# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_14 - 175 Cys_Met_Meta_PP PF01053.15 386 0.00028 10.8 0.0 1 1 8.5e-06 0.00033 10.5 0.0 72 129 90 143 69 166 0.74 # 7600 # 8124 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 2_8 - 264 ArsA_ATPase PF02374.10 305 5.8e-08 23.6 1.7 1 2 1.1e-08 4.4e-07 20.7 0.4 9 137 11 134 2 136 0.77 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 2_8 - 264 ArsA_ATPase PF02374.10 305 5.8e-08 23.6 1.7 2 2 0.049 1.9 -1.1 0.0 256 283 190 217 148 225 0.49 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_7 - 185 MarR_2 PF12802.2 62 5.8e-05 14.4 0.0 1 1 3.9e-06 0.00015 13.0 0.0 12 41 152 179 142 183 0.89 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_14 - 175 DegT_DnrJ_EryC1 PF01041.12 363 1.4e-06 19.0 0.0 1 1 4.2e-08 1.6e-06 18.9 0.0 43 111 91 158 47 169 0.87 # 7600 # 8124 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 2_8 - 264 YhjQ PF06564.7 244 5.9e-12 37.0 0.0 1 1 2.1e-13 8.3e-12 36.5 0.0 2 153 3 159 1 169 0.80 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_8 - 83 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 0.0001 13.7 0.0 1 1 4.2e-06 0.00017 13.0 0.0 7 48 6 41 4 48 0.80 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 HTH_17 PF12728.2 51 3.6e-05 15.6 0.0 1 1 2.6e-06 0.0001 14.2 0.0 5 21 163 179 160 182 0.85 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_8 - 83 HTH_19 PF12844.2 64 4.4e-13 40.8 1.2 1 1 1.3e-14 5.1e-13 40.6 1.2 1 63 10 73 10 74 0.96 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 1.5e-05 16.0 0.1 1 2 0.011 0.42 1.8 0.0 3 31 45 73 43 74 0.89 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 1.5e-05 16.0 0.1 2 2 7.4e-06 0.00029 11.9 0.0 26 44 159 177 151 179 0.87 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 Mga PF05043.8 87 2.4e-05 16.2 0.1 1 1 3.4e-06 0.00013 13.8 0.0 24 55 153 184 148 184 0.91 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_13 - 198 FUR PF01475.14 120 0.0002 12.9 2.6 1 2 8.8e-05 0.0034 8.9 0.2 24 50 26 52 20 80 0.80 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 1_13 - 198 FUR PF01475.14 120 0.0002 12.9 2.6 2 2 0.0041 0.16 3.5 0.1 12 51 144 185 138 191 0.85 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 2_8 - 264 ParA PF10609.4 81 7.3e-06 17.5 0.0 1 1 3.8e-07 1.5e-05 16.5 0.0 2 49 125 170 124 192 0.84 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_8 - 83 HTH_31 PF13560.1 64 3e-07 22.2 0.0 1 1 8.7e-09 3.4e-07 22.0 0.0 6 57 13 64 8 71 0.92 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 HTH_22 PF13309.1 64 7.3e-05 14.1 0.2 1 2 0.096 3.7 -1.0 0.0 17 39 37 59 22 63 0.72 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_22 PF13309.1 64 7.3e-05 14.1 0.2 2 2 1.1e-05 0.00042 11.7 0.0 44 61 161 178 157 180 0.92 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_8 - 83 HTH_37 PF13744.1 80 4.8e-09 27.6 0.3 1 1 1.4e-10 5.6e-09 27.4 0.3 17 69 7 59 1 65 0.92 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 7_1 - 163 MULE PF10551.4 93 1.8e-05 16.5 0.0 1 1 1.4e-06 2.7e-05 15.9 0.0 19 77 30 91 3 103 0.83 # 62 # 550 # -1 # ID=7_1;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.342 1_13 - 198 MULE PF10551.4 93 3e-05 15.8 0.1 1 1 3.2e-06 6.3e-05 14.7 0.0 18 76 91 146 60 162 0.83 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 5_1 - 62 HEM4 PF02602.10 231 0.00011 13.1 0.1 1 1 5.5e-06 0.00011 