# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_30 - 339 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.0009 11.3 0.0 1 1 1.4e-05 0.0014 10.6 0.0 14 44 162 192 150 211 0.83 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 cobW PF02492.14 178 0.001 11.4 0.0 1 1 1.7e-05 0.0017 10.7 0.0 3 33 173 203 171 210 0.82 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_3 - 329 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 7e-05 15.7 13.3 1 2 7.3e-07 7e-05 15.7 13.3 23 106 174 261 166 263 0.89 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_3 - 329 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 7e-05 15.7 13.3 2 2 0.028 2.7 1.0 3.4 30 91 258 302 247 322 0.38 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_30 - 339 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00085 11.6 0.0 1 1 1.7e-05 0.0016 10.7 0.0 44 68 167 191 156 201 0.89 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_8 - 256 MipZ PF09140.6 261 2.2e-12 39.4 0.9 1 3 2.1e-08 1e-06 20.9 0.0 2 84 5 88 4 101 0.75 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_8 - 256 MipZ PF09140.6 261 2.2e-12 39.4 0.9 2 3 5.5e-07 2.7e-05 16.2 0.0 84 139 113 167 88 185 0.79 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_8 - 256 MipZ PF09140.6 261 2.2e-12 39.4 0.9 3 3 0.074 3.6 -0.6 0.0 36 71 189 224 180 234 0.74 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 2_23 - 400 MipZ PF09140.6 261 1.4e-10 33.5 0.1 1 2 3.5e-08 1.7e-06 20.1 0.0 2 49 108 157 107 197 0.80 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 2_23 - 400 MipZ PF09140.6 261 1.4e-10 33.5 0.1 2 2 1.8e-05 0.00087 11.2 0.0 87 134 231 278 215 284 0.87 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_8 - 256 YhjQ PF06564.7 244 3.2e-11 35.9 0.1 1 1 1.2e-11 5.8e-10 31.7 0.1 9 233 11 251 3 253 0.71 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 2_23 - 400 YhjQ PF06564.7 244 5.8e-06 18.6 0.3 1 2 0.0008 0.039 6.1 0.0 3 54 108 162 106 285 0.75 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 2_23 - 400 YhjQ PF06564.7 244 5.8e-06 18.6 0.3 2 2 4.8e-05 0.0023 10.1 0.1 171 191 377 397 359 399 0.87 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_30 - 339 Septin PF00735.13 281 0.00071 11.5 0.0 1 1 1.1e-05 0.0011 10.9 0.0 4 31 170 197 168 220 0.85 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 AAA_22 PF13401.1 131 3e-05 17.0 0.0 1 1 1.8e-06 6e-05 16.1 0.0 3 31 169 197 166 238 0.79 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 2_21 - 1348 AAA_22 PF13401.1 131 0.00025 14.1 0.2 1 2 0.0011 0.036 7.1 0.0 7 99 30 81 6 110 0.56 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 2_21 - 1348 AAA_22 PF13401.1 131 0.00025 14.1 0.2 2 2 0.032 1 2.4 0.1 55 99 406 450 370 477 0.80 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 1_21 - 777 AAA_22 PF13401.1 131 0.00068 12.7 0.2 1 1 6.6e-05 0.0021 11.1 0.0 3 20 418 435 415 465 0.86 # 13169 # 15499 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.474 1_30 - 339 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00048 12.5 0.1 1 1 1.8e-05 0.00088 11.7 0.1 2 25 176 199 175 204 0.88 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_8 - 256 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00064 12.1 0.5 1 2 9.6e-05 0.0047 9.3 0.1 6 34 14 41 12 49 0.86 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_8 - 256 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00064 12.1 0.5 2 2 0.081 3.9 -0.3 0.0 82 100 116 136 101 149 0.69 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_42 - 95 TIGR00855 TIGR00855 125 0.0003 13.8 0.0 1 1 5e-06 0.00048 13.1 0.0 63 95 57 90 45 92 0.88 # 34914 # 35198 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.407 1_30 - 339 AAA_17 PF13207.1 121 9.8e-05 16.1 0.0 1 1 2e-06 0.0002 15.1 0.0 2 23 