# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_19 - 228 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 1.2e-05 17.6 0.0 1 2 0.0004 0.037 6.2 0.0 112 146 18 54 9 82 0.65 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 1.2e-05 17.6 0.0 2 2 4e-05 0.0038 9.4 0.0 41 62 162 183 145 218 0.78 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_11 - 186 HTH_IclR PF09339.5 52 1.2e-05 17.7 0.2 1 1 4.6e-07 4.3e-05 15.9 0.0 15 40 155 180 151 181 0.85 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_84 - 518 ABC_tran PF00005.22 137 7.9e-05 15.8 0.0 1 1 4.4e-06 0.0002 14.5 0.0 12 40 226 255 216 298 0.81 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_72 - 383 ABC_tran PF00005.22 137 0.00011 15.4 0.0 1 1 4.3e-06 0.0002 14.5 0.0 16 35 162 181 152 211 0.87 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_11 - 186 HTH_22 PF13309.1 64 0.00027 13.6 1.5 1 1 1.2e-05 0.0011 11.6 0.1 35 63 156 179 143 180 0.76 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_19 - 228 TIGR00095 TIGR00095 194 0.00027 13.1 0.0 1 2 0.0014 0.13 4.3 0.0 123 138 19 34 8 79 0.73 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 TIGR00095 TIGR00095 194 0.00027 13.1 0.0 2 2 0.00024 0.023 6.8 0.0 53 86 164 199 155 218 0.77 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_15 - 424 HHH_5 PF14520.1 60 0.00033 13.7 0.0 1 1 9.2e-06 0.00086 12.3 0.0 9 37 184 212 175 229 0.93 # 14739 # 16010 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.520 1_11 - 186 HTH_40 PF14493.1 91 0.00062 12.8 0.6 1 1 2.1e-05 0.002 11.2 0.1 7 32 152 177 147 183 0.89 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_11 - 186 HTH_38 PF13936.1 44 2.9e-06 19.6 1.4 1 1 5.9e-08 5.5e-06 18.7 0.0 9 41 147 179 145 182 0.93 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_72 - 383 MobB PF03205.9 140 1.8e-05 17.3 0.0 1 2 0.033 1.6 1.3 0.0 14 60 61 108 61 127 0.88 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_72 - 383 MobB PF03205.9 140 1.8e-05 17.3 0.0 2 2 6.2e-06 0.00029 13.4 0.0 5 26 162 183 160 193 0.90 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_14 - 209 MobB PF03205.9 140 5.3e-05 15.8 0.1 1 1 3.2e-06 0.00015 14.3 0.0 10 42 11 41 1 46 0.79 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_33 - 199 TilS_C PF11734.3 74 0.00016 13.7 0.0 1 1 5.1e-06 0.00048 12.2 0.0 29 45 7 23 6 28 0.88 # 26875 # 27471 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.554 1_84 - 518 AAA_19 PF13245.1 76 9.1e-05 15.0 0.0 1 1 5.3e-06 0.00025 13.6 0.0 10 46 226 259 218 270 0.79 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_14 - 209 AAA_19 PF13245.1 76 0.00027 13.5 0.1 1 2 0.00019 0.0091 8.6 0.0 20 48 11 35 9 44 0.84 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 AAA_19 PF13245.1 76 0.00027 13.5 0.1 2 2 0.021 1 2.1 0.0 42 63 135 158 118 184 0.76 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 CbiA PF01656.18 195 1.7e-22 72.6 0.0 1 1 3.1e-24 2.9e-22 71.8 0.0 1 158 3 141 3 179 0.75 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_19 - 228 MethyltransfD12 PF02086.10 260 0.00044 12.5 0.0 1 2 0.018 1.7 0.8 0.0 175 188 18 31 8 70 0.83 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 MethyltransfD12 PF02086.10 260 0.00044 12.5 0.0 2 2 4e-05 0.0038 9.5 0.0 20 46 163 189 148 197 0.78 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_94 - 96 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 4e-08 25.5 0.2 1 2 0.099 9.3 -1.3 0.0 6 14 4 12 3 13 0.83 