# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_4 - 209 DUF258 PF03193.11 161 2e-09 28.1 0.1 1 1 1e-10 3.1e-09 27.4 0.1 13 67 4 59 1 70 0.87 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_10 - 248 GerE PF00196.14 58 3.3e-06 17.6 1.1 1 2 0.00033 0.0049 7.5 0.1 19 42 2 25 2 27 0.90 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_10 - 248 GerE PF00196.14 58 3.3e-06 17.6 1.1 2 2 0.00014 0.0021 8.7 0.1 21 45 97 121 93 133 0.87 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_27 - 112 GerE PF00196.14 58 5.8e-05 13.7 0.1 1 1 8.1e-06 0.00012 12.6 0.1 11 35 80 104 78 109 0.93 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_4 - 209 TIGR00157 TIGR00157 247 0.0001 12.8 0.1 1 1 5.1e-06 0.00015 12.2 0.1 123 144 28 49 3 67 0.76 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 TIGR01978 TIGR01978 243 1.8e-23 74.1 3.6 1 1 4.3e-24 1.3e-22 71.3 3.6 2 208 3 195 2 201 0.80 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_9 - 114 Phage_CI_repr PF07022.8 66 7.8e-09 26.8 0.0 1 1 3.4e-10 1e-08 26.5 0.0 14 62 17 65 7 69 0.88 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_4 - 209 AAA_18 PF13238.1 129 0.00047 11.7 4.4 1 1 8.1e-05 0.0024 9.4 4.4 3 64 32 120 31 203 0.64 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 AAA_13 PF13166.1 712 1.1e-07 21.9 3.2 1 2 0.00015 0.0046 6.6 1.2 23 77 34 87 13 120 0.64 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 AAA_13 PF13166.1 712 1.1e-07 21.9 3.2 2 2 3.6e-07 1.1e-05 15.2 0.0 525 578 147 198 124 205 0.82 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 MarR_2 PF12802.2 62 6.1e-07 20.3 0.0 1 2 0.012 0.18 2.8 0.1 23 45 112 134 103 137 0.86 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 MarR_2 PF12802.2 62 6.1e-07 20.3 0.0 2 2 1.9e-06 2.9e-05 15.0 0.0 7 47 149 186 144 188 0.90 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_28 - 105 MarR_2 PF12802.2 62 6.3e-06 17.1 0.0 1 1 5.7e-07 8.5e-06 16.7 0.0 10 57 21 65 13 68 0.82 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_4 - 209 TIGR03598 TIGR03598 186 2.6e-05 14.9 0.6 1 1 1.4e-06 4.3e-05 14.1 0.1 16 44 25 53 16 58 0.83 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_9 - 114 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 6.8e-05 13.9 0.0 1 1 1.5e-05 0.00015 12.8 0.0 30 47 17 34 2 35 0.87 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_17 - 192 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 9.5e-05 13.4 0.0 1 1 2.8e-05 0.00028 11.9 0.0 24 55 156 187 147 188 0.90 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_22 - 122 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 0.00023 12.2 0.0 1 2 0.056 0.56 1.3 0.0 33 56 4 27 2 47 0.81 # 22731 # 23096 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_22 - 122 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 0.00023 12.2 0.0 2 2 0.00022 0.0022 9.1 0.0 31 62 58 89 30 94 0.84 # 22731 # 23096 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_4 - 209 Zeta_toxin PF06414.7 201 4.2e-05 13.9 0.0 1 1 2e-06 6e-05 13.4 0.0 14 61 25 73 15 94 0.82 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_9 - 114 HTH_17 PF12728.2 51 5.1e-05 14.8 0.0 1 1 3.7e-06 0.00011 13.7 0.0 4 21 18 35 16 53 0.86 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_4 - 209 AAA_22 PF13401.1 131 6.6e-07 20.8 0.8 1 1 6.8e-08 2e-06 19.2 0.8 4 129 27 195 24 197 0.75 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_9 - 114 HTH_19 PF12844.2 64 1.1e-17 55.1 0.1 1 1 1.2e-18 1.7e-17 54.5 0.1 2 61 5 64 4 66 0.96 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_27 - 112 HTH_19 PF12844.2 64 2.3e-05 15.7 0.3 1 1 3.4e-06 5.1e-05 14.6 0.3 10 34 