# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_62 - 328 Mg_chelatase PF01078.16 207 9.6e-07 22.2 0.1 1 1 2.2e-06 0.00025 14.3 0.1 24 135 33 130 24 158 0.73 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_37 - 348 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.0009 12.5 0.0 1 1 1.7e-05 0.0018 11.4 0.0 12 56 159 203 149 256 0.68 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 5_17 - 378 MipZ PF09140.6 261 7.8e-08 25.7 0.0 1 2 9.9e-09 1.1e-06 21.9 0.0 8 42 95 129 87 136 0.88 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 MipZ PF09140.6 261 7.8e-08 25.7 0.0 2 2 0.019 2.1 1.3 0.0 96 129 234 267 209 290 0.88 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 3_28 - 207 MipZ PF09140.6 261 0.00016 14.8 0.3 1 2 0.00099 0.11 5.5 0.3 2 23 4 25 3 46 0.75 # 17727 # 18347 # 1 # ID=3_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.535 3_28 - 207 MipZ PF09140.6 261 0.00016 14.8 0.3 2 2 0.00027 0.03 7.4 0.0 86 139 61 115 32 138 0.80 # 17727 # 18347 # 1 # ID=3_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.535 5_17 - 378 YhjQ PF06564.7 244 9e-08 25.7 0.0 1 2 2.8e-08 6.1e-06 19.7 0.0 10 41 96 127 90 138 0.95 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 YhjQ PF06564.7 244 9e-08 25.7 0.0 2 2 0.002 0.45 3.8 0.0 114 155 233 274 205 283 0.78 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 2_8 - 347 DEAD_2 PF06733.10 174 0.0004 13.8 0.5 1 1 2.8e-06 0.00061 13.2 0.5 8 98 47 138 43 153 0.65 # 5563 # 6603 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.394 1_62 - 328 AAA_2 PF07724.9 171 1.3e-05 19.2 0.0 1 1 1.2e-07 2.6e-05 18.2 0.0 5 105 33 127 31 186 0.77 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_3 - 917 AAA_22 PF13401.1 131 2.5e-05 18.5 0.0 1 1 1.3e-05 0.00059 14.0 0.0 7 37 538 576 533 637 0.83 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 4_4 - 647 AAA_22 PF13401.1 131 5.6e-05 17.3 0.0 1 2 0.00047 0.021 9.0 0.0 8 29 175 196 170 220 0.81 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 4_4 - 647 AAA_22 PF13401.1 131 5.6e-05 17.3 0.0 2 2 0.0066 0.29 5.3 0.0 77 101 347 370 314 388 0.74 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_38 - 450 AAA_22 PF13401.1 131 0.00016 15.9 0.0 1 1 1e-05 0.00045 14.4 0.0 5 99 170 270 166 280 0.81 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 2_27 - 141 AAA_22 PF13401.1 131 0.00017 15.8 0.0 1 1 5.6e-06 0.00025 15.2 0.0 14 99 50 136 38 140 0.62 # 19871 # 20293 # -1 # ID=2_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.515 1_62 - 328 AAA_22 PF13401.1 131 0.0016 12.7 0.1 1 1 0.00049 0.022 9.0 0.1 7 48 34 69 31 157 0.65 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_37 - 348 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00074 13.1 0.0 1 1 5.6e-06 0.0012 12.4 0.0 2 23 175 196 174 204 0.86 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 4_35 - 153 ChlI PF13541.1 121 0.00037 14.0 0.2 1 1 2.1e-06 0.00048 13.7 0.2 19 107 10 109 2 116 0.72 # 21053 # 21511 # -1 # ID=4_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.564 5_17 - 378 SRP54 PF00448.17 196 0.0023 11.4 0.1 1 1 2.7e-05 0.0059 10.1 0.0 7 38 94 125 88 129 0.88 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 1_38 - 450 AAA_17 PF13207.1 121 6.9e-05 17.7 0.0 1 1 1.8e-06 0.00039 15.3 0.0 8 77 177 230 170 285 0.61 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 3_3 - 917 Miro PF08477.8 119 0.0015 13.0 0.0 1 1 2e-05 0.0045 11.5 0.0 3 63 539 601 537 610 0.71 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 2_27 - 141 MobB PF03205.9 140 0.00067 13.4 0.1 1 1 1.4e-05 0.0011 12.8 0.1 4 42 44 81 41 123 0.82 # 19871 # 20293 # -1 # ID=2_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.515 5_17 - 378 MobB PF03205.9 140 0.00084 13.1 0.0 1 1 2.1e-05 0.0015 12.2 0.0 4 42 92 130 89 134 0.86 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 3_37 - 348 MobB PF03205.9 140 0.0025 11.6 0.1 1 1 6.3e-05 0.0046 10.7 0.1 2 34 171 202 