# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_5 - 315 Mg_chelatase PF01078.16 207 1.9e-05 15.1 0.1 1 1 1.5e-06 4.8e-05 13.8 0.0 9 55 130 176 125 204 0.84 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 cobW PF02492.14 178 0.00011 12.9 0.1 1 1 5.6e-06 0.00017 12.3 0.1 4 35 147 181 144 211 0.74 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 Thymidylate_kin PF02223.12 186 4e-06 17.5 0.4 1 2 8.9e-06 0.00027 11.6 0.0 6 42 11 49 10 53 0.77 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 Thymidylate_kin PF02223.12 186 4e-06 17.5 0.4 2 2 0.0021 0.064 3.8 0.3 139 166 193 222 157 227 0.74 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 IstB_IS21 PF01695.12 178 1.3e-05 15.9 0.0 1 1 6e-07 1.9e-05 15.4 0.0 43 67 139 163 110 207 0.76 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 MipZ PF09140.6 261 5.6e-16 49.6 1.2 1 3 3.5e-10 5.4e-09 26.7 0.0 2 48 2 47 1 56 0.85 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 MipZ PF09140.6 261 5.6e-16 49.6 1.2 2 3 2.9e-08 4.4e-07 20.4 0.1 86 141 67 122 55 133 0.86 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 MipZ PF09140.6 261 5.6e-16 49.6 1.2 3 3 0.059 0.92 -0.3 0.0 127 169 131 173 125 193 0.76 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_23 - 236 MipZ PF09140.6 261 3.8e-05 14.1 0.0 1 1 3.9e-06 6e-05 13.4 0.0 5 46 7 48 3 84 0.90 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_28 - 229 YhjQ PF06564.7 244 7.6e-05 13.4 0.0 1 1 4.9e-06 0.00015 12.4 0.0 10 41 9 40 1 53 0.90 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_19 - 120 SSB PF00436.20 104 4.1e-24 75.8 0.2 1 1 1.6e-25 5e-24 75.5 0.2 2 103 3 98 2 99 0.97 # 14609 # 14968 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.278 1_14 - 228 DNA_pack_N PF02500.10 284 0.0001 13.1 0.5 1 1 5.7e-06 0.00018 12.3 0.5 202 263 38 100 35 106 0.75 # 10632 # 11315 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_5 - 315 DUF87 PF01935.12 229 2e-06 19.0 0.1 1 1 4e-07 6.2e-06 17.4 0.1 25 58 145 179 135 182 0.90 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 DUF87 PF01935.12 229 2.6e-05 15.3 0.7 1 1 1.2e-05 0.00019 12.5 0.0 24 59 455 490 436 491 0.77 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 Septin PF00735.13 281 0.00014 12.2 1.3 1 2 0.08 2.5 -1.8 0.2 171 199 109 137 106 140 0.76 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 Septin PF00735.13 281 0.00014 12.2 1.3 2 2 6.1e-06 0.00019 11.7 0.1 6 27 145 166 141 205 0.72 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 AAA_22 PF13401.1 131 5.5e-09 27.5 0.1 1 1 8e-07 8.3e-06 17.3 0.0 5 37 455 506 451 691 0.70 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 AAA_22 PF13401.1 131 0.0001 13.7 0.0 1 1 2.2e-05 0.00022 12.6 0.0 3 28 142 167 138 223 0.74 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 AAA_22 PF13401.1 131 0.00012 13.5 0.0 1 1 4e-05 0.00041 11.8 0.0 14 67 11 58 5 102 0.81 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 ATP_bind_1 PF03029.12 238 1.1e-05 16.3 0.0 1 1 6.1e-07 1.9e-05 15.5 0.0 1 21 148 168 148 183 0.87 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_1 - 145 RRM_1 PF00076.17 70 2.6e-05 15.1 0.6 1 2 5.9e-06 0.00018 12.4 0.1 13 44 29 60 28 61 0.95 # 3 # 437 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.202 1_1 - 145 RRM_1 PF00076.17 70 2.6e-05 15.1 0.6 2 2 0.042 1.3 0.1 0.0 45 69 79 102 73 103 0.86 # 3 # 437 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.202 1_28 - 229 SRP54 PF00448.17 196 4e-09 27.4 0.1 1 2 5.2e-10 1.6e-08 25.4 0.0 11 98 11 94 8 141 0.84 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 SRP54 PF00448.17 196 4e-09 27.4 0.1 2 2 0.079 2.4 -1.3 0.0 98 114 148 164 107 197 0.69 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 AAA_17 PF13207.1 121 2.5e-06 19.6 0.0 1 1 5.7e-07 5.9e-06 18.4 0.0 2 38 146 181 145 249 0.76 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_23 - 236 AAA_17 PF13207.1 121 2.7e-06 19.5 0.2 1 1 1e-06 1e-05 17.6 0.2 4 100 8 124 6 