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_94 - 96 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 4e-08 25.5 0.2 2 2 1.4e-09 1.3e-07 23.8 0.0 10 54 21 64 12 64 0.83 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_14 - 209 YhjQ PF06564.7 244 2.2e-05 16.7 0.3 1 2 1.8e-06 0.00017 13.8 0.3 4 38 3 37 1 50 0.89 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 YhjQ PF06564.7 244 2.2e-05 16.7 0.3 2 2 0.029 2.8 0.0 0.0 108 144 69 103 44 113 0.78 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_84 - 518 AAA_23 PF13476.1 202 0.00017 14.8 0.1 1 1 1.1e-05 0.00052 13.2 0.0 20 38 226 244 209 249 0.86 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_72 - 383 AAA_23 PF13476.1 202 0.00021 14.5 0.0 1 1 7.3e-06 0.00034 13.8 0.0 19 40 157 178 142 209 0.83 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_19 - 228 Methyltransf_26 PF13659.1 117 8e-12 38.1 0.1 1 2 2.1e-07 2e-05 17.5 0.0 57 114 7 71 2 74 0.69 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 Methyltransf_26 PF13659.1 117 8e-12 38.1 0.1 2 2 9.7e-08 9.1e-06 18.6 0.0 4 45 167 207 164 223 0.82 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_84 - 518 AAA_30 PF13604.1 196 0.00017 14.0 0.0 1 1 3.2e-06 0.0003 13.2 0.0 4 44 211 251 209 280 0.86 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_33 - 199 TIGR02433 TIGR02433 47 0.00023 13.2 0.1 1 1 7.7e-06 0.00073 11.6 0.0 30 45 8 23 7 25 0.91 # 26875 # 27471 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.554 1_94 - 96 GerE PF00196.14 58 1.3e-06 20.5 0.0 1 1 1.9e-08 1.8e-06 20.1 0.0 3 49 21 67 19 72 0.89 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_45 - 764 TraG-D_C PF12696.2 128 1.2e-06 21.3 0.2 1 1 2.8e-08 2.7e-06 20.1 0.2 1 88 437 524 437 554 0.82 # 37146 # 39437 # -1 # ID=1_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.499 1_14 - 209 MipZ PF09140.6 261 1.7e-21 69.2 0.5 1 2 1.2e-12 1.1e-10 33.8 0.0 2 53 2 52 1 60 0.89 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 MipZ PF09140.6 261 1.7e-21 69.2 0.5 2 2 1.6e-12 1.5e-10 33.4 0.0 87 140 65 118 58 128 0.92 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_19 - 228 UPF0020 PF01170.13 180 1.4e-05 17.5 0.0 1 2 0.00034 0.032 6.6 0.0 103 118 17 32 4 82 0.75 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 UPF0020 PF01170.13 180 1.4e-05 17.5 0.0 2 2 6.2e-05 0.0058 9.0 0.0 28 54 163 189 158 221 0.67 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_9 - 421 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 7.5e-35 113.2 0.2 1 1 1.7e-36 1.6e-34 112.1 0.0 6 213 128 362 123 362 0.96 # 9915 # 11177 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_90 - 198 Trp_repressor PF01371.14 88 0.00051 12.8 0.0 1 1 8e-06 0.00075 12.3 0.0 1 40 103 142 103 151 0.94 # 84190 # 84783 # -1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.370 1_84 - 518 AAA PF00004.24 132 0.00052 13.1 0.0 1 3 0.057 5.3 0.1 0.0 38 57 81 100 50 113 0.80 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_84 - 518 AAA PF00004.24 132 0.00052 13.1 0.0 2 3 0.00033 0.031 7.3 0.0 1 21 228 248 228 277 0.83 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_84 - 518 AAA PF00004.24 132 0.00052 13.1 0.0 3 3 0.034 3.2 0.8 0.0 9 66 442 508 436 515 0.62 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_30 - 653 KorB PF08535.5 93 1.7e-05 17.8 0.0 1 1 6.1e-07 5.7e-05 16.1 0.0 2 43 152 193 151 202 0.93 # 23715 # 25673 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.583 1_14 - 209 