85 109 82 111 0.90 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00016 12.4 0.7 1 2 0.071 2.1 -0.8 0.1 3 16 24 37 22 38 0.82 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00016 12.4 0.7 2 2 1.5e-05 0.00045 11.0 0.1 18 44 80 105 77 106 0.89 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 Mga PF05043.8 87 3.3e-07 21.8 0.4 1 2 0.007 0.21 3.2 0.1 24 52 104 132 74 137 0.83 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 Mga PF05043.8 87 3.3e-07 21.8 0.4 2 2 4.8e-07 1.4e-05 16.6 0.0 16 55 147 185 143 187 0.93 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 HTH_30 PF13556.1 59 7e-05 13.7 0.0 1 1 4.8e-06 0.00014 12.7 0.0 3 38 151 186 150 187 0.94 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_23 - 126 DUF972 PF06156.8 107 0.034 5.8 9.6 1 3 0.054 1.6 0.4 0.3 29 35 17 23 1 59 0.53 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_23 - 126 DUF972 PF06156.8 107 0.034 5.8 9.6 2 3 0.019 0.56 1.9 0.3 37 73 58 87 25 94 0.55 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_23 - 126 DUF972 PF06156.8 107 0.034 5.8 9.6 3 3 0.00061 0.018 6.6 4.4 24 52 93 121 59 125 0.83 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_18 - 710 DUF1128 PF06569.6 71 0.00022 12.2 0.5 1 1 3.7e-05 0.0011 9.9 0.4 18 39 480 501 477 506 0.90 # 14905 # 17034 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.343 1_4 - 209 AAA_23 PF13476.1 202 5.2e-05 14.8 8.5 1 1 1.2e-05 0.00037 12.1 8.5 10 131 17 138 11 196 0.55 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_9 - 114 HTH_31 PF13560.1 64 4.8e-13 40.4 0.0 1 1 2e-14 6e-13 40.1 0.0 2 59 3 59 2 66 0.95 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_17 - 192 HTH_22 PF13309.1 64 2.2e-08 25.1 0.3 1 2 0.038 0.38 1.9 0.0 23 38 70 85 64 86 0.87 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 HTH_22 PF13309.1 64 2.2e-08 25.1 0.3 2 2 1.3e-07 1.3e-06 19.4 0.1 12 64 136 182 128 182 0.82 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_27 - 112 HTH_22 PF13309.1 64 1.4e-07 22.5 0.7 1 2 0.001 0.01 6.9 0.3 2 41 20 59 19 61 0.93 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 HTH_22 PF13309.1 64 1.4e-07 22.5 0.7 2 2 6.2e-06 6.2e-05 14.0 0.0 43 61 88 106 82 107 0.92 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_10 - 248 HTH_22 PF13309.1 64 4e-05 14.6 1.1 1 1 1.6e-05 0.00016 12.7 0.0 43 64 2 23 1 23 0.92 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_9 - 114 HTH_37 PF13744.1 80 5e-08 24.0 0.6 1 1 2.3e-09 7e-08 23.5 0.6 18 56 2 40 1 63 0.82 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_24 - 225 MULE PF10551.4 93 1.2e-05 16.7 0.1 1 1 1.1e-06 3.3e-05 15.3 0.0 19 78 92 148 76 165 0.82 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_17 - 192 HTH_36 PF13730.1 55 1.3e-05 16.5 0.1 1 1 2.9e-06 2.9e-05 15.4 0.1 28 51 163 186 145 188 0.92 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_11 - 325 HTH_36 PF13730.1 55 5.4e-05 14.5 0.6 1 1 1.3e-05 0.00013 13.3 0.6 2 55 31 95 30 95 0.76 # 8734 # 9708 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_27 - 112 HTH_36 PF13730.1 55 0.00012 13.4 0.0 1 1 2.4e-05 0.00024 12.5 0.0 27 47 89 109 75 110 0.94 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_21 - 727 Hydrolase PF00702.21 215 2.4e-47 153.3 1.5 1 1 3e-48 4.5e-47 152.4 1.5 1 213 408 629 408 631 0.91 # 20558 # 22738 # -1 # ID=1_21;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.404 1_18 - 710 Hydrolase PF00702.21 215 7.6e-42 135.3 0.0 1 1 8.2e-43 1.2e-41 134.6 0.0 1 215 396 612 396 612 0.87 # 14905 # 17034 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.343 1_4 - 209 AAA_17 PF13207.1 121 1.1e-05 17.5 0.3 1 1 2.1e-06 3.2e-05 16.0 