# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_16 - 248 Methyltransf_12 PF08242.7 99 8e-07 23.2 0.0 1 1 7.8e-09 1.4e-06 22.5 0.0 1 99 45 137 45 137 0.86 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 11_4 - 270 IstB_IS21 PF01695.12 178 4.1e-65 212.2 0.1 1 1 3.2e-67 5.7e-65 211.7 0.1 2 178 56 234 55 234 0.97 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 1_6 - 228 MipZ PF09140.6 261 1.9e-12 40.5 1.6 1 1 4.1e-12 2.4e-10 33.6 1.6 4 129 5 112 2 122 0.81 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 7_10 - 210 MipZ PF09140.6 261 4.8e-09 29.3 1.0 1 2 2.5e-09 1.5e-07 24.5 0.1 2 40 3 41 2 49 0.92 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 7_10 - 210 MipZ PF09140.6 261 4.8e-09 29.3 1.0 2 2 0.012 0.73 2.5 0.1 98 139 75 120 66 152 0.74 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 2_7 - 376 MipZ PF09140.6 261 7.2e-05 15.6 0.0 1 2 3.3e-05 0.0019 11.0 0.0 9 43 95 129 87 136 0.90 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 2_7 - 376 MipZ PF09140.6 261 7.2e-05 15.6 0.0 2 2 0.014 0.8 2.4 0.0 98 129 235 266 215 292 0.90 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 1_6 - 228 YhjQ PF06564.7 244 1.7e-05 18.0 0.1 1 2 3.5e-06 0.00031 13.8 0.2 1 37 1 37 1 42 0.95 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_6 - 228 YhjQ PF06564.7 244 1.7e-05 18.0 0.1 2 2 0.017 1.5 1.8 0.0 110 144 74 108 67 114 0.86 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 7_10 - 210 YhjQ PF06564.7 244 2.5e-05 17.4 0.0 1 1 5.6e-07 5e-05 16.4 0.0 1 41 1 41 1 45 0.93 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 1_16 - 248 Methyltransf_18 PF12847.2 112 3.3e-09 31.1 0.0 1 1 3.5e-11 6.2e-09 30.2 0.0 2 111 41 141 40 142 0.90 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 8_5 - 399 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 1.1e-06 22.3 0.3 1 2 8.2e-06 0.00073 13.1 0.3 1 34 4 39 4 64 0.86 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 8_5 - 399 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 1.1e-06 22.3 0.3 2 2 0.00058 0.051 7.1 0.0 64 131 155 214 105 231 0.74 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 3_5 - 398 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 2.2e-06 21.4 0.1 1 2 4.5e-05 0.004 10.7 0.1 1 31 4 36 4 78 0.86 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 3_5 - 398 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 2.2e-06 21.4 0.1 2 2 0.0002 0.017 8.6 0.0 62 129 145 212 106 228 0.73 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 13_1 - 700 DUF87 PF01935.12 229 0.00013 15.5 0.0 1 1 2e-06 0.00036 14.1 0.0 11 37 125 150 114 153 0.76 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 11_4 - 270 AAA_22 PF13401.1 131 3.1e-06 21.1 0.1 1 2 0.093 16 -0.7 0.0 48 81 35 68 8 79 0.66 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 11_4 - 270 AAA_22 PF13401.1 131 3.1e-06 21.1 0.1 2 2 6e-06 0.0011 12.9 0.0 6 31 103 128 98 201 0.71 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 7_10 - 210 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00086 12.6 0.0 1 1 7.4e-06 0.0013 12.0 0.0 6 46 12 52 10 58 0.91 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 1_16 - 248 Methyltransf_11 PF08241.7 95 3.3e-09 30.9 0.0 1 1 3.1e-11 5.4e-09 30.2 0.0 1 95 45 139 45 139 0.94 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 