# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 4_7 - 217 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.00013 12.9 0.0 1 2 1e-05 0.00042 11.2 0.0 20 62 29 70 17 88 0.83 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.00013 12.9 0.0 2 2 0.063 2.7 -1.2 0.0 109 137 155 188 153 208 0.59 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00022 12.3 0.4 1 2 9.8e-05 0.0041 8.2 0.0 39 63 21 46 8 59 0.80 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00022 12.3 0.4 2 2 0.0061 0.26 2.4 0.1 107 170 151 211 136 216 0.61 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 DUF87 PF01935.12 229 0.00022 12.8 2.1 1 2 8e-06 0.00033 12.1 0.4 25 59 32 64 29 67 0.89 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 DUF87 PF01935.12 229 0.00022 12.8 2.1 2 2 0.073 3.1 -0.8 0.0 86 114 169 197 139 209 0.69 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_22 PF13401.1 131 4.3e-07 21.8 0.4 1 1 3e-08 1.3e-06 20.3 0.4 6 122 32 191 29 198 0.75 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 MutS_V PF00488.16 235 3.2e-06 18.3 0.3 1 2 5.8e-06 0.00024 12.2 0.0 31 66 18 53 8 77 0.79 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 MutS_V PF00488.16 235 3.2e-06 18.3 0.3 2 2 0.0016 0.069 4.2 0.1 126 180 156 209 145 216 0.76 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 SRP54 PF00448.17 196 0.00029 12.0 2.2 1 2 0.0019 0.08 4.0 0.3 4 28 33 57 30 63 0.86 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 SRP54 PF00448.17 196 0.00029 12.0 2.2 2 2 0.00014 0.0058 7.7 0.1 18 52 174 208 159 216 0.75 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_17 PF13207.1 121 4.7e-06 19.2 0.0 1 1 2.8e-07 1.2e-05 17.9 0.0 2 47 33 89 32 209 0.73 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_21 PF13304.1 303 1.7e-11 36.2 0.1 1 2 3.7e-07 1.5e-05 16.7 0.0 4 61 35 92 33 113 0.81 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_21 PF13304.1 303 1.7e-11 36.2 0.1 2 2 1.9e-07 7.8e-06 17.6 0.1 233 300 131 196 119 199 0.84 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 T2SE PF00437.15 272 5.5e-05 13.8 0.1 1 2 3.3e-06 0.00014 12.5 0.0 119 160 21 62 2 79 0.78 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 T2SE PF00437.15 272 5.5e-05 13.8 0.1 2 2 0.099 4.1 -2.2 0.0 147 171 175 201 171 210 0.63 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 SMC_N PF02463.14 220 5.9e-12 36.9 1.0 1 1 2.4e-12 1e-10 32.9 1.0 29 213 35 209 21 215 0.74 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_16 PF13191.1 185 4.2e-05 15.2 1.6 1 1 4.5e-06 0.00019 13.1 1.6 25 62 31 69 17 214 0.68 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 1_11 - 352 AAA_23 PF13476.1 202 4.4e-07 22.1 10.4 1 1 2.1e-08 4.4e-07 22.1 10.4 96 202 220 332 135 332 0.62 # 10281 # 11336 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAAA;rbs_spacer=14bp;gc_cont=0.407 4_7 - 217 AAA_23 PF13476.1 202 0.00025 13.1 0.1 1 1 1.4e-05 0.00029 12.9 0.1 24 60 35 70 30 190 0.82 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_18 PF13238.1 129 1.7e-08 26.5 0.0 1 2 1.4e-08 5.9e-07 21.6 0.0 1 43 33 75 33 120 0.89 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_18 PF13238.1 129 1.7e-08 26.5 0.0 2 2 0.0065 0.27 3.2 0.0 49 93 163 205 123 214 0.81 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 3_4 - 211 AAA_13 PF13166.1 712 0.01 5.9 28.3 1 1 0.00036 0.015 5.3 28.2 284 438 32 194 17 203 0.76 # 5819 # 6451 # -1 # ID=3_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=3bp;gc_cont=0.310 4_7 - 217 KaiC PF06745.8 227 0.00037 11.3 0.4 1 2 0.0014 0.06 4.1 0.0 16 35 27 46 16 51 0.91 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 KaiC PF06745.8 227 0.00037 11.3 0.4 2 2 0.0005 0.021 5.6 0.1 117 162 154 196 103 214 0.76 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_14 PF13173.1 128 0.00033 12.3 0.1 1 2 0.00015 0.0063 8.1 0.0 5 25 33 53 29 91 0.80 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_14 PF13173.1 128 0.00033 12.3 0.1 2 2 0.0092 0.39 2.3 0.0 62 113 153 211 105 215 0.70 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_29 PF13555.1 