# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_36 - 315 Mg_chelatase PF01078.16 207 3.9e-06 19.0 0.0 1 1 7.6e-08 7.4e-06 18.1 0.0 10 55 131 176 125 200 0.84 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 cobW PF02492.14 178 0.0013 11.1 2.5 1 2 0.00039 0.038 6.3 2.0 10 172 11 167 2 173 0.54 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 cobW PF02492.14 178 0.0013 11.1 2.5 2 2 0.083 8.1 -1.3 0.0 16 37 176 196 175 220 0.71 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 ABC_ATPase PF09818.4 448 1.1e-05 17.0 0.0 1 1 1.7e-07 1.7e-05 16.4 0.0 219 274 117 173 109 203 0.81 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 4_2 - 578 Terminase_6 PF03237.10 384 3e-37 121.1 0.2 1 1 4.5e-39 4.4e-37 120.5 0.2 2 382 181 561 180 562 0.91 # 1206 # 2939 # 1 # ID=4_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.386 1_36 - 315 IstB_IS21 PF01695.12 178 3e-06 19.6 0.0 1 1 5.4e-08 5.3e-06 18.8 0.0 44 69 140 165 111 207 0.67 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 MipZ PF09140.6 261 3.5e-17 55.1 0.2 1 1 1.6e-16 8.1e-15 47.4 0.2 2 142 2 123 1 146 0.82 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_17 - 239 MipZ PF09140.6 261 0.00011 14.1 0.0 1 1 1.3e-05 0.00064 11.7 0.0 5 46 6 47 3 117 0.90 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_10 - 228 YhjQ PF06564.7 244 3.4e-05 16.1 0.1 1 2 1.5e-06 0.00015 14.0 0.0 10 41 9 40 1 53 0.89 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 YhjQ PF06564.7 244 3.4e-05 16.1 0.1 2 2 0.032 3.2 -0.1 0.0 101 145 65 107 45 160 0.69 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_22 - 122 SSB PF00436.20 104 1.3e-23 75.7 0.4 1 1 1.6e-25 1.6e-23 75.5 0.4 1 103 2 98 2 99 0.96 # 13814 # 14179 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.262 1_36 - 315 DUF87 PF01935.12 229 2.7e-06 20.2 1.5 1 1 8.4e-08 4.1e-06 19.6 0.3 26 58 146 179 135 223 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 DUF87 PF01935.12 229 0.0029 10.3 4.2 1 2 0.092 4.5 -0.2 0.2 133 183 130 178 57 202 0.59 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 DUF87 PF01935.12 229 0.0029 10.3 4.2 2 2 5.1e-05 0.0025 10.5 0.1 25 59 456 490 438 491 0.83 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 AAA_22 PF13401.1 131 4.3e-08 26.3 2.1 1 2 0.011 1.1 2.3 0.0 16 108 90 200 90 214 0.69 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 AAA_22 PF13401.1 131 4.3e-08 26.3 2.1 2 2 3.1e-07 3e-05 17.1 0.2 5 120 455 632 450 690 0.67 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_10 - 228 SRP54 PF00448.17 196 1.7e-09 30.3 0.1 1 2 6.5e-11 6.3e-09 28.4 0.0 11 124 11 122 2 138 0.75 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 SRP54 PF00448.17 196 1.7e-09 30.3 0.1 2 2 0.043 4.2 -0.4 0.0 94 116 144 166 109 207 0.62 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 AAA_17 PF13207.1 121 3e-05 17.7 1.1 1 1 5e-06 0.00012 15.8 0.9 2 19 146 163 145 184 0.90 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_17 - 239 AAA_17 PF13207.1 121 5.8e-05 16.8 0.1 1 1 5e-06 0.00012 15.8 0.1 9 97 12 120 11 202 0.70 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_10 - 228 AAA_17 PF13207.1 121 5.9e-05 16.8 0.1 1 1 7.6e-06 0.00019 15.2 0.1 9 77 11 87 10 221 0.69 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_33 - 817 AAA_17 PF13207.1 121 0.0055 10.4 2.6 1 2 0.032 0.77 3.5 0.1 11 67 90 179 89 213 0.57 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 AAA_17 PF13207.1 121 0.0055 10.4 2.6 2 2 0.012 0.28 4.9 0.1 3 17 458 472 457 503 0.88 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_10 - 228 