229 0.76 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_28 - 229 AAA_17 PF13207.1 121 5.7e-05 15.2 0.7 1 1 3e-05 0.00031 12.9 0.7 9 24 11 29 10 225 0.85 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 Miro PF08477.8 119 7.6e-05 14.5 0.1 1 1 1.6e-05 0.00051 11.8 0.0 2 25 146 169 145 213 0.73 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 MobB PF03205.9 140 3.1e-05 14.9 0.0 1 1 2e-06 6.1e-05 14.0 0.0 3 22 146 165 144 184 0.88 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 ArsA_ATPase PF02374.10 305 4.7e-11 33.4 0.4 1 1 7e-12 1.1e-10 32.2 0.1 6 109 6 110 1 130 0.81 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_23 - 236 ArsA_ATPase PF02374.10 305 3.2e-05 14.3 0.0 1 1 4.1e-06 6.3e-05 13.3 0.0 4 41 6 43 3 63 0.89 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_5 - 315 T2SE PF00437.15 272 1.1e-81 264.8 0.0 1 1 4.6e-83 1.4e-81 264.5 0.0 7 269 23 285 18 288 0.98 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 Zeta_toxin PF06414.7 201 2.9e-06 17.7 0.0 1 1 3.9e-07 6e-06 16.7 0.0 14 52 141 182 126 211 0.85 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00012 12.4 0.2 1 2 3.4e-05 0.00053 10.3 0.0 25 55 10 42 5 101 0.88 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00012 12.4 0.2 2 2 0.084 1.3 -0.7 0.0 154 193 144 179 134 189 0.80 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 VirC1 PF07015.6 231 1.8e-11 34.8 0.1 1 1 1.5e-12 4.6e-11 33.4 0.1 4 151 3 146 1 192 0.77 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 Fer4_NifH PF00142.13 273 7.3e-07 19.8 0.0 1 1 9.6e-08 1.5e-06 18.8 0.0 5 62 6 62 2 93 0.76 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_23 - 236 Fer4_NifH PF00142.13 273 5e-06 17.1 0.0 1 1 4.6e-07 7.2e-06 16.6 0.0 5 75 8 76 4 117 0.83 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_8 - 820 Arch_ATPase PF01637.13 234 5e-05 14.3 0.0 1 1 1.6e-06 5e-05 14.3 0.0 23 60 457 494 455 691 0.88 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 AAA_16 PF13191.1 185 0.00021 12.6 0.1 1 1 2e-05 0.00061 11.0 0.1 23 46 142 165 133 179 0.86 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 AAA_23 PF13476.1 202 2.4e-05 16.0 4.5 1 2 0.0081 0.13 3.8 0.2 101 176 10 138 2 146 0.55 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 AAA_23 PF13476.1 202 2.4e-05 16.0 4.5 2 2 1.3e-05 0.0002 13.0 1.0 22 39 146 163 141 175 0.91 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 AAA_23 PF13476.1 202 0.0001 13.9 0.4 1 1 6.7e-06 0.0001 13.9 0.4 20 40 455 475 445 483 0.86 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_28 - 229 AAA_18 PF13238.1 129 1.5e-06 19.8 0.3 1 1 4.5e-07 6.9e-06 17.7 0.1 8 85 11 114 9 170 0.70 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 AAA_18 PF13238.1 129 0.00013 13.6 3.0 1 2 1.3e-05 0.00021 12.9 0.7 1 23 146 175 146 192 0.71 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 AAA_18 PF13238.1 129 0.00013 13.6 3.0 2 2 0.094 1.5 0.5 0.0 72 112 173 209 162 223 0.82 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 CbiA PF01656.18 195 1.3e-26 84.4 1.1 1 1 3.7e-27 3.8e-26 82.9 1.0 1 164 3 150 3 189 0.74 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_23 - 236 CbiA PF01656.18 195 5.4e-09 26.9 0.3 1 1 7.9e-10 8.1e-09 26.4 0.3 2 49 6 58 5 150 0.62 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_8 - 820 CbiA PF01656.18 195 3.5e-05 14.5 0.0 1 1 9.5e-06 9.8e-05 13.0 0.0 8 63 463 548 457 598 0.65 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 IIGP PF05049.8 376 0.00011 12.3 0.3 1 1 6e-06 0.00019 11.5 0.3 25 55 133 163 114 165 0.83 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 KaiC PF06745.8 227 1.4e-05 15.6 0.0 1 1 8.7e-07 2.7e-05 14.6 0.0 11 38 135 162 130 187 0.85 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 AAA_14 PF13173.1 128 0.00012 13.3 3.8 1 2 0.00013 0.004 8.3 0.0 5 41 457 493 455 510 0.85 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_8 - 820 AAA_14 PF13173.1 128 0.00012 13.3 3.8 2 2 0.002 0.063 