# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 5_87 - 136 UPF0054 PF02130.12 145 2.3e-36 121.2 0.6 1 1 1.5e-39 2.6e-36 121.0 0.6 34 144 21 122 4 123 0.91 # 81752 # 82159 # 1 # ID=5_87;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.311 6_63 - 502 Mg_chelatase PF01078.16 207 8.3e-75 247.4 0.0 1 1 1.3e-76 1.2e-74 246.9 0.0 1 204 198 400 198 403 0.98 # 51880 # 53385 # 1 # ID=6_63;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.309 4_14 - 408 Mg_chelatase PF01078.16 207 6.4e-08 28.9 0.1 1 2 3.4e-06 0.00031 16.9 0.1 24 46 111 133 108 151 0.90 # 12543 # 13766 # 1 # ID=4_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 4_14 - 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571 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.0054 13.1 0.0 1 1 0.00014 0.013 11.9 0.0 48 70 353 375 327 415 0.83 # 105372 # 107084 # 1 # ID=4_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.254 2_39 - 254 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.0084 12.5 0.1 1 1 0.0003 0.027 10.8 0.0 44 63 26 45 19 59 0.85 # 33397 # 34158 # 1 # ID=2_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_162 - 308 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.012 11.9 0.2 1 1 0.00076 0.07 9.5 0.2 44 122 89 178 59 193 0.68 # 155982 # 156905 # 1 # ID=1_162;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.359 5_66 - 262 MipZ PF09140.6 261 1.1e-16 57.6 1.5 1 1 3.7e-18 2.2e-15 53.4 0.5 2 156 4 177 3 182 0.73 # 65808 # 66593 # 1 # ID=5_66;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.310 3_41 - 369 MipZ PF09140.6 261 4.5e-08 29.4 0.0 1 1 1.1e-10 6.3e-08 28.9 0.0 2 62 99 159 98 256 0.71 # 39563 # 40669 # -1 # ID=3_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 5_31 - 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199 AIG1 PF04548.11 212 1.3e-05 21.3 0.2 1 1 1.1e-07 2.2e-05 20.6 0.2 4 131 26 158 23 177 0.66 # 207144 # 207740 # 1 # ID=2_215;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.256 1_624 - 614 AIG1 PF04548.11 212 0.0001 18.4 0.0 1 1 1.1e-06 0.0002 17.4 0.0 2 96 5 94 4 100 0.84 # 592844 # 594685 # 1 # ID=1_624;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.307 4_149 - 610 AIG1 PF04548.11 212 0.004 13.2 3.1 1 2 0.0079 1.5 4.8 0.0 2 25 63 86 62 102 0.85 # 139713 # 141542 # 1 # ID=4_149;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.261 4_149 - 610 AIG1 PF04548.11 212 0.004 13.2 3.1 2 2 0.002 0.38 6.7 1.2 49 184 152 273 121 292 0.67 # 139713 # 141542 # 1 # ID=4_149;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.261 2_63 - 692 AIG1 PF04548.11 212 0.0046 13.0 0.2 1 1 0.00014 0.028 10.5 0.0 31 66 57 92 49 102 0.85 # 58562 # 60637 # 1 # ID=2_63;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.369 5_10 - 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254 MutS_V PF00488.16 235 0.012 11.9 0.2 1 1 9.8e-05 0.024 10.9 0.0 34 63 20 49 8 67 0.83 # 33397 # 34158 # 1 # ID=2_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_7 - 385 DFP PF04127.10 185 3.7e-49 163.8 0.0 1 1 3.4e-52 5.9e-49 163.1 0.0 3 185 182 357 180 357 0.92 # 4621 # 5775 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.308 6_65 - 457 YjeF_N PF03853.10 169 1.1e-30 103.4 0.0 1 1 2e-33 1.8e-30 102.7 0.0 2 