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.1e-08 27.3 2.0 1 2 3.2e-10 1.6e-08 26.8 0.2 5 109 5 110 1 129 0.77 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.1e-08 27.3 2.0 2 2 0.019 0.93 1.3 0.7 161 161 102 102 64 223 0.59 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_17 - 239 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.9e-06 17.6 0.4 1 3 1.3e-06 6.2e-05 15.0 0.0 5 71 6 72 3 82 0.74 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_17 - 239 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.9e-06 17.6 0.4 2 3 0.06 2.9 -0.4 0.0 113 137 68 92 56 103 0.82 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_17 - 239 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.9e-06 17.6 0.4 3 3 0.093 4.6 -1.0 0.1 81 81 177 177 128 226 0.49 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_36 - 315 PhoH PF02562.11 205 1.2e-05 17.5 0.1 1 1 2.4e-07 2.3e-05 16.5 0.1 5 60 128 184 124 207 0.83 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 T2SE PF00437.15 272 6.2e-84 273.9 0.1 1 1 1.6e-85 7.6e-84 273.6 0.1 7 270 23 286 18 288 0.98 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 T2SE PF00437.15 272 0.001 10.8 0.0 1 1 4.1e-05 0.002 9.9 0.0 127 155 453 481 435 489 0.80 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_10 - 228 SKI PF01202.17 158 0.0015 11.3 1.5 1 2 0.00014 0.014 8.1 0.2 2 23 11 29 10 112 0.82 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 SKI PF01202.17 158 0.0015 11.3 1.5 2 2 0.028 2.8 0.7 0.1 84 125 144 182 129 220 0.61 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 Zeta_toxin PF06414.7 201 4.4e-05 15.5 0.0 1 1 3e-06 9.9e-05 14.3 0.0 15 51 142 181 130 219 0.75 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00015 13.7 0.0 1 1 8.4e-06 0.00028 12.9 0.0 25 113 10 99 8 191 0.81 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_33 - 817 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.0006 11.8 0.0 1 1 4.5e-05 0.0015 10.5 0.0 20 93 458 589 456 591 0.89 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 2_13 - 109 F420_oxidored PF03807.12 96 7.1e-05 16.1 0.2 1 1 1.1e-06 0.0001 15.6 0.2 19 81 43 104 36 108 0.81 # 6425 # 6751 # 1 # ID=2_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.229 1_10 - 228 VirC1 PF07015.6 231 2.3e-10 32.8 0.1 1 1 3.8e-12 3.8e-10 32.1 0.1 4 143 3 140 1 194 0.71 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 Fer4_NifH PF00142.13 273 3.2e-06 19.4 0.1 1 1 1.7e-07 8.5e-06 17.9 0.0 7 43 8 43 2 93 0.84 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_17 - 239 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.0001 14.4 0.0 1 1 4.1e-06 0.0002 13.4 0.0 6 76 8 76 4 91 0.78 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_33 - 817 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.0022 10.6 7.3 1 3 0.025 2.5 0.6 2.5 32 126 90 186 87 201 0.52 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.0022 10.6 7.3 2 3 5e-05 0.0049 9.4 0.0 23 56 457 490 455 496 0.88 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.0022 10.6 7.3 3 3 0.03 2.9 0.3 0.0 82 130 587 658 544 688 0.63 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 AAA_16 PF13191.1 185 0.00019 14.3 0.1 1 1 5.8e-06 0.00056 12.8 0.0 22 48 141 167 131 180 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 AAA_23 PF13476.1 202 7e-08 25.9 8.4 1 3 0.0015 0.076 6.2 1.2 117 201 79 169 20 201 0.63 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 AAA_23 PF13476.1 202 7e-08 25.9 8.4 2 3 0.043 2.1 1.5 0.1 156 196 283 368 223 370 0.53 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 AAA_23 PF13476.1 202 