170 208 0.78 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 4_34 - 71 Prok_Ub PF14454.1 65 5.7e-13 42.4 0.0 1 1 3e-15 6.7e-13 42.2 0.0 5 61 7 63 3 67 0.95 # 20829 # 21041 # -1 # ID=4_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.531 5_17 - 378 LpxK PF02606.9 326 9.2e-05 15.5 0.0 1 1 6.2e-07 0.00014 14.9 0.0 33 72 84 123 62 136 0.77 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 4_26 - 157 NAD_synthase PF02540.12 242 7.2e-05 15.8 0.1 1 2 6.7e-07 0.00015 14.7 0.0 18 71 47 100 32 124 0.79 # 14983 # 15453 # -1 # ID=4_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 4_26 - 157 NAD_synthase PF02540.12 242 7.2e-05 15.8 0.1 2 2 0.055 12 -1.4 0.0 27 43 116 132 95 147 0.72 # 14983 # 15453 # -1 # ID=4_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 5_17 - 378 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9e-10 32.0 0.0 1 2 5e-09 1.1e-06 21.9 0.0 6 40 93 127 88 170 0.89 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9e-10 32.0 0.0 2 2 0.00011 0.025 7.6 0.0 122 139 232 249 228 288 0.91 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 PhoH PF02562.11 205 0.00067 12.9 0.0 1 1 5.3e-06 0.0012 12.1 0.0 21 69 90 138 74 151 0.81 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 1_62 - 328 MCM PF00493.18 331 0.00053 12.8 0.0 1 1 4.9e-06 0.0011 11.8 0.0 58 172 32 150 21 174 0.75 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_37 - 348 T2SE PF00437.15 272 1.7e-54 178.5 0.0 1 1 9.3e-57 2.1e-54 178.3 0.0 8 265 27 319 20 324 0.92 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 5_17 - 378 VirC1 PF07015.6 231 0.00019 14.6 0.0 1 2 8.7e-05 0.019 8.0 0.0 9 39 95 125 87 130 0.87 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 VirC1 PF07015.6 231 0.00019 14.6 0.0 2 2 0.0012 0.28 4.2 0.0 80 116 233 269 221 291 0.89 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 Fer4_NifH PF00142.13 273 1.5e-06 21.6 0.0 1 1 1.2e-08 2.6e-06 20.8 0.0 7 44 95 132 88 136 0.92 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 1_38 - 450 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00018 15.3 0.0 1 1 2.5e-06 0.00028 14.7 0.0 30 131 178 271 162 278 0.69 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 3_3 - 917 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00048 13.9 2.0 1 1 7.6e-06 0.00084 13.1 0.0 24 66 539 581 531 657 0.70 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 4_4 - 647 AAA_16 PF13191.1 185 6.7e-05 17.0 0.1 1 1 1.2e-06 0.00026 15.1 0.0 24 65 171 212 154 264 0.77 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 3_3 - 917 AAA_23 PF13476.1 202 0.005 11.2 4.7 1 2 0.049 11 0.3 1.1 91 124 228 261 155 409 0.48 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 3_3 - 917 AAA_23 PF13476.1 202 0.005 11.2 4.7 2 2 1.7e-05 0.0038 11.6 0.1 15 63 523 581 516 668 0.63 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 5_17 - 378 CbiA PF01656.18 195 7.8e-25 81.4 0.0 1 1 5.2e-27 1.2e-24 80.9 0.0 5 170 94 315 90 336 0.76 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 3_37 - 348 AAA_29 PF13555.1 62 0.00026 14.6 0.0 1 1 2.2e-06 0.00048 13.7 0.0 22 41 168 187 147 198 0.80 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 1_62 - 328 AAA PF00004.24 132 2.2e-06 21.9 0.0 1 1 5.7e-08 4.2e-06 21.0 0.0 1 130 34 168 34 170 0.72 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_3 - 917 AAA PF00004.24 132 0.00054 14.2 0.8 1 2 0.00017 0.013 9.8 0.0 2 24 539 565 538 594 0.74 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 3_3 - 917 AAA PF00004.24 132 0.00054 14.2 0.8 2 2 0.048 3.6 1.8 0.0 59 123 753 805 741 812 0.78 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 2_27 - 141 AAA PF00004.24 132 0.0014 12.9 0.1 1 1 2.8e-05 0.0021 12.3 0.1 9 70 51 136 43 139 0.69 # 19871 # 20293 # -1 # ID=2_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.515 4_27 - 373 PAPS_reduct PF01507.14 174 3.8e-08 27.4 0.2 1 1 1.3e-09 1.4e-07 25.5 0.1 77 172 173 280 150 282 0.81 # 15578 # 16696 # -1 # ID=4_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.559 4_26 - 157 PAPS_reduct PF01507.14 174 1.4e-06 22.3 0.0 1 1 1.8e-08 2e-06 21.8 0.0 1 50 49 108 49 130 0.76 # 14983 # 15453 # -1 # ID=4_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 1_62 - 328 Sigma54_activat PF00158.21 168 2.9e-60 196.6 0.1 1 1 3.1e-62 6.9e-60 195.4 0.0 18 168 27 176 14 176 0.94 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_37 - 348 DUF258 PF03193.11 161 0.0015 11.8 0.0 1 1 1e-05 0.0023 11.1 0.0 33 66 166 200 138 235 0.77 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 3_35 - 610 TraG-D_C PF12696.2 128 2e-21 70.2 0.1 1 2 0.049 11 -0.0 0.0 68 97 212 241 204 250 0.69 # 22761 # 24590 # -1 # ID=3_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.462 3_35 - 610 TraG-D_C PF12696.2 128 2e-21 70.2 0.1 2 2 7.2e-23 1.6e-20 67.3 0.1 3 127 420 538 418 539 0.88 # 22761 # 24590 # -1 # ID=3_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.462 5_17 - 378 AAA_31 PF13614.1 157 6e-07 23.5 0.0 1 2 1.9e-07 4.3e-05 17.5 0.0 7 46 94 133 88 178 0.88 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 5_17 - 378 AAA_31 PF13614.1 157 6e-07 23.5 0.0 2 2 0.0031 0.7 3.8 0.0 117 154 236 272 229 275 0.87 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 1_62 - 328 AAA_33 PF13671.1 143 0.0021 12.0 0.1 1 2 6.4e-05 0.014 9.3 0.1 3 24 35 56 34 183 0.76 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_62 - 328 AAA_33 PF13671.1 143 0.0021 12.0 0.1 2 2 0.044 9.8 0.1 0.0 89 115 269 297 231 299 0.79 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 4_4 - 647 AAA_30 PF13604.1 196 1.6e-08 28.4 0.1 1 1 2e-10 4.5e-08 26.9 0.0 2 68 155 219 154 241 0.90 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 3_37 - 348 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 4.6e-05 17.0 0.0 1 1 3e-07 6.7e-05 16.4 0.0 8 60 139 191 133 198 0.77 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 3_37 - 348 ABC_tran PF00005.22 137 1.3e-05 19.6 0.0 1 1 2.1e-07 2.3e-05 18.7 0.0 4 46 162 204 160 232 0.84 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 1_38 - 450 ABC_tran PF00005.22 137 0.00044 14.6 0.0 1 1 7.5e-06 0.00083 13.7 0.0 8 37 165 194 160 251 0.88 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 1_38 - 450 ATP-synt_ab PF00006.20 215 1.2e-69 228.2 0.0 1 1 6.9e-72 1.5e-69 227.8 0.0 1 215 154 364 154 364 1.00 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 4_4 - 647 AAA_19 PF13245.1 76 4.9e-07 23.5 0.1 1 1 1.6e-08 1.2e-06 22.3 0.1 2 72 165 227 164 232 0.73 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_38 - 450 AAA_19 PF13245.1 76 5.9e-05 16.8 0.2 1 1 3.4e-06 0.00025 14.8 0.2 2 62 158 243 157 283 0.81 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 5_17 - 378 AAA_19 PF13245.1 76 0.0015 12.3 0.0 1 1 5e-05 0.0037 11.1 0.0 20 48 98 122 96 136 0.87 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 3_3 - 917 AAA_10 PF12846.2 304 1.2e-30 100.9 0.1 1 2 0.097 21 -1.7 0.0 144 178 223 275 156 284 0.62 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 3_3 - 917 AAA_10 PF12846.2 304 1.2e-30 100.9 0.1 2 2 1.6e-32 3.6e-30 99.4 0.0 2 295 536 827 535 836 0.87 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 4_30 - 258 ThiF PF00899.16 136 1.3e-12 41.8 0.0 1 1 1.2e-14 2.6e-12 40.8 0.0 4 133 26 164 23 166 0.89 # 17895 # 18668 # -1 # ID=4_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 3_37 - 348 ResIII PF04851.10 184 0.0004 14.3 0.0 1 1 5.2e-06 0.00057 13.8 0.0 9 70 155 216 140 256 0.70 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 4_4 - 647 ResIII PF04851.10 184 0.0011 12.8 0.0 1 2 0.00067 0.074 6.9 0.0 25 65 171 212 151 240 0.79 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 4_4 - 647 ResIII PF04851.10 184 0.0011 12.8 0.0 2 2 0.0067 0.75 3.6 0.0 143 158 354 369 314 375 0.82 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 4_4 - 647 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.4e-07 