# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_36 - 229 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.018 7.0 9.2 1 3 0.065 3.1 -0.2 0.0 21 44 34 57 29 61 0.80 # 25573 # 26259 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.689 1_36 - 229 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.018 7.0 9.2 2 3 0.00082 0.039 5.9 4.6 35 102 88 156 65 165 0.71 # 25573 # 26259 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.689 1_36 - 229 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.018 7.0 9.2 3 3 0.0012 0.055 5.4 6.3 38 100 116 182 89 186 0.63 # 25573 # 26259 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.689 1_42 - 211 IstB_IS21 PF01695.12 178 6.9e-05 14.1 0.6 1 1 7.7e-06 0.00036 11.8 0.6 56 80 12 36 5 96 0.90 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 MipZ PF09140.6 261 4.7e-14 43.9 0.2 1 2 3.5e-09 8.2e-08 23.4 0.0 3 42 3 42 1 51 0.88 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 MipZ PF09140.6 261 4.7e-14 43.9 0.2 2 2 1.2e-07 2.8e-06 18.4 0.0 89 135 67 113 62 152 0.78 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 MipZ PF09140.6 261 4.2e-10 30.9 1.5 1 2 5.9e-08 1.4e-06 19.4 0.3 2 46 4 48 3 57 0.89 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 MipZ PF09140.6 261 4.2e-10 30.9 1.5 2 2 4.1e-05 0.00096 10.1 0.0 89 130 70 111 50 121 0.79 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 YhjQ PF06564.7 244 4.2e-10 31.2 0.6 1 2 3.6e-08 8.4e-07 20.4 0.1 4 41 3 40 1 44 0.91 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 YhjQ PF06564.7 244 4.2e-10 31.2 0.6 2 2 0.00011 0.0025 9.0 0.0 108 229 69 198 63 206 0.65 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 YhjQ PF06564.7 244 0.00013 13.2 0.2 1 2 0.0039 0.092 3.8 0.2 4 38 5 39 1 43 0.81 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 YhjQ PF06564.7 244 0.00013 13.2 0.2 2 2 0.00034 0.0081 7.3 0.0 102 144 64 106 51 114 0.88 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_11 - 890 DUF87 PF01935.12 229 0.00017 13.2 0.2 1 1 1.7e-05 0.00079 11.1 0.0 19 45 517 543 514 556 0.87 # 7017 # 9686 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 1_11 - 890 AAA_22 PF13401.1 131 0.0001 14.3 0.0 1 1 2.1e-05 0.0005 12.1 0.0 4 99 521 621 516 641 0.65 # 7017 # 9686 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 1_42 - 211 AAA_22 PF13401.1 131 0.00022 13.2 0.0 1 1 2e-05 0.00047 12.2 0.0 14 94 13 86 5 103 0.65 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 SRP54 PF00448.17 196 2.8e-05 15.5 0.0 1 1 1.9e-06 4.4e-05 14.8 0.0 10 40 10 40 1 90 0.80 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 SRP54 PF00448.17 196 4.7e-05 14.7 0.5 1 1 3.4e-06 8e-05 14.0 0.5 11 95 13 91 3 104 0.79 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 AAA_17 PF13207.1 121 1.5e-06 21.0 0.0 1 1 2.1e-07 3.3e-06 19.8 0.0 9 87 13 101 11 129 0.58 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_39 - 396 AAA_17 PF13207.1 121 1.3e-05 17.8 1.6 1 1 3.9e-06 6.1e-05 15.7 1.0 2 111 37 161 36 299 0.75 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 1_4 - 210 AAA_17 PF13207.1 121 5.3e-05 15.9 0.0 1 1 5e-06 7.8e-05 15.4 0.0 9 78 11 99 10 165 0.66 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 MobB PF03205.9 140 1e-07 23.6 0.0 1 1 8.6e-09 2e-07 22.6 0.0 2 113 4 100 3 121 0.73 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 MobB PF03205.9 140 0.00029 12.4 0.0 1 1 2.6e-05 0.00062 11.3 0.0 10 75 11 61 1 124 0.70 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 ArsA_ATPase PF02374.10 305 6.6e-10 30.3 0.7 1 2 1.2e-10 2.9e-09 28.2 0.1 7 43 7 43 1 62 0.88 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 ArsA_ATPase PF02374.10 305 6.6e-10 30.3 0.7 2 2 