# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_25 - 206 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.00026 12.6 4.5 1 1 1.4e-05 0.00055 11.5 4.5 26 73 32 79 22 90 0.74 # 19422 # 20039 # 1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.409 1_1 - 443 Saccharop_dh PF03435.13 386 0.0002 11.9 0.4 1 2 0.00014 0.0055 7.2 0.1 2 33 7 36 7 47 0.91 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Saccharop_dh PF03435.13 386 0.0002 11.9 0.4 2 2 0.0056 0.21 1.9 0.0 2 31 162 189 161 206 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_22 - 673 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00025 12.0 0.1 1 3 0.00011 0.004 8.1 0.0 33 61 252 284 220 302 0.68 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00025 12.0 0.1 2 3 0.074 2.8 -1.2 0.1 91 118 359 386 350 393 0.76 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00025 12.0 0.1 3 3 0.044 1.7 -0.4 0.0 112 151 503 542 488 560 0.76 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_7 - 264 MipZ PF09140.6 261 1.2e-07 22.5 0.1 1 1 1.1e-08 4e-07 20.8 0.0 2 129 3 148 2 176 0.63 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_7 - 264 YhjQ PF06564.7 244 2.4e-08 25.1 0.0 1 1 1.8e-09 6.7e-08 23.7 0.0 1 149 1 149 1 163 0.73 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_1 - 443 3HCDH_N PF02737.13 180 7.1e-09 27.1 0.0 1 2 0.00015 0.0057 7.8 0.0 4 34 8 38 5 102 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 3HCDH_N PF02737.13 180 7.1e-09 27.1 0.0 2 2 2.4e-07 9e-06 17.0 0.0 3 56 162 215 160 237 0.82 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 GIDA PF01134.17 392 1.5e-05 15.5 1.4 1 3 1.9e-05 0.0007 10.0 0.3 3 47 7 55 5 91 0.88 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 GIDA PF01134.17 392 1.5e-05 15.5 1.4 2 3 0.0019 0.071 3.4 0.0 2 36 161 195 160 236 0.75 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 GIDA PF01134.17 392 1.5e-05 15.5 1.4 3 3 0.087 3.3 -2.1 0.0 347 366 281 299 271 301 0.86 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 2.5e-34 110.4 3.1 1 3 7.8e-20 3e-18 57.9 0.1 3 159 7 165 5 165 0.82 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 2.5e-34 110.4 3.1 2 3 1.1e-09 4.2e-08 24.8 0.1 2 124 161 260 160 266 0.78 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 2.5e-34 110.4 3.1 3 3 1e-11 3.9e-10 31.4 0.1 163 198 263 299 260 301 0.90 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_22 - 673 DUF87 PF01935.12 229 1.4e-08 26.4 2.5 1 2 0.032 1.2 0.4 0.4 128 198 115 181 80 199 0.51 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 DUF87 PF01935.12 229 1.4e-08 26.4 2.5 2 2 3.6e-10 1.4e-08 26.4 2.5 16 224 263 482 255 486 0.66 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 AAA_22 PF13401.1 131 2.3e-06 19.4 0.2 1 2 1.8e-05 0.00034 12.3 0.1 8 104 274 369 268 389 0.69 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 AAA_22 PF13401.1 131 2.3e-06 19.4 0.2 2 2 0.0078 0.15 3.8 0.0 70 108 484 521 454 550 0.70 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_7 - 264 AAA_22 PF13401.1 131 6.2e-05 14.7 0.1 1 1 2.3e-05 0.00043 12.0 0.0 14 53 12 46 5 54 0.87 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_27 - 157 tRNA_anti-like PF12869.2 144 2e-05 15.7 0.0 1 1 9e-07 3.4e-05 14.9 0.0 6 57 70 136 67 141 0.89 # 20395 # 20865 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.397 1_1 - 443 NAD_binding_7 PF13241.1 103 7.6e-08 24.2 0.1 1 2 1.4e-05 0.00055 11.8 