# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_26 - 263 ATP-synt_ab PF00006.20 215 0.00067 12.3 0.0 1 1 7.2e-06 0.00084 12.0 0.0 6 63 22 79 17 214 0.80 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 KaiC PF06745.8 227 0.0004 12.6 0.0 1 1 7.1e-06 0.00082 11.6 0.0 2 40 16 50 15 57 0.91 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 ABC_tran PF00005.22 137 6e-33 107.2 0.0 1 1 7.5e-35 8.7e-33 106.6 0.0 3 136 21 167 19 168 0.96 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_11 - 69 rve_3 PF13683.1 67 1.8e-10 33.4 0.1 1 1 1.9e-12 2.2e-10 33.1 0.1 19 67 2 50 1 50 0.94 # 6422 # 6628 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_26 - 263 MobB PF03205.9 140 0.00051 12.9 0.0 1 1 9.8e-06 0.0011 11.8 0.0 4 32 33 61 30 78 0.86 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_16 - 702 HTH_34 PF13601.1 80 0.00071 12.8 0.1 1 1 3e-05 0.0035 10.5 0.0 40 72 259 291 248 294 0.89 # 9560 # 11665 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.543 3_8 - 91 TBPIP PF07106.8 169 0.0013 11.3 5.4 1 1 1.3e-05 0.0015 11.2 5.4 86 146 3 64 1 82 0.83 # 2608 # 2880 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.407 1_63 - 185 AAA_19 PF13245.1 76 2.9e-08 26.6 0.9 1 1 8.6e-10 5e-08 25.8 0.9 3 76 25 95 23 104 0.81 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_26 - 263 AAA_19 PF13245.1 76 0.00017 14.5 0.0 1 1 8.4e-06 0.00049 13.0 0.0 10 51 29 65 22 68 0.82 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 2_14 - 239 CbiA PF01656.18 195 4.8e-05 15.9 2.0 1 2 0.00018 0.021 7.3 0.2 1 20 3 22 3 30 0.92 # 7476 # 8192 # 1 # ID=2_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.324 2_14 - 239 CbiA PF01656.18 195 4.8e-05 15.9 2.0 2 2 0.00017 0.019 7.4 0.1 118 170 97 147 91 175 0.83 # 7476 # 8192 # 1 # ID=2_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.324 1_43 - 243 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 6.5e-07 21.9 0.0 1 1 9.9e-09 1.1e-06 21.1 0.0 21 50 172 201 165 205 0.84 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 2_9 - 113 Rep_3 PF01051.16 222 9.1e-06 18.5 0.2 1 1 9.3e-08 1.1e-05 18.2 0.2 17 80 35 104 17 112 0.73 # 3407 # 3745 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_12 - 137 rve PF00665.21 120 1e-19 64.0 0.0 1 1 1.1e-21 1.3e-19 63.6 0.0 2 98 37 131 36 136 0.94 # 6638 # 7048 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_23 PF13476.1 202 3.3e-05 17.4 0.0 1 1 5.5e-07 6.4e-05 16.4 0.0 11 39 20 49 11 56 0.78 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00011 14.5 0.0 1 1 1.8e-06 0.00021 13.5 0.0 17 52 30 66 23 74 0.91 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_63 - 185 AAA_30 PF13604.1 196 4.5e-40 130.4 0.4 1 1 8.6e-42 5e-40 130.3 0.4 2 162 17 182 16 184 0.96 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_26 - 263 AAA_30 PF13604.1 196 0.00014 14.6 0.2 1 1 7.3e-06 0.00042 13.0 0.0 16 51 27 62 20 81 0.87 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 SMC_N PF02463.14 220 6e-10 31.8 0.1 1 1 4.2e-10 4.9e-08 25.5 0.1 24 212 29 214 15 220 0.64 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_13 - 108 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 8e-11 34.9 1.0 1 1 2.7e-12 3.1e-10 33.1 1.0 1 74 1 86 1 87 0.87 # 7315 # 7638 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.522 1_43 - 243 GerE PF00196.14 58 6.6e-15 47.4 0.0 1 1 9.7e-17 1.1e-14 46.6 0.0 2 54 161 213 160 217 0.95 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_42 - 139 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 1.3e-10 34.2 0.1 1 1 2.5e-12 1.5e-10 34.1 0.1 42 149 4 113 1 125 0.86 # 36855 # 37271 # 1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.516 1_8 - 193 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 2.4e-06 20.3 0.0 1 1 6.1e-08 3.5e-06 19.8 0.0 3 64 114 176 112 186 0.90 # 4879 # 5457 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.511 