0.3 3 49 31 74 30 207 0.75 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_24 - 225 AAA_17 PF13207.1 121 6.9e-05 14.9 0.7 1 1 7.4e-06 0.00011 14.2 0.7 23 112 24 121 19 171 0.81 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_15 - 274 HTH_1 PF00126.22 60 1.8e-20 63.8 0.0 1 1 1.6e-21 4.7e-20 62.4 0.0 2 60 2 60 1 60 0.94 # 11871 # 12692 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_18 - 710 SelP_N PF04592.9 238 0.036 4.6 14.3 1 1 0.0021 0.064 3.8 14.3 180 211 32 63 20 68 0.82 # 14905 # 17034 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.343 1_20 - 549 DDE_Tnp_1_6 PF13751.1 125 1.6e-31 100.1 1.7 1 2 0.012 0.36 2.1 1.8 54 100 224 267 209 277 0.66 # 18549 # 20195 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.291 1_20 - 549 DDE_Tnp_1_6 PF13751.1 125 1.6e-31 100.1 1.7 2 2 5.4e-33 1.6e-31 100.1 1.7 1 125 392 519 392 519 0.95 # 18549 # 20195 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.291 1_29 - 430 ArsB PF02040.10 423 2e-234 769.3 48.8 1 1 7.5e-236 2.3e-234 769.1 48.8 1 423 4 426 4 426 1.00 # 25758 # 27047 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.325 1_28 - 105 HTH_34 PF13601.1 80 2.4e-05 15.6 0.0 1 1 1.2e-06 3.6e-05 15.0 0.0 2 52 18 67 17 76 0.91 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_27 - 112 HTH_29 PF13551.1 112 1.6e-07 22.7 0.1 1 1 5e-08 7.5e-07 20.6 0.0 3 34 79 109 78 110 0.92 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 HTH_29 PF13551.1 112 1.1e-06 20.0 0.6 1 2 0.021 0.31 2.5 0.2 32 68 121 155 118 158 0.73 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 HTH_29 PF13551.1 112 1.1e-06 20.0 0.6 2 2 1.6e-06 2.4e-05 15.7 0.0 7 40 156 188 153 191 0.90 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 MarR PF01047.17 59 5e-06 17.4 0.1 1 1 8.7e-07 1.3e-05 16.1 0.0 1 43 145 186 145 187 0.91 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_28 - 105 MarR PF01047.17 59 2.1e-05 15.4 0.0 1 1 3e-06 4.4e-05 14.4 0.0 16 52 28 64 8 67 0.85 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_28 - 105 HTH_20 PF12840.2 61 8.5e-14 42.4 0.0 1 1 1.1e-14 1.1e-13 42.0 0.0 2 60 8 65 7 66 0.97 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_22 - 122 HTH_20 PF12840.2 61 1.1e-10 32.5 0.2 1 1 1.8e-11 1.8e-10 31.8 0.0 2 61 33 92 32 92 0.97 # 22731 # 23096 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_17 - 192 HTH_20 PF12840.2 61 4.9e-05 14.4 0.0 1 1 2.7e-05 0.00027 12.0 0.0 13 50 150 186 145 188 0.92 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 RuvB_C PF05491.8 76 0.00021 12.2 0.4 1 2 0.038 1.1 0.2 0.1 55 67 121 133 117 139 0.82 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 RuvB_C PF05491.8 76 0.00021 12.2 0.4 2 2 8e-05 0.0024 8.8 0.0 6 43 145 178 142 182 0.86 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_28 - 105 HTH_5 PF01022.15 47 9.9e-22 67.7 0.4 1 1 9.9e-23 9.9e-22 67.7 0.4 1 47 15 61 15 61 0.97 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_22 - 122 HTH_5 PF01022.15 47 1.8e-19 60.5 0.1 1 1 3.9e-20 3.9e-19 59.4 0.1 1 47 40 87 40 87 0.97 # 22731 # 23096 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_17 - 192 HTH_5 PF01022.15 47 0.00015 12.7 0.0 1 1 3.2e-05 0.00032 11.6 0.0 5 41 150 186 147 187 0.86 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 Terminase_5 PF06056.7 58 9.1e-05 13.3 0.1 1 1 5.8e-06 0.00018 12.3 0.1 7 36 154 183 153 190 0.90 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 HTH_24 PF13412.1 48 3.2e-11 33.8 0.2 1 1 2e-12 5.9e-11 32.9 0.2 1 44 145 187 145 188 0.97 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_4 - 209 AAA_21 PF13304.1 303 2e-16 51.9 5.2 1 1 2.4e-15 7.2e-14 43.5 5.2 