13.1 0.1 123 154 22 53 7 60 0.82 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_13 - 198 HEM4 PF02602.10 231 0.00018 12.4 0.0 1 1 1.3e-05 0.00025 11.9 0.0 125 154 24 53 9 70 0.79 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 2_8 - 264 AAA_31 PF13614.1 157 2.5e-11 35.3 0.5 1 1 1.2e-12 4.5e-11 34.5 0.5 1 150 3 155 3 162 0.83 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_13 - 198 AAA_17 PF13207.1 121 1.1e-05 17.9 1.0 1 1 3.6e-07 1.4e-05 17.5 1.0 23 112 24 121 21 179 0.81 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 1_15 - 206 TIGR01141 TIGR01141 349 6.7e-19 59.1 0.1 1 1 3.7e-20 7.2e-19 59.0 0.1 164 341 3 190 1 198 0.82 # 8142 # 8759 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.328 1_14 - 175 TIGR01141 TIGR01141 349 5.2e-16 49.6 0.1 1 1 3.1e-17 6.1e-16 49.4 0.1 20 144 25 164 6 172 0.81 # 7600 # 8124 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 270 TIGR03695 TIGR03695 252 5.2e-13 40.2 0.1 1 2 3.1e-14 1.2e-12 39.0 0.1 3 104 27 130 25 136 0.84 # 9907 # 10716 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.288 1_17 - 270 TIGR03695 TIGR03695 252 5.2e-13 40.2 0.1 2 2 0.095 3.7 -1.9 0.0 190 207 198 215 170 264 0.55 # 9907 # 10716 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.288 2_10 - 595 DDE_Tnp_1_6 PF13751.1 125 2.7e-29 93.3 2.3 1 2 0.017 0.64 1.6 2.1 58 86 300 329 267 350 0.65 # 8021 # 9805 # -1 # ID=2_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.322 2_10 - 595 DDE_Tnp_1_6 PF13751.1 125 2.7e-29 93.3 2.3 2 2 7e-31 2.7e-29 93.3 2.3 1 125 464 593 464 593 0.90 # 8021 # 9805 # -1 # ID=2_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.322 1_5 - 86 TIGR00420 TIGR00420 351 0.00012 12.2 0.1 1 1 3.7e-06 0.00014 12.0 0.1 246 294 20 68 15 80 0.86 # 2388 # 2645 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.322 3_2 - 156 HTH_29 PF13551.1 112 6.3e-14 43.7 0.1 1 1 4.1e-15 8e-14 43.4 0.1 1 109 15 124 15 126 0.83 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_7 - 185 HTH_29 PF13551.1 112 1.6e-06 19.8 0.2 1 2 0.026 0.5 2.2 0.0 40 70 124 155 118 162 0.67 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_29 PF13551.1 112 1.6e-06 19.8 0.2 2 2 1.2e-06 2.3e-05 16.1 0.0 7 37 155 184 149 184 0.83 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_14 - 175 IspD PF01128.14 221 1.6e-05 16.0 0.0 1 2 0.00079 0.031 5.3 0.0 50 85 72 108 43 117 0.86 # 7600 # 8124 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_14 - 175 IspD PF01128.14 221 1.6e-05 16.0 0.0 2 2 6.9e-05 0.0027 8.8 0.0 186 210 128 152 125 159 0.89 # 7600 # 8124 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_7 - 185 HTH_5 PF01022.15 47 7.6e-05 14.0 0.0 1 1 2.2e-05 0.00085 10.6 0.0 8 34 152 178 146 178 0.80 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_24 PF13412.1 48 4.9e-06 17.5 0.1 1 1 4.8e-07 1.9e-05 15.6 0.0 11 36 153 178 152 179 0.92 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_AsnC-type PF13404.1 42 4.5e-05 14.6 0.0 1 1 2.4e-06 9.2e-05 13.6 0.0 14 36 156 178 153 181 0.87 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 7_1 - 163 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 6.8e-44 140.8 1.1 1 1 6.3e-45 8.2e-44 140.6 1.1 3 139 10 141 8 142 0.95 # 62 # 550 # -1 # ID=7_1;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.342 1_13 - 198 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 