7e-08 25.9 8.4 3 3 4.7e-08 2.3e-06 20.9 0.1 20 143 455 582 444 643 0.64 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 AAA_23 PF13476.1 202 0.003 10.8 11.3 1 1 7.6e-05 0.0037 10.4 8.7 20 40 144 164 131 314 0.87 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 AAA_18 PF13238.1 129 7.3e-07 22.4 1.2 1 1 5.5e-08 2.7e-06 20.6 0.1 8 96 11 123 9 138 0.71 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 AAA_18 PF13238.1 129 0.0072 9.5 8.4 1 2 5.2e-05 0.0026 11.0 1.2 1 17 146 162 146 165 0.93 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 AAA_18 PF13238.1 129 0.0072 9.5 8.4 2 2 0.033 1.6 1.9 0.0 72 109 173 206 161 224 0.79 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 CbiA PF01656.18 195 1.9e-23 75.8 0.5 1 1 1e-24 3.3e-23 74.9 0.5 1 174 3 159 3 189 0.73 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_17 - 239 CbiA PF01656.18 195 1.4e-10 33.8 0.4 1 1 6.6e-12 2.2e-10 33.1 0.4 3 110 6 106 4 195 0.67 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_33 - 817 CbiA PF01656.18 195 3.1e-06 19.6 0.0 1 1 2.7e-07 9e-06 18.1 0.0 6 91 461 591 457 599 0.73 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 2_27 - 209 Ribosomal_S13 PF00416.17 107 0.066 6.6 7.3 1 2 0.00034 0.034 7.5 1.7 36 80 81 121 69 126 0.75 # 15975 # 16601 # 1 # ID=2_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.247 2_27 - 209 Ribosomal_S13 PF00416.17 107 0.066 6.6 7.3 2 2 0.024 2.4 1.6 0.3 38 60 177 199 159 208 0.71 # 15975 # 16601 # 1 # ID=2_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.247 1_36 - 315 KaiC PF06745.8 227 2.6e-05 16.3 0.4 1 1 5.9e-07 5.8e-05 15.1 0.0 12 38 136 162 126 192 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 AAA_14 PF13173.1 128 0.00024 13.9 0.2 1 1 8.3e-06 0.00082 12.2 0.2 13 79 12 82 10 220 0.83 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 AAA_29 PF13555.1 62 4e-06 19.2 0.0 1 1 1.7e-07 8.3e-06 18.2 0.0 23 45 143 165 128 177 0.84 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 AAA_29 PF13555.1 62 3.2e-05 16.3 0.1 1 2 1.3e-05 0.00062 12.2 0.0 23 44 455 475 442 488 0.81 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 AAA_29 PF13555.1 62 3.2e-05 16.3 0.1 2 2 0.036 1.7 1.2 0.0 34 60 692 722 689 724 0.71 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 Sigma54_activat PF00158.21 168 8.4e-06 18.2 0.0 1 1 1.6e-07 1.6e-05 17.3 0.0 10 44 131 165 123 198 0.80 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 MMR_HSR1 PF01926.18 116 0.0011 11.8 2.1 1 1 4.1e-05 0.004 10.0 2.1 2 22 146 166 145 313 0.77 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 DUF258 PF03193.11 161 0.00034 12.7 0.0 1 1 5.5e-06 0.00054 12.1 0.0 22 58 129 166 110 226 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_18 - 608 TraG-D_C PF12696.2 128 8.9e-32 102.6 0.1 1 1 1.8e-33 1.8e-31 101.6 0.1 1 127 429 550 429 551 0.88 # 9687 # 11510 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_10 - 228 AAA_31 PF13614.1 157 1.6e-13 43.8 0.3 1 2 4.4e-11 2.2e-09 30.3 0.0 2 58 2 57 1 76 0.80 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_10 - 228 AAA_31 PF13614.1 157 1.6e-13 43.8 0.3 2 2 4.2e-05 0.0021 10.9 0.0 111 152 73 113 67 117 0.84 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_17 - 239 AAA_31 PF13614.1 157 4.7e-07 22.7 0.3 1 2 1e-07 4.9e-06 19.4 0.0 4 84 5 78 2 109 0.76 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_17 - 239 AAA_31 PF13614.1 157 4.7e-07 22.7 0.3 2 2 0.038 1.8 1.3 0.1 27 63 176 213 168 227 0.71 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_36 - 315 AAA_33 PF13671.1 143 0.00057 12.7 0.1 1 1 1.2e-05 