3 301 31 193 29 195 0.82 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 HTH_AsnC-type PF13404.1 42 7.9e-05 13.5 0.0 1 1 5.6e-06 0.00017 12.4 0.0 3 42 147 185 145 185 0.91 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_24 - 225 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 7.6e-44 140.3 1.5 1 1 3.6e-45 1.1e-43 139.8 1.5 3 139 72 203 70 204 0.95 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_17 - 192 HTH_IclR PF09339.5 52 6e-06 17.1 0.0 1 1 5.7e-07 1.7e-05 15.6 0.0 7 45 151 187 150 188 0.86 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_10 - 248 HTH_10 PF04967.7 53 0.00014 12.7 0.0 1 1 1e-05 0.0003 11.6 0.0 25 46 3 24 2 30 0.87 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 HTH_7 PF02796.10 45 3e-20 63.1 0.1 1 1 4.4e-21 6.7e-20 62.0 0.1 1 44 140 183 140 184 0.98 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_27 - 112 HTH_7 PF02796.10 45 3.5e-19 59.7 0.6 1 1 2.3e-20 3.5e-19 59.7 0.6 1 44 59 110 59 111 0.95 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_4 - 209 SbcCD_C PF13558.1 90 6.9e-06 17.2 0.0 1 1 3.1e-06 9.3e-05 13.6 0.0 11 88 110 174 103 176 0.81 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 HTH_DeoR PF08220.7 57 8.6e-05 13.3 0.0 1 1 1.2e-05 0.00018 12.3 0.0 16 40 162 186 149 189 0.82 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_10 - 248 HTH_DeoR PF08220.7 57 0.00021 12.1 2.0 1 1 2.2e-05 0.00034 11.4 0.0 16 33 3 20 2 30 0.84 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_23 - 126 LacI PF00356.16 46 1.4e-05 15.9 0.4 1 2 0.00013 0.0039 8.1 0.1 27 40 19 32 10 34 0.87 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_23 - 126 LacI PF00356.16 46 1.4e-05 15.9 0.4 2 2 0.0011 0.032 5.1 0.0 5 14 45 54 42 54 0.90 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_8 - 287 Rep_3 PF01051.16 222 8.9e-50 160.5 17.7 1 1 3.7e-51 1.1e-49 160.2 17.7 3 222 4 220 2 220 0.95 # 5417 # 6277 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.266 1_17 - 192 Phage_antitermQ PF06530.7 126 0.00024 11.9 0.0 1 2 0.026 0.79 0.5 0.0 52 94 58 100 37 112 0.82 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_17 - 192 Phage_antitermQ PF06530.7 126 0.00024 11.9 0.0 2 2 6.7e-05 0.002 8.9 0.0 62 102 144 184 141 187 0.91 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_15 - 274 TIGR00651 TIGR00651 304 9e-05 12.9 0.1 1 1 5e-06 0.00015 12.1 0.1 98 193 140 233 128 247 0.88 # 11871 # 12692 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 AAA_10 PF12846.2 304 4.9e-05 14.0 0.2 1 1 2.7e-06 8e-05 13.3 0.1 3 22 29 48 27 75 0.84 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 AAA_16 PF13191.1 185 6.7e-05 14.1 0.5 1 1 3.5e-06 0.00011 13.5 0.5 24 42 27 45 16 200 0.89 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_27 - 112 HTH_23 PF13384.1 50 2.7e-11 34.1 0.7 1 1 8.3e-12 5e-11 33.3 0.1 5 39 75 109 71 110 0.90 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 HTH_23 PF13384.1 50 3.1e-08 24.4 0.0 1 1 1.3e-08 7.8e-08 23.1 0.0 13 41 156 184 150 189 0.86 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_9 - 114 HTH_23 PF13384.1 50 3.9e-07 20.9 0.1 1 1 1.1e-07 6.4e-07 20.2 0.1 8 38 4 36 1 42 0.84 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_10 - 248 HTH_23 PF13384.1 50 6.1e-06 17.1 0.0 1 1 3.1e-06 1.9e-05 15.5 0.0 18 42 2 26 2 32 0.89 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_24 - 225 HTH_23 PF13384.1 50 5.9e-05 14.0 0.3 1 1 0.0001 0.0006 10.8 0.1 29 41 42 54 41 58 0.93 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_28 - 105 TFIIE_alpha PF02002.12 105 4.9e-06 17.3 0.0 1 1 1.9e-07 5.8e-06 17.1 0.0 4 82 7 82 4 97 0.84 