3.8e-42 135.2 1.3 1 1 4.3e-43 5.7e-42 134.6 1.3 3 129 72 193 70 196 0.92 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 2_11 - 95 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 4.5e-17 53.9 2.4 1 1 6e-18 7.7e-17 53.1 2.4 3 35 63 95 61 95 0.96 # 10008 # 10292 # 1 # ID=2_11;partial=01;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_8 - 83 TIGR02980 TIGR02980 227 4e-05 14.6 0.0 1 1 1.4e-06 5.3e-05 14.2 0.0 193 223 20 50 11 54 0.90 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 HTH_IclR PF09339.5 52 1.1e-06 19.8 0.0 1 1 6.6e-08 2.6e-06 18.6 0.0 18 38 159 179 154 181 0.89 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_12 - 128 Antitoxin-MazE PF04014.13 47 9.4e-07 20.1 0.1 1 1 5.7e-08 2.2e-06 18.9 0.1 1 45 54 97 54 99 0.93 # 6184 # 6567 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.297 1_7 - 185 HTH_7 PF02796.10 45 1.9e-09 28.9 0.1 1 1 1.2e-10 4.7e-09 27.7 0.1 12 44 149 182 139 182 0.85 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_15 - 206 Aminotran_1_2 PF00155.16 363 1.4e-34 111.1 0.0 1 1 7.8e-36 1.5e-34 111.0 0.0 173 363 4 195 1 195 0.91 # 8142 # 8759 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.328 1_14 - 175 Aminotran_1_2 PF00155.16 363 3.2e-22 70.5 0.0 1 1 2e-23 3.8e-22 70.2 0.0 4 154 30 169 27 172 0.90 # 7600 # 8124 # 1 # ID=1_14;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_7 - 185 LacI PF00356.16 46 0.00016 12.9 0.1 1 1 1.3e-05 0.0005 11.3 0.0 4 18 164 178 163 181 0.90 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 Phage_AlpA PF05930.7 51 0.00016 13.0 0.0 1 1 8.4e-06 0.00033 12.0 0.0 7 23 163 179 159 182 0.86 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 4_1 - 56 FUSC_2 PF13515.1 128 2.1e-05 16.1 0.9 1 1 5.4e-07 2.1e-05 16.0 0.9 59 101 4 47 1 53 0.74 # 52 # 219 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.220 1_7 - 185 HTH_23 PF13384.1 50 3.3e-08 24.7 0.0 1 1 8.6e-09 6.7e-08 23.7 0.0 20 41 162 183 146 184 0.86 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 3_2 - 156 HTH_23 PF13384.1 50 7.9e-08 23.5 1.2 1 3 2.4e-06 1.9e-05 15.9 0.0 7 42 15 49 13 58 0.86 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 HTH_23 PF13384.1 50 7.9e-08 23.5 1.2 2 3 0.065 0.5 1.8 0.0 13 25 92 104 71 108 0.75 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 HTH_23 PF13384.1 50 7.9e-08 23.5 1.2 3 3 0.034 0.27 2.7 0.1 29 39 114 124 113 125 0.90 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 5_1 - 62 HTH_23 PF13384.1 50 1.7e-06 19.2 0.2 1 2 0.042 0.33 2.4 0.0 18 27 26 35 17 36 0.80 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 5_1 - 62 HTH_23 PF13384.1 50 1.7e-06 19.2 0.2 2 2 5e-06 3.9e-05 14.9 0.1 28 41 41 54 40 56 0.91 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_13 - 198 HTH_23 PF13384.1 50 1e-05 16.8 2.0 1 1 8.7e-06 6.8e-05 14.1 0.1 28 41 41 54 40 57 0.92 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 2_11 - 95 HTH_23 PF13384.1 50 4.4e-05 14.7 1.1 1 1 1.2e-05 9.1e-05 13.7 0.6 28 41 32 45 31 60 0.93 # 10008 # 10292 # 1 # ID=2_11;partial=01;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_7 - 185 UPF0122 PF04297.9 101 1.6e-05 16.5 0.4 1 1 1.4e-06 5.5e-05 14.8 0.0 23 52 148 178 143 182 0.82 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_6 PF01418.12 77 7.8e-05 14.0 0.0 1 2 0.078 3 -0.7 0.0 60 73 109 122 108 124 0.85 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_6 