# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_47 - 447 KaiC PF06745.8 227 1.3e-10 34.2 0.3 1 3 0.018 1.3 1.4 0.0 116 163 70 120 23 169 0.77 # 41571 # 42911 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528 1_47 - 447 KaiC PF06745.8 227 1.3e-10 34.2 0.3 2 3 1e-10 7.2e-09 28.4 0.0 2 159 191 367 190 387 0.62 # 41571 # 42911 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528 1_47 - 447 KaiC PF06745.8 227 1.3e-10 34.2 0.3 3 3 0.013 0.89 1.9 0.1 65 137 342 412 336 432 0.66 # 41571 # 42911 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528 1_6 - 341 KaiC PF06745.8 227 1.1e-05 18.0 0.0 1 1 2.5e-07 1.7e-05 17.4 0.0 13 46 27 60 11 76 0.74 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_6 - 341 RecA PF00154.16 323 4.7e-47 153.9 0.0 1 1 5.3e-49 7.4e-47 153.3 0.0 47 281 27 288 3 314 0.81 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_16 - 1015 HHH_3 PF12836.2 65 0.0011 12.4 0.0 1 2 0.014 2 1.9 0.0 19 40 793 814 790 817 0.92 # 9033 # 12077 # -1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.534 1_16 - 1015 HHH_3 PF12836.2 65 0.0011 12.4 0.0 2 2 0.00046 0.064 6.7 0.0 19 48 900 930 895 932 0.81 # 9033 # 12077 # -1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.534 1_87 - 141 ABC_tran PF00005.22 137 3.7e-06 20.7 0.0 1 1 2e-07 5.6e-06 20.1 0.0 79 134 25 80 4 83 0.74 # 80927 # 81349 # -1 # ID=1_87;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.527 1_132 - 195 ABC_tran PF00005.22 137 4.7e-05 17.1 0.0 1 1 2.9e-06 8.1e-05 16.3 0.0 85 126 81 121 6 125 0.60 # 116383 # 116967 # -1 # ID=1_132;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.526 1_123 - 215 ABC_tran PF00005.22 137 0.00016 15.3 0.0 1 1 1.2e-05 0.00032 14.4 0.0 13 34 4 25 2 31 0.89 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_88 - 73 ABC_tran PF00005.22 137 0.00025 14.7 0.0 1 1 1.5e-05 0.00041 14.1 0.0 1 23 39 61 39 65 0.95 # 81346 # 81564 # -1 # ID=1_88;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_133 - 453 ABC_tran PF00005.22 137 0.0027 11.4 2.4 1 1 0.00081 0.023 8.4 2.2 19 33 41 55 40 371 0.89 # 116942 # 118300 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_33 - 187 HTH_22 PF13309.1 64 3.9e-05 16.8 0.5 1 2 0.044 6.1 0.1 0.0 23 38 70 85 57 85 0.79 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_33 - 187 HTH_22 PF13309.1 64 3.9e-05 16.8 0.5 2 2 3e-06 0.00042 13.5 0.0 47 64 166 183 164 183 0.92 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_137 - 398 HSP70 PF00012.15 602 0.021 6.0 13.8 1 1 0.00026 0.036 5.2 13.8 501 580 164 244 146 262 0.71 # 120635 # 121828 # 1 # ID=1_137;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.456 1_54 - 174 HHH_5 PF14520.1 60 0.00014 15.4 0.1 1 2 0.0031 0.43 4.2 0.1 27 56 41 82 33 88 0.62 # 46393 # 46914 # 1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.452 1_54 - 174 HHH_5 PF14520.1 60 0.00014 15.4 0.1 2 2 0.00014 0.019 8.6 0.0 13 43 104 133 92 165 0.82 # 46393 # 46914 # 1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.452 1_107 - 519 N6_Mtase PF02384.11 311 1.7e-115 378.7 0.4 1 1 1.6e-117 2.3e-115 378.3 0.4 2 310 171 479 170 480 0.97 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_91 - 520 Helicase_C PF00271.26 78 1.3e-14 47.3 0.0 1 1 3e-16 4.2e-14 45.6 0.0 2 78 387 463 386 463 0.97 # 82993 # 84552 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_123 - 215 Cytidylate_kin2 PF13189.1 179 6.8e-05 16.2 0.0 1 1 9.1e-07 0.00013 15.3 0.0 2 30 5 33 4 68 0.92 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_21 - 127 HTH_38 PF13936.1 44 0.00057 12.8 0.0 1 2 0.0015 0.21 4.6 0.0 32 41 24 33 21 36 0.79 # 16475 # 16855 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.499 1_21 - 127 HTH_38 PF13936.1 44 0.00057 12.8 0.0 2 2 0.00062 0.087 5.9 0.0 5 17 94 106 92 112 0.87 # 16475 # 16855 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.499 1_28 - 258 UvrD-helicase PF00580.16 315 0.0018 10.9 0.3 1 2 0.0019 0.26 3.8 0.1 21 50 77 104 55 105 0.72 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 UvrD-helicase PF00580.16 315 0.0018 10.9 0.3 2 2 0.00068 0.095 5.3 0.0 259 294 174 209 165 210 0.87 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_130 - 190 RuvC PF02075.12 149 0.00053 13.2 0.1 1 1 7.1e-06 0.00099 12.3 0.0 1 120 7 131 7 140 0.83 # 115068 # 115637 # -1 # ID=1_130;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.488 1_28 - 258 AAA_19 PF13245.1 76 3.8e-05 16.8 0.3 1 1 2.5e-06 0.00012 15.2 0.0 13 40 73 99 62 115 0.78 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_123 - 215 AAA_19 PF13245.1 76 0.00034 13.7 0.2 1 1 2.1e-05 0.00097 12.3 0.2 15 42 7 27 4 49 0.78 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_82 - 419 AAA_19 PF13245.1 76 0.0013 11.9 0.0 1 1 5.4e-05 0.0025 11.0 0.0 22 58 36 70 20 94 0.79 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_53 - 222 CbiA PF01656.18 195 4.2e-16 52.3 0.1 1 1 4.4e-18 6.1e-16 51.7 0.1 1 179 5 168 5 188 0.75 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_123 - 215 PRK PF00485.13 194 0.00026 13.9 0.0 1 1 5.8e-06 0.0004 13.3 0.0 2 33 5 36 4 64 0.85 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_53 - 222 PRK PF00485.13 194 0.0005 13.0 0.0 1 1 1.8e-05 0.0013 11.7 0.0 1 48 4 56 4 70 0.75 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_1 - 406 Rep_3 PF01051.16 222 1.6e-27 89.9 0.5 1 1 2e-29 2.8e-27 89.1 0.5 3 215 72 336 70 341 0.88 # 188 # 1405 # 1 # ID=1_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.494 1_133 - 453 AAA_23 PF13476.1 202 1e-20 68.3 0.1 1 1 3.9e-21 2.7e-19 63.6 0.1 2 196 6 261 5 415 0.72 # 116942 # 118300 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_123 - 215 AAA_23 PF13476.1 202 0.0011 12.7 1.4 1 1 2.5e-05 0.0017 12.0 1.4 24 39 7 22 5 23 0.93 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_121 - 186 TIGR00573 TIGR00573 217 2.7e-18 59.3 0.0 1 1 2.4e-20 3.3e-18 59.0 0.0 13 175 9 173 2 179 0.87 # 106584 # 107141 # -1 # ID=1_121;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.493 1_54 - 174 TIGR00575 TIGR00575 652 2.4e-23 75.4 0.0 1 1 2.2e-25 3e-23 75.0 0.0 428 566 26 164 18 172 0.94 # 46393 # 46914 # 1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.452 1_123 - 215 AAA_24 PF13479.1 213 0.0013 11.7 0.1 1 1 2.1e-05 0.0029 10.6 0.1 5 25 4 24 2 149 0.69 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_107 - 519 Methyltransf_26 PF13659.1 117 6.4e-13 42.2 0.0 1 1 9.8e-15 1.4e-12 41.1 0.0 3 114 220 354 218 357 0.74 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_28 - 258 AAA_30 PF13604.1 196 4.4e-08 26.3 1.7 1 1 3.6e-09 5e-07 22.8 1.7 6 133 59 210 54 219 0.82 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_137 - 398 DUF106 PF01956.11 168 0.019 7.9 7.2 1 1 0.00044 0.062 6.2 7.1 42 104 177 269 151 271 0.78 # 120635 # 121828 # 1 # ID=1_137;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.456 1_132 - 195 SMC_N PF02463.14 220 2.8e-09 29.9 0.0 1 1 4.4e-11 3.1e-09 29.7 0.0 120 200 57 174 6 191 0.75 # 116383 # 116967 # -1 # ID=1_132;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.526 1_133 - 453 SMC_N PF02463.14 220 0.0001 14.9 2.9 1 1 2e-06 0.00014 14.5 2.9 5 117 6 113 3 422 0.83 # 116942 # 118300 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_53 - 222 MipZ PF09140.6 261 3.2e-16 52.5 0.3 1 1 2.2e-16 3e-14 46.0 0.3 2 148 4 131 3 144 0.83 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_107 - 519 UPF0020 PF01170.13 180 2.3e-08 27.2 0.0 1 1 4.9e-10 6.9e-08 25.6 0.0 10 117 201 304 195 311 0.76 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_37 - 421 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 1.1e-34 113.2 0.2 1 1 3.4e-36 2.4e-34 112.1 0.0 6 213 128 362 123 362 0.96 # 32955 # 34217 # -1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_35 - 323 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 3.4e-24 78.9 0.8 1 1 6.9e-26 4.8e-24 78.4 0.8 4 205 130 301 127 308 0.88 # 30827 # 31795 # -1 # ID=1_35;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.534 1_123 - 215 AAA_21 PF13304.1 303 0.00099 12.5 0.0 1 1 9.7e-06 0.0014 12.0 0.0 3 21 6 24 5 54 0.83 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_28 - 258 AAA PF00004.24 132 2.9e-05 17.7 0.1 1 1 8.3e-06 0.00029 14.4 0.2 4 22 75 95 72 205 0.68 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_17 - 282 AAA PF00004.24 132 0.00045 13.8 0.0 1 1 3.2e-05 0.0011 