8_5 - 399 Trp_halogenase PF04820.9 454 0.001 11.4 0.3 1 1 1e-05 0.0018 10.6 0.3 3 42 6 45 4 52 0.84 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 7_10 - 210 SRP54 PF00448.17 196 0.00073 12.7 0.0 1 1 7.4e-06 0.0013 11.9 0.0 10 38 11 39 2 45 0.88 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 7_10 - 210 AAA_17 PF13207.1 121 2.7e-05 18.7 0.0 1 1 8.4e-07 5e-05 17.9 0.0 9 78 12 91 11 144 0.62 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 11_4 - 270 AAA_17 PF13207.1 121 0.00016 16.2 0.1 1 1 6.8e-06 0.0004 14.9 0.1 2 23 104 125 103 194 0.80 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 2_6 - 157 AAA_17 PF13207.1 121 0.0012 13.4 0.0 1 1 5.7e-05 0.0034 11.9 0.0 3 24 109 130 109 148 0.85 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 2_6 - 157 AAA_21 PF13304.1 303 0.00049 13.8 0.0 1 1 4e-06 0.00071 13.3 0.0 2 36 108 140 107 155 0.65 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 1_6 - 228 ArsA_ATPase PF02374.10 305 7.6e-06 18.8 0.6 1 1 2.3e-07 1.4e-05 18.0 0.6 8 38 9 39 3 56 0.91 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 2_7 - 376 ArsA_ATPase PF02374.10 305 2e-05 17.4 0.1 1 2 4.3e-05 0.0025 10.5 0.1 7 46 93 132 89 147 0.88 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 2_7 - 376 ArsA_ATPase PF02374.10 305 2e-05 17.4 0.1 2 2 0.0027 0.16 4.6 0.0 125 141 234 250 223 264 0.89 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 7_10 - 210 ArsA_ATPase PF02374.10 305 5.8e-05 15.9 0.4 1 1 1.5e-06 9.1e-05 15.3 0.1 6 45 7 46 1 62 0.86 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 11_4 - 270 PhoH PF02562.11 205 6.8e-06 19.1 0.0 1 1 6e-08 1.1e-05 18.5 0.0 14 55 93 137 84 178 0.82 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 11_4 - 270 AFG1_ATPase PF03969.11 362 0.00011 14.8 0.1 1 1 8.4e-07 0.00015 14.3 0.1 64 213 103 250 39 263 0.78 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 9_1 - 384 T2SE PF00437.15 272 2.4e-30 99.0 0.0 1 1 1.9e-32 3.4e-30 98.5 0.0 9 271 31 312 25 313 0.84 # 3 # 1154 # -1 # ID=9_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.588 8_5 - 399 NAD_binding_8 PF13450.1 68 3.2e-05 17.7 0.6 1 1 1.1e-06 9.9e-05 16.1 0.6 1 31 7 39 7 58 0.86 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 3_5 - 398 NAD_binding_8 PF13450.1 68 0.00034 14.4 0.2 1 1 8.4e-06 0.00074 13.3 0.2 1 28 7 36 7 60 0.85 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 8_5 - 399 FAD_binding_3 PF01494.14 356 0.00054 12.7 0.4 1 1 5e-06 0.00088 12.0 0.4 3 40 4 43 3 54 0.83 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 2_6 - 157 SMC_N PF02463.14 220 2.9e-05 17.1 0.1 1 1 2.2e-07 4e-05 16.6 0.1 19 60 99 141 82 151 0.81 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 7_10 - 210 VirC1 PF07015.6 231 1.2e-05 18.1 0.0 1 1 5.6e-07 5e-05 16.2 0.0 1 181 1 173 1 205 0.78 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 1_6 - 228 VirC1 PF07015.6 231 1.4e-05 17.9 0.1 1 2 2e-06 0.00018 14.3 0.0 1 44 1 44 1 66 0.89 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_6 - 228 VirC1 PF07015.6 231 1.4e-05 17.9 0.1 2 2 0.016 1.4 1.6 0.0 167 190 167 190 118 196 0.85 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 2_7 - 376 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.00035 13.5 0.0 1 1 9.8e-06 0.00058 12.8 0.0 7 46 94 133 88 