173 194 172 255 0.81 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 MobB PF03205.9 140 0.00021 13.9 0.0 1 1 6.5e-06 0.00063 12.3 0.0 3 38 173 207 172 213 0.79 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_8 - 256 ArsA_ATPase PF02374.10 305 8.8e-08 24.3 0.7 1 2 3.5e-08 1.1e-06 20.7 0.0 9 45 12 47 4 67 0.87 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_8 - 256 ArsA_ATPase PF02374.10 305 8.8e-08 24.3 0.7 2 2 0.023 0.75 1.5 0.0 124 136 124 136 103 152 0.83 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 2_23 - 400 ArsA_ATPase PF02374.10 305 2e-06 19.8 0.2 1 1 2.1e-07 6.7e-06 18.1 0.2 7 136 113 252 107 255 0.68 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_22 - 222 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.00053 11.9 2.7 1 2 0.00012 0.0038 9.1 0.0 55 126 23 98 8 103 0.84 # 15502 # 16167 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.455 1_22 - 222 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.00053 11.9 2.7 2 2 0.01 0.33 2.7 0.8 165 206 166 209 141 214 0.60 # 15502 # 16167 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.455 1_30 - 339 T2SE PF00437.15 272 1.6e-62 203.7 0.0 1 1 2e-64 2e-62 203.4 0.0 6 266 20 314 16 320 0.96 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 G-alpha PF00503.15 389 6.8e-05 14.5 0.0 1 1 1e-06 9.8e-05 14.0 0.0 54 79 166 191 145 200 0.87 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 Zeta_toxin PF06414.7 201 4.1e-05 15.6 0.0 1 1 7e-07 6.8e-05 14.9 0.0 14 41 168 195 158 205 0.83 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_8 - 256 VirC1 PF07015.6 231 2.6e-07 22.8 1.6 1 2 2.5e-06 0.00012 14.1 0.1 2 34 4 35 3 50 0.82 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_8 - 256 VirC1 PF07015.6 231 2.6e-07 22.8 1.6 2 2 0.00017 0.0082 8.0 0.1 81 152 124 192 111 220 0.76 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 2_23 - 400 VirC1 PF07015.6 231 7.6e-06 18.0 0.1 1 2 5.9e-05 0.0029 9.5 0.0 2 47 107 155 106 195 0.78 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 2_23 - 400 VirC1 PF07015.6 231 7.6e-06 18.0 0.1 2 2 0.00061 0.03 6.2 0.1 81 133 240 292 231 318 0.85 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_8 - 256 Fer4_NifH PF00142.13 273 7.8e-09 27.9 0.4 1 2 2.3e-09 2.2e-07 23.1 0.0 7 50 11 53 5 80 0.78 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_8 - 256 Fer4_NifH PF00142.13 273 7.8e-09 27.9 0.4 2 2 0.0033 0.32 2.9 0.1 187 245 190 253 179 255 0.73 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_30 - 339 AAA_16 PF13191.1 185 8.4e-05 15.5 0.0 1 1 1.5e-06 0.00015 14.7 0.0 23 54 169 200 147 230 0.81 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 AAA_23 PF13476.1 202 0.0003 14.0 0.6 1 1 5.8e-06 0.00056 13.1 0.4 22 39 173 190 161 191 0.86 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 AAA_18 PF13238.1 129 0.00074 12.7 0.0 1 1 1.2e-05 0.0012 12.1 0.0 1 20 173 192 173 244 0.78 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_3 - 329 AAA_13 PF13166.1 712 0.0066 7.7 36.7 1 3 0.00024 0.023 5.9 14.6 372 456 105 198 11 200 0.68 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_3 - 329 AAA_13 PF13166.1 712 0.0066 7.7 36.7 2 3 0.00016 0.016 6.5 33.9 263 464 72 269 71 302 0.62 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_3 - 329 AAA_13 PF13166.1 712 0.0066 7.7 36.7 3 3 0.018 1.7 -0.3 0.5 92 129 281 318 277 327 0.73 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_8 - 256 CbiA PF01656.18 195 2.1e-39 127.8 0.6 1 1 7.6e-41 2.5e-39 127.6 0.6 1 194 6 224 6 225 0.84 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 2_23 - 400 CbiA PF01656.18 195 5.6e-24 77.5 0.0 1 1 2.9e-25 9.3e-24 76.7 0.0 1 164 109 318 109 347 0.69 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 3_8 - 246 CbiA PF01656.18 195 2.4e-07 23.2 