12.6 0.0 2 35 42 75 41 97 0.85 # 12258 # 13103 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.527 1_123 - 215 AAA PF00004.24 132 0.00048 13.7 0.0 1 1 2.3e-05 0.00079 13.0 0.0 3 35 7 39 5 115 0.84 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_6 - 341 AAA PF00004.24 132 0.0011 12.6 0.0 1 1 7.3e-05 0.0025 11.4 0.0 3 74 38 140 36 179 0.72 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_52 - 121 KorB PF08535.5 93 0.00033 14.2 0.0 1 1 3.2e-06 0.00044 13.8 0.0 26 89 56 115 46 119 0.76 # 45126 # 45488 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.499 1_84 - 89 LexA_DNA_bind PF01726.11 65 4.5e-06 19.6 0.1 1 1 1.1e-07 1.6e-05 17.8 0.1 3 64 2 63 1 64 0.90 # 79508 # 79774 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_107 - 519 Eco57I PF07669.6 106 6.3e-07 23.1 0.1 1 2 1.4e-07 2e-05 18.3 0.0 3 104 294 406 291 408 0.81 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_107 - 519 Eco57I PF07669.6 106 6.3e-07 23.1 0.1 2 2 0.022 3.1 1.6 0.0 54 85 412 444 409 452 0.85 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_28 - 258 DEAD_2 PF06733.10 174 0.001 11.9 0.0 1 1 1.2e-05 0.0016 11.2 0.0 143 165 169 191 147 199 0.80 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 AAA_16 PF13191.1 185 0.00018 14.9 0.0 1 2 7.6e-06 0.001 12.4 0.0 24 63 69 111 53 144 0.62 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 AAA_16 PF13191.1 185 0.00018 14.9 0.0 2 2 0.089 12 -0.9 0.0 152 173 173 195 163 202 0.77 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 AAA_22 PF13401.1 131 1.4e-09 31.5 0.1 1 2 0.013 0.6 3.6 0.0 71 97 4 36 2 47 0.87 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 AAA_22 PF13401.1 131 1.4e-09 31.5 0.1 2 2 1.5e-08 6.9e-07 22.9 0.1 3 112 68 195 65 212 0.67 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_47 - 447 AAA_22 PF13401.1 131 0.00093 12.7 0.1 1 1 8.2e-05 0.0038 10.8 0.1 3 118 208 361 203 371 0.68 # 41571 # 42911 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528 1_17 - 282 AAA_22 PF13401.1 131 0.0011 12.6 0.0 1 1 4.1e-05 0.0019 11.7 0.0 7 60 41 86 39 94 0.91 # 12258 # 13103 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.527 1_27 - 120 TIGR00365 TIGR00365 99 4.3e-05 16.7 0.0 1 1 3.9e-07 5.5e-05 16.4 0.0 26 81 48 109 35 116 0.83 # 21757 # 22116 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.492 1_33 - 187 NUMOD1 PF07453.8 37 0.0011 12.2 0.0 1 1 1.5e-05 0.0021 11.4 0.0 20 37 165 182 164 182 0.92 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_88 - 73 AAA_29 PF13555.1 62 2e-05 17.4 0.0 1 1 4.7e-07 3.3e-05 16.8 0.0 8 35 35 61 31 63 0.92 # 81346 # 81564 # -1 # ID=1_88;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_133 - 453 AAA_29 PF13555.1 62 0.00072 12.5 0.0 1 1 3e-05 0.0021 11.0 0.0 31 51 41 61 5 65 0.86 # 116942 # 118300 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_53 - 222 SRP54 PF00448.17 196 0.001 11.9 1.2 1 1 1.7e-05 0.0024 10.7 1.2 3 43 4 46 2 109 0.77 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_123 - 215 AAA_28 PF13521.1 163 1.5e-10 34.7 0.0 1 1 1.3e-12 1.9e-10 34.3 0.0 1 99 4 99 4 156 0.77 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_121 - 186 RNase_H_2 PF13482.1 164 5.2e-09 29.5 0.0 1 1 1.2e-09 1.6e-07 24.6 0.0 3 120 8 153 6 159 0.67 # 106584 # 107141 # -1 # ID=1_121;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.493 1_37 - 421 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 4.5e-27 87.6 3.5 1 2 0.0052 0.72 1.2 0.0 11 42 5 36 3 62 0.72 # 32955 # 34217 # -1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_37 - 421 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 4.5e-27 87.6 3.5 2 2 1.5e-28 2e-26 85.4 2.2 137 438 122 418 41 420 0.82 # 32955 # 34217 # -1 # ID=1_37;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_33 - 187 HTH_23 PF13384.1 50 1.5e-05 18.0 0.6 1 1 2.5e-07 3.5e-05 16.8 0.0 11 39 154 183 144 184 0.81 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_33 - 187 HTH_7 PF02796.10 45 4e-15 48.8 0.1 1 1 6.4e-17 8.9e-15 47.7 0.1 1 44 141 184 141 185 0.98 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_21 - 127 HTH_19 PF12844.2 64 1.4e-05 18.5 0.0 1 1 1.6e-07 2.2e-05 17.9 0.0 14 62 