TIGR00064 TIGR00064 279 0.00021 13.0 0.5 1 2 0.00073 0.069 4.8 0.1 89 116 11 38 1 45 0.88 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 TIGR00064 TIGR00064 279 0.00021 13.0 0.5 2 2 0.00024 0.023 6.4 0.0 153 175 68 90 60 99 0.82 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_19 - 228 N6_N4_Mtase PF01555.13 231 1.2e-36 119.1 0.0 1 2 2.5e-15 2.3e-13 42.9 0.0 1 113 21 123 21 133 0.89 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 N6_N4_Mtase PF01555.13 231 1.2e-36 119.1 0.0 2 2 5.9e-25 5.5e-23 74.4 0.0 169 228 141 200 128 203 0.91 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_84 - 518 AAA_16 PF13191.1 185 6.8e-05 15.7 0.0 1 1 4.6e-06 0.00021 14.1 0.0 8 52 213 254 212 330 0.81 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_72 - 383 AAA_16 PF13191.1 185 0.00028 13.7 0.0 1 1 1.2e-05 0.00058 12.7 0.0 27 52 160 188 148 282 0.82 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_72 - 383 AAA_22 PF13401.1 131 9.4e-06 18.6 0.0 1 1 4.9e-07 2.3e-05 17.4 0.0 4 46 157 196 152 233 0.76 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_84 - 518 AAA_22 PF13401.1 131 0.00027 13.9 0.0 1 1 1.3e-05 0.00061 12.8 0.0 6 28 227 249 222 330 0.78 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_41 - 283 Methyltransf_27 PF13708.1 194 2.5e-67 219.0 0.0 1 1 3.6e-69 3.4e-67 218.5 0.0 2 194 85 278 84 278 0.96 # 32563 # 33411 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.511 1_84 - 518 AAA_29 PF13555.1 62 2.5e-05 16.6 0.0 1 1 1.1e-06 5e-05 15.6 0.0 21 40 224 242 216 254 0.83 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_72 - 383 AAA_29 PF13555.1 62 3.6e-05 16.1 0.0 1 1 2.3e-06 0.00011 14.6 0.0 26 44 160 178 151 186 0.83 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_11 - 186 HTH_Tnp_IS630 PF01710.11 120 8.8e-05 15.0 0.0 1 1 1.9e-06 0.00018 14.0 0.0 8 44 148 184 145 185 0.90 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_14 - 209 SRP54 PF00448.17 196 2.3e-07 23.2 0.1 1 1 1.5e-08 1.4e-06 20.7 0.1 4 98 2 91 1 134 0.80 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_40 - 84 HTH_3 PF01381.17 55 2.7e-05 16.9 0.0 1 2 1e-06 9.6e-05 15.1 0.0 1 34 6 39 6 45 0.90 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_40 - 84 HTH_3 PF01381.17 55 2.7e-05 16.9 0.0 2 2 0.083 7.8 -0.7 0.0 39 52 67 80 65 83 0.66 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_9 - 421 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 3e-27 87.6 3.5 1 2 0.0052 0.49 1.2 0.0 11 42 5 36 3 62 0.72 # 9915 # 11177 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_9 - 421 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 3e-27 87.6 3.5 2 2 1.5e-28 1.4e-26 85.4 2.2 137 438 122 418 41 420 0.82 # 9915 # 11177 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_30 - 653 HTH_23 PF13384.1 50 5.3e-07 22.0 0.2 1 1 2.9e-07 6.8e-06 18.5 0.0 13 40 149 176 143 180 0.91 # 23715 # 25673 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.583 1_94 - 96 HTH_23 PF13384.1 50 3e-05 16.5 0.0 1 1 2e-06 4.7e-05 15.9 0.0 12 41 31 60 24 73 0.76 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_40 - 84 HTH_23 PF13384.1 50 3.4e-05 16.3 0.3 1 2 1.4e-05 0.00033 13.2 0.1 17 33 14 30 6 38 0.86 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_40 - 84 HTH_23 PF13384.1 50 3.4e-05 16.3 0.3 2 2 0.096 2.3 1.0 0.0 5 22 63 82 59 83 0.75 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_11 - 186 HTH_23 PF13384.1 50 4.1e-05 16.0 0.3 1 1 1.8e-06 4.1e-05 16.0 0.3 5 39 