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_21 - 727 Hydrolase_3 PF08282.7 254 2.6e-06 18.3 4.0 1 2 0.085 1.3 -0.3 0.1 14 36 547 569 535 589 0.81 # 20558 # 22738 # -1 # ID=1_21;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.404 1_21 - 727 Hydrolase_3 PF08282.7 254 2.6e-06 18.3 4.0 2 2 2.5e-07 3.7e-06 17.8 1.1 194 239 603 649 601 653 0.85 # 20558 # 22738 # -1 # ID=1_21;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.404 1_18 - 710 Hydrolase_3 PF08282.7 254 1e-05 16.4 0.3 1 2 0.0083 0.12 3.0 0.0 10 55 525 570 523 576 0.91 # 14905 # 17034 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.343 1_18 - 710 Hydrolase_3 PF08282.7 254 1e-05 16.4 0.3 2 2 6.9e-07 1e-05 16.4 0.3 193 247 583 637 581 644 0.87 # 14905 # 17034 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.343 1_17 - 192 UPF0122 PF04297.9 101 5.5e-05 14.4 0.1 1 1 5.4e-06 0.00016 12.9 0.0 19 58 146 185 142 188 0.87 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_23 - 126 HTH_6 PF01418.12 77 0.00066 10.7 5.0 1 3 1.4e-05 0.00041 11.3 0.5 2 51 7 56 6 58 0.91 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_23 - 126 HTH_6 PF01418.12 77 0.00066 10.7 5.0 2 3 0.029 0.87 0.7 0.2 3 29 74 100 72 109 0.79 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_23 - 126 HTH_6 PF01418.12 77 0.00066 10.7 5.0 3 3 0.066 2 -0.5 0.1 6 26 95 115 91 122 0.71 # 23334 # 23711 # -1 # ID=1_23;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.307 1_10 - 248 TIGR02168 TIGR02168 1181 0.003 6.1 33.9 1 1 0.00012 0.0037 5.8 33.9 239 452 28 235 2 240 0.66 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 HTH_11 PF08279.7 55 4.4e-09 27.2 0.1 1 1 1.4e-09 1.1e-08 25.9 0.1 4 41 151 186 147 188 0.81 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_10 - 248 HTH_11 PF08279.7 55 1.5e-07 22.3 0.6 1 1 7.3e-08 5.5e-07 20.5 0.1 17 40 3 26 2 31 0.93 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_27 - 112 HTH_11 PF08279.7 55 6.8e-06 17.0 1.2 1 1 1.4e-06 1e-05 16.4 0.1 5 34 80 106 78 107 0.82 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_9 - 114 HTH_11 PF08279.7 55 9.7e-05 13.3 0.2 1 1 2.1e-05 0.00016 12.6 0.2 15 34 15 34 2 34 0.78 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_9 - 114 P22_Cro PF14549.1 60 9.8e-06 16.5 0.1 1 1 5.6e-07 1.7e-05 15.8 0.1 11 30 17 36 16 44 0.89 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_27 - 112 HTH_28 PF13518.1 52 6.4e-10 30.2 0.6 1 1 2e-10 1.2e-09 29.3 0.1 3 33 78 108 78 110 0.95 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 HTH_28 PF13518.1 52 2.2e-05 15.7 0.0 1 1 9.5e-06 5.7e-05 14.4 0.0 8 37 156 185 152 188 0.93 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_9 - 114 HTH_28 PF13518.1 52 3.8e-05 14.9 0.2 1 1 1.4e-05 8.2e-05 13.9 0.2 11 32 14 35 2 38 0.81 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_24 - 225 HTH_28 PF13518.1 52 0.00013 13.2 2.9 1 1 2.8e-05 0.00017 12.9 0.7 14 36 30 54 17 55 0.85 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_10 - 248 HTH_28 PF13518.1 52 0.00022 12.5 0.0 1 1 8.2e-05 0.00049 11.4 0.0 14 37 3 26 1 30 0.91 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_18 - 710 HAD PF12710.2 192 2.2e-18 58.3 0.0 1 1 2.2e-19 3.3e-18 57.7 0.0 3 191 401 608 399 609 0.84 # 14905 # 17034 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.343 1_21 - 727 HAD PF12710.2 192 8.5e-17 53.1 0.0 1 1 1.2e-17 1.9e-16 52.0 0.0 1 191 411 627 411 628 0.61 # 20558 # 22738 # -1 # ID=1_21;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.404 1_27 - 112 HTH_Tnp_1_2 PF13022.1 142 4.9e-05 14.4 0.1 1 2 0.024 0.72 0.9 0.0 26 54 36 66 17 81 0.58 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 