138 0.91 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 1_6 - 228 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.0013 11.7 0.1 1 1 2.7e-05 0.0016 11.4 0.1 7 47 9 49 2 106 0.87 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 7_10 - 210 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.0013 11.7 0.0 1 1 4.7e-05 0.0028 10.5 0.0 6 40 8 42 2 81 0.87 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 11_4 - 270 AAA_16 PF13191.1 185 8.3e-05 16.3 2.7 1 2 0.071 4.2 1.0 0.2 64 103 26 66 5 95 0.63 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 11_4 - 270 AAA_16 PF13191.1 185 8.3e-05 16.3 2.7 2 2 3.2e-06 0.00019 15.2 0.3 13 45 93 122 85 236 0.85 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 2_6 - 157 AAA_16 PF13191.1 185 0.00063 13.4 0.1 1 1 2.6e-05 0.0015 12.2 0.0 22 56 103 137 89 153 0.80 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 7_10 - 210 AAA_16 PF13191.1 185 0.0013 12.4 0.1 1 1 0.00011 0.0063 10.2 0.1 34 67 12 46 10 166 0.89 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 2_6 - 157 AAA_23 PF13476.1 202 2.8e-05 18.2 0.1 1 1 4.1e-07 3.7e-05 17.8 0.1 4 36 88 122 86 149 0.80 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 9_1 - 384 AAA_23 PF13476.1 202 0.00014 15.9 0.0 1 1 2.4e-06 0.00022 15.3 0.0 18 43 160 186 148 233 0.83 # 3 # 1154 # -1 # ID=9_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.588 2_6 - 157 AAA_13 PF13166.1 712 3.4e-09 29.3 0.1 1 1 2.4e-11 4.2e-09 29.0 0.1 9 53 97 142 90 155 0.77 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 7_10 - 210 CbiA PF01656.18 195 7.9e-28 90.9 0.6 1 1 4.5e-29 2e-27 89.5 0.6 1 178 4 162 4 175 0.75 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 1_6 - 228 CbiA PF01656.18 195 1.3e-21 70.6 0.0 1 1 3.7e-23 1.6e-21 70.3 0.0 2 147 5 134 4 183 0.81 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 2_7 - 376 CbiA PF01656.18 195 4.1e-21 68.9 0.0 1 1 1.6e-22 7.3e-21 68.1 0.0 6 168 94 312 90 339 0.72 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 11_4 - 270 CbiA PF01656.18 195 0.0014 11.7 0.0 1 1 5.8e-05 0.0025 10.9 0.0 6 48 108 151 104 255 0.69 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 1_16 - 248 Methyltransf_25 PF13649.1 101 8.6e-08 26.2 0.2 1 1 9.3e-10 1.6e-07 25.3 0.2 2 90 45 121 44 135 0.82 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 11_4 - 270 AAA_14 PF13173.1 128 1.6e-05 18.5 0.0 1 1 1.7e-07 2.9e-05 17.7 0.0 4 96 103 202 81 215 0.69 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 14_3 - 93 Methyltransf_30 PF05430.6 124 0.00053 13.4 0.0 1 1 4.1e-06 0.00073 13.0 0.0 66 110 29 72 25 87 0.81 # 1044 # 1322 # -1 # ID=14_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.538 8_5 - 399 HI0933_like PF03486.9 409 0.00011 14.5 1.3 1 2 7.3e-05 0.0064 8.6 0.2 2 37 4 41 3 46 0.91 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 8_5 - 399 HI0933_like PF03486.9 409 0.00011 14.5 1.3 2 2 0.0011 0.095 4.8 0.1 113 166 153 204 135 216 0.85 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 3_5 - 398 HI0933_like PF03486.9 409 0.0012 11.1 0.3 1 2 0.0014 0.12 4.4 0.0 2 35 4 39 3 44 0.86 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 3_5 - 398 HI0933_like PF03486.9 409 0.0012 11.1 0.3 2 2 0.002 0.18 3.9 0.1 115 166 155 204 135 209 0.83 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 