PF01418.12 77 7.8e-05 14.0 0.0 2 2 1.4e-05 0.00055 11.3 0.0 33 57 158 182 152 184 0.87 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_11 PF08279.7 55 2.5e-09 28.3 0.0 1 2 0.047 1.8 -0.1 0.0 35 50 19 35 13 38 0.82 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_7 - 185 HTH_11 PF08279.7 55 2.5e-09 28.3 0.0 2 2 5.2e-10 2e-08 25.4 0.0 7 34 152 178 147 179 0.88 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_13 - 198 Arg_repressor PF01316.16 70 0.00012 13.3 0.0 1 1 1.5e-05 0.00029 12.0 0.0 24 48 30 54 25 74 0.80 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 5_1 - 62 Arg_repressor PF01316.16 70 0.00024 12.3 0.0 1 1 1.6e-05 0.00031 11.9 0.0 24 47 30 53 24 57 0.92 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_8 - 264 MipZ PF09140.6 261 1.1e-06 19.5 0.2 1 1 2.7e-06 0.0001 13.0 0.2 2 116 4 141 3 154 0.53 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_7 - 185 HTH_28 PF13518.1 52 1.5e-07 23.0 1.0 1 1 2.2e-08 2.2e-07 22.5 0.0 11 37 157 184 151 184 0.86 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 3_2 - 156 HTH_28 PF13518.1 52 1e-06 20.3 2.6 1 2 2.7e-06 2.7e-05 15.8 0.2 2 38 15 51 14 69 0.80 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 HTH_28 PF13518.1 52 1e-06 20.3 2.6 2 2 0.013 0.12 4.1 0.1 24 35 114 125 114 128 0.91 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 5_1 - 62 HTH_28 PF13518.1 52 1.3e-05 16.7 0.5 1 1 2e-06 2e-05 16.2 0.5 14 36 30 54 16 55 0.81 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_13 - 198 HTH_28 PF13518.1 52 3.4e-05 15.4 0.4 1 1 1.3e-05 0.00013 13.6 0.4 15 36 31 54 17 55 0.80 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 1_13 - 198 HTH_Tnp_4 PF13613.1 53 5.7e-05 14.3 0.3 1 1 1.1e-05 0.00021 12.4 0.3 30 49 41 60 18 63 0.84 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 5_1 - 62 HTH_Tnp_4 PF13613.1 53 0.00018 12.6 0.8 1 1 5.2e-05 0.001 10.3 0.8 30 49 41 60 17 61 0.76 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_8 - 264 Fer4_NifH PF00142.13 273 6.8e-07 20.2 0.1 1 1 3e-08 1.2e-06 19.4 0.1 8 69 11 71 3 86 0.75 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 3_2 - 156 S4 PF01479.20 48 6.9e-05 13.9 0.0 1 1 3.7e-06 0.00014 12.9 0.0 14 34 114 134 109 134 0.88 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 MerR_1 PF13411.1 69 1.9e-06 19.2 3.3 1 3 0.006 0.23 2.9 0.0 49 66 18 35 13 38 0.88 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 MerR_1 PF13411.1 69 1.9e-06 19.2 3.3 2 3 1.8e-05 0.00069 11.0 0.1 28 52 60 84 52 90 0.82 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 MerR_1 PF13411.1 69 1.9e-06 19.2 3.3 3 3 0.0016 0.063 4.7 0.2 12 36 114 139 103 143 0.80 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_7 - 185 CENP-B_N PF04218.8 53 4.3e-06 17.7 0.0 1 1 2.5e-07 9.9e-06 16.6 0.0 18 43 154 180 146 182 0.88 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_20 - 99 DUF1129 PF06570.6 206 0.00013 12.8 2.8 1 1 4.3e-06 0.00017 12.5 2.8 139 196 7 71 1 78 0.75 # 11947 # 12243 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.212 1_7 - 185 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 5.9e-05 13.9 0.0 1 1 5.3e-06 0.0001 13.1 0.0 12 47 143 179 142 184 0.92 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_8 - 83 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 0.00014 12.7 0.0 1 1 1.4e-05 0.00027 11.7 