HTH_Tnp_1_2 PF13022.1 142 4.9e-05 14.4 0.1 2 2 8.1e-06 0.00024 12.1 0.0 26 56 82 109 67 111 0.79 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_4 - 209 Dynamin_N PF00350.18 168 7.9e-05 13.7 2.1 1 1 7.1e-06 0.00021 12.3 2.1 2 27 31 56 31 196 0.78 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 HTH_Tnp_4 PF13613.1 53 3e-05 14.8 0.0 1 1 2.1e-06 6.2e-05 13.8 0.0 24 45 165 186 159 187 0.90 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_4 - 209 MMR_HSR1 PF01926.18 116 1.8e-05 16.0 2.9 1 1 1.9e-06 5.7e-05 14.3 2.9 3 29 31 55 29 205 0.55 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_29 - 430 CitMHS PF03600.11 351 3.1e-24 76.3 39.4 1 1 2.2e-25 6.5e-24 75.2 39.4 3 350 8 369 2 370 0.80 # 25758 # 27047 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.325 1_27 - 112 CENP-B_N PF04218.8 53 5.1e-10 29.9 3.8 1 2 2.8e-05 0.00083 10.1 0.4 13 35 29 51 27 54 0.87 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 CENP-B_N PF04218.8 53 5.1e-10 29.9 3.8 2 2 9.5e-09 2.9e-07 21.1 0.2 14 46 79 111 78 111 0.95 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_4 - 209 NTPase_1 PF03266.10 168 7.8e-05 13.6 0.4 1 2 0.0012 0.036 5.0 0.0 3 19 31 47 29 57 0.86 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 NTPase_1 PF03266.10 168 7.8e-05 13.6 0.4 2 2 0.00029 0.0086 7.0 0.2 74 136 128 192 104 207 0.74 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 GntR PF00392.16 64 0.00014 12.6 0.0 1 1 8.4e-06 0.00025 11.7 0.0 23 52 162 188 150 189 0.83 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_27 - 112 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 3e-05 14.4 0.0 1 1 1.5e-06 4.5e-05 13.9 0.0 18 47 78 107 73 109 0.86 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_10 - 248 Glu_synthase PF01645.12 368 0.0011 9.0 5.5 1 2 0.07 2.1 -1.8 0.1 17 52 50 84 22 100 0.53 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_10 - 248 Glu_synthase PF01645.12 368 0.0011 9.0 5.5 2 2 1.6e-05 0.00047 10.3 2.9 11 71 100 159 87 162 0.82 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 AAA_15 PF13175.1 415 1.7e-08 25.1 8.5 1 2 6.3e-06 0.00019 11.7 6.2 8 91 12 87 4 124 0.61 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 AAA_15 PF13175.1 415 1.7e-08 25.1 8.5 2 2 1.6e-06 4.7e-05 13.7 2.7 291 414 87 193 62 194 0.66 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 FeoB_N PF02421.13 156 5.5e-05 13.7 3.4 1 2 4.4e-05 0.0013 9.2 0.0 3 24 30 51 28 56 0.89 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_4 - 209 FeoB_N PF02421.13 156 5.5e-05 13.7 3.4 2 2 0.0015 0.045 4.2 1.0 85 131 161 207 129 208 0.76 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_27 - 112 TetR_N PF00440.18 47 4e-05 14.5 0.2 1 1 5.3e-06 8e-05 13.5 0.1 18 35 89 106 85 107 0.92 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 TetR_N PF00440.18 47 0.00014 12.7 0.1 1 1 4.1e-05 0.00061 10.7 0.0 16 36 160 180 158 180 0.92 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_24 - 225 rve PF00665.21 120 3.8e-17 53.8 1.0 1 1 2.6e-18 7.7e-17 52.8 0.3 4 117 68 174 65 176 0.87 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_17 - 192 HTH_Mga PF08280.6 59 0.00041 11.4 1.7 1 1 1.9e-05 0.00056 10.9 0.5 2 45 144 186 143 190 0.90 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_9 - 114 HTH_25 PF13413.1 62 3.3e-05 14.7 0.2 1 1 1.7e-06 5.2e-05 14.1 0.2 3 28 8 33 6 41 0.87 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_27 - 112 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 9.7e-07 20.0 0.1 1 2 0.064 0.64 1.3 0.0 6 36 19 49 18 56 0.74 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 9.7e-07 20.0 0.1 2 2 1.3e-06 1.3e-05 16.4 0.0 