0.0 7 45 3 66 1 125 0.65 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 NAD_binding_7 PF13241.1 103 7.6e-08 24.2 0.1 2 2 4.8e-05 0.0018 10.1 0.0 6 58 157 222 154 282 0.75 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_22 - 673 AAA_17 PF13207.1 121 0.0031 9.9 5.9 1 1 0.0026 0.097 5.1 5.9 3 16 274 287 274 603 0.94 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_7 - 264 MobB PF03205.9 140 6.3e-05 14.2 0.0 1 1 4.1e-06 0.00016 13.0 0.0 10 45 12 45 3 49 0.92 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_7 - 264 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.4e-11 32.7 0.2 1 1 6e-12 2.3e-10 31.5 0.0 1 49 1 50 1 131 0.77 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_1 - 443 AdoHcyase_NAD PF00670.16 162 3.3e-05 15.3 0.0 1 2 2.5e-05 0.00096 10.6 0.0 26 56 6 36 3 45 0.93 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 AdoHcyase_NAD PF00670.16 162 3.3e-05 15.3 0.0 2 2 0.012 0.46 1.8 0.0 23 56 158 191 139 194 0.86 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_13 - 277 Zeta_toxin PF06414.7 201 5e-55 177.2 0.0 1 1 1.8e-56 6.7e-55 176.8 0.0 3 198 22 213 20 216 0.95 # 8657 # 9487 # 1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.375 1_1 - 443 NAD_binding_8 PF13450.1 68 5.3e-09 27.6 0.0 1 2 5.3e-06 0.0002 13.0 0.0 1 33 8 41 8 65 0.90 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 NAD_binding_8 PF13450.1 68 5.3e-09 27.6 0.0 2 2 9.4e-06 0.00036 12.2 0.0 1 34 163 196 163 208 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 F420_oxidored PF03807.12 96 3e-07 22.4 1.0 1 2 1.3e-06 4.8e-05 15.3 0.2 4 37 8 37 5 118 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 F420_oxidored PF03807.12 96 3e-07 22.4 1.0 2 2 0.0069 0.26 3.4 0.0 3 36 162 191 160 230 0.72 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 FAD_binding_3 PF01494.14 356 5.2e-07 20.5 0.8 1 2 3.5e-06 0.00013 12.5 0.1 5 35 7 37 4 42 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 FAD_binding_3 PF01494.14 356 5.2e-07 20.5 0.8 2 2 0.00048 0.018 5.5 0.0 4 32 161 189 158 196 0.91 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_7 - 264 VirC1 PF07015.6 231 2.1e-09 28.3 0.0 1 2 1.7e-09 6.5e-08 23.4 0.0 1 46 1 46 1 59 0.92 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_7 - 264 VirC1 PF07015.6 231 2.1e-09 28.3 0.0 2 2 0.0029 0.11 3.0 0.0 72 112 106 146 95 224 0.84 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_7 - 264 Fer4_NifH PF00142.13 273 9e-08 23.1 0.2 1 2 4.6e-07 1.8e-05 15.6 0.0 8 69 10 68 2 81 0.88 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_7 - 264 Fer4_NifH PF00142.13 273 9e-08 23.1 0.2 2 2 0.00049 0.018 5.7 0.0 186 237 195 248 165 262 0.70 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_22 - 673 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00017 12.8 7.4 1 1 1.6e-06 6e-05 14.3 2.7 20 135 270 392 263 505 0.81 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_13 - 277 AAA_16 PF13191.1 185 4.2e-05 15.1 0.0 1 1 3.5e-06 6.7e-05 14.5 0.0 8 84 19 107 16 196 0.81 # 8657 # 9487 # 1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.375 1_22 - 673 AAA_16 PF13191.1 185 0.00012 13.6 0.1 1 2 0.00089 0.017 6.6 0.0 25 40 271 286 259 329 0.79 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 AAA_16 PF13191.1 185 0.00012 13.6 0.1 2 2 0.0063 0.12 3.9 0.0 113 162 465 511 395 529 0.72 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_7 - 264 CbiA