0.0012 11.7 0.1 2 20 146 164 146 214 0.79 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 AAA_30 PF13604.1 196 1.6e-06 20.7 0.1 1 1 3.7e-08 3.6e-06 19.5 0.1 2 50 128 177 127 199 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 1.5e-10 33.8 0.0 1 1 7.5e-12 2.4e-10 33.0 0.0 37 107 142 209 120 220 0.75 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 3.8e-05 16.1 0.2 1 2 0.084 2.7 0.2 0.0 86 143 136 194 130 381 0.68 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 3.8e-05 16.1 0.2 2 2 1e-05 0.00033 13.0 0.0 39 64 453 480 430 499 0.78 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 2_29 - 782 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00029 13.2 0.1 1 1 2.4e-05 0.00077 11.8 0.0 34 62 368 396 355 399 0.89 # 17172 # 19517 # 1 # ID=2_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.260 1_33 - 817 ABC_tran PF00005.22 137 1.4e-05 18.3 1.0 1 1 3e-06 0.00014 15.0 0.1 7 41 450 484 445 607 0.78 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 ABC_tran PF00005.22 137 2.5e-05 17.5 0.3 1 1 8e-07 3.9e-05 16.8 0.3 9 35 141 167 134 271 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 AAA_19 PF13245.1 76 5.6e-07 22.2 0.1 1 1 1e-08 1e-06 21.3 0.1 1 49 134 180 134 227 0.72 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 AAA_10 PF12846.2 304 3.6e-34 111.4 0.0 1 1 2.2e-34 3.6e-33 108.1 0.0 2 289 455 715 455 722 0.87 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 2_29 - 782 AAA_10 PF12846.2 304 9e-30 96.9 1.0 1 1 9.6e-31 1.6e-29 96.1 1.0 1 294 372 725 372 734 0.86 # 17172 # 19517 # 1 # ID=2_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.260 1_18 - 608 AAA_10 PF12846.2 304 3.1e-07 22.9 0.0 1 1 2.8e-07 4.5e-06 19.1 0.0 3 297 152 503 150 508 0.71 # 9687 # 11510 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_36 - 315 AAA_10 PF12846.2 304 1.6e-06 20.6 0.0 1 1 1.9e-07 3.1e-06 19.7 0.0 3 37 145 182 143 211 0.83 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 AAA_10 PF12846.2 304 0.00016 14.0 0.2 1 1 1.7e-05 0.00028 13.2 0.2 11 140 11 167 9 226 0.62 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_17 - 239 AAA_10 PF12846.2 304 0.00021 13.6 0.3 1 1 2e-05 0.00032 13.0 0.3 3 66 4 68 2 210 0.78 # 8959 # 9675 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.251 1_36 - 315 ResIII PF04851.10 184 4.2e-07 22.8 1.4 1 1 5.2e-09 5.1e-07 22.5 0.1 4 63 128 186 126 207 0.88 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 2_29 - 782 Zot PF05707.7 193 2.1e-05 16.9 1.0 1 2 0.087 4.3 -0.4 0.0 4 16 376 388 375 397 0.83 # 17172 # 19517 # 1 # ID=2_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.260 2_29 - 782 Zot PF05707.7 193 2.1e-05 16.9 1.0 2 2 3.1e-06 0.00015 14.1 0.2 80 136 656 709 587 758 0.84 # 17172 # 19517 # 1 # ID=2_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.260 1_33 - 817 Zot PF05707.7 193 0.00058 12.2 0.1 1 1 0.00012 0.0058 9.0 0.0 80 127 647 690 609 695 0.82 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 DUF2075 PF09848.4 352 0.0077 8.0 4.5 1 2 0.016 1.5 0.5 1.3 48 146 95 197 77 329 0.64 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_33 - 817 DUF2075 PF09848.4 352 0.0077 8.0 4.5 2 2 0.00012 0.012 7.4 0.1 5 27 458 480 456 691 0.88 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 DEAD PF00270.24 169 3.5e-09 29.2 0.2 1 1 8.2e-11 8e-09 28.1 0.0 1 65 129 194 129 241 0.80 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_18 - 608 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.3e-23 73.6 0.0 1 1 4.5e-24 1.5e-22 72.6 0.0 165 367 342 551 147 558 0.86 # 9687 # 11510 