07993.7 249 8.3e-17 54.5 0.0 2 2 2.9e-18 4.9e-16 52.0 0.0 77 198 46 168 44 189 0.90 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_140 - 316 AAA_19 PF13245.1 76 0.00017 15.0 0.0 1 1 2e-06 0.00034 14.0 0.0 5 35 213 243 209 269 0.76 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_66 - 328 RmlD_sub_bind PF04321.12 287 2.5e-14 46.4 0.0 1 1 2e-16 3.4e-14 46.0 0.0 1 157 1 174 1 184 0.88 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_66 - 328 NAD_binding_10 PF13460.1 183 6.4e-14 46.0 0.0 1 1 2.1e-15 8.6e-14 45.6 0.0 1 181 3 210 3 212 0.79 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_17 - 278 NAD_binding_10 PF13460.1 183 3.5e-06 20.7 0.0 1 1 1.3e-07 5.3e-06 20.2 0.0 1 70 34 108 34 258 0.63 # 9406 # 10239 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.410 1_64 - 235 NAD_binding_10 PF13460.1 183 0.00017 15.3 0.0 1 1 7.2e-06 0.0003 14.5 0.0 2 37 6 42 6 93 0.76 # 46596 # 47300 # -1 # ID=1_64;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 1_2 - 249 NAD_binding_10 PF13460.1 183 0.00069 13.3 0.0 1 1 5.1e-05 0.0021 11.7 0.0 3 104 8 148 6 170 0.78 # 757 # 1503 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.498 1_119 - 1026 AAA_10 PF12846.2 304 1.3e-35 116.9 0.0 1 1 6.5e-37 2.7e-35 115.8 0.0 5 302 507 905 504 907 0.94 # 86938 # 90015 # -1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_109 - 777 AAA_10 PF12846.2 304 1.3e-06 21.6 0.3 1 1 1e-07 4.4e-06 19.9 0.0 2 297 138 512 137 519 0.63 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_130 - 386 AAA_10 PF12846.2 304 6.7e-05 16.0 0.0 1 1 3.3e-06 0.00014 15.0 0.0 3 31 158 186 156 198 0.82 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 AAA_10 PF12846.2 304 0.00039 13.5 0.0 1 1 1.5e-05 0.00064 12.8 0.0 4 27 222 245 219 262 0.84 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_17 - 278 adh_short_C2 PF13561.1 241 2e-37 122.9 0.7 1 1 5.5e-39 2.3e-37 122.6 0.7 2 241 39 275 38 275 0.91 # 9406 # 10239 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.410 1_2 - 249 adh_short_C2 PF13561.1 241 8.5e-25 81.5 0.0 1 1 2.3e-26 9.8e-25 81.3 0.0 6 240 13 244 10 245 0.89 # 757 # 1503 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.498 1_8 - 263 adh_short_C2 PF13561.1 241 7.1e-24 78.5 0.0 1 1 2.1e-25 8.8e-24 78.2 0.0 6 239 17 241 14 243 0.86 # 4224 # 5012 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.432 1_64 - 235 adh_short_C2 PF13561.1 241 7.9e-10 32.5 0.0 1 1 2.4e-11 1e-09 32.1 0.0 6 194 12 198 9 210 0.83 # 46596 # 47300 # -1 # ID=1_64;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 1_66 - 328 3Beta_HSD PF01073.14 280 5.1e-16 51.8 0.0 1 1 4.3e-18 7.2e-16 51.3 0.0 35 198 34 183 4 230 0.70 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_91 - 697 ResIII PF04851.10 184 2.3e-18 60.3 0.0 1 1 7.9e-20 1.3e-17 57.8 0.0 3 183 3 161 1 162 0.83 # 63844 # 65934 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_119 - 1026 DUF2075 PF09848.4 352 0.0013 11.3 0.1 1 2 0.021 3.4 0.1 0.0 123 164 75 140 64 197 0.78 # 86938 # 90015 # -1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_119 - 1026 DUF2075 PF09848.4 352 0.0013 11.3 0.1 2 2 6.9e-05 0.012 8.2 0.0 5 25 507 527 503 562 0.84 # 86938 # 90015 # -1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_66 - 328 Epimerase PF01370.16 236 2.1e-29 96.2 0.0 1 1 9e-31 3e-29 95.7 0.0 1 171 3 169 3 213 0.90 # 47863 # 48846 # -1 # ID=1_66;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.408 1_17 - 278 Epimerase PF01370.16 236 4.4e-07 23.2 0.2 1 1 4.9e-08 1.7e-06 21.3 0.2 1 116 34 168 34 270 0.70 # 9406 # 10239 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.410 1_8 - 263 Epimerase PF01370.16 236 2e-05 17.7 0.0 1 1 8.4e-07 2.8e-05 17.2 0.0 1 118 10 142 10 204 0.79 # 4224 # 