168 23 177 22 178 0.94 # 54069 # 55439 # 1 # ID=6_65;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.284 3_168 - 482 YjeF_N PF03853.10 169 0.0091 12.5 0.0 1 2 0.00014 0.12 8.8 0.0 37 95 160 230 141 255 0.83 # 160181 # 161626 # 1 # ID=3_168;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.346 3_168 - 482 YjeF_N PF03853.10 169 0.0091 12.5 0.0 2 2 0.042 36 0.8 0.0 21 46 279 309 262 331 0.78 # 160181 # 161626 # 1 # ID=3_168;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.346 1_412 - 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329 KR PF08659.5 181 0.00093 15.8 0.0 1 1 1.3e-05 0.0016 15.1 0.0 3 144 3 129 2 133 0.78 # 336572 # 337558 # -1 # ID=1_364;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 1_561 - 257 KR PF08659.5 181 0.0017 15.0 0.0 1 1 2.4e-05 0.003 14.2 0.0 4 87 8 88 6 96 0.82 # 528482 # 529252 # 1 # ID=1_561;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.345 6_81 - 402 KR PF08659.5 181 0.0052 13.4 0.1 1 1 6.6e-05 0.0082 12.7 0.1 4 78 5 78 3 84 0.75 # 69841 # 71046 # 1 # ID=6_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.354 1_548 - 324 KR PF08659.5 181 0.014 12.0 0.0 1 2 0.0054 0.67 6.5 0.0 3 25 4 26 3 37 0.89 # 518183 # 519154 # 1 # ID=1_548;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 1_548 - 324 KR PF08659.5 181 0.014 12.0 0.0 2 2 0.057 7 3.2 0.0 106 137 92 122 58 131 0.82 # 518183 # 519154 # 1 # ID=1_548;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 2_49 - 1518 RNA_pol_Rpb1_5 PF04998.12 277 3.9e-75 249.6 1.4 1 1 2.8e-77 4.8e-74 246.0 1.4 1 276 764 1463 764 1464 0.99 # 43504 # 48057 # 1 # ID=2_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.347 3_168 - 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257 ABC_tran PF00005.22 137 1.7e-36 122.5 0.0 1 1 6.7e-38 2.2e-36 122.1 0.0 2 136 19 178 18 179 0.97 # 219906 # 220676 # -1 # ID=1_245;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.311 2_183 - 247 ABC_tran PF00005.22 137 5.8e-36 120.7 0.1 1 1 3.1e-37 1e-35 119.9 0.1 3 137 20 171 18 171 0.94 # 176640 # 177380 # 1 # ID=2_183;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.347 1_99 - 243 ABC_tran PF00005.22 137 8.5e-35 117.0 0.0 1 1 3.7e-36 1.2e-34 116.5 0.0 1 137 17 164 17 164 0.89 # 91543 # 92271 # -1 # ID=1_99;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.324 2_231 - 251 ABC_tran PF00005.22 137 9.2e-35 116.9 0.0 1 1 4.2e-36 1.4e-34 116.3 0.0 2 137 28 173 27 173 0.87 # 222152 # 222904 # 1 # ID=2_231;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.335 4_37 - 295 ABC_tran PF00005.22 137 1.3e-34 116.4 0.0 1 1 6.9e-36 2.3e-34 115.6 0.0 5 136 22 158 19 159 0.92 # 34861 # 35745 # -1 # ID=4_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.302 2_174 - 642 ABC_tran PF00005.22 137 2.6e-33 112.2 0.2 1 1 2e-34 6.5e-33 110.9 0.2 1 136 17 165 17 166 0.93 # 166061 # 167986 # 1 # ID=2_174;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.326 1_506 - 222 ABC_tran PF00005.22 137 3e-32 108.7 0.0 1 1 1.1e-33 3.6e-32 108.4 0.0 2 136 20 166 19 167 0.94 # 481266 # 481931 # -1 # ID=1_506;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 3_51 - 259 ABC_tran PF00005.22 137 3.3e-32 108.6 0.0 1 1 1.4e-33 4.7e-32 108.1 0.0 1 137 17 167 17 167 0.95 # 