# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 34_5 - 168 UPF0054 PF02130.12 145 5e-41 137.0 0.1 1 1 2.1e-44 5.8e-41 136.8 0.1 16 143 34 159 19 161 0.88 # 9835 # 10338 # -1 # ID=34_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_34 - 499 Mg_chelatase PF01078.16 207 1e-96 319.6 0.0 1 1 1.2e-98 2e-96 318.6 0.0 1 206 192 396 192 397 0.98 # 34316 # 35812 # -1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.577 4_21 - 766 Mg_chelatase PF01078.16 207 1.5e-06 25.1 0.1 1 3 0.00072 0.12 9.1 0.0 22 65 209 252 190 271 0.82 # 17980 # 20277 # 1 # ID=4_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 4_21 - 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190 Ubie_methyltran PF01209.13 233 1.8e-05 21.5 0.0 1 1 7.6e-08 2.4e-05 21.2 0.0 46 150 19 134 8 164 0.71 # 32430 # 32999 # -1 # ID=8_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.489 13_14 - 419 Ubie_methyltran PF01209.13 233 3.5e-05 20.6 0.0 1 1 2.1e-07 6.6e-05 19.7 0.0 42 101 218 277 204 286 0.92 # 15137 # 16393 # 1 # ID=13_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.544 11_7 - 219 Ubie_methyltran PF01209.13 233 9.8e-05 19.1 0.0 1 1 4.1e-07 0.00013 18.8 0.0 47 157 77 178 57 204 0.81 # 6436 # 7092 # -1 # ID=11_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 25_21 - 170 Ubie_methyltran PF01209.13 233 0.00031 17.5 0.2 1 1 3.8e-06 0.0012 15.6 0.2 47 144 16 106 11 110 0.77 # 15286 # 15795 # 1 # ID=25_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.494 21_4 - 300 Ubie_methyltran PF01209.13 233 0.003 14.3 0.0 1 1 1.4e-05 0.0045 13.7 0.0 49 105 132 188 119 202 0.87 # 4939 # 5838 # -1 # ID=21_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.522 17_34 - 184 Ubie_methyltran PF01209.13 233 0.027 11.2 0.0 1 1 0.0001 0.032 10.9 0.0 43 94 28 77 21 126 0.86 # 26101 # 26652 # 1 # ID=17_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.542 23_38 - 108 TIGR01079 TIGR01079 104 3e-36 121.3 8.3 1 1 1.2e-39 3.3e-36 121.2 8.3 1 104 1 105 1 105 0.97 # 25066 # 25389 # -1 # ID=23_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.367 23_35 - 131 Ribosomal_S8 PF00410.14 129 1.3e-49 164.9 0.1 1 1 5.1e-53 1.4e-49 164.8 0.1 1 128 5 129 5 130 0.98 # 23802 # 24194 # -1 # ID=23_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.407 1_137 - 734 UvrD_C PF13361.1 351 3e-96 320.5 0.1 1 1 7.8e-99 4.3e-96 320.0 0.1 1 350 280 621 280 622 0.95 # 120553 # 122754 # 1 # ID=1_137;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.564 5_25 - 576 UvrD_C PF13361.1 351 5.5e-93 309.8 0.3 1 1 1.4e-95 8.1e-93 309.2 0.3 1 350 175 514 175 515 0.94 # 16004 # 17731 # 1 # ID=5_25;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 3_96 - 1208 UvrD_C PF13361.1 351 8.3e-37 125.0 0.0 1 1 8.1e-38 4.5e-35 119.3 0.0 1 348 456 830 456 833 0.79 # 70426 # 74049 # 1 # ID=3_96;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 12_32 - 580 UvrD_C PF13361.1 351 0.0028 14.7 0.0 1 1 9.2e-06 0.0051 13.9 0.0 291 348 499 552 497 555 0.78 # 29866 # 31605 # -1 # ID=12_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.503 2_16 - 184 UvrD_C PF13361.1 351 0.0037 14.4 0.3 1 1 1.2e-05 0.0069 13.5 0.3 36 125 71 162 37 168 0.66 # 9562 # 10113 # -1 # ID=2_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 7_9 - 249 KR PF08659.5 181 1.1e-18 65.1 1.3 1 1 6.4e-21 1.6e-18 64.6 1.3 3 166 11 172 10 190 0.81 # 5922 # 6668 # 1 # ID=7_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.534 27_17 - 262 KR PF08659.5 181 6.3e-12 43.1 0.1 1 1 2.9e-13 7.4e-11 39.6 0.0 4 106 10 110 8 115 0.89 # 10882 # 11667 # 1 # ID=27_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 2_83 - 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262 KR PF08659.5 181 0.0011 16.3 0.0 1 1 6.8e-06 0.0017 15.6 0.0 42 96 45 99 10 120 0.83 # 7497 # 8282 # -1 # ID=46_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.517 36_2 - 99 KR PF08659.5 181 0.009 13.3 0.1 1 1 4.5e-05 0.011 12.9 0.1 4 63 26 89 23 93 0.82 # 940 # 1236 # -1 # ID=36_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.508 2_48 - 335 KR PF08659.5 181 0.024 11.9 0.0 1 1 0.00058 0.15 9.3 0.1 2 34 2 34 1 125 0.90 # 32445 # 33449 # -1 # ID=2_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 37_8 - 1392 RNA_pol_Rpb1_5 PF04998.12 277 5.3e-77 256.4 1.2 1 1 3.9e-80 1.1e-76 255.3 1.2 1 276 768 1324 768 1325 0.99 # 6484 # 10659 # -1 # ID=37_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 3_179 - 608 Thi4 PF01946.12 230 8.2e-08 29.2 1.4 1 1 5.7e-10 1.1e-07 28.8 0.1 16 71 119 174 111 196 0.83 # 151248 # 153071 # -1 # ID=3_179;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.531 24_24 - 395 Thi4 PF01946.12 230 3e-07 27.4 0.3 1 1 5.1e-09 9.6e-07 25.7 0.1 17 49 4 36 1 40 0.94 # 19082 # 20266 # -1 # ID=24_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.537 9_72 - 190 Thi4 PF01946.12 230 9.5e-07 25.7 0.1 1 1 6.9e-09 1.3e-06 25.3 0.1 15 58 18 61 6 88 0.81 # 61387 # 61956 # -1 # ID=9_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 35_11 - 554 Thi4 PF01946.12 230 3.3e-06 24.0 0.1 1 1 4.3e-08 8.1e-06 22.7 0.2 14 56 8 56 2 67 0.78 # 9286 # 10947 # 1 # ID=35_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 4_52 - 382 Thi4 PF01946.12 230 6.5e-06 23.0 0.0 1 1 5.1e-08 9.6e-06 22.4 0.0 20 66 130 177 113 191 0.85 # 43092 # 44237 # -1 # ID=4_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.585 9_31 - 217 Thi4 PF01946.12 230 6.6e-06 23.0 1.7 1 2 2.5e-06 0.00046 16.9 0.3 18 48 8 38 4 54 0.90 # 26434 # 27084 # -1 # ID=9_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.505 9_31 - 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152 ABC_tran PF00005.22 137 6.3e-16 56.5 0.0 1 1 1.7e-17 8.4e-16 56.1 0.0 59 136 12 98 2 99 0.89 # 31849 # 32304 # -1 # ID=12_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 12_9 - 530 ABC_tran PF00005.22 137 2e-14 51.6 0.0 1 1 7.8e-16 4e-14 50.7 0.0 3 112 371 491 369 494 0.88 # 9626 # 11215 # 1 # ID=12_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.538 12_34 - 73 ABC_tran PF00005.22 137 1.4e-11 42.4 0.7 1 1 3.6e-13 1.8e-11 42.1 0.7 1 45 25 69 25 71 0.94 # 32310 # 32528 # -1 # ID=12_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.489 6_26 - 611 ABC_tran PF00005.22 137 3.7e-10 37.8 0.5 1 2 0.00021 0.011 13.7 0.0 85 135 320 379 244 381 0.67 # 21012 # 22844 # 1 # ID=6_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.570 6_26 - 611 ABC_tran PF00005.22 137 3.7e-10 37.8 0.5 2 2 9.2e-07 4.7e-05 