1_18 - 402 Ala_racemase_N PF01168.15 218 4.2e-14 45.7 1.2 1 1 1.6e-15 1.8e-13 43.6 1.2 2 172 29 210 28 237 0.80 # 13480 # 14685 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.591 1_26 - 263 AAA_21 PF13304.1 303 3.1e-14 46.7 0.0 1 2 4e-09 4.6e-07 23.1 0.0 1 24 31 54 31 83 0.83 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_21 PF13304.1 303 3.1e-14 46.7 0.0 2 2 1.1e-08 1.2e-06 21.7 0.0 232 301 135 202 115 203 0.91 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_43 - 243 Sigma70_r4 PF04545.11 50 0.00051 12.5 0.0 1 1 7.3e-06 0.00085 11.8 0.0 18 48 175 205 163 206 0.89 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_26 - 263 AAA PF00004.24 132 2.2e-05 17.8 0.1 1 1 8.4e-07 9.8e-05 15.7 0.1 2 38 33 84 32 203 0.75 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 TIGR00064 TIGR00064 279 0.00021 13.4 0.0 1 1 3.1e-06 0.00036 12.6 0.0 79 117 29 67 8 75 0.88 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_11 - 69 rve_2 PF13333.1 52 2.6e-09 30.2 0.1 1 1 2.7e-11 3.1e-09 30.0 0.1 1 40 3 42 3 62 0.82 # 6422 # 6628 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.527 1_26 - 263 cobW PF02492.14 178 0.00015 14.3 0.0 1 1 2.9e-06 0.00034 13.2 0.0 2 36 31 64 30 79 0.89 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_16 PF13191.1 185 1.1e-08 28.3 1.5 1 1 3.4e-10 3.9e-08 26.6 1.5 2 160 12 201 11 221 0.61 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_28 - 212 NodS PF05401.6 201 0.0007 12.1 0.3 1 2 0.00019 0.022 7.3 0.0 133 160 70 97 62 111 0.79 # 24997 # 25632 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_28 - 212 NodS PF05401.6 201 0.0007 12.1 0.3 2 2 0.0035 0.4 3.1 0.1 54 79 111 136 103 154 0.81 # 24997 # 25632 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_26 - 263 AAA_22 PF13401.1 131 9e-07 22.2 0.5 1 1 4e-08 4.6e-06 19.9 0.5 6 123 31 197 26 205 0.70 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_29 PF13555.1 62 8.3e-08 24.8 0.0 1 1 2.6e-09 1.5e-07 24.0 0.0 21 51 27 57 18 65 0.86 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_72 - 316 AAA_29 PF13555.1 62 0.0014 11.3 0.4 1 1 5.1e-05 0.0029 10.3 0.4 12 38 153 176 148 179 0.84 # 58396 # 59343 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.513 1_18 - 402 Orn_Arg_deC_N PF02784.11 251 6.2e-34 110.4 0.0 1 1 6.6e-36 7.7e-34 110.0 0.0 5 250 33 279 29 280 0.87 # 13480 # 14685 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.591 1_26 - 263 SRP54 PF00448.17 196 2.7e-05 16.8 0.0 1 1 4e-07 4.7e-05 16.0 0.0 2 41 30 69 29 79 0.92 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_28 PF13521.1 163 0.00018 14.6 0.2 1 1 3.5e-06 0.00041 13.4 0.0 3 22 33 52 31 99 0.81 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 2_1 - 226 CmcH_NodU PF02543.10 360 0.00012 14.4 0.1 1 1 3.1e-06 0.00018 13.8 0.1 216 270 101 156 94 160 0.88 # 103 # 780 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.425 4_2 - 76 CmcH_NodU PF02543.10 360 0.00034 12.9 0.0 1 1 6.1e-06 0.00035 12.8 0.0 217 265 18 67 7 74 0.77 # 302 # 529 # -1 # ID=4_2;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=AAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.469 1_26 - 263 Rad17 PF03215.10 519 0.0013 10.5 0.3 1 1 2e-05 0.0023 9.7 0.0 41 74 27 58 18 78 0.77 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_43 - 243 HTH_23 PF13384.1 50 9.5e-05 15.2 0.0 1 1 1.4e-06 0.00017 14.4 0.0 13 39 173 200 166 208 0.79 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_26 - 263 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.00019 13.7 0.1 1 2 1.3e-05 0.0015 10.8 0.0 26 61 33 68 16 101 0.86 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.00019 13.7 0.1 2 2 0.014 1.7 0.9 0.0 90 134 140 190 117 230 0.68 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_63 - 185 Reprolysin_4 PF13583.1 206 0.00042 13.0 0.1 1 1 5.9e-06 0.00068 