4.5 0.0 29 103 610 695 598 708 0.64 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 AAA_29 PF13555.1 62 2.3e-06 18.4 0.0 1 1 3e-07 4.6e-06 17.4 0.0 21 44 142 164 132 177 0.81 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 AAA_29 PF13555.1 62 2.4e-05 15.1 0.0 1 1 5.1e-06 7.9e-05 13.5 0.0 23 42 455 473 445 489 0.83 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_8 - 820 AAA PF00004.24 132 8.2e-05 14.1 1.2 1 2 0.0016 0.05 5.1 0.0 33 74 289 331 261 340 0.70 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_8 - 820 AAA PF00004.24 132 8.2e-05 14.1 1.2 2 2 0.0021 0.067 4.7 0.0 2 22 458 478 457 516 0.82 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 Sigma54_activat PF00158.21 168 8.6e-06 16.5 0.0 1 1 4.6e-07 1.4e-05 15.8 0.0 9 48 130 169 123 198 0.79 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 DUF258 PF03193.11 161 0.00023 11.6 0.0 1 1 1e-05 0.00032 11.2 0.0 22 59 129 167 110 226 0.80 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_22 - 609 TraG-D_C PF12696.2 128 5.7e-31 98.3 0.6 1 1 3.2e-32 9.9e-31 97.6 0.1 2 127 432 552 431 553 0.90 # 17302 # 19128 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.313 1_28 - 229 AAA_31 PF13614.1 157 1.5e-13 42.3 0.1 1 3 9.4e-11 1.5e-09 29.3 0.0 2 48 2 48 1 71 0.85 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 AAA_31 PF13614.1 157 1.5e-13 42.3 0.1 2 3 0.0006 0.0093 7.1 0.0 114 151 76 112 63 117 0.80 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 AAA_31 PF13614.1 157 1.5e-13 42.3 0.1 3 3 0.015 0.23 2.6 0.0 50 81 153 183 133 216 0.77 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_23 - 236 AAA_31 PF13614.1 157 7.4e-05 14.0 0.1 1 2 4.3e-05 0.00067 10.9 0.0 5 80 7 76 3 111 0.71 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_23 - 236 AAA_31 PF13614.1 157 7.4e-05 14.0 0.1 2 2 0.052 0.8 0.9 0.0 30 63 176 210 166 226 0.75 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_5 - 315 AAA_33 PF13671.1 143 2.4e-05 15.5 0.1 1 1 3.9e-06 6.1e-05 14.2 0.1 2 33 146 175 146 230 0.75 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 AAA_33 PF13671.1 143 0.00011 13.3 0.0 1 1 2.1e-05 0.00032 11.8 0.0 9 87 11 97 9 101 0.74 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 AAA_30 PF13604.1 196 6e-07 20.5 0.0 1 1 3.7e-08 1.2e-06 19.5 0.0 2 44 128 169 127 186 0.84 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 8.6e-09 26.4 0.0 1 1 8.5e-10 1.3e-08 25.8 0.0 39 77 139 181 119 214 0.76 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 2.4e-05 15.1 0.0 1 1 3.8e-06 5.9e-05 13.8 0.0 38 64 452 480 425 498 0.77 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_8 - 820 ABC_tran PF00005.22 137 5.8e-06 17.9 1.4 1 1 2.5e-06 3.8e-05 15.3 0.0 12 42 455 486 446 597 0.58 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 ABC_tran PF00005.22 137 1.5e-05 16.5 0.1 1 1 1.5e-06 2.4e-05 15.9 0.1 8 45 140 180 133 264 0.77 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 AAA_19 PF13245.1 76 1.7e-06 19.0 0.0 1 1 2.3e-07 3.6e-06 18.0 0.0 2 48 135 179 134 195 0.79 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 AAA_19 PF13245.1 76 1.2e-05 16.3 0.0 1 1 1.7e-06 2.7e-05 15.2 0.0 20 47 11 34 4 48 0.84 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_8 - 820 AAA_10 PF12846.2 304 3.8e-37 119.5 0.1 1 1 2.9e-37 1.8e-36 117.3 0.0 2 286 455 713 454 717 0.89 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_22 - 609 AAA_10 PF12846.2 304 3.9e-08 24.2 0.0 1 1 1.5e-08 9.4e-08 23.0 0.0 3 302 152 510 150 512 0.69 # 17302 # 19128 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.313 1_5 - 315 AAA_10 PF12846.2 304 3.1e-07 21.3 0.0 1 1 8.3e-08 5.1e-07 20.6 0.0 2 37 144 182 143 232 0.90 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 AAA_10 PF12846.2 304 1.4e-05 15.8 0.0 1 1 3.7e-06 2.3e-05 15.1 0.0 11 145 11 181 9 226 0.63 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_23 - 236 AAA_10 PF12846.2 304 0.00012 12.8 0.3 1 1 6.8e-05 0.00042 11.0 0.1 3 44 