0.056 1.3 -0.3 0.0 124 136 74 86 57 91 0.81 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 ArsA_ATPase PF02374.10 305 7.9e-06 16.9 0.5 1 2 2.4e-06 5.6e-05 14.1 0.4 4 34 6 36 3 41 0.86 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 ArsA_ATPase PF02374.10 305 7.9e-06 16.9 0.5 2 2 0.029 0.69 0.6 0.0 107 134 56 87 41 142 0.82 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_19 - 341 T2SE PF00437.15 272 1.2e-70 229.3 0.0 1 1 2.9e-72 1.4e-70 229.1 0.0 4 269 13 323 10 326 0.96 # 14579 # 15601 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 1_4 - 210 Methyltransf_24 PF13578.1 106 2e-05 17.3 0.1 1 1 2.1e-06 5e-05 16.0 0.0 11 85 18 92 10 104 0.74 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 Methyltransf_24 PF13578.1 106 3.5e-05 16.5 0.1 1 1 3.3e-06 7.8e-05 15.4 0.1 8 95 15 105 11 112 0.59 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_39 - 396 Zeta_toxin PF06414.7 201 6.1e-66 213.1 0.3 1 1 1.9e-67 9.1e-66 212.6 0.3 2 200 22 217 21 218 0.99 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 1_4 - 210 VirC1 PF07015.6 231 7.6e-09 26.7 0.1 1 1 2.9e-09 6.8e-08 23.6 0.1 7 189 6 181 1 203 0.72 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 VirC1 PF07015.6 231 4.2e-06 17.8 0.1 1 1 3.1e-07 7.4e-06 17.0 0.1 3 128 4 124 2 182 0.84 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 Fer4_NifH PF00142.13 273 1.1e-07 23.1 0.2 1 2 2e-07 9.3e-06 16.8 0.0 8 39 9 40 4 46 0.93 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 Fer4_NifH PF00142.13 273 1.1e-07 23.1 0.2 2 2 0.0012 0.057 4.4 0.2 142 244 99 203 93 208 0.75 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 AAA_16 PF13191.1 185 1.7e-05 16.7 0.2 1 2 1.9e-05 0.00045 12.1 0.0 34 69 11 47 9 77 0.84 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 AAA_16 PF13191.1 185 1.7e-05 16.7 0.2 2 2 0.011 0.27 3.0 0.1 51 120 94 179 87 208 0.64 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_39 - 396 AAA_16 PF13191.1 185 5.3e-05 15.1 0.1 1 1 4.8e-06 0.00011 14.0 0.1 17 98 26 104 17 355 0.88 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 1_42 - 211 AAA_18 PF13238.1 129 6.1e-05 15.2 0.0 1 1 4.4e-06 0.0001 14.5 0.0 8 40 13 50 11 98 0.67 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_39 - 396 AAA_18 PF13238.1 129 0.00016 13.9 0.0 1 1 5.5e-05 0.0013 10.9 0.0 1 33 37 78 37 147 0.69 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 1_36 - 229 AAA_13 PF13166.1 712 1.2e-05 15.7 2.8 1 1 2.8e-07 1.3e-05 15.6 2.8 360 470 72 181 10 189 0.84 # 25573 # 26259 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.689 1_4 - 210 CbiA PF01656.18 195 6.1e-34 108.9 0.2 1 1 1.3e-34 2e-33 107.2 0.2 4 158 6 142 3 176 0.78 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 CbiA PF01656.18 195 1.6e-19 61.9 0.4 1 1 3e-20 4.6e-19 60.4 0.4 1 174 5 159 5 175 0.77 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_30 - 236 CbiA PF01656.18 195 5.1e-07 21.1 0.1 1 2 0.0013 0.02 6.1 0.0 1 20 3 22 3 24 0.90 # 21820 # 22527 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.559 1_30 - 236 CbiA PF01656.18 195 5.1e-07 21.1 0.1 2 2 1e-05 0.00016 13.0 0.1 118 168 94 144 30 177 0.90 # 21820 # 22527 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.559 1_36 - 229 KaiC PF06745.8 227 0.00054 10.9 1.2 1 1 1.6e-05 0.00074 10.5 0.7 66 127 92 157 81 195 0.76 # 25573 # 26259 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.689 1_11 - 890 AAA_29 PF13555.1 62 9.4e-05 13.8 0.2 1 2 6.6e-05 0.0031 9.0 0.0 15 45 514 543 508 549 0.79 # 7017 # 9686 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 1_11 - 890 AAA_29 PF13555.1 62 9.4e-05 13.8 0.2 2 2 0.01 0.47 2.0 0.1 4 15 663 675 661 682 0.78 # 7017 # 9686 