25 74 24 76 0.93 # 16475 # 16855 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.499 1_33 - 187 HTH_29 PF13551.1 112 4.6e-05 17.0 3.1 1 2 0.06 8.4 0.0 0.0 19 104 63 85 22 93 0.61 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_33 - 187 HTH_29 PF13551.1 112 4.6e-05 17.0 3.1 2 2 9e-06 0.0012 12.3 1.6 33 108 122 182 115 183 0.64 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_8 - 315 TIGR00593 TIGR00593 890 2.4e-37 121.7 0.0 1 1 2e-39 2.8e-37 121.5 0.0 3 269 5 278 3 305 0.83 # 4461 # 5405 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.529 1_91 - 520 TIGR00595 TIGR00595 509 0.00031 12.4 0.1 1 1 5.6e-06 0.00078 11.1 0.0 300 339 403 442 373 451 0.82 # 82993 # 84552 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_107 - 519 Methyltransf_31 PF13847.1 152 0.00033 13.7 0.0 1 1 4e-06 0.00056 12.9 0.0 5 110 219 355 215 438 0.68 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_28 - 258 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00016 14.8 0.0 1 1 2e-06 0.00028 14.0 0.0 16 131 65 184 60 204 0.73 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 PhoH PF02562.11 205 3.6e-78 254.8 0.0 1 1 9.3e-80 4.3e-78 254.6 0.0 2 204 52 256 51 257 0.98 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_82 - 419 PhoH PF02562.11 205 0.00056 12.5 0.0 1 1 0.0001 0.0048 9.5 0.0 47 138 52 136 13 146 0.62 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_6 - 341 PhoH PF02562.11 205 0.0012 11.4 0.0 1 1 4.8e-05 0.0022 10.6 0.0 20 48 34 62 26 77 0.89 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_17 - 282 AAA_5 PF07728.9 139 9.2e-19 60.9 0.0 1 1 1e-20 1.4e-18 60.3 0.0 4 126 43 163 42 182 0.92 # 12258 # 13103 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.527 1_110 - 832 ResIII PF04851.10 184 6.3e-35 114.0 0.1 1 1 3.3e-36 2.3e-34 112.2 0.1 3 183 193 361 191 362 0.89 # 97656 # 100151 # 1 # ID=1_110;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_91 - 520 ResIII PF04851.10 184 1.2e-17 57.7 0.0 1 1 3e-19 2.1e-17 56.9 0.0 6 183 99 268 96 269 0.85 # 82993 # 84552 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_110 - 832 SNF2_N PF00176.18 299 2.2e-05 16.7 0.0 1 1 6.1e-07 4.3e-05 15.8 0.0 1 173 197 361 197 375 0.77 # 97656 # 100151 # 1 # ID=1_110;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_91 - 520 SNF2_N PF00176.18 299 3.8e-05 15.9 0.0 1 1 9.2e-07 6.4e-05 15.2 0.0 107 181 187 276 172 285 0.84 # 82993 # 84552 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_53 - 222 TIGR01968 TIGR01968 261 2.4e-11 36.5 7.2 1 2 1.5e-07 2.1e-05 17.0 2.0 2 40 3 42 2 46 0.86 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_53 - 222 TIGR01968 TIGR01968 261 2.4e-11 36.5 7.2 2 2 2.7e-09 3.8e-07 22.7 0.3 98 200 68 174 54 204 0.86 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_123 - 215 AAA_18 PF13238.1 129 2.9e-07 24.2 0.2 1 1 6.6e-09 9.2e-07 22.6 0.2 1 108 5 142 5 167 0.62 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_33 - 187 HTH_psq PF05225.11 45 0.0004 13.3 0.0 1 1 7.4e-06 0.001 12.0 0.0 20 38 165 183 164 185 0.91 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_121 - 186 TIGR01406 TIGR01406 231 1.8e-22 73.1 0.0 1 1 1.7e-24 2.3e-22 72.8 0.0 5 165 8 168 3 175 0.87 # 106584 # 107141 # -1 # ID=1_121;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.493 1_137 - 398 DUF87 PF01935.12 229 0.0059 9.8 6.7 1 1 3.1e-05 0.0043 10.2 4.9 72 195 123 238 102 280 0.65 # 120635 # 121828 # 1 # ID=1_137;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.456 1_33 - 187 HTH_28 PF13518.1 52 5.3e-06 19.8 0.1 1 1 3.8e-08 5.3e-06 19.8 0.1 8 34 156 183 149 184 0.83 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_47 - 447 DnaB_C PF03796.10 259 3.9e-13 42.2 0.3 1 1 4.2e-15 5.9e-13 41.6 0.3 2 253 190 435 189 441 0.79 # 41571 # 42911 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528 1_107 - 519 TIGR03533 TIGR03533 284 1.1e-06 21.1 0.0 1 1 1.7e-08 2.4e-06 20.1 0.0 118 200 214 304 201 314 0.83 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_107 - 519 TIGR03534 TIGR03534 253 6.2e-10 32.0 0.0 1 1 7.2e-12 1e-09 31.3 0.0 84 166 210 303 196 350 0.76 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_82 - 419 Terminase_GpA PF05876.7 557 6.9e-05 14.7 0.0 1 1 8.2e-07 0.00011 13.9 0.0 34 149 25 132 10 136 0.77 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_121 - 186 TIGR01298 TIGR01298 200 2.6e-07 23.6 0.3 1 1 5.8e-08 8e-06 18.8 0.3 13 186 8 169 3 176 0.73 # 106584 # 107141 # -1 # ID=1_121;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.493 1_33 - 187 HTH_10 PF04967.7 53 8.6e-05 15.5 0.3 1 2 0.066 9.2 -0.6 0.1 3 16 124 137 123 156 0.74 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_33 - 187 HTH_10 PF04967.7 53 8.6e-05 15.5 0.3 2 2 4.1e-06 0.00057 12.9 0.0 28 45 166 183 164 184 0.93 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_123 - 215 HTH_33 PF13592.1 60 0.001 12.0 0.0 1 1 1.2e-05 0.0017 11.3 0.0 10 36 18 44 16 52 0.92 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_6 - 341 Rad51 PF08423.6 256 1.2e-05 17.7 0.0 1 2 1.1e-06 0.00015 14.0 0.0 31 85 26 74 5 118 0.86 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_6 - 341 Rad51 PF08423.6 256 1.2e-05 17.7 0.0 2 2 0.0076 1.1 1.5 0.0 169 207 177 212 143 239 0.78 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_133 - 453 MMR_HSR1 PF01926.18 116 0.00093 12.6 0.2 1 2 6.7e-05 0.0093 9.3 0.0 10 57 44 156 41 234 0.49 # 116942 # 118300 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_133 - 453 MMR_HSR1 PF01926.18 116 0.00093 12.6 0.2 2 2 0.079 11 -0.6 0.0 69 104 365 404 330 441 0.60 # 116942 # 118300 # -1 # ID=1_133;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_91 - 520 DEAD PF00270.24 169 1.6e-13 43.8 0.0 1 2 5.7e-13 2e-11 37.0 0.0 2 162 99 267 98 274 0.70 # 82993 # 84552 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_91 - 520 DEAD PF00270.24 169 1.6e-13 43.8 0.0 2 2 0.0079 0.27 4.0 0.0 64 102 384 425 376 428 0.77 # 82993 # 84552 # 1 # ID=1_91;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_110 - 832 DEAD PF00270.24 169 4e-09 29.5 0.0 1 1 4.3e-10 1.5e-08 27.7 0.0 22 142 230 346 216 364 0.74 # 97656 # 100151 # 1 # ID=1_110;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_28 - 258 DEAD PF00270.24 169 0.00063 12.6 0.2 1 2 0.00032 0.011 8.6 0.1 17 52 72 107 56 115 0.78 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 DEAD PF00270.24 169 0.00063 12.6 0.2 2 2 0.044 1.5 1.6 0.0 120 136 172 188 163 205 0.70 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_82 - 419 DEAD PF00270.24 169 0.00064 12.6 0.0 1 1 5.7e-05 0.002 11.0 0.0 25 132 35 130 15 149 0.78 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_28 - 258 DUF2075 PF09848.4 352 8.8e-06 18.2 0.0 1 1 2e-07 1.4e-05 17.5 0.0 1 101 69 189 69 207 0.74 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_81 - 271 DUF2075 PF09848.4 352 0.00037 12.9 1.2 1 1 7e-06 0.00049 12.5 1.2 136 260 38 171 32 196 0.73 # 76587 # 77399 # -1 # ID=1_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.496 1_1 - 406 HTH_36 PF13730.1 55 1.7e-06 21.5 0.0 1 2 0.012 1.7 2.3 0.0 26 47 165 186 148 187 0.81 # 188 # 1405 # 1 # ID=1_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.494 1_1 - 406 HTH_36 PF13730.1 55 1.7e-06 21.5 0.0 2 2 5.5e-07 7.6e-05 16.2 0.0 6 55 271 325 269 325 0.90 # 188 # 1405 # 1 # ID=1_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.494 1_82 - 419 Terminase_6 PF03237.10 384 4.2e-20 65.1 0.0 1 1 7e-22 4.9e-20 64.9 0.0 4 382 31 403 28 405 0.88 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_28 - 258 Terminase_6 PF03237.10 384 3e-05 16.2 0.0 1 2 0.00054 0.037 6.1 0.0 88 110 17 39 11 41 0.87 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 Terminase_6 PF03237.10 384 3e-05 16.2 0.0 2 2 0.00013 0.0091 8.1 0.0 6 44 78 115 76 196 0.71 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 NACHT PF05729.7 166 0.00064 12.8 0.0 1 1 1.9e-05 0.0013 11.8 0.0 4 22 73 91 70 101 0.85 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_123 - 215 NACHT PF05729.7 166 0.00088 12.3 0.0 1 1 3.6e-05 0.0025 10.8 0.0 4 19 6 21 3 26 0.86 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_123 - 215 AAA_17 PF13207.1 121 1.2e-14 48.6 0.1 1 1 1.1e-15 7.4e-14 46.0 0.1 1 112 4 121 4 210 0.84 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_53 - 222 AAA_17 PF13207.1 121 0.00041 14.6 