23.1 0.1 1 2 2.3e-06 0.00026 14.6 0.0 1 34 174 204 174 227 0.77 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 4_4 - 647 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.4e-07 23.1 0.1 2 2 0.001 0.11 5.9 0.0 55 125 348 419 319 435 0.71 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 3_37 - 348 Viral_helicase1 PF01443.13 234 0.0015 12.0 0.0 1 1 2.4e-05 0.0027 11.2 0.0 1 23 172 197 172 229 0.72 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 3_35 - 610 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 2e-17 56.9 0.0 1 2 0.00025 0.028 7.0 0.0 43 125 164 258 140 268 0.72 # 22761 # 24590 # -1 # ID=3_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.462 3_35 - 610 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 2e-17 56.9 0.0 2 2 1e-16 1.1e-14 47.8 0.0 200 381 370 553 313 556 0.87 # 22761 # 24590 # -1 # ID=3_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.462 3_37 - 348 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 0.00099 11.8 0.2 1 1 1.4e-05 0.0015 11.2 0.2 17 38 171 192 162 205 0.86 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 4_4 - 647 AAA_11 PF13086.1 236 0.00087 12.9 0.1 1 2 0.00024 0.053 7.1 0.0 19 43 173 197 154 263 0.65 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 4_4 - 647 AAA_11 PF13086.1 236 0.00087 12.9 0.1 2 2 0.0029 0.65 3.5 0.1 191 228 351 392 339 392 0.73 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_62 - 328 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 3.9e-19 63.1 0.0 1 1 4.7e-21 1e-18 61.7 0.0 23 138 33 180 17 180 0.89 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 3_35 - 610 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 2.7e-104 343.3 0.0 1 1 2.3e-106 5.2e-104 342.4 0.0 2 466 101 579 100 583 0.91 # 22761 # 24590 # -1 # ID=3_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.462 3_37 - 348 Pox_A32 PF04665.7 241 0.00026 14.4 0.0 1 1 1.8e-06 0.0004 13.7 0.0 16 46 172 202 160 227 0.75 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 4_4 - 647 PIF1 PF05970.9 364 5.8e-05 16.1 0.0 1 1 3.9e-07 8.6e-05 15.6 0.0 2 56 155 205 154 218 0.86 # 1740 # 3680 # 1 # ID=4_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 3_37 - 348 UPF0079 PF02367.12 123 0.00054 13.7 0.1 1 1 4.6e-06 0.001 12.8 0.1 8 37 162 191 155 201 0.81 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 1_38 - 450 NACHT PF05729.7 166 0.00096 12.9 0.0 1 2 5.9e-05 0.013 9.2 0.0 9 25 177 193 172 199 0.89 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 1_38 - 450 NACHT PF05729.7 166 0.00096 12.9 0.0 2 2 0.02 4.5 0.9 0.0 81 115 258 304 204 318 0.71 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 1_38 - 450 AAA_25 PF13481.1 194 5.8e-06 19.8 0.8 1 1 8.3e-07 4.6e-05 16.9 0.2 29 157 164 273 140 281 0.63 # 33134 # 34483 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.650 3_3 - 917 AAA_25 PF13481.1 194 0.00024 14.5 0.0 1 1 8.6e-06 0.00048 13.6 0.0 36 180 538 683 534 699 0.70 # 939 # 3689 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 3_37 - 348 AAA_25 PF13481.1 194 0.0005 13.5 0.0 1 1 1.7e-05 0.00096 12.6 0.0 32 57 168 193 158 213 0.89 # 25057 # 26100 # -1 # ID=3_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.497 5_17 - 378 AAA_25 PF13481.1 194 0.0011 12.5 0.0 1 1 5.8e-05 0.0032 10.9 0.0 18 65 73 121 58 131 0.70 # 8139 # 9272 # -1 # ID=5_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.479 1_62 - 328 AAA_5 PF07728.9 139 4.4e-11 36.7 0.0 1 1 3.3e-13 7.4e-11 36.0 0.0 1 98 33 134 33 161 0.79 # 50738 # 51721 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/9ba1bcbc-b240-46d4-afa5-13b33635ec36 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_001647715.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_001647715.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/9ba1bcbc-b240-46d4-afa5-13b33635ec36 checkm_output/bins/pGCA_001647715.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:45:00 2020 # [ok]