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 1_42 - 211 AAA PF00004.24 132 9.4e-05 14.5 0.0 1 1 3.8e-06 0.00018 13.6 0.0 8 35 13 40 7 87 0.78 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 AAA_31 PF13614.1 157 1.6e-12 39.5 0.0 1 2 2.2e-10 5.3e-09 28.0 0.0 2 42 2 42 1 46 0.90 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_4 - 210 AAA_31 PF13614.1 157 1.6e-12 39.5 0.0 2 2 0.00012 0.0028 9.5 0.0 111 154 70 112 61 115 0.85 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 AAA_31 PF13614.1 157 6.1e-09 27.8 0.0 1 2 1.8e-07 4.2e-06 18.6 0.0 2 43 4 45 3 65 0.85 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 AAA_31 PF13614.1 157 6.1e-09 27.8 0.0 2 2 0.00048 0.011 7.5 0.0 103 150 63 111 56 116 0.83 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_39 - 396 AAA_33 PF13671.1 143 1.2e-06 20.3 2.0 1 3 6e-08 2.8e-06 19.1 0.1 2 123 37 165 36 184 0.78 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 1_39 - 396 AAA_33 PF13671.1 143 1.2e-06 20.3 2.0 2 3 0.042 2 0.1 0.3 105 121 249 265 178 285 0.59 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 1_39 - 396 AAA_33 PF13671.1 143 1.2e-06 20.3 2.0 3 3 0.081 3.8 -0.8 0.1 71 96 252 280 241 301 0.65 # 28198 # 29385 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.631 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 1 8 0.0013 0.012 7.3 0.0 21 51 17 49 15 59 0.76 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 2 8 0.005 0.047 5.4 0.0 22 51 52 83 49 93 0.72 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 3 8 0.00059 0.0056 8.4 0.0 21 52 85 118 82 127 0.80 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 4 8 0.0037 0.035 5.8 0.0 22 51 120 151 119 161 0.72 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 5 8 0.0039 0.036 5.7 0.0 22 51 154 185 151 194 0.75 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 6 8 0.0017 0.016 6.9 0.0 22 52 188 220 185 229 0.78 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 7 8 0.0019 0.018 6.7 0.0 22 52 222 254 219 262 0.79 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 2_1 - 290 RBD PF02196.10 71 9e-17 52.5 3.5 8 8 0.01 0.096 4.4 0.0 22 44 256 278 252 289 0.75 # 2 # 871 # 1 # ID=2_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 3_1 - 154 RBD PF02196.10 71 4e-10 31.2 0.3 1 4 0.0014 0.014 7.1 0.0 22 51 18 49 15 58 0.75 # 1 # 462 # -1 # ID=3_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.686 3_1 - 154 RBD PF02196.10 71 4e-10 31.2 0.3 2 4 0.00058 0.0055 8.4 0.0 22 52 52 84 48 93 0.78 # 1 # 462 # -1 # ID=3_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.686 3_1 - 154 RBD PF02196.10 71 4e-10 31.2 0.3 3 4 0.0006 0.0057 8.3 0.0 22 52 86 118 83 127 0.78 # 1 # 462 # -1 # ID=3_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.686 3_1 - 154 RBD PF02196.10 71 4e-10 31.2 0.3 4 4 0.0039 0.037 5.7 0.0 22 44 120 142 115 153 0.76 # 1 # 462 # -1 # ID=3_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.686 4_1 - 131 RBD PF02196.10 71 6e-09 27.5 0.1 1 3 0.00035 0.0033 9.1 0.0 21 52 17 50 15 59 0.76 # 2 # 394 # 1 # ID=4_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 4_1 - 131 RBD PF02196.10 71 6e-09 27.5 0.1 2 3 0.0016 0.015 7.0 0.0 22 51 52 83 48 92 0.73 # 2 # 394 # 1 # ID=4_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 4_1 - 131 RBD PF02196.10 71 6e-09 27.5 0.1 3 3 0.00016 0.0015 10.2 0.0 21 52 85 118 82 127 0.80 # 2 # 394 # 1 # ID=4_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.687 5_1 - 110 RBD PF02196.10 71 2.7e-08 25.4 0.1 1 3 0.00029 0.0027 9.4 0.0 21 51 17 49 15 58 0.77 # 1 # 330 # -1 # ID=5_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.685 5_1 - 110 RBD PF02196.10 71 2.7e-08 25.4 0.1 2 3 0.0009 0.0084 7.8 0.0 