0.2 1 1 1.4e-05 0.00096 13.4 0.0 2 77 5 89 4 144 0.61 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_87 - 141 TIGR02211 TIGR02211 221 6.2e-09 28.7 0.0 1 1 1.5e-10 7.1e-09 28.5 0.0 118 215 29 128 13 133 0.87 # 80927 # 81349 # -1 # ID=1_87;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.527 1_88 - 73 TIGR02211 TIGR02211 221 7.3e-06 18.7 0.0 1 1 1.6e-07 7.6e-06 18.6 0.0 15 44 33 62 11 67 0.90 # 81346 # 81564 # -1 # ID=1_88;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_132 - 195 TIGR02211 TIGR02211 221 0.00017 14.2 0.0 1 1 6.5e-06 0.0003 13.4 0.0 138 218 100 190 69 192 0.78 # 116383 # 116967 # -1 # ID=1_132;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.526 1_47 - 447 AAA_25 PF13481.1 194 3.7e-13 42.7 0.5 1 1 4.4e-14 2e-12 40.2 0.1 23 193 199 372 175 373 0.75 # 41571 # 42911 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.528 1_6 - 341 AAA_25 PF13481.1 194 6e-07 22.4 0.0 1 1 5.3e-08 2.5e-06 20.4 0.0 13 157 9 139 2 198 0.68 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_28 - 258 AAA_25 PF13481.1 194 0.00016 14.4 0.4 1 1 1.5e-05 0.00067 12.4 0.1 30 63 66 99 52 115 0.84 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 Zot PF05707.7 193 6.4e-06 19.1 0.0 1 1 7.5e-08 1e-05 18.4 0.0 2 95 71 187 70 234 0.75 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 Viral_helicase1 PF01443.13 234 2.2e-05 17.4 0.0 1 2 0.00065 0.091 5.6 0.0 4 21 75 92 72 128 0.76 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 Viral_helicase1 PF01443.13 234 2.2e-05 17.4 0.0 2 2 5.7e-05 0.0079 9.0 0.0 62 107 171 217 155 232 0.85 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 AAA_14 PF13173.1 128 5e-06 19.8 0.0 1 1 3.3e-06 0.00023 14.5 0.0 8 97 75 206 68 223 0.62 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_123 - 215 AAA_14 PF13173.1 128 0.00034 13.9 0.0 1 1 9.2e-06 0.00064 13.0 0.0 5 35 5 31 2 40 0.84 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_53 - 222 VirC1 PF07015.6 231 3e-09 29.6 0.0 1 1 3.7e-11 5.1e-09 28.9 0.0 2 189 3 189 2 208 0.82 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_121 - 186 DNA_pol_B_exo1 PF03104.14 325 2.1e-06 20.1 0.0 1 1 1.8e-08 2.5e-06 19.9 0.0 159 271 5 120 2 174 0.88 # 106584 # 107141 # -1 # ID=1_121;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.493 1_57 - 231 MerR PF00376.18 38 0.0001 15.3 0.0 1 1 2.5e-06 0.00035 13.5 0.0 2 21 87 106 86 124 0.87 # 47371 # 48063 # -1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.535 1_123 - 215 AAA_33 PF13671.1 143 0.00043 13.6 0.0 1 1 1.2e-05 0.00087 12.6 0.0 5 78 8 81 5 111 0.64 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_17 - 282 AAA_33 PF13671.1 143 0.00069 12.9 0.0 1 1 1.6e-05 0.0011 12.2 0.0 4 76 43 111 42 117 0.87 # 12258 # 13103 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.527 1_33 - 187 CENP-B_N PF04218.8 53 3.9e-05 16.4 0.1 1 1 6.4e-07 8.9e-05 15.3 0.0 18 43 157 182 154 186 0.86 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_132 - 195 SbcCD_C PF13558.1 90 1.3e-07 24.9 0.0 1 1 1.4e-09 2e-07 24.3 0.0 26 89 97 157 77 158 0.87 # 116383 # 116967 # -1 # ID=1_132;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.526 1_16 - 1015 HHH_6 PF14579.1 90 6.6e-17 54.8 0.0 1 1 1.9e-18 2.6e-16 52.9 0.0 1 84 866 956 866 959 0.93 # 9033 # 12077 # -1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.534 1_107 - 519 MTS PF05175.9 170 1.2e-06 21.3 0.0 1 1 1.9e-08 2.6e-06 20.3 0.0 30 140 215 355 198 374 0.83 # 94596 # 96152 # 1 # ID=1_107;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.469 1_28 - 258 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00062 13.3 0.0 1 2 0.0001 0.014 9.0 0.0 3 23 74 94 72 111 0.70 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00062 13.3 0.0 2 2 0.015 2.1 2.0 0.0 49 85 171 204 161 209 0.68 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_40 - 72 HTH_45 PF14947.1 77 7.3e-06 19.2 0.2 1 1 8e-08 1.1e-05 18.6 0.2 42 71 32 66 28 70 0.87 # 35760 # 35975 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_123 - 215 NTPase_1 PF03266.10 168 0.00037 13.6 0.1 1 1 4.8e-06 0.00067 12.8 0.1 1 19 4 22 4 28 0.88 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_117 - 203 RNase_H PF00075.19 132 1.6e-34 112.5 0.0 1 1 1.7e-36 2.3e-34 111.9 0.0 3 131 44 182 42 183 0.91 # 103215 # 103823 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 1_33 - 187 HTH_11 PF08279.7 55 8.4e-05 15.6 0.0 1 2 0.052 7.3 -0.2 0.0 33 47 74 88 72 94 0.67 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_33 - 187 HTH_11 PF08279.7 55 8.4e-05 15.6 0.0 2 2 4.6e-06 0.00064 12.8 0.0 19 37 165 183 162 184 0.91 # 29481 # 30041 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_35 - 323 DDE_Tnp_1_5 PF13737.1 112 2.2e-48 156.5 0.0 1 2 2.4e-49 3.3e-47 152.7 0.0 1 112 34 145 34 145 0.96 # 30827 # 31795 # -1 # ID=1_35;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.534 1_35 - 323 DDE_Tnp_1_5 PF13737.1 112 2.2e-48 156.5 0.0 2 2 0.034 4.7 0.8 0.0 42 67 278 305 249 312 0.82 # 30827 # 31795 # -1 # ID=1_35;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.534 1_126 - 368 TIGR03284 TIGR03284 296 9.8e-67 218.2 0.4 1 4 3.5e-20 4.9e-18 58.3 0.0 2 83 18 100 17 103 0.94 # 109166 # 110269 # -1 # ID=1_126;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 1_126 - 368 TIGR03284 TIGR03284 296 9.8e-67 218.2 0.4 2 4 3.1e-08 4.3e-06 19.1 0.2 116 136 100 120 100 126 0.89 # 109166 # 110269 # -1 # ID=1_126;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 1_126 - 368 TIGR03284 TIGR03284 296 9.8e-67 218.2 0.4 3 4 1e-14 1.4e-12 40.4 0.0 139 191 157 209 149 239 0.82 # 109166 # 110269 # -1 # ID=1_126;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 1_126 - 368 TIGR03284 TIGR03284 296 9.8e-67 218.2 0.4 4 4 5.9e-32 8.3e-30 97.0 0.0 191 296 260 367 254 367 0.93 # 109166 # 110269 # -1 # ID=1_126;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 1_28 - 258 Helicase_RecD PF05127.9 177 0.00065 12.7 0.3 1 2 0.01 1.4 1.9 0.0 90 103 26 39 3 42 0.69 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 258 Helicase_RecD PF05127.9 177 0.00065 12.7 0.3 2 2 0.00017 0.024 7.6 0.1 3 43 75 116 73 203 0.57 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_54 - 174 HHH_2 PF12826.2 64 3e-10 33.3 0.2 1 2 0.061 8.5 -0.2 0.0 8 21 35 48 31 50 0.63 # 46393 # 46914 # 1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.452 1_54 - 174 HHH_2 PF12826.2 64 3e-10 33.3 0.2 2 2 2.3e-11 3.2e-09 30.0 0.0 2 60 95 153 94 157 0.96 # 46393 # 46914 # 1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.452 1_38 - 292 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.013 9.0 13.5 1 4 0.02 2.8 1.4 0.1 57 104 11 59 2 63 0.69 # 34574 # 35449 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_38 - 292 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.013 9.0 13.5 2 4 0.0053 0.73 3.3 0.8 39 96 39 107 17 111 0.52 # 34574 # 35449 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_38 - 292 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.013 9.0 13.5 3 4 0.00048 0.067 6.6 0.1 27 59 90 122 75 144 0.84 # 34574 # 35449 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_38 - 292 Seryl_tRNA_N PF02403.17 108 0.013 9.0 13.5 4 4 0.00026 0.036 7.5 1.6 17 107 162 251 155 252 0.76 # 34574 # 35449 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_123 - 215 CoaE PF01121.15 180 1.6e-06 21.0 0.2 1 1 2.6e-08 3.6e-06 19.8 0.2 2 34 4 37 3 47 0.91 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_121 - 186 RNase_T PF00929.19 164 5.2e-22 72.2 0.0 1 1 4.3e-24 6e-22 72.0 0.0 3 162 8 166 6 168 0.91 # 106584 # 107141 # -1 # ID=1_121;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.493 1_123 - 215 SKI PF01202.17 158 0.0003 14.1 0.1 1 2 4e-05 0.0055 9.9 0.0 2 23 12 33 11 49 0.92 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_123 - 215 SKI PF01202.17 158 0.0003 14.1 0.1 2 2 0.012 1.7 1.9 0.0 54 105 163 210 159 212 0.72 # 107634 # 108278 # -1 # ID=1_123;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.521 1_28 - 258 AAA_10 PF12846.2 304 0.00077 12.3 0.0 1 1 8.4e-05 0.012 8.4 0.0 4 96 72 197 69 200 0.53 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_83 - 221 HTH_20 PF12840.2 61 0.00078 12.6 0.0 1 1 2.3e-05 0.0032 10.7 0.0 21 47 32 58 18 65 0.89 # 78691 # 79353 # -1 # ID=1_83;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.534 1_38 - 292 