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_36 - 315 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.3e-06 18.7 0.6 1 1 1.7e-07 5.4e-06 18.0 0.1 13 52 141 182 135 192 0.85 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 0.00071 11.1 0.0 1 1 4.4e-05 0.0014 10.1 0.0 16 52 455 492 450 499 0.82 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 AAA_11 PF13086.1 236 0.00011 14.7 0.1 1 1 1.4e-06 0.00014 14.4 0.1 2 74 128 211 127 310 0.66 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.00022 14.2 0.0 1 1 4.3e-06 0.00042 13.3 0.0 11 44 133 166 128 206 0.73 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_18 - 608 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 2.9e-102 335.4 1.0 1 1 4e-104 3.9e-102 335.0 1.0 1 456 112 594 102 603 0.88 # 9687 # 11510 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 2_8 - 254 MethyltransfD12 PF02086.10 260 7.1e-31 100.4 4.0 1 1 1.2e-32 1.2e-30 99.6 4.0 1 259 12 236 12 237 0.80 # 3073 # 3834 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 1_36 - 315 Pox_A32 PF04665.7 241 0.0007 11.8 4.4 1 3 8.6e-06 0.00084 11.5 0.1 15 37 145 167 133 178 0.84 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 Pox_A32 PF04665.7 241 0.0007 11.8 4.4 2 3 0.026 2.5 0.1 0.0 191 220 173 204 164 213 0.77 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 Pox_A32 PF04665.7 241 0.0007 11.8 4.4 3 3 0.034 3.3 -0.3 0.3 162 211 258 311 254 313 0.70 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00033 13.7 0.0 1 1 1.1e-05 0.0011 12.1 0.0 1 25 146 170 146 200 0.81 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_22 - 122 tRNA_anti-codon PF01336.20 75 1e-05 18.3 0.1 1 1 2.1e-07 2e-05 17.3 0.1 1 72 5 96 5 98 0.87 # 13814 # 14179 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.262 1_10 - 228 AAA_24 PF13479.1 213 2e-06 20.4 0.3 1 1 4.5e-08 4.4e-06 19.3 0.0 11 79 9 90 4 103 0.78 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 UvrD-helicase PF00580.16 315 8.1e-05 14.8 0.2 1 1 1.5e-06 0.00015 14.0 0.2 1 39 128 168 128 184 0.78 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_36 - 315 NACHT PF05729.7 166 1.1e-05 18.1 0.0 1 1 6.4e-07 3.1e-05 16.5 0.0 3 36 146 176 144 204 0.82 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 NACHT PF05729.7 166 0.001 11.6 0.1 1 1 0.00021 0.01 8.3 0.0 4 28 458 482 456 490 0.84 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_36 - 315 AAA_25 PF13481.1 194 8.2e-06 18.2 0.0 1 1 3.8e-07 1.2e-05 17.6 0.0 20 61 130 171 119 249 0.84 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_33 - 817 AAA_25 PF13481.1 194 5.7e-05 15.4 0.2 1 1 1.1e-05 0.00036 12.8 0.0 34 59 455 482 429 507 0.78 # 21828 # 24278 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.290 1_10 - 228 AAA_25 PF13481.1 194 0.00037 12.8 0.1 1 1 5.8e-05 0.0019 10.5 0.0 42 69 10 39 5 90 0.85 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_36 - 315 AAA_28 PF13521.1 163 0.00053 12.8 0.0 1 1 8.4e-06 0.00083 12.2 0.0 2 21 146 165 145 213 0.74 # 24883 # 25827 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 1_10 - 228 APS_kinase PF01583.15 157 0.00023 13.7 0.0 1 1 1.2e-05 0.0012 11.4 0.0 11 43 10 42 2 56 0.88 # 4985 # 5668 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/66bd2169-1fd2-422f-979b-5882d18af553 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_001686885.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_001686885.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/66bd2169-1fd2-422f-979b-5882d18af553 checkm_output/bins/pGCA_001686885.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:46:01 2020 # [ok]