21.3 0.1 1 29 487 515 487 538 0.92 # 21012 # 22844 # 1 # ID=6_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.570 18_32 - 384 ABC_tran PF00005.22 137 4.3e-07 27.9 0.2 1 1 4.6e-08 2.4e-06 25.5 0.2 10 79 27 107 20 301 0.76 # 25790 # 26941 # 1 # ID=18_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.428 8_46 - 388 ABC_tran PF00005.22 137 1.2e-06 26.5 0.0 1 2 0.0044 0.22 9.4 0.0 13 35 4 26 2 32 0.89 # 33982 # 35145 # -1 # ID=8_46;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.515 8_46 - 388 ABC_tran PF00005.22 137 1.2e-06 26.5 0.0 2 2 0.00015 0.0074 14.2 0.0 13 44 177 216 169 279 0.71 # 33982 # 35145 # -1 # ID=8_46;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.515 6_27 - 198 ABC_tran PF00005.22 137 1.2e-06 26.4 0.0 1 1 3.3e-08 1.7e-06 26.0 0.0 76 136 46 113 14 114 0.73 # 22841 # 23434 # 1 # ID=6_27;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 14_28 - 171 ABC_tran PF00005.22 137 3.3e-05 21.8 0.1 1 1 8.2e-07 4.2e-05 21.5 0.1 13 72 56 112 45 164 0.58 # 21934 # 22446 # 1 # ID=14_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.349 4_111 - 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380 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 0.0093 13.0 0.0 2 2 0.024 5.6 3.9 0.0 72 137 259 319 252 332 0.68 # 10061 # 11200 # 1 # ID=19_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 28_26 - 313 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 0.01 12.9 0.0 1 1 6.8e-05 0.016 12.2 0.0 26 112 185 269 171 289 0.78 # 22563 # 23501 # -1 # ID=28_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.531 16_35 - 538 Eco57I PF07669.6 106 3.6e-06 24.9 0.0 1 1 1.6e-08 2.3e-05 22.3 0.0 2 104 316 426 315 428 0.83 # 33017 # 34630 # -1 # ID=16_35;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.436 7_45 - 278 Eco57I PF07669.6 106 0.0083 14.1 0.0 1 1 1.1e-05 0.015 13.2 0.0 2 19 176 192 175 208 0.80 # 42537 # 43370 # -1 # ID=7_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.540 25_33 - 317 IPPT PF01715.12 253 1.4e-83 277.4 0.0 1 1 5.7e-87 1.6e-83 277.2 0.0 2 251 39 292 38 294 0.97 # 24814 # 25764 # -1 # ID=25_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.564 14_31 - 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1034 AAA_28 PF13521.1 163 0.0033 15.0 2.4 2 2 0.065 5.3 4.6 0.3 4 20 300 316 298 339 0.82 # 104799 # 107900 # 1 # ID=4_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.515 5_24 - 275 AAA_28 PF13521.1 163 0.0037 14.8 0.0 1 1 8.5e-05 0.007 13.9 0.0 2 21 83 103 82 143 0.81 # 14781 # 15605 # 1 # ID=5_24;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.528 8_19 - 213 AAA_28 PF13521.1 163 0.0048 14.5 0.1 1 1 0.004 0.33 8.5 0.0 1 18 100 117 100 165 0.86 # 15698 # 16336 # -1 # ID=8_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.402 8_40 - 212 AAA_28 PF13521.1 163 0.0048 14.5 0.0 1 1 0.00017 0.014 12.9 0.0 2 44 6 49 5 197 0.71 # 30745 # 31380 # -1 # ID=8_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.473 4_90 - 252 AAA_28 PF13521.1 163 0.0049 14.4 0.0 1 1 0.00015 0.013 13.1 0.0 2 23 30 51 29 60 0.88 # 80399 # 81154 # 1 # ID=4_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.505 16_5 - 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