AAA_13 PF13166.1 712 0.0012 10.7 18.3 1 2 6.4e-05 0.003 9.4 3.4 365 471 17 125 5 133 0.60 # 34574 # 35449 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_38 - 292 AAA_13 PF13166.1 712 0.0012 10.7 18.3 2 2 0.00031 0.015 7.1 7.2 322 439 158 285 138 291 0.75 # 34574 # 35449 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.501 1_61 - 1333 AAA_13 PF13166.1 712 0.0013 10.6 33.6 1 5 0.00014 0.0063 8.3 0.7 344 445 78 176 66 183 0.85 # 52630 # 56628 # -1 # ID=1_61;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.526 1_61 - 1333 AAA_13 PF13166.1 712 0.0013 10.6 33.6 2 5 0.0005 0.023 6.4 3.3 351 440 322 415 260 420 0.68 # 52630 # 56628 # -1 # ID=1_61;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.526 1_61 - 1333 AAA_13 PF13166.1 712 0.0013 10.6 33.6 3 5 0.0067 0.31 2.7 0.8 303 380 590 670 570 682 0.44 # 52630 # 56628 # -1 # ID=1_61;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.526 1_61 - 1333 AAA_13 PF13166.1 712 0.0013 10.6 33.6 4 5 7.3e-05 0.0034 9.2 2.9 358 443 836 918 823 935 0.47 # 52630 # 56628 # -1 # ID=1_61;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.526 1_61 - 1333 AAA_13 PF13166.1 712 0.0013 10.6 33.6 5 5 0.0087 0.4 2.3 0.2 351 434 1079 1162 1067 1172 0.70 # 52630 # 56628 # -1 # ID=1_61;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.526 1_62 - 1875 AAA_13 PF13166.1 712 0.035 5.8 54.1 1 4 5e-06 0.00023 13.0 19.4 297 459 864 1018 833 1054 0.50 # 56594 # 62218 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.521 1_62 - 1875 AAA_13 PF13166.1 712 0.035 5.8 54.1 2 4 0.041 1.9 0.1 10.6 331 458 1256 1378 1196 1393 0.43 # 56594 # 62218 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.521 1_62 - 1875 AAA_13 PF13166.1 712 0.035 5.8 54.1 3 4 0.00066 0.03 6.0 5.0 353 448 1532 1624 1528 1634 0.81 # 56594 # 62218 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.521 1_62 - 1875 AAA_13 PF13166.1 712 0.035 5.8 54.1 4 4 0.079 3.7 -0.9 0.0 416 456 1771 1811 1764 1826 0.68 # 56594 # 62218 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.521 1_53 - 222 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.0046 9.3 2.9 1 2 5.6e-05 0.0077 8.6 0.9 2 33 3 35 2 41 0.80 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_53 - 222 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.0046 9.3 2.9 2 2 0.022 3.1 0.0 0.0 116 134 69 89 59 90 0.81 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_53 - 222 AAA_31 PF13614.1 157 9.4e-08 25.5 0.0 1 2 1.6e-05 0.0022 11.3 0.0 2 39 4 42 3 66 0.86 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_53 - 222 AAA_31 PF13614.1 157 9.4e-08 25.5 0.0 2 2 6.8e-06 0.00095 12.5 0.0 104 151 68 114 54 120 0.83 # 45488 # 46153 # -1 # ID=1_53;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.518 1_21 - 127 TIGR02393 TIGR02393 238 0.0011 11.6 0.0 1 1 8.4e-06 0.0012 11.6 0.0 113 155 49 92 6 122 0.75 # 16475 # 16855 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.499 1_6 - 341 TIGR02012 TIGR02012 321 1.8e-47 155.2 0.0 1 1 2.2e-49 3.1e-47 154.5 0.0 50 284 28 289 3 311 0.79 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_82 - 419 Terminase_3 PF04466.8 387 2.6e-07 23.4 0.0 1 2 4.8e-09 6.7e-07 22.0 0.0 2 123 24 143 23 167 0.91 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_82 - 419 Terminase_3 PF04466.8 387 2.6e-07 23.4 0.0 2 2 0.086 12 -1.9 0.0 343 385 363 402 340 404 0.65 # 77432 # 78688 # -1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_6 - 341 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00016 14.5 0.0 1 1 4.3e-06 0.0003 13.6 0.0 51 81 37 67 32 82 0.82 # 3114 # 4136 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.539 1_28 - 258 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00022 14.0 0.3 1 1 1.6e-05 0.0011 11.7 0.2 50 70 72 92 48 103 0.82 # 22133 # 22906 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/714bbfd2-db76-4489-9143-9190ad21cd32 # Target file: checkm_output/bins/pn100/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pn100/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/714bbfd2-db76-4489-9143-9190ad21cd32 checkm_output/bins/pn100/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 10:20:10 2017 # [ok]