0.0 26 47 21 41 20 41 0.93 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 TetR_N PF00440.18 47 6.9e-05 14.1 0.1 1 1 4.6e-06 0.00018 12.8 0.0 18 35 161 178 158 179 0.89 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_13 - 198 rve PF00665.21 120 1.2e-17 55.7 0.7 1 1 8.5e-18 8.3e-17 53.0 0.4 2 117 66 174 65 176 0.93 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 7_1 - 163 rve PF00665.21 120 1.4e-16 52.3 0.5 1 1 1.8e-17 1.8e-16 52.0 0.5 2 117 4 112 3 114 0.92 # 62 # 550 # -1 # ID=7_1;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.342 2_11 - 95 rve PF00665.21 120 1.6e-05 16.6 0.4 1 1 3.7e-06 3.6e-05 15.5 0.2 2 34 57 87 56 95 0.82 # 10008 # 10292 # 1 # ID=2_11;partial=01;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_2 - 167 rve PF00665.21 120 0.00016 13.4 0.0 1 1 2.5e-05 0.00025 12.8 0.0 25 117 37 123 16 124 0.89 # 888 # 1388 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.297 1_8 - 83 HTH_25 PF13413.1 62 2e-06 19.0 0.1 1 1 7.2e-08 2.8e-06 18.5 0.1 2 45 13 56 12 62 0.90 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 5_1 - 62 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 1.6e-05 16.4 0.1 1 1 1.2e-06 2.3e-05 15.9 0.1 7 47 9 54 5 58 0.65 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_11 - 95 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00028 12.4 1.0 1 1 3.9e-05 0.00075 11.1 0.0 33 47 31 45 27 52 0.89 # 10008 # 10292 # 1 # ID=2_11;partial=01;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 3_2 - 156 HTH_38 PF13936.1 44 1.1e-12 39.0 0.4 1 3 6.6e-12 8.6e-11 32.9 0.0 5 43 10 48 6 49 0.92 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 HTH_38 PF13936.1 44 1.1e-12 39.0 0.4 2 3 0.053 0.69 1.2 0.0 12 32 88 108 77 111 0.82 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 3_2 - 156 HTH_38 PF13936.1 44 1.1e-12 39.0 0.4 3 3 0.049 0.64 1.3 0.0 36 44 118 126 113 126 0.86 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_7 - 185 HTH_38 PF13936.1 44 4.1e-07 21.1 0.1 1 1 1.3e-07 1.7e-06 19.2 0.0 20 39 159 178 148 181 0.83 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 5_1 - 62 HTH_38 PF13936.1 44 0.00018 12.6 0.0 1 1 3.3e-05 0.00043 11.5 0.0 30 41 40 51 25 53 0.88 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_8 - 83 Sigma70_r4 PF04545.11 50 1.1e-06 19.5 0.3 1 1 9.6e-08 1.9e-06 18.8 0.0 16 47 17 48 7 51 0.90 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 Sigma70_r4 PF04545.11 50 2.5e-05 15.2 0.0 1 1 3.3e-06 6.5e-05 13.9 0.0 12 42 151 181 149 182 0.88 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 2_10 - 595 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 3.4e-26 83.6 0.5 1 1 8.7e-28 3.4e-26 83.6 0.5 4 213 340 589 337 589 0.74 # 8021 # 9805 # -1 # ID=2_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.322 1_8 - 83 HTH_3 PF01381.17 55 1.2e-11 35.9 0.3 1 1 7.7e-13 1.5e-11 35.6 0.3 1 55 13 68 13 68 0.95 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 HTH_3 PF01381.17 55 2.3e-05 15.8 0.0 1 1 2.8e-06 5.4e-05 14.6 0.0 11 31 161 181 158 183 0.87 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 7_1 - 163 DDE_3 PF13358.1 146 3.9e-09 28.0 0.3 1 1 3e-10 5.8e-09 27.4 0.3 28 95 14 98 1 122 0.71 # 62 # 550 # -1 # ID=7_1;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.342 1_13 - 198 DDE_3 PF13358.1 146 2.3e-07 22.3 0.3 1 1 2.1e-08 4.1e-07 21.4 0.2 26 95 74 143 