146 180 142 184 0.87 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_80 - 219 zf-DHHC PF01529.15 174 0.098 4.8 6.7 1 2 0.00037 0.035 6.3 4.0 85 163 4 82 1 93 0.82 # 74430 # 75086 # -1 # ID=1_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.422 1_80 - 219 zf-DHHC PF01529.15 174 0.098 4.8 6.7 2 2 0.083 7.8 -1.4 0.1 140 146 129 135 82 187 0.59 # 74430 # 75086 # -1 # ID=1_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.422 1_14 - 209 Fer4_NifH PF00142.13 273 7e-05 14.9 0.2 1 1 2.3e-06 0.00022 13.3 0.0 8 38 9 39 2 46 0.89 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_11 - 186 HTH_7 PF02796.10 45 2.2e-13 42.7 1.1 1 1 5.1e-15 4.8e-13 41.6 0.1 1 44 141 181 141 182 0.97 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_40 - 84 HTH_19 PF12844.2 64 7.4e-05 15.6 0.0 1 1 1.2e-06 0.00011 15.1 0.0 7 53 9 56 5 67 0.87 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_40 - 84 DUF1870 PF08965.5 118 0.00028 13.4 1.2 1 1 3.7e-06 0.00035 13.1 1.2 1 75 1 78 1 81 0.69 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_11 - 186 HTH_29 PF13551.1 112 0.0001 15.3 0.6 1 2 0.074 2.3 1.3 0.2 24 46 114 136 88 153 0.67 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_11 - 186 HTH_29 PF13551.1 112 0.0001 15.3 0.6 2 2 3.1e-05 0.00096 12.2 0.0 4 35 151 181 148 184 0.90 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_94 - 96 HTH_29 PF13551.1 112 0.00014 14.9 0.0 1 1 6.4e-06 0.0002 14.3 0.0 8 36 33 60 27 76 0.79 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_30 - 653 HTH_29 PF13551.1 112 0.00025 14.0 0.1 1 1 3.1e-05 0.00097 12.1 0.0 4 37 145 178 142 234 0.86 # 23715 # 25673 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.583 1_84 - 518 G-alpha PF00503.15 389 0.00065 11.2 0.0 1 2 0.069 6.5 -2.0 0.0 234 272 70 113 51 117 0.81 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_84 - 518 G-alpha PF00503.15 389 0.00065 11.2 0.0 2 2 1.9e-05 0.0018 9.7 0.0 58 87 225 254 214 312 0.83 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_39 - 69 UBA PF00627.26 37 0.00011 14.9 0.3 1 2 0.021 1.9 1.4 0.0 6 16 4 14 1 17 0.84 # 31495 # 31701 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 1_39 - 69 UBA PF00627.26 37 0.00011 14.9 0.3 2 2 1.3e-05 0.0013 11.5 0.0 5 22 35 52 32 55 0.88 # 31495 # 31701 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 1_67 - 231 OB_NTP_bind PF07717.11 114 0.00051 12.7 0.0 1 1 7.8e-06 0.00073 12.2 0.0 24 83 28 97 16 158 0.79 # 58735 # 59427 # -1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.508 1_75 - 195 DNA_pol3_delta PF06144.8 172 1.9e-06 20.3 0.0 1 1 3e-08 2.8e-06 19.7 0.0 35 99 92 152 74 179 0.80 # 67309 # 67893 # -1 # ID=1_75;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 1_45 - 764 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.8e-07 21.8 0.3 1 2 9.3e-05 0.0088 7.4 0.0 11 32 132 153 126 157 0.84 # 37146 # 39437 # -1 # ID=1_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.499 1_45 - 764 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.8e-07 21.8 0.3 2 2 5.3e-06 0.0005 11.5 0.1 247 332 440 525 427 555 0.88 # 37146 # 39437 # -1 # ID=1_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.499 1_14 - 209 TIGR01968 TIGR01968 261 1.6e-11 36.5 0.8 1 2 6.4e-11 6e-09 28.1 0.5 3 39 2 38 1 42 0.97 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 TIGR01968 TIGR01968 261 1.6e-11 36.5 0.8 2 2 0.00018 0.017 6.9 0.0 100 135 65 100 60 149 0.83 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_72 - 383 AAA_18 PF13238.1 129 1.4e-05 18.2 0.0 1 1 6e-07 2.8e-05 17.3 0.0 2 42 161 197 161 230 0.83 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_84 - 518 AAA_18 PF13238.1 129 0.00032 13.8 0.0 1 1 2.2e-05 0.001 12.2 0.0 1 18 228 245 228 312 0.86 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_15 - 424 IMS_HHH PF11798.3 32 9.7e-09 27.8 0.2 1 1 3.1e-10 2.9e-08 26.3 0.2 6 32 175 201 170 201 0.92 # 14739 # 16010 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.520 1_19 - 228 Methyltransf_15 PF09445.5 164 0.00076 11.9 0.0 1 2 0.045 4.2 -0.3 0.0 53 79 4 29 2 32 0.90 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_19 - 228 Methyltransf_15 PF09445.5 164 0.00076 11.9 0.0 2 2 4.2e-05 0.004 9.5 0.0 3 31 166 194 164 209 0.86 # 18398 # 19081 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.580 1_64 - 235 DUF3810 PF12725.2 318 0.00082 11.1 0.8 1 1 1.4e-05 0.0013 10.4 0.8 90 174 106 189 95 194 0.86 # 55745 # 56449 # -1 # ID=1_64;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.504 1_72 - 383 DUF87 PF01935.12 229 0.00058 12.5 0.0 1 1 1.1e-05 0.0011 11.7 0.0 28 56 162 191 161 192 0.88 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_11 - 186 HTH_28 PF13518.1 52 0.00013 14.8 0.0 1 1 8.5e-06 0.0004 13.2 0.0 8 33 154 179 148 184 0.82 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_94 - 96 HTH_28 PF13518.1 52 0.00014 14.7 0.0 1 1 8.7e-06 0.00041 13.2 0.0 9 38 33 62 26 75 0.86 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_40 - 84 HTH_31 PF13560.1 64 6e-07 22.5 2.0 1 2 1e-08 9.4e-07 21.9 1.2 3 43 3 43 2 57 0.86 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_40 - 84 HTH_31 PF13560.1 64 6e-07 22.5 2.0 2 2 0.1 9.4 -0.6 0.0 17 34 65 72 44 82 0.58 # 31732 # 31983 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_84 - 518 T2SE PF00437.15 272 1e-41 135.4 0.1 1 1 5.4e-43 2.5e-41 134.1 0.0 10 271 97 373 90 374 0.85 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_72 - 383 T2SE PF00437.15 272 7.6e-36 116.2 0.0 1 1 2.4e-37 1.1e-35 115.6 0.0 120 269 149 306 127 309 0.88 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_14 - 209 AAA_17 PF13207.1 121 1.4e-05 18.7 0.0 1 1 1.2e-06 3.9e-05 17.3 0.0 9 77 11 84 9 205 0.75 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_72 - 383 AAA_17 PF13207.1 121 1.7e-05 18.4 0.1 1 1 7.1e-06 0.00022 14.9 0.0 3 47 161 208 161 251 0.76 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_84 - 518 AAA_17 PF13207.1 121 2.7e-05 17.8 0.1 1 1 3.4e-06 0.00011 15.9 0.0 1 23 227 249 227 342 0.74 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_14 - 209 AAA_25 PF13481.1 194 0.00011 14.4 0.1 1 1 9.3e-06 0.00029 13.1 0.0 42 87 10 44 3 90 0.78 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_72 - 383 AAA_25 PF13481.1 194 0.00018 13.7 0.0 1 1 1.1e-05 0.00033 12.9 0.0 24 58 148 182 124 207 0.78 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_84 - 518 AAA_25 PF13481.1 194 0.00027 13.2 0.0 1 2 0.00011 0.0035 9.5 0.0 19 65 211 260 200 270 0.72 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_84 - 518 AAA_25 PF13481.1 194 0.00027 13.2 0.0 2 2 0.069 2.2 0.4 0.0 153 190 297 337 292 340 0.73 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_14 - 209 VirC1 PF07015.6 231 3.2e-09 29.0 0.0 1 1 7.1e-11 6.7e-09 27.9 0.0 3 172 2 164 1 206 0.74 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_94 - 96 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 5.7e-05 15.1 0.0 1 1 9.7e-07 9.1e-05 