11_4 - 270 AAA_29 PF13555.1 62 0.00052 13.3 0.0 1 1 1.2e-05 0.0011 12.3 0.0 24 59 102 138 91 140 0.71 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 9_1 - 384 AAA_29 PF13555.1 62 0.00091 12.5 0.1 1 1 5.7e-05 0.0051 10.1 0.1 25 43 163 181 153 186 0.82 # 3 # 1154 # -1 # ID=9_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.588 8_5 - 399 FAD_binding_2 PF00890.19 417 0.0024 10.4 1.8 1 1 2.6e-05 0.0045 9.5 1.8 1 43 4 49 4 55 0.78 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 11_4 - 270 AAA PF00004.24 132 5.8e-08 26.7 0.0 1 1 5.8e-10 1e-07 25.9 0.0 2 70 105 175 104 207 0.83 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 11_4 - 270 Bac_DnaA PF00308.13 219 7.5e-08 25.9 0.0 1 1 5.9e-10 1e-07 25.5 0.0 37 137 104 202 75 210 0.83 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 1_16 - 248 Ubie_methyltran PF01209.13 233 0.00069 12.5 0.0 1 1 5.7e-06 0.001 11.9 0.0 15 97 9 87 3 97 0.76 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 2_6 - 157 Sigma54_activat PF00158.21 168 0.00025 14.3 0.0 1 1 2.1e-06 0.00037 13.7 0.0 26 68 109 151 91 155 0.84 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 8_5 - 399 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 3.7e-07 24.1 0.5 1 1 1.5e-07 1.3e-05 19.0 0.5 1 146 6 211 6 239 0.59 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 3_5 - 398 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 4.2e-06 20.6 0.1 1 1 1.4e-06 0.00012 15.8 0.1 1 141 6 206 6 227 0.69 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 11_4 - 270 DUF258 PF03193.11 161 1.2e-05 18.2 0.0 1 1 2.2e-07 2e-05 17.6 0.0 22 58 88 124 69 166 0.82 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 24_1 - 368 DUF258 PF03193.11 161 0.00011 15.1 0.2 1 1 2.3e-06 0.0002 14.2 0.2 35 57 78 100 68 112 0.83 # 3 # 1106 # -1 # ID=24_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.599 13_1 - 700 TraG-D_C PF12696.2 128 2.5e-07 24.3 0.0 1 1 2.4e-09 4.3e-07 23.6 0.0 1 83 437 518 437 560 0.80 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 1_6 - 228 AAA_31 PF13614.1 157 1.8e-08 28.2 0.0 1 2 1.2e-06 7.2e-05 16.5 0.0 2 44 3 45 2 64 0.87 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_6 - 228 AAA_31 PF13614.1 157 1.8e-08 28.2 0.0 2 2 0.00016 0.0093 9.6 0.0 114 153 77 116 71 120 0.83 # 1475 # 2158 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 7_10 - 210 AAA_31 PF13614.1 157 3.3e-08 27.3 0.0 1 2 8.4e-09 5e-07 23.5 0.0 1 41 2 42 2 46 0.94 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 7_10 - 210 AAA_31 PF13614.1 157 3.3e-08 27.3 0.0 2 2 0.054 3.2 1.4 0.0 119 154 77 111 68 114 0.82 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 2_7 - 376 AAA_31 PF13614.1 157 1.6e-05 18.6 0.0 1 1 7.6e-06 0.00045 13.9 0.0 8 54 94 161 91 274 0.61 # 5951 # 7078 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.482 7_10 - 210 KTI12 PF08433.5 270 0.0012 11.7 0.0 1 1 9.5e-06 0.0017 11.3 0.0 11 42 12 43 5 84 0.85 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 1_16 - 248 Methyltransf_26 PF13659.1 117 0.00024 14.9 0.3 1 1 2.9e-06 0.00051 13.8 0.2 2 113 42 139 41 236 0.85 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 13_1 - 700 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00021 14.5 0.0 1 1 3.8e-06 0.00067 12.9 0.0 27 56 124 154 114 162 0.86 