50 184 0.78 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 1_13 - 198 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 8.3e-08 23.3 3.8 1 2 1.7e-08 2.3e-07 21.8 1.1 7 98 12 99 7 136 0.71 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 1_13 - 198 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 8.3e-08 23.3 3.8 2 2 0.02 0.26 2.0 0.1 243 264 163 184 156 189 0.81 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 5_1 - 62 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 1.1e-05 16.3 0.0 1 1 9.1e-07 1.2e-05 16.2 0.0 10 50 15 55 7 60 0.82 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_11 - 95 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 7.6e-05 13.5 0.3 1 1 7.1e-06 9.3e-05 13.3 0.3 29 95 25 85 20 93 0.70 # 10008 # 10292 # 1 # ID=2_11;partial=01;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_7 - 185 TrmB PF01978.14 68 3.2e-06 18.4 0.4 1 1 2.4e-07 9.2e-06 17.0 0.1 10 42 146 179 144 182 0.87 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 2_8 - 264 CbiA PF01656.18 195 9.6e-31 98.2 0.0 1 1 3.2e-32 1.2e-30 97.9 0.0 1 180 5 211 5 226 0.80 # 6812 # 7603 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.282 1_8 - 83 HTH_26 PF13443.1 63 1e-08 27.0 0.2 1 1 6.6e-10 1.3e-08 26.6 0.2 2 62 13 73 12 74 0.91 # 3907 # 4155 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.241 1_7 - 185 HTH_26 PF13443.1 63 4.3e-05 15.3 0.0 1 1 6.4e-06 0.00012 13.8 0.0 11 32 160 181 154 184 0.86 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 3_2 - 156 S4_2 PF13275.1 65 9.4e-05 13.6 0.5 1 1 6.3e-06 0.00024 12.3 0.5 29 50 122 143 120 144 0.93 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_3 - 90 zf-DHHC PF01529.15 174 0.003 8.5 4.6 1 1 9.2e-05 0.0036 8.3 4.6 92 160 3 73 2 85 0.50 # 1538 # 1807 # 1 # ID=1_3;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.278 2_7 - 326 RepA_N PF06970.6 76 3.8e-36 114.4 3.8 1 1 2.4e-37 9.4e-36 113.1 3.8 1 76 13 89 13 89 0.99 # 5347 # 6324 # -1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.267 3_2 - 156 HTH_32 PF13565.1 77 2.2e-09 29.6 0.7 1 1 5.9e-10 5.8e-09 28.3 0.5 12 77 52 123 41 123 0.60 # 461 # 928 # 1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_13 - 198 HTH_32 PF13565.1 77 6.9e-07 21.7 0.3 1 1 1.2e-06 1.1e-05 17.7 0.2 49 76 26 50 15 51 0.87 # 6754 # 7347 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.342 5_1 - 62 HTH_32 PF13565.1 77 1.1e-06 21.0 0.1 1 1 1.2e-07 1.2e-06 20.9 0.1 48 76 25 50 6 51 0.84 # 127 # 312 # -1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_7 - 185 HTH_32 PF13565.1 77 1.7e-06 20.4 0.1 1 1 9e-07 8.8e-06 18.1 0.0 13 76 124 179 118 179 0.78 # 3342 # 3896 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 2_4 - 107 CO_dh PF02552.11 168 1.1e-06 19.8 1.0 1 1 4e-08 1.6e-06 19.4 0.9 102 135 70 103 39 105 0.83 # 2569 # 2889 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.271 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/0921a23c-85f2-46c8-a05f-05625bf5fb89 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_001442815.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_001442815.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/0921a23c-85f2-46c8-a05f-05625bf5fb89 checkm_output/bins/pGCA_001442815.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/Staphylococcus/training_20210111 # Date: Mon Jan 11 14:53:23 2021 # [ok]