15 42 80 106 78 109 0.88 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_10 - 248 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00013 13.1 0.8 1 2 0.0003 0.003 8.8 0.0 24 50 2 29 1 57 0.71 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_10 - 248 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00013 13.1 0.8 2 2 0.046 0.46 1.8 0.7 36 74 107 146 102 148 0.77 # 7565 # 8308 # -1 # ID=1_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_24 - 225 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00028 12.1 0.3 1 1 5.5e-05 0.00055 11.1 0.3 24 47 29 54 5 73 0.79 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_9 - 114 Phage_terminase PF10668.4 60 0.00011 13.2 0.5 1 1 6e-06 0.00018 12.5 0.5 24 47 17 40 8 46 0.86 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_27 - 112 HTH_38 PF13936.1 44 6.4e-09 26.6 1.6 1 2 0.051 0.77 0.7 0.2 6 21 33 48 26 55 0.64 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 HTH_38 PF13936.1 44 6.4e-09 26.6 1.6 2 2 1.3e-09 2e-08 25.0 0.1 15 39 82 106 71 107 0.90 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 HTH_38 PF13936.1 44 3.9e-06 17.6 0.0 1 1 7e-07 1.1e-05 16.3 0.0 13 41 153 181 143 183 0.86 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_27 - 112 Sigma70_r4 PF04545.11 50 2.2e-05 15.0 0.1 1 1 2.5e-06 3.7e-05 14.3 0.1 9 41 72 108 69 110 0.85 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_9 - 114 Sigma70_r4 PF04545.11 50 2.2e-05 15.0 0.1 1 1 4.6e-06 6.9e-05 13.4 0.1 16 41 11 36 5 38 0.85 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_20 - 549 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 7.9e-35 111.5 0.2 1 1 2.6e-36 7.9e-35 111.5 0.2 8 213 268 515 261 515 0.94 # 18549 # 20195 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.291 1_17 - 192 HTH_Tnp_IS630 PF01710.11 120 8e-05 13.6 0.0 1 1 1e-05 0.00015 12.6 0.0 17 42 159 184 137 191 0.85 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_27 - 112 HTH_Tnp_IS630 PF01710.11 120 8.9e-05 13.4 0.8 1 1 7.9e-06 0.00012 13.0 0.2 10 37 79 106 75 111 0.93 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_27 - 112 HTH_40 PF14493.1 91 1.2e-05 16.8 0.6 1 1 1.4e-06 2.1e-05 16.0 0.1 7 31 81 105 78 106 0.93 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_17 - 192 HTH_40 PF14493.1 91 3.3e-05 15.3 0.0 1 1 4.5e-06 6.8e-05 14.3 0.0 8 39 155 186 153 190 0.89 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_9 - 114 HTH_3 PF01381.17 55 3.4e-18 56.6 0.1 1 1 3.2e-19 4.8e-18 56.1 0.1 1 54 7 60 7 61 0.97 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_27 - 112 HTH_3 PF01381.17 55 1.4e-06 19.4 0.2 1 1 9.3e-08 1.4e-06 19.4 0.2 6 32 84 110 81 111 0.91 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_24 - 225 DDE_3 PF13358.1 146 5.1e-07 20.7 0.2 1 1 2.2e-08 6.5e-07 20.4 0.2 17 95 67 144 26 197 0.81 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_24 - 225 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 6.2e-09 26.6 1.5 1 2 1.3e-09 3.8e-08 24.0 0.4 15 104 20 103 7 135 0.75 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_24 - 225 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 6.2e-09 26.6 1.5 2 2 0.0084 0.25 1.6 0.0 243 261 163 180 156 189 0.78 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_17 - 192 TrmB PF01978.14 68 6.8e-07 20.2 0.1 1 1 2.2e-07 1.7e-06 19.0 0.1 8 48 147 186 144 188 0.78 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_28 - 105 TrmB PF01978.14 68 2.7e-06 18.3 0.0 1 1 6.3e-07 4.7e-06 17.5 0.0 16 63 23 71 22 75 0.92 # 25444 # 25758 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.292 1_27 - 112 TrmB PF01978.14 68 5e-05 14.3 0.6 1 1 