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 3_5 - 398 Lycopene_cycl PF05834.7 374 2.4e-05 17.1 0.1 1 2 9e-05 0.008 8.8 0.0 1 36 4 39 4 45 0.89 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 3_5 - 398 Lycopene_cycl PF05834.7 374 2.4e-05 17.1 0.1 2 2 0.00049 0.043 6.4 0.0 92 162 154 231 141 241 0.68 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 8_5 - 399 Lycopene_cycl PF05834.7 374 0.00018 14.2 0.5 1 1 3.9e-06 0.00035 13.2 0.2 1 36 4 39 4 46 0.91 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 2_6 - 157 ABC_tran PF00005.22 137 0.00092 13.2 0.0 1 1 1.6e-05 0.0014 12.6 0.0 5 33 99 127 96 149 0.80 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 11_4 - 270 ABC_tran PF00005.22 137 0.0019 12.3 0.0 1 1 4.7e-05 0.0042 11.1 0.0 10 32 100 122 95 142 0.89 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 7_10 - 210 AAA_19 PF13245.1 76 0.00064 13.2 0.1 1 1 3.8e-05 0.0034 10.9 0.0 20 51 12 41 4 61 0.80 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 11_4 - 270 AAA_19 PF13245.1 76 0.0015 12.1 0.5 1 1 8.5e-05 0.0076 9.8 0.0 11 37 103 128 93 161 0.81 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 24_1 - 368 AAA_10 PF12846.2 304 2.4e-22 73.4 0.0 1 1 9.3e-24 3.3e-22 72.9 0.0 5 193 82 353 80 367 0.90 # 3 # 1106 # -1 # ID=24_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.599 4_10 - 276 AAA_10 PF12846.2 304 1.2e-16 54.6 0.0 1 1 4.5e-18 1.6e-16 54.3 0.0 178 298 7 150 1 156 0.93 # 7883 # 8710 # -1 # ID=4_10;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.583 5_10 - 276 AAA_10 PF12846.2 304 1.5e-16 54.4 0.0 1 1 5.7e-18 2e-16 53.9 0.0 178 298 7 150 1 156 0.93 # 7601 # 8428 # -1 # ID=5_10;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.577 13_1 - 700 AAA_10 PF12846.2 304 9.9e-12 38.5 0.2 1 1 6.4e-13 2.3e-11 37.4 0.2 2 298 137 512 136 518 0.64 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 11_4 - 270 AAA_10 PF12846.2 304 4.7e-06 19.9 0.3 1 1 6.4e-07 2.3e-05 17.6 0.1 3 35 103 135 101 232 0.88 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 3_5 - 398 Mqo PF06039.10 489 2.5e-05 16.3 0.0 1 3 0.00055 0.049 5.4 0.0 6 57 4 53 2 58 0.83 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 3_5 - 398 Mqo PF06039.10 489 2.5e-05 16.3 0.0 2 3 0.0049 0.43 2.3 0.0 176 308 143 262 123 278 0.73 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 3_5 - 398 Mqo PF06039.10 489 2.5e-05 16.3 0.0 3 3 0.00085 0.075 4.8 0.0 367 402 319 354 307 376 0.85 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 8_5 - 399 Mqo PF06039.10 489 0.00021 13.2 0.0 1 2 0.00042 0.037 5.8 0.0 6 57 4 53 2 57 0.83 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 8_5 - 399 Mqo PF06039.10 489 0.00021 13.2 0.0 2 2 0.00078 0.069 4.9 0.0 365 401 317 353 125 365 0.65 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 3_5 - 398 DAO PF01266.19 358 2.7e-63 207.6 0.0 1 1 3.6e-65 3.1e-63 207.5 0.0 1 357 4 391 4 392 0.88 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 8_5 - 399 DAO PF01266.19 358 6.7e-63 206.4 0.1 1 1 9.3e-65 8.2e-63 206.1 0.1 1 356 4 390 4 392 0.87 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 1_16 - 248 Methyltransf_31 PF13847.1 152 2.6e-07 24.1 0.0 1 1 2e-09 3.6e-07 23.6 0.0 5 112 42 143 39 200 0.86 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 8_5 - 399 