14.5 0.0 29 50 38 59 34 60 0.89 # 87246 # 87533 # -1 # ID=1_94;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_72 - 383 RNA_helicase PF00910.17 107 9.1e-05 15.5 0.0 1 1 1.9e-06 0.00018 14.5 0.0 2 28 161 187 160 205 0.83 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_72 - 383 ATP_bind_1 PF03029.12 238 4.4e-05 15.9 0.0 1 1 7.2e-07 6.8e-05 15.3 0.0 1 23 162 184 162 197 0.86 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_84 - 518 DAP3 PF10236.4 309 0.00059 11.6 0.0 1 1 1.2e-05 0.0011 10.7 0.0 21 42 223 244 214 253 0.86 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_11 - 186 TrmB PF01978.14 68 5.2e-05 15.8 0.0 1 1 1.1e-06 0.00011 14.8 0.0 19 44 155 180 150 181 0.89 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_59 - 1015 AAA_10 PF12846.2 304 5.3e-31 100.9 0.0 1 1 6.7e-32 1.3e-30 99.7 0.0 8 302 502 897 498 898 0.89 # 50593 # 53637 # -1 # ID=1_59;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_45 - 764 AAA_10 PF12846.2 304 2.2e-05 16.8 1.0 1 1 3.6e-06 6.8e-05 15.2 0.9 2 287 137 501 136 514 0.62 # 37146 # 39437 # -1 # ID=1_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.499 1_14 - 209 AAA_10 PF12846.2 304 0.00015 14.1 0.0 1 1 1.3e-05 0.00024 13.4 0.0 11 39 11 39 3 66 0.90 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_84 - 518 AAA_10 PF12846.2 304 0.00021 13.6 0.0 1 1 2.1e-05 0.0004 12.7 0.0 4 30 228 256 226 304 0.78 # 77370 # 78923 # -1 # ID=1_84;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_72 - 383 AAA_10 PF12846.2 304 0.00048 12.4 0.0 1 1 5e-05 0.00095 11.4 0.0 2 21 158 177 157 196 0.83 # 64496 # 65644 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_11 - 186 HTH_20 PF12840.2 61 1.9e-06 20.5 0.2 1 2 0.0037 0.35 3.6 0.0 33 52 8 27 4 28 0.91 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_11 - 186 HTH_20 PF12840.2 61 1.9e-06 20.5 0.2 2 2 9.1e-06 0.00086 12.0 0.1 3 43 110 177 108 180 0.91 # 11741 # 12298 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_14 - 209 ArsA_ATPase PF02374.10 305 4.1e-08 25.4 0.9 1 3 1.2e-09 1.1e-07 24.0 0.1 3 48 3 48 1 69 0.85 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 ArsA_ATPase PF02374.10 305 4.1e-08 25.4 0.9 2 3 0.053 5 -1.2 0.0 121 135 69 85 47 86 0.75 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 ArsA_ATPase PF02374.10 305 4.1e-08 25.4 0.9 3 3 0.075 7.1 -1.7 0.0 205 234 132 161 118 202 0.65 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 AAA_31 PF13614.1 157 4e-06 19.6 0.0 1 2 2.5e-07 2.4e-05 17.1 0.0 2 42 2 42 1 55 0.88 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_14 - 209 AAA_31 PF13614.1 157 4e-06 19.6 0.0 2 2 0.055 5.1 -0.2 0.0 109 127 68 86 62 113 0.68 # 13909 # 14535 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_39 - 69 Yae1_N PF09811.4 39 5.1e-07 22.0 3.5 1 1 9e-09 8.5e-07 21.3 3.5 11 30 9 28 8 30 0.79 # 31495 # 31701 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 1_28 - 176 SSB PF00436.20 104 6.1e-41 131.4 0.4 1 1 8.6e-43 8.1e-41 131.0 0.4 1 101 6 109 6 112 0.96 # 22838 # 23365 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.602 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/e8b96bbc-7584-48f4-a057-9f435b19793f # Target file: checkm_output/bins/pm994/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm994/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/e8b96bbc-7584-48f4-a057-9f435b19793f checkm_output/bins/pm994/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 10:20:02 2017 # [ok]