5012 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.432 1_2 - 249 Epimerase PF01370.16 236 0.00014 15.0 0.2 1 1 1.3e-05 0.00043 13.4 0.1 2 118 7 144 6 185 0.72 # 757 # 1503 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.498 1_64 - 235 Epimerase PF01370.16 236 0.00089 12.3 0.1 1 1 4.9e-05 0.0016 11.5 0.1 2 115 6 138 5 160 0.74 # 46596 # 47300 # -1 # ID=1_64;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 1_91 - 697 DEAD PF00270.24 169 3.5e-11 36.5 0.1 1 1 8.6e-13 7.2e-11 35.5 0.1 7 163 15 161 6 167 0.78 # 63844 # 65934 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_130 - 386 DEAD PF00270.24 169 0.00062 12.9 0.0 1 1 1.2e-05 0.00098 12.3 0.0 9 77 150 306 143 345 0.79 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_109 - 777 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.5e-08 24.9 0.2 1 3 4.7e-05 0.0079 8.4 0.0 8 35 130 157 125 176 0.84 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_109 - 777 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.5e-08 24.9 0.2 2 3 8.3e-06 0.0014 10.9 0.0 93 142 239 287 233 296 0.89 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_109 - 777 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.5e-08 24.9 0.2 3 3 0.0062 1 1.4 0.1 292 376 484 567 443 572 0.76 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_109 - 777 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 4.1e-05 15.9 0.0 1 2 3.4e-06 0.00058 12.1 0.0 32 181 122 288 100 293 0.67 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_109 - 777 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 4.1e-05 15.9 0.0 2 2 0.014 2.4 0.2 0.0 331 432 465 564 435 571 0.67 # 76908 # 79238 # -1 # ID=1_109;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 1_140 - 316 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00043 14.1 0.2 1 2 0.04 6.7 0.6 0.1 47 89 75 116 51 142 0.61 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00043 14.1 0.2 2 2 2.5e-05 0.0042 10.9 0.0 1 24 222 245 222 262 0.80 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_151 - 170 TIGR00922 TIGR00922 172 4e-06 20.1 0.0 1 1 2.6e-08 4.4e-06 20.0 0.0 44 103 46 109 13 130 0.80 # 115625 # 116134 # -1 # ID=1_151;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 1_130 - 386 NACHT PF05729.7 166 0.00049 13.4 0.0 1 1 8.8e-06 0.0015 11.9 0.0 4 30 160 186 158 194 0.86 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_130 - 386 AAA_25 PF13481.1 194 1.9e-06 21.1 0.1 1 2 3.9e-07 3.3e-05 17.0 0.0 24 57 147 180 125 195 0.86 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_130 - 386 AAA_25 PF13481.1 194 1.9e-06 21.1 0.1 2 2 0.02 1.6 1.6 0.0 68 139 271 343 250 349 0.68 # 99825 # 100982 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.571 1_140 - 316 AAA_25 PF13481.1 194 9.9e-06 18.7 0.0 1 2 0.019 1.6 1.7 0.0 116 167 22 74 8 95 0.63 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 AAA_25 PF13481.1 194 9.9e-06 18.7 0.0 2 2 2e-06 0.00017 14.7 0.0 18 54 203 240 193 264 0.81 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 AAA_28 PF13521.1 163 0.002 11.7 0.1 1 1 2e-05 0.0033 11.0 0.1 2 22 222 242 221 257 0.86 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 1_140 - 316 AAA_5 PF07728.9 139 0.0014 12.0 0.0 1 1 1.8e-05 0.003 10.9 0.0 2 24 222 248 221 258 0.80 # 108397 # 109344 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.540 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/ac653b51-cb27-4052-be94-012269205008 # Target file: checkm_output/bins/pm1004/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1004/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/ac653b51-cb27-4052-be94-012269205008 checkm_output/bins/pm1004/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:52:18 2020 # [ok]