2.3 1 2 0.00012 0.0039 9.4 0.1 1 19 10 28 10 30 0.90 # 5281 # 6018 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.386 3_8 - 246 CbiA PF01656.18 195 2.4e-07 23.2 2.3 2 2 1.5e-05 0.00048 12.4 0.1 117 164 98 143 40 159 0.86 # 5281 # 6018 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.386 1_30 - 339 AAA_29 PF13555.1 62 4.1e-06 19.2 0.2 1 1 1.8e-07 8.7e-06 18.1 0.2 19 43 167 190 155 192 0.78 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_21 - 777 AAA_29 PF13555.1 62 0.00016 14.1 0.3 1 1 7.3e-06 0.00035 13.0 0.3 22 39 419 435 411 448 0.84 # 13169 # 15499 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.474 1_30 - 339 AAA PF00004.24 132 0.00049 13.2 0.0 1 1 9.4e-06 0.00091 12.3 0.0 1 27 173 201 173 248 0.77 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 Sigma54_activat PF00158.21 168 1.9e-05 17.0 0.0 1 1 3.7e-07 3.6e-05 16.2 0.0 12 55 160 203 148 228 0.81 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 3_8 - 246 MMR_HSR1 PF01926.18 116 4e-06 19.7 0.9 1 1 1.1e-07 1e-05 18.3 0.9 9 104 18 119 16 228 0.80 # 5281 # 6018 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.386 1_31 - 593 TraG-D_C PF12696.2 128 5.1e-33 106.6 0.0 1 1 9.4e-35 9.1e-33 105.7 0.0 2 126 416 534 415 535 0.86 # 21673 # 23451 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495 1_8 - 256 AAA_31 PF13614.1 157 2.3e-13 43.2 0.0 1 1 6.6e-14 3.2e-12 39.5 0.0 9 155 12 163 4 165 0.75 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 2_23 - 400 AAA_31 PF13614.1 157 3.1e-09 29.8 0.8 1 1 2.6e-09 1.3e-07 24.6 0.1 2 134 108 259 107 277 0.82 # 22079 # 23278 # -1 # ID=2_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_30 - 339 AAA_30 PF13604.1 196 0.00032 13.2 0.0 1 1 5.9e-06 0.00057 12.3 0.0 16 42 168 194 158 203 0.77 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 4.3e-06 19.2 0.0 1 1 1.4e-07 7e-06 18.5 0.0 28 60 160 192 134 220 0.79 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_21 - 777 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 5.6e-06 18.8 0.0 1 1 2.9e-07 1.4e-05 17.5 0.0 36 81 417 458 406 462 0.80 # 13169 # 15499 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.474 1_3 - 329 AAA_27 PF13514.1 1111 1e-05 16.2 35.2 1 1 1.7e-07 1.6e-05 15.5 35.2 749 941 79 284 63 322 0.71 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_30 - 339 ABC_tran PF00005.22 137 1.5e-06 21.5 0.0 1 1 4.5e-08 2.2e-06 20.9 0.0 5 74 164 231 161 338 0.75 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_21 - 777 ABC_tran PF00005.22 137 4e-05 16.8 0.1 1 1 4.2e-06 0.0002 14.5 0.1 13 42 421 450 414 537 0.74 # 13169 # 15499 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.474 1_30 - 339 AAA_19 PF13245.1 76 0.00021 13.9 0.0 1 1 9.9e-06 0.00048 12.8 0.0 8 31 168 191 163 211 0.73 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_8 - 256 AAA_19 PF13245.1 76 0.00027 13.6 0.2 1 1 1.2e-05 0.00058 12.5 0.2 20 48 14 37 13 51 0.87 # 4899 # 5666 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 1_21 - 777 AAA_10 PF12846.2 304 2.2e-28 92.4 0.0 1 1 7.7e-30 3.7e-28 91.6 0.0 2 296 420 696 419 704 0.89 # 13169 # 15499 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.474 1_30 - 339 AAA_10 PF12846.2 304 0.00013 14.3 0.0 1 1 4.3e-06 0.00021 13.6 0.0 3 25 172 194 170 207 0.88 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_6 - 113 AAA_34 PF13872.1 303 0.00018 13.2 0.0 1 1 2.2e-06 0.00021 13.0 0.0 213 288 5 80 2 93 0.78 # 3891 # 4229 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.419 4_3 - 418 adh_short_C2 PF13561.1 241 0.00052 12.7 0.1 1 1 9e-06 0.00087 11.9 0.1 13 67 85 138 83 163 0.81 # 779 # 2032 # 1 # ID=4_3;partial=01;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.482 1_30 - 339 ResIII PF04851.10 184 0.00011 15.0 0.0 1 1 1.8e-06 0.00017 14.3 0.0 