PF01656.18 195 1.6e-25 81.1 0.0 1 1 5.6e-27 2.1e-25 80.8 0.0 1 188 4 218 4 225 0.75 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_7 - 264 AAA_14 PF13173.1 128 7.4e-06 17.5 1.1 1 1 1.1e-06 2e-05 16.0 0.4 12 56 12 63 8 175 0.78 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_22 - 673 AAA_14 PF13173.1 128 1.4e-05 16.6 6.4 1 3 4.3e-06 8.2e-05 14.1 0.3 3 82 271 372 269 385 0.69 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 AAA_14 PF13173.1 128 1.4e-05 16.6 6.4 2 3 0.058 1.1 0.7 0.0 92 123 442 472 407 477 0.75 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 AAA_14 PF13173.1 128 1.4e-05 16.6 6.4 3 3 0.0088 0.17 3.4 0.0 32 91 463 529 454 564 0.55 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_1 - 443 HI0933_like PF03486.9 409 1.8e-10 31.3 1.6 1 4 6.3e-06 0.00024 11.1 0.1 2 35 5 38 4 47 0.93 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 HI0933_like PF03486.9 409 1.8e-10 31.3 1.6 2 4 0.075 2.8 -2.3 0.0 137 164 101 129 67 134 0.57 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 HI0933_like PF03486.9 409 1.8e-10 31.3 1.6 3 4 2.7e-05 0.001 9.0 0.0 2 35 160 193 159 198 0.90 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 HI0933_like PF03486.9 409 1.8e-10 31.3 1.6 4 4 5.5e-05 0.0021 8.0 0.0 112 164 202 256 199 259 0.83 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 FAD_binding_2 PF00890.19 417 5.3e-07 20.2 1.9 1 4 1.2e-06 4.7e-05 13.8 0.1 3 37 7 41 6 59 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 FAD_binding_2 PF00890.19 417 5.3e-07 20.2 1.9 2 4 0.004 0.15 2.3 0.0 2 32 161 191 160 196 0.93 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 FAD_binding_2 PF00890.19 417 5.3e-07 20.2 1.9 3 4 0.092 3.5 -2.2 0.0 150 204 208 259 199 284 0.64 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 FAD_binding_2 PF00890.19 417 5.3e-07 20.2 1.9 4 4 0.0094 0.36 1.0 0.1 376 406 278 301 268 306 0.79 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_22 - 673 TK PF00265.13 176 0.00012 13.2 3.0 1 3 0.074 2.8 -1.0 0.2 35 77 97 140 87 186 0.70 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 TK PF00265.13 176 0.00012 13.2 3.0 2 3 9.1e-06 0.00035 11.7 0.0 4 42 273 311 270 368 0.78 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 TK PF00265.13 176 0.00012 13.2 3.0 3 3 0.034 1.3 0.1 0.0 55 89 478 512 466 524 0.64 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_1 - 443 Thi4 PF01946.12 230 1.2e-06 19.3 0.0 1 2 3.8e-05 0.0014 9.2 0.0 21 56 7 42 3 73 0.90 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Thi4 PF01946.12 230 1.2e-06 19.3 0.0 2 2 0.00012 0.0047 7.5 0.0 16 48 157 189 143 196 0.83 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 1.3e-09 29.9 0.3 1 2 3.1e-08 1.2e-06 20.2 0.2 1 200 7 191 7 194 0.71 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 1.3e-09 29.9 0.3 2 2 0.00087 0.033 5.7 0.0 82 140 199 260 195 300 0.74 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_22 - 673 DUF258 PF03193.11 161 0.00031 11.5 0.0 1 1 2.1e-05 0.00081 10.1 0.0 34 51 269 286 250 302 0.78 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_29 - 517 TraG-D_C PF12696.2 128 4.5e-43 137.7 0.0 1 1 2.4e-44 4.5e-43 137.7 0.0 2 128 282 405 281 405 0.91 # 21095 # 22645 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_22 - 673 TraG-D_C PF12696.2 128 2.2e-05 15.9 0.2 1 1 7.2e-06 0.00014 13.3 0.2 15 100 518 609 502 662 0.62 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_1 - 443 NAD_binding_2 PF03446.10 163 0.00016 13.1 0.1 1 2 8.1e-05 0.0031 8.9 0.0 6 34 8 36 5 43 0.91 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 NAD_binding_2 PF03446.10 163 0.00016 13.1 0.1 2 2 0.033 1.2 0.4 0.0 4 35 161 192 158 217 0.75 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_7 - 264 AAA_31 PF13614.1 157 4e-12 37.9 0.1 1 1 2.2e-13 8.2e-12 36.9 0.1 1 132 2 132 2 142 0.79 # 5001 # 5792 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.337 1_13 - 277 AAA_33 PF13671.1 143 3.7e-05 15.2 0.0 1 1 2.6e-06 9.8e-05 13.8 0.0 3 108 37 147 36 179 0.75 # 8657 # 9487 # 1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.375 1_1 - 443 NAD_Gly3P_dh_N PF01210.18 157 1.1e-06 20.0 0.0 1 2 3.7e-06 0.00014 13.2 0.0 4 69 8 80 5 125 0.68 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 NAD_Gly3P_dh_N PF01210.18 157 1.1e-06 20.0 0.0 2 2 0.0026 0.099 3.9 0.0 3 32 162 191 160 231 0.81 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 2-Hacid_dh_C PF02826.14 178 3.6e-09 27.5 0.1 1 2 0.00017 0.0066 7.1 0.0 41 70 8 37 2 80 0.87 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 2-Hacid_dh_C PF02826.14 178 3.6e-09 27.5 0.1 2 2 1.1e-07 4.2e-06 17.5 0.0 25 70 147 192 133 290 0.82 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 XdhC_C PF13478.1 136 5.1e-07 21.6 0.0 1 2 0.00086 0.033 6.1 0.0 2 46 7 52 7 111 0.71 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 XdhC_C PF13478.1 136 5.1e-07 21.6 0.0 2 2 5.2e-06 0.0002 13.3 0.0 1 46 161 207 161 262 0.70 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 ApbA PF02558.11 151 2.8e-06 18.4 0.1 1 3 1.1e-05 0.00043 11.3 0.0 3 31 8 36 7 40 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 ApbA PF02558.11 151 2.8e-06 18.4 0.1 2 3 0.063 2.4 -0.9 0.0 94 116 52 74 46 120 0.72 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 ApbA PF02558.11 151 2.8e-06 18.4 0.1 3 3 0.0039 0.15 3.1 0.0 2 31 162 191 161 215 0.90 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_22 - 673 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 1.3e-05 16.3 0.0 1 1 9.2e-07 3.5e-05 14.9 0.0 40 80 272 308 251 322 0.78 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_1 - 443 Lycopene_cycl PF05834.7 374 3.3e-06 17.7 0.1 1 3 4.3e-05 0.0017 8.8 0.0 3 39 7 40 6 125 0.83 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Lycopene_cycl PF05834.7 374 3.3e-06 17.7 0.1 2 3 0.00093 0.035 4.4 0.0 2 36 161 193 160 197 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Lycopene_cycl PF05834.7 374 3.3e-06 17.7 0.1 3 3 0.015 0.57 0.5 0.0 93 143 205 259 195 274 0.76 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 K_oxygenase PF13434.1 341 3.1e-09 27.7 0.0 1 3 0.051 1.9 -1.3 0.0 4 37 5 37 2 39 0.81 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 K_oxygenase PF13434.1 341 3.1e-09 27.7 0.0 2 3 4.5e-09 1.7e-07 21.9 0.0 133 205 106 173 85 205 0.82 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 K_oxygenase PF13434.1 341 3.1e-09 27.7 0.0 3 3 0.0043 0.16 2.3 0.0 290 338 210 255 199 258 0.78 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 UDPG_MGDP_dh_N PF03721.9 185 4.8e-07 20.8 0.1 1 2 0.0001 0.0039 8.1 0.1 5 34 8 37 5 41 0.93 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 UDPG_MGDP_dh_N PF03721.9 185 4.8e-07 20.8 0.1 2 2 2.5e-05 0.00095 10.1 0.0 3 34 161 192 159 255 0.82 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_13 - 277 