5 46 3 68 0.80 # 19140 # 19847 # 1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.264 1_5 - 315 ResIII PF04851.10 184 1.5e-06 19.4 0.0 1 1 8.3e-08 2.6e-06 18.6 0.0 14 62 131 185 116 204 0.76 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 Zot PF05707.7 193 3.4e-05 14.6 0.1 1 2 0.074 2.3 -1.2 0.0 50 77 269 297 255 306 0.69 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_8 - 820 Zot PF05707.7 193 3.4e-05 14.6 0.1 2 2 8.7e-06 0.00027 11.7 0.0 79 127 647 691 596 695 0.74 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 DEAD PF00270.24 169 2e-07 21.9 0.2 1 1 1.6e-08 4.9e-07 20.6 0.0 3 62 131 191 129 233 0.80 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 DUF815 PF05673.8 250 0.00021 11.5 0.0 1 1 1e-05 0.00031 10.9 0.0 30 80 119 170 103 200 0.76 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_22 - 609 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 6e-25 78.8 0.0 1 1 1.2e-25 1.9e-24 77.1 0.0 122 368 295 554 141 558 0.82 # 17302 # 19128 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.313 1_5 - 315 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.9e-06 17.9 0.0 1 1 1.8e-07 2.8e-06 17.4 0.0 14 52 142 182 134 220 0.86 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_22 - 609 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 2.7e-99 324.0 0.1 1 1 1.2e-100 3.6e-99 323.6 0.1 6 459 106 598 101 607 0.85 # 17302 # 19128 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.313 1_5 - 315 Pox_A32 PF04665.7 241 7.9e-05 13.2 0.5 1 2 1.1e-05 0.00034 11.2 0.1 14 37 144 167 132 171 0.84 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 Pox_A32 PF04665.7 241 7.9e-05 13.2 0.5 2 2 0.018 0.56 0.6 0.0 186 219 168 203 161 211 0.74 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00018 12.9 0.0 1 1 1.8e-05 0.00055 11.4 0.0 1 23 146 168 146 194 0.81 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 UPF0079 PF02367.12 123 0.00013 12.9 0.1 1 1 1.1e-05 0.00033 11.6 0.0 14 40 142 168 130 177 0.82 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 AAA_24 PF13479.1 213 4.6e-05 14.3 0.1 1 1 3.1e-06 9.7e-05 13.2 0.1 11 79 9 90 2 103 0.67 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_5 - 315 UvrD-helicase PF00580.16 315 4.5e-05 14.0 0.0 1 1 2.4e-06 7.4e-05 13.3 0.0 4 28 131 158 128 179 0.78 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_5 - 315 NACHT PF05729.7 166 3.2e-05 14.9 0.0 1 1 6.5e-06 0.0001 13.3 0.0 3 31 146 174 144 208 0.81 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_8 - 820 NACHT PF05729.7 166 0.00028 11.8 0.0 1 1 0.00012 0.0018 9.2 0.0 4 31 458 485 456 490 0.83 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_28 - 229 AAA_25 PF13481.1 194 1.8e-06 18.7 0.2 1 2 4.7e-06 4.9e-05 14.0 0.0 42 66 10 36 3 48 0.77 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_28 - 229 AAA_25 PF13481.1 194 1.8e-06 18.7 0.2 2 2 0.018 0.19 2.3 0.0 89 177 135 223 127 225 0.67 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 1_8 - 820 AAA_25 PF13481.1 194 5.6e-06 17.1 0.1 1 1 4.2e-06 4.3e-05 14.2 0.0 33 58 455 479 428 522 0.78 # 4369 # 6828 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.319 1_5 - 315 AAA_25 PF13481.1 194 9.3e-05 13.1 0.0 1 1 1.6e-05 0.00016 12.3 0.0 21 54 131 164 110 199 0.83 # 2820 # 3764 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.328 1_28 - 229 APS_kinase PF01583.15 157 4.1e-05 14.5 0.0 1 1 3.8e-06 0.00012 13.1 0.0 11 42 10 41 3 54 0.89 # 21847 # 22533 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.298 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/8a364665-4dbe-4598-824a-2701cb21c5c3 # Target file: checkm_output/bins/pCP018792.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pCP018792.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/8a364665-4dbe-4598-824a-2701cb21c5c3 checkm_output/bins/pCP018792.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/combined/rfplasmid_combined_jellynew2 # Date: Tue Jul 7 16:37:42 2020 # [ok]