49916 # 50692 # 1 # ID=3_51;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.277 8_11 - 581 ABC_tran PF00005.22 137 4.8e-32 108.1 0.1 1 1 2.7e-33 8.8e-32 107.2 0.1 1 137 356 503 356 503 0.83 # 8959 # 10701 # -1 # ID=8_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.308 1_582 - 252 ABC_tran PF00005.22 137 1.2e-31 106.8 0.2 1 1 5.8e-33 1.9e-31 106.1 0.2 2 137 18 164 17 164 0.97 # 548233 # 548988 # 1 # ID=1_582;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.288 3_82 - 241 ABC_tran PF00005.22 137 1.5e-31 106.4 0.0 1 1 6.3e-33 2.1e-31 106.0 0.0 2 137 19 168 18 168 0.94 # 78219 # 78941 # 1 # ID=3_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.303 3_16 - 222 ABC_tran PF00005.22 137 3.8e-31 105.1 0.0 1 1 1.5e-32 5.1e-31 104.7 0.0 2 137 28 176 27 176 0.92 # 15927 # 16592 # -1 # ID=3_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.246 1_412 - 212 ABC_tran PF00005.22 137 3.8e-31 105.1 0.1 1 1 1.4e-32 4.7e-31 104.8 0.1 2 136 19 160 18 161 0.94 # 378775 # 379410 # -1 # ID=1_412;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.311 5_108 - 285 ABC_tran PF00005.22 137 5.9e-30 101.3 0.1 1 1 4.6e-31 1.5e-29 100.0 0.0 1 137 19 159 19 159 0.92 # 102503 # 103357 # -1 # ID=5_108;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.294 3_23 - 544 ABC_tran PF00005.22 137 6.2e-30 101.2 0.0 1 1 3.4e-31 1.1e-29 100.4 0.0 1 136 336 473 336 474 0.96 # 24027 # 25658 # -1 # ID=3_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.289 6_80 - 302 ABC_tran PF00005.22 137 1.5e-27 93.5 0.1 1 1 1.1e-28 3.5e-27 92.3 0.1 1 136 17 145 17 146 0.92 # 68894 # 69799 # 1 # ID=6_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.269 1_244 - 232 ABC_tran PF00005.22 137 1.1e-25 87.5 0.0 1 1 4.5e-27 1.5e-25 87.1 0.0 2 136 18 159 17 160 0.87 # 219224 # 219919 # -1 # ID=1_244;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.325 3_17 - 237 ABC_tran PF00005.22 137 6.8e-22 75.2 0.0 1 1 3.1e-23 1e-21 74.6 0.0 1 137 16 174 16 174 0.92 # 16585 # 17295 # -1 # ID=3_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.264 4_81 - 942 ABC_tran PF00005.22 137 7.7e-20 68.5 2.8 1 3 1e-05 0.00033 17.9 0.1 1 28 15 42 15 52 0.95 # 72748 # 75573 # -1 # ID=4_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 4_81 - 942 ABC_tran PF00005.22 137 7.7e-20 68.5 2.8 2 3 0.0089 0.29 8.3 0.0 101 135 475 511 406 513 0.79 # 72748 # 75573 # -1 # ID=4_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 4_81 - 942 ABC_tran PF00005.22 137 7.7e-20 68.5 2.8 3 3 9e-12 3e-10 37.5 0.2 2 136 616 852 615 853 0.75 # 72748 # 75573 # -1 # ID=4_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 1_753 - 332 ABC_tran PF00005.22 137 1.2e-17 61.5 0.0 1 1 5.5e-19 1.8e-17 60.8 0.0 4 137 20 158 17 158 0.85 # 724494 # 725489 # -1 # ID=1_753;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.233 1_666 - 221 ABC_tran PF00005.22 137 8.9e-15 52.1 0.0 1 1 1.2e-15 4e-14 50.0 0.0 2 135 23 153 22 155 0.72 # 638350 # 639012 # -1 # ID=1_666;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.323 4_123 - 461 ABC_tran PF00005.22 137 5.4e-07 26.9 0.7 1 2 0.00059 0.019 12.2 0.0 13 80 3 95 1 146 0.64 # 112891 # 114273 # 1 # ID=4_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.327 4_123 - 461 ABC_tran PF00005.22 137 5.4e-07 26.9 0.7 2 2 0.0003 0.01 13.1 0.1 13 49 197 231 193 350 0.77 # 112891 # 114273 # 1 # ID=4_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.327 1_409 - 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461 TIGR03263 TIGR03263 180 1.1e-06 25.1 1.2 2 2 0.0001 0.029 10.6 0.1 7 42 201 236 197 260 0.84 # 112891 # 114273 # 1 # ID=4_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.327 1_133 - 443 TIGR03263 TIGR03263 180 0.0059 12.9 0.7 1 1 0.00018 0.051 9.8 0.0 5 39 218 252 214 258 0.87 # 130631 # 131959 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.316 2_39 - 254 TIGR03263 TIGR03263 180 0.0064 12.8 0.1 1 1 4e-05 0.012 11.9 0.1 2 21 30 49 29 58 0.86 # 33397 # 34158 # 1 # ID=2_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 4_81 - 942 TIGR03263 TIGR03263 180 0.0069 12.7 0.0 1 2 0.0025 0.72 6.1 0.0 2 37 26 63 25 67 0.70 # 72748 # 75573 # -1 # ID=4_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 4_81 - 942 TIGR03263 TIGR03263 180 0.0069 12.7 0.0 2 2 0.013 3.7 3.7 0.0 2 21 626 645 625 657 0.78 # 72748 # 75573 # -1 # ID=4_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.343 1_26 - 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264 Ribosomal_S2 PF00318.15 211 4.3e-85 281.1 0.0 1 1 2.9e-88 5e-85 280.9 0.0 1 211 7 223 7 223 0.99 # 380496 # 381287 # -1 # ID=1_414;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.338 1_211 - 272 MethyltransfD12 PF02086.10 260 1.6e-30 103.3 5.6 1 1 3.3e-33 2.9e-30 102.5 5.6 1 259 28 252 28 253 0.89 # 186949 # 187764 # 1 # ID=1_211;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.276 6_45 - 364 MethyltransfD12 PF02086.10 260 1e-25 87.6 12.4 1 1 1e-27 8.8e-25 84.5 11.6 1 255 15 318 15 322 0.76 # 33161 # 34252 # -1 # ID=6_45;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.278 1_492 - 191 TIGR00615 TIGR00615 196 4.3e-55 182.8 0.7 1 1 6.2e-58 5.4e-55 182.5 0.7 5 195 6 187 2 188 0.98 # 465193 # 465765 # 1 # ID=1_492;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.305 8_15 - 184 TIGR00615 TIGR00615 196 0.00032 16.8 0.0 1 2 0.077 67 -0.5 0.0 8 28 69 89 64 107 0.80 # 15472 # 16023 # 1 # ID=8_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.339 8_15 - 184 TIGR00615 TIGR00615 196 0.00032 16.8 0.0 2 2 2e-06 0.0018 14.4 0.0 13 38 109 134 96 152 0.83 # 15472 # 16023 # 1 # ID=8_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.339 4_123 - 461 ArgK PF03308.11 267 8.1e-07 25.0 0.5 1 2 0.0003 0.037 9.7 0.1 28 68 194 234 187 239 0.90 # 112891 # 114273 # 1 # ID=4_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.327 4_123 - 461 ArgK PF03308.11 267 8.1e-07 25.0 0.5 2 2 0.0002 0.025 10.2 0.0 152 235 287 370 269 385 0.71 # 112891 # 114273 # 1 # ID=4_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.327 5_31 - 289 ArgK PF03308.11 267 1.1e-06 24.6 0.6 1 2 9.3e-07 0.00012 17.9 0.1 11 65 4 60 1 65 0.82 # 33951 # 34817 # -1 # ID=5_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.313 5_31 - 289 ArgK PF03308.11 267 1.1e-06 24.6 0.6 2 2 0.0075 0.92 5.1 0.1 122 153 133 165 124 202 0.88 # 33951 # 34817 # -1 # ID=5_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.313 1_436 - 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