1.3e-05 9.5e-05 13.4 0.2 17 42 83 107 75 110 0.81 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_22 - 122 TrmB PF01978.14 68 0.00012 13.1 0.1 1 1 8.9e-05 0.00067 10.6 0.0 19 65 52 98 46 101 0.89 # 22731 # 23096 # -1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_9 - 114 HTH_26 PF13443.1 63 1.2e-07 23.1 0.0 1 1 4.8e-09 1.4e-07 22.9 0.0 9 58 14 62 2 66 0.88 # 6364 # 6705 # 1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.336 1_29 - 430 Na_sulph_symp PF00939.14 471 6.2e-15 46.1 45.3 1 3 1.3e-11 3.8e-10 30.3 18.8 271 416 4 146 1 153 0.82 # 25758 # 27047 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.325 1_29 - 430 Na_sulph_symp PF00939.14 471 6.2e-15 46.1 45.3 2 3 1.5e-08 4.6e-07 20.2 11.8 206 367 165 329 140 381 0.74 # 25758 # 27047 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.325 1_29 - 430 Na_sulph_symp PF00939.14 471 6.2e-15 46.1 45.3 3 3 0.00048 0.014 5.3 2.2 198 238 385 424 330 427 0.78 # 25758 # 27047 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.325 1_4 - 209 ABC_tran PF00005.22 137 2.9e-37 119.2 0.1 1 1 1.3e-38 4e-37 118.8 0.1 1 136 17 159 17 160 0.93 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_27 - 112 HTH_8 PF02954.14 42 0.0001 13.1 0.1 1 1 6.8e-06 0.0002 12.1 0.0 18 37 87 106 80 108 0.85 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_4 - 209 SMC_N PF02463.14 220 6.4e-08 23.2 5.3 1 1 8.6e-09 2.6e-07 21.3 5.3 19 213 21 205 4 208 0.75 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_17 - 192 Trp_repressor PF01371.14 88 4e-05 14.8 0.4 1 1 2e-05 0.00031 11.9 0.0 39 76 150 187 146 191 0.87 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_27 - 112 Trp_repressor PF01371.14 88 4.8e-05 14.5 1.3 1 1 3.9e-06 5.8e-05 14.2 0.4 39 72 78 110 72 110 0.93 # 25048 # 25383 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.304 1_4 - 209 AAA_29 PF13555.1 62 1.1e-07 22.6 0.1 1 1 6.5e-09 2e-07 21.8 0.1 13 40 18 44 12 48 0.84 # 2978 # 3604 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.293 1_11 - 325 RepA_N PF06970.6 76 1.3e-36 115.5 3.8 1 1 1.1e-37 3.4e-36 114.2 3.8 1 76 14 89 14 89 0.98 # 8734 # 9708 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.279 1_24 - 225 HTH_32 PF13565.1 77 1.2e-06 20.5 0.1 1 2 1.7e-06 2.6e-05 16.2 0.1 48 76 25 50 9 51 0.86 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_24 - 225 HTH_32 PF13565.1 77 1.2e-06 20.5 0.1 2 2 0.053 0.8 1.9 0.0 33 73 140 183 112 185 0.75 # 23807 # 24481 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.332 1_17 - 192 HTH_32 PF13565.1 77 5e-06 18.5 0.3 1 1 7e-07 1.1e-05 17.5 0.3 19 77 131 181 118 181 0.80 # 14147 # 14722 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.314 1_2 - 645 MgtE PF01769.11 135 0.036 5.6 19.7 1 2 0.0013 0.039 5.5 6.6 35 107 195 261 185 264 0.89 # 717 # 2651 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.252 1_2 - 645 MgtE PF01769.11 135 0.036 5.6 19.7 2 2 0.0022 0.065 4.8 5.2 45 104 539 598 522 630 0.88 # 717 # 2651 # 1 # ID=1_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.252 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b2 (February 2015) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/75bfcf7d-83f3-4a58-a9a6-daed54325121 # Target file: checkm_output/bins/pGCA_001027105.1.assembled/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pGCA_001027105.1.assembled/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/75bfcf7d-83f3-4a58-a9a6-daed54325121 checkm_output/bins/pGCA_001027105.1.assembled/genes.faa # Current dir: /mnt/DGK_KLIF/data/klif/reads-for-assembly/trainingsets2/Staphylococcus/training_20210111 # Date: Mon Jan 11 14:52:57 2021 # [ok]