62 1.5e-07 22.6 0.1 1 1 7e-09 3e-07 21.7 0.1 6 40 14 47 9 62 0.79 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA PF00004.24 132 4.4e-07 21.9 1.3 1 1 1.3e-07 5.6e-06 18.3 1.3 2 118 34 201 33 215 0.69 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 DUF258 PF03193.11 161 5.2e-05 14.2 0.0 1 1 2.1e-06 8.7e-05 13.4 0.0 26 58 20 53 3 90 0.80 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 NTPase_1 PF03266.10 168 5.7e-05 14.6 3.4 1 2 5e-06 0.00021 12.7 0.4 1 25 32 56 32 63 0.88 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 NTPase_1 PF03266.10 168 5.7e-05 14.6 3.4 2 2 0.0057 0.24 2.8 0.2 66 145 123 205 103 214 0.70 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 2_9 - 320 2-Hacid_dh_C PF02826.14 178 1.4e-56 182.1 0.0 1 2 0.021 0.86 0.4 0.0 25 45 57 77 38 104 0.67 # 6328 # 7287 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.355 2_9 - 320 2-Hacid_dh_C PF02826.14 178 1.4e-56 182.1 0.0 2 2 2.1e-57 8.9e-56 179.5 0.0 2 178 110 288 109 288 0.92 # 6328 # 7287 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.355 2_9 - 320 XdhC_C PF13478.1 136 2.1e-07 23.0 0.0 1 2 0.00023 0.0095 7.9 0.0 58 89 45 76 19 94 0.80 # 6328 # 7287 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.355 2_9 - 320 XdhC_C PF13478.1 136 2.1e-07 23.0 0.0 2 2 6.6e-06 0.00028 12.9 0.0 3 43 154 193 152 229 0.78 # 6328 # 7287 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.355 4_7 - 217 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00026 12.2 0.1 1 1 1.3e-05 0.00053 11.2 0.1 26 59 17 51 10 60 0.81 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 ABC_tran PF00005.22 137 3.2e-33 106.6 0.0 1 1 1.1e-34 4.5e-33 106.1 0.0 1 137 20 163 20 163 0.94 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_19 PF13245.1 76 3.7e-05 15.2 0.2 1 1 2.2e-06 9.4e-05 13.9 0.2 9 36 30 55 26 70 0.83 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_10 PF12846.2 304 4.4e-06 17.9 0.3 1 2 1.9e-06 7.8e-05 13.8 0.0 2 28 31 57 30 81 0.82 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_10 PF12846.2 304 4.4e-06 17.9 0.3 2 2 0.0049 0.21 2.6 0.0 218 269 150 201 92 211 0.77 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 SbcCD_C PF13558.1 90 1.4e-05 16.7 0.1 1 2 0.077 3.2 -0.5 0.0 33 47 38 52 22 60 0.74 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 SbcCD_C PF13558.1 90 1.4e-05 16.7 0.1 2 2 8.2e-05 0.0035 9.0 0.0 64 86 153 175 106 179 0.73 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 RNA_helicase PF00910.17 107 9.5e-05 14.3 0.0 1 1 4.8e-06 0.0002 13.2 0.0 1 26 33 58 33 87 0.83 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 NACHT PF05729.7 166 2.2e-05 15.8 0.7 1 2 9.9e-06 0.00042 11.7 0.2 3 26 33 56 31 63 0.86 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 NACHT PF05729.7 166 2.2e-05 15.8 0.7 2 2 0.0054 0.23 2.8 0.0 90 122 158 190 83 210 0.77 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_25 PF13481.1 194 3e-06 18.4 0.1 1 2 4.3e-07 1.8e-05 15.9 0.0 29 63 26 62 13 78 0.80 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_25 PF13481.1 194 3e-06 18.4 0.1 2 2 0.028 1.2 0.2 0.1 159 188 167 193 140 208 0.65 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_28 PF13521.1 163 0.00022 12.9 1.5 1 1 4.8e-06 0.0002 13.0 0.5 2 22 33 53 32 133 0.84 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_5 PF07728.9 139 1.4e-06 19.8 0.4 1 2 1.8e-06 7.5e-05 14.2 0.0 1 30 32 63 32 95 0.75 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 4_7 - 217 AAA_5 PF07728.9 139 1.4e-06 19.8 0.4 2 2 0.0028 0.12 3.8 0.0 23 76 109 163 92 184 0.81 # 3039 # 3689 # 1 # ID=4_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.444 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/920a3718-e51f-4eb9-830d-96ec95c24149 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_002078855.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_002078855.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/920a3718-e51f-4eb9-830d-96ec95c24149 checkm_output/bins/pGCA_002078855.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:48:15 2020 # [ok]