NAD_binding_9 PF13454.1 156 0.0017 11.9 1.0 1 2 7.5e-05 0.0066 9.9 0.1 2 36 7 38 6 48 0.82 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 8_5 - 399 NAD_binding_9 PF13454.1 156 0.0017 11.9 1.0 2 2 0.093 8.2 -0.1 0.1 122 154 170 201 152 203 0.81 # 2445 # 3641 # -1 # ID=8_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 3_5 - 398 NAD_binding_9 PF13454.1 156 0.0018 11.8 0.5 1 2 0.00099 0.088 6.3 0.1 2 19 7 24 6 42 0.86 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 3_5 - 398 NAD_binding_9 PF13454.1 156 0.0018 11.8 0.5 2 2 0.0064 0.57 3.6 0.0 121 154 169 201 157 203 0.86 # 2435 # 3628 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.483 13_1 - 700 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.4e-10 32.7 1.0 1 3 1.3e-06 0.00023 13.5 0.0 11 33 132 154 126 172 0.86 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 13_1 - 700 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.4e-10 32.7 1.0 2 3 0.0023 0.41 2.8 0.0 93 143 238 286 228 309 0.81 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 13_1 - 700 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.4e-10 32.7 1.0 3 3 1.4e-06 0.00025 13.4 0.0 248 371 441 564 424 572 0.71 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 13_1 - 700 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 1.8e-05 17.1 0.0 1 1 1.5e-07 2.6e-05 16.6 0.0 34 304 124 425 103 572 0.61 # 3 # 2102 # -1 # ID=13_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.603 1_16 - 248 Methyltransf_23 PF13489.1 161 1.5e-08 28.3 0.1 1 1 1.1e-10 2e-08 27.8 0.1 5 128 25 153 21 181 0.71 # 7845 # 8588 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.603 2_6 - 157 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00015 15.6 0.0 1 2 0.032 5.7 0.9 0.0 54 89 10 44 7 54 0.79 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 2_6 - 157 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00015 15.6 0.0 2 2 8.3e-06 0.0015 12.5 0.0 2 29 109 136 108 150 0.70 # 5350 # 5820 # 1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 7_10 - 210 AAA_24 PF13479.1 213 2.8e-05 17.5 0.1 1 1 2.6e-07 4.7e-05 16.7 0.1 11 89 10 96 2 101 0.69 # 5323 # 5952 # -1 # ID=7_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.549 24_1 - 368 NACHT PF05729.7 166 0.0013 12.1 0.1 1 1 1.4e-05 0.0025 11.2 0.1 2 21 80 99 79 116 0.84 # 3 # 1106 # -1 # ID=24_1;partial=11;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.599 11_4 - 270 AAA_25 PF13481.1 194 1.8e-05 17.9 0.6 1 1 5.4e-07 4.8e-05 16.5 0.2 30 79 98 146 72 232 0.71 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 9_1 - 384 AAA_25 PF13481.1 194 0.00036 13.7 0.0 1 1 7.8e-06 0.00069 12.7 0.0 23 54 151 182 133 198 0.83 # 3 # 1154 # -1 # ID=9_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.588 11_4 - 270 AAA_28 PF13521.1 163 0.00037 14.2 0.0 1 1 5.4e-06 0.00096 12.8 0.0 1 44 103 151 103 171 0.70 # 2095 # 2904 # -1 # ID=11_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/d9ea9597-7a53-44f0-a704-d1049b50aa39 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_000007805.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_000007805.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/d9ea9597-7a53-44f0-a704-d1049b50aa39 checkm_output/bins/pGCA_000007805.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:38:27 2020 # [ok]