22 55 52 85 47 93 0.73 # 1 # 330 # -1 # ID=5_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.685 5_1 - 110 RBD PF02196.10 71 2.7e-08 25.4 0.1 3 3 0.0013 0.013 7.2 0.0 21 40 85 104 83 109 0.89 # 1 # 330 # -1 # ID=5_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.685 1_1 - 434 RBD PF02196.10 71 2.1e-06 19.3 0.1 1 3 0.0032 0.03 6.0 0.0 22 52 18 50 15 58 0.79 # 2 # 1303 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.654 1_1 - 434 RBD PF02196.10 71 2.1e-06 19.3 0.1 2 3 0.0063 0.059 5.1 0.0 22 50 52 82 48 92 0.75 # 2 # 1303 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.654 1_1 - 434 RBD PF02196.10 71 2.1e-06 19.3 0.1 3 3 0.0048 0.045 5.4 0.0 22 51 86 117 82 130 0.73 # 2 # 1303 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.654 1_4 - 210 AAA_19 PF13245.1 76 1.7e-05 16.4 0.1 1 1 3.4e-06 7.9e-05 14.3 0.0 20 56 11 45 9 63 0.88 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 AAA_19 PF13245.1 76 0.00024 12.7 3.4 1 2 0.0027 0.062 5.0 0.7 20 56 13 48 11 69 0.71 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 AAA_19 PF13245.1 76 0.00024 12.7 3.4 2 2 0.00038 0.009 7.7 0.1 2 37 73 107 69 133 0.80 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_11 - 890 AAA_10 PF12846.2 304 7e-20 63.4 0.0 1 1 6.4e-21 1.5e-19 62.3 0.0 2 303 522 802 521 803 0.87 # 7017 # 9686 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 1_4 - 210 AAA_10 PF12846.2 304 2.6e-05 15.6 0.0 1 1 1.5e-06 3.6e-05 15.1 0.0 11 51 11 53 9 137 0.90 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_36 - 229 DUF3584 PF12128.3 1201 0.059 2.4 22.3 1 1 0.0024 0.11 1.5 22.2 414 533 63 185 22 209 0.58 # 25573 # 26259 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.689 1_42 - 211 ArgK PF03308.11 267 1.6e-05 15.6 0.3 1 1 5.4e-06 0.00013 12.6 0.3 37 84 11 55 2 123 0.82 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 ArgK PF03308.11 267 9.9e-05 13.0 0.0 1 1 1e-05 0.00024 11.7 0.0 37 68 9 40 1 46 0.85 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_30 - 236 GTP_EFTU PF00009.22 188 0.00049 11.4 0.9 1 2 0.00015 0.007 7.6 0.2 14 132 12 134 3 149 0.53 # 21820 # 22527 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.559 1_30 - 236 GTP_EFTU PF00009.22 188 0.00049 11.4 0.9 2 2 0.067 3.1 -1.0 0.0 19 59 172 213 168 227 0.71 # 21820 # 22527 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.559 1_4 - 210 AAA_24 PF13479.1 213 5.9e-05 14.5 0.0 1 1 2.3e-06 0.00011 13.7 0.0 11 84 9 92 5 101 0.71 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_42 - 211 AAA_25 PF13481.1 194 1.5e-06 19.5 1.1 1 1 2.4e-06 3.7e-05 15.0 1.1 41 161 11 98 4 111 0.71 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_4 - 210 AAA_25 PF13481.1 194 1e-05 16.8 0.5 1 1 2.3e-06 3.6e-05 15.0 0.1 41 85 9 43 3 107 0.61 # 1891 # 2520 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.648 1_11 - 890 AAA_25 PF13481.1 194 0.00021 12.5 0.0 1 1 6.2e-05 0.00098 10.4 0.0 28 139 518 627 497 633 0.62 # 7017 # 9686 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 1_42 - 211 AAA_28 PF13521.1 163 3.7e-05 15.6 0.8 1 2 0.00021 0.0098 7.7 0.2 9 23 13 31 12 94 0.78 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_42 - 211 AAA_28 PF13521.1 163 3.7e-05 15.6 0.8 2 2 0.00043 0.02 6.7 0.0 50 94 133 180 69 201 0.79 # 30068 # 30700 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/70d09e74-6037-4f4b-829d-d2001cd8addf # Target file: checkm_output/bins/pGCA_001610915.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_001610915.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/70d09e74-6037-4f4b-829d-d2001cd8addf checkm_output/bins/pGCA_001610915.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:44:42 2020 # [ok]