4 51 143 196 138 212 0.72 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_3 - 329 DUF3584 PF12128.3 1201 0.0042 7.2 47.0 1 2 1.4e-06 0.00014 12.2 36.1 364 535 78 253 61 265 0.73 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_3 - 329 DUF3584 PF12128.3 1201 0.0042 7.2 47.0 2 2 0.01 1 -0.7 5.1 609 661 266 318 254 328 0.39 # 1127 # 2113 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_30 - 339 PduV-EutP PF10662.4 143 0.00031 13.1 0.0 1 1 1.2e-05 0.0012 11.2 0.0 3 24 172 193 170 209 0.88 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 DUF815 PF05673.8 250 2e-06 19.7 0.0 1 1 3e-08 2.9e-06 19.2 0.0 25 93 138 212 116 224 0.70 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_31 - 593 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.7e-22 71.2 0.0 1 1 1.5e-23 7.1e-22 70.3 0.0 74 366 222 535 219 542 0.83 # 21673 # 23451 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495 1_30 - 339 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.7e-05 16.4 0.1 1 1 5.6e-07 2.7e-05 15.7 0.1 15 41 170 196 164 207 0.83 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 9.5e-06 18.6 0.0 1 1 3.6e-07 1.8e-05 17.7 0.0 16 60 165 209 157 231 0.87 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 2_21 - 1348 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.00022 14.2 0.0 1 1 1.1e-05 0.00055 12.9 0.0 11 120 18 120 12 134 0.77 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 1_31 - 593 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 1e-94 310.6 0.0 1 1 1.4e-96 1.4e-94 310.1 0.0 24 456 129 576 103 585 0.85 # 21673 # 23451 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.495 1_30 - 339 AAA_32 PF13654.1 509 0.00038 12.0 0.0 1 1 5.3e-06 0.00052 11.6 0.0 22 82 163 221 149 241 0.81 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 Pox_A32 PF04665.7 241 5.1e-05 15.5 0.0 1 1 9.7e-07 9.4e-05 14.6 0.0 10 39 167 196 159 236 0.69 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 UPF0079 PF02367.12 123 0.00057 12.4 0.0 1 1 2.2e-05 0.0011 11.5 0.0 11 41 166 196 157 214 0.78 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 2_21 - 1348 UPF0079 PF02367.12 123 0.00086 11.8 0.4 1 2 0.001 0.051 6.1 0.0 12 51 24 62 16 94 0.79 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 2_21 - 1348 UPF0079 PF02367.12 123 0.00086 11.8 0.4 2 2 0.017 0.84 2.2 0.0 64 112 1268 1316 1262 1322 0.87 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 1_30 - 339 UvrD-helicase PF00580.16 315 0.00086 11.5 0.0 1 1 1.4e-05 0.0013 10.8 0.0 11 33 168 190 159 198 0.83 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 2_21 - 1348 NACHT PF05729.7 166 4.9e-08 25.7 0.4 1 2 0.00045 0.022 7.3 0.1 2 31 29 58 28 64 0.85 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 2_21 - 1348 NACHT PF05729.7 166 4.9e-08 25.7 0.4 2 2 8.3e-07 4e-05 16.2 0.0 76 160 64 147 56 153 0.68 # 16764 # 20807 # 1 # ID=2_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 1_30 - 339 NACHT PF05729.7 166 0.0009 11.8 0.0 1 1 3.1e-05 0.0015 11.0 0.0 3 24 173 194 171 201 0.88 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 AAA_25 PF13481.1 194 0.00015 14.1 0.0 1 1 2.5e-06 0.00025 13.4 0.0 36 105 173 258 167 306 0.81 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 1_30 - 339 AAA_28 PF13521.1 163 0.0008 12.2 0.0 1 1 1.5e-05 0.0014 11.4 0.0 2 19 173 190 172 208 0.86 # 20653 # 21669 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/74e3cdb2-a803-4a0a-b1e2-2967903e7d40 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_000017705.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_000017705.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/74e3cdb2-a803-4a0a-b1e2-2967903e7d40 checkm_output/bins/pGCA_000017705.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:38:59 2020 # [ok]