RuvB_N PF05496.7 234 0.00017 12.2 0.1 1 1 1e-05 0.00038 11.0 0.1 23 75 4 58 2 133 0.81 # 8657 # 9487 # 1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.375 1_22 - 673 AAA_10 PF12846.2 304 3.1e-55 179.2 0.7 1 1 1.6e-56 3.1e-55 179.2 0.7 1 294 270 579 270 588 0.87 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_29 - 517 AAA_10 PF12846.2 304 1.5e-15 48.9 0.1 1 1 1.1e-16 2.1e-15 48.4 0.1 1 302 23 362 23 364 0.74 # 21095 # 22645 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_1 - 443 DAO PF01266.19 358 4.8e-08 23.7 0.1 1 3 1.8e-05 0.00069 10.0 0.0 3 41 7 45 5 123 0.68 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 DAO PF01266.19 358 4.8e-08 23.7 0.1 2 3 0.0018 0.069 3.5 0.0 2 31 161 190 160 195 0.93 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 DAO PF01266.19 358 4.8e-08 23.7 0.1 3 3 0.00017 0.0065 6.8 0.0 154 243 206 298 196 349 0.77 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 NAD_binding_9 PF13454.1 156 7.8e-05 14.0 0.4 1 2 0.0019 0.074 4.4 0.1 1 37 7 38 7 58 0.82 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 NAD_binding_9 PF13454.1 156 7.8e-05 14.0 0.4 2 2 0.00032 0.012 6.9 0.0 96 155 194 256 191 257 0.78 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox PF00070.22 80 1.9e-24 77.5 0.3 1 2 2.9e-05 0.0011 11.0 0.1 3 34 7 38 5 45 0.92 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 Pyr_redox PF00070.22 80 1.9e-24 77.5 0.3 2 2 1.1e-21 4e-20 63.6 0.0 2 77 161 234 160 241 0.95 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_29 - 517 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 5.9e-36 115.3 0.8 1 1 3.9e-36 7.4e-35 111.7 0.0 14 381 22 419 16 423 0.73 # 21095 # 22645 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_22 - 673 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.7e-07 21.6 0.1 1 2 3.2e-05 0.00061 9.9 0.0 12 56 267 311 257 317 0.74 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_22 - 673 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.7e-07 21.6 0.1 2 2 5.5e-05 0.001 9.2 0.0 237 311 493 574 477 604 0.81 # 14821 # 16839 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.410 1_29 - 517 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 6.8e-133 435.1 5.0 1 1 2.3e-134 8.8e-133 434.7 4.7 45 450 24 447 6 481 0.93 # 21095 # 22645 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.426 1_1 - 443 TrkA_N PF02254.13 116 2.1e-10 32.2 0.2 1 2 2.1e-08 7.9e-07 20.7 0.0 2 32 7 37 6 40 0.91 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 TrkA_N PF02254.13 116 2.1e-10 32.2 0.2 2 2 0.00016 0.006 8.2 0.0 2 40 162 200 161 214 0.83 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 AlaDh_PNT_C PF01262.16 168 3.9e-05 14.8 0.0 1 2 0.0086 0.33 2.0 0.0 22 54 5 37 1 39 0.90 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 1_1 - 443 AlaDh_PNT_C PF01262.16 168 3.9e-05 14.8 0.0 2 2 2.6e-05 0.00098 10.2 0.0 15 74 153 212 139 224 0.84 # 1 # 1329 # -1 # ID=1_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.404 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/6012df52-9381-4438-a9f5-42ca058f2687 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_000466785.3.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_000466785.3.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/6012df52-9381-4438-a9f5-42ca058f2687 checkm_output/bins/pGCA_000466785.3.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:41:24 2020 # [ok]