12.3 0.1 111 190 70 159 40 165 0.76 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_26 - 263 G-alpha PF00503.15 389 6.8e-05 14.7 0.0 1 1 1e-06 0.00012 14.0 0.0 62 85 33 56 27 72 0.92 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_16 - 702 Plug PF07715.10 108 3.4e-17 55.9 1.0 1 1 1.2e-18 1.4e-16 53.9 1.0 2 108 42 146 41 146 0.93 # 9560 # 11665 # 1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.543 1_15 - 459 TIGR00508 TIGR00508 419 1.3e-67 221.0 0.0 1 1 1.4e-69 1.7e-67 220.6 0.0 13 415 37 446 29 450 0.89 # 8080 # 9456 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.562 1_26 - 263 Arch_ATPase PF01637.13 234 2e-05 17.5 0.0 1 2 7.1e-07 8.2e-05 15.5 0.0 4 46 15 55 13 74 0.81 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 Arch_ATPase PF01637.13 234 2e-05 17.5 0.0 2 2 0.057 6.6 -0.6 0.0 106 123 178 196 130 212 0.73 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_63 - 185 PhoH PF02562.11 205 0.00044 12.6 0.0 1 2 1.7e-05 0.002 10.5 0.1 6 61 18 77 15 96 0.84 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_63 - 185 PhoH PF02562.11 205 0.00044 12.6 0.0 2 2 0.037 4.3 -0.4 0.0 122 158 115 152 111 159 0.80 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_26 - 263 AAA_5 PF07728.9 139 6.4e-06 19.1 0.4 1 2 7.6e-07 8.8e-05 15.4 0.0 3 30 33 62 32 79 0.81 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_5 PF07728.9 139 6.4e-06 19.1 0.4 2 2 0.017 2 1.3 0.1 59 123 151 224 134 234 0.54 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_70 - 425 Peptidase_M64 PF09471.5 264 3.7e-79 259.1 0.0 1 1 4e-81 4.7e-79 258.8 0.0 2 264 92 344 91 344 0.98 # 56443 # 57717 # 1 # ID=1_70;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.329 1_26 - 263 DUF258 PF03193.11 161 1.1e-06 21.0 0.0 1 1 1.5e-08 1.8e-06 20.3 0.0 14 60 7 54 1 78 0.82 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_43 - 243 HTH_28 PF13518.1 52 0.00021 14.4 0.0 1 1 3.3e-06 0.00038 13.6 0.0 9 44 174 210 168 214 0.82 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_43 - 243 DUF2089 PF09862.4 113 5.6e-06 19.3 0.0 1 1 9.9e-08 1.1e-05 18.3 0.0 53 81 181 209 163 217 0.82 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_43 - 243 HTH_24 PF13412.1 48 0.00045 12.8 0.1 1 1 7.7e-06 0.0009 11.8 0.1 17 39 177 199 174 201 0.92 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 2_9 - 113 RPA PF10134.4 229 1.1e-36 119.4 0.1 1 1 2e-38 1.1e-36 119.3 0.1 5 114 2 109 1 112 0.96 # 3407 # 3745 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 2_8 - 137 RPA PF10134.4 229 2.7e-34 111.5 0.1 1 1 6.9e-36 4e-34 110.9 0.1 141 228 2 87 1 88 0.98 # 2930 # 3340 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.387 1_43 - 243 HTH_10 PF04967.7 53 4e-05 16.3 0.1 1 1 7.9e-07 9.1e-05 15.2 0.1 24 51 178 205 163 206 0.94 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_63 - 185 DEAD PF00270.24 169 3.4e-05 16.5 0.1 1 1 4.5e-07 5.3e-05 15.9 0.1 1 54 18 75 18 107 0.79 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_39 - 159 Dala_Dala_lig_C PF07478.8 203 0.00086 11.8 0.0 1 1 1e-05 0.0012 11.4 0.0 62 114 51 100 42 113 0.82 # 31966 # 32442 # -1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.314 1_26 - 263 Miro PF08477.8 119 0.00015 15.4 0.0 1 1 2.9e-06 0.00034 14.2 0.0 3 25 33 55 30 124 0.85 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_65 - 149 UvrD_C_2 PF13538.1 104 5.7e-09 29.2 0.3 1 1 7.1e-11 8.3e-09 28.7 0.3 55 103 1 50 1 51 0.89 # 50611 # 51057 # 1 # ID=1_65;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.644 2_1 - 226 TIP49 PF06068.8 398 2.9e-05 16.0 0.2 1 1 4.2e-07 4.9e-05 15.2 0.1 136 195 89 149 61 163 0.81 # 103 # 780 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.425 1_68 - 299 HTH_36 PF13730.1 55 0.00022 14.5 0.0 1 1 7.1e-06 0.00082 12.7 0.0 12 55 93 145 90 145 0.75 # 52562 # 53458 # 1 # ID=1_68;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_72 - 316 T2SE PF00437.15 272 1.2e-49 161.7 0.0 1 1 1.5e-51 1.7e-49 161.2 0.0 6 240 18 278 14 286 0.95 # 58396 # 59343 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.513 1_26 - 263 NACHT PF05729.7 166 6.3e-06 19.0 1.6 1 2 3.5e-07 2e-05 17.4 0.1 2 27 31 56 30 62 0.89 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 NACHT PF05729.7 166 6.3e-06 19.0 1.6 2 2 0.056 3.3 0.5 0.2 110 155 147 190 92 200 0.63 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 3_10 - 487 NACHT PF05729.7 166 3.2e-05 16.7 0.2 1 1 3.4e-06 0.0002 14.2 0.0 5 36 178 206 176 218 0.79 # 3555 # 5015 # -1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.465 1_26 - 263 UPF0079 PF02367.12 123 0.00057 12.7 0.0 1 1 9.8e-06 0.0011 11.7 0.0 10 42 24 56 16 64 0.84 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_17 PF13207.1 121 0.00042 14.3 0.1 1 1 1.1e-05 0.0013 12.7 0.1 4 35 34 68 31 254 0.82 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 TIGR02211 TIGR02211 221 1.5e-28 92.6 0.2 1 2 4e-11 4.6e-09 28.9 0.0 17 70 15 68 6 80 0.91 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 TIGR02211 TIGR02211 221 1.5e-28 92.6 0.2 2 2 3.4e-21 3.9e-19 61.8 0.1 118 213 116 211 107 239 0.89 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_25 PF13481.1 194 2.2e-06 20.3 0.6 1 2 2.5e-07 1.4e-05 17.6 0.0 28 55 21 51 12 82 0.78 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_25 PF13481.1 194 2.2e-06 20.3 0.6 2 2 0.04 2.3 0.7 0.2 135 188 152 198 106 199 0.56 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 3_10 - 487 AAA_25 PF13481.1 194 0.00051 12.6 0.1 1 1 2.6e-05 0.0015 11.0 0.0 37 93 177 233 171 292 0.77 # 3555 # 5015 # -1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.465 1_26 - 263 Viral_helicase1 PF01443.13 234 0.00066 12.3 0.1 1 1 1.3e-05 0.0015 11.2 0.0 5 25 36 53 32 77 0.80 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_15 PF13175.1 415 8.4e-10 31.3 0.2 1 2 4.2e-06 0.00048 12.3 0.0 22 42 28 49 12 67 0.80 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_15 PF13175.1 415 8.4e-10 31.3 0.2 2 2 1.4e-07 1.6e-05 17.1 0.1 371 410 158 198 149 209 0.88 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_72 - 316 Pox_A32 PF04665.7 241 2.2e-06 20.2 0.0 1 1 2.8e-08 3.2e-06 19.7 0.0 17 78 165 223 154 238 0.84 # 58396 # 59343 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.513 1_26 - 263 AAA_14 PF13173.1 128 1.4e-05 18.2 0.0 1 2 6.4e-07 7.4e-05 15.8 0.0 2 36 29 63 28 84 0.81 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_14 PF13173.1 128 1.4e-05 18.2 0.0 2 2 0.054 6.2 -0.1 0.0 62 85 158 187 133 215 0.60 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_43 - 243 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 0.00034 12.9 0.0 1 1 5.2e-06 0.00061 12.1 0.0 24 50 175 200 174 202 0.86 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_26 - 263 AAA_33 PF13671.1 143 3.3e-05 16.9 0.1 1 1 6.3e-07 7.3e-05 15.8 0.1 3 78 33 136 31 204 0.54 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 ABC_ATPase PF09818.4 448 0.00013 13.7 0.1 1 2 9.3e-05 0.011 7.4 0.0 242 264 26 49 10 53 0.90 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 ABC_ATPase PF09818.4 448 0.00013 13.7 0.1 2 2 0.00093 0.11 4.1 0.0 324 355 141 172 134 218 0.81 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 SbcCD_C PF13558.1 90 5.9e-05 16.1 0.2 1 1 9.5e-06 0.0011 12.0 0.2 18 89 125 183 110 184 0.77 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00041 13.7 0.0 1 1 7.2e-06 0.00084 12.7 0.0 2 23 33 54 32 77 0.76 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 2_9 - 113 TrfA PF07042.6 282 0.00049 12.0 0.0 1 1 4.8e-06 0.00056 11.9 0.0 83 152 30 102 17 109 0.78 # 3407 # 3745 # -1 # ID=2_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.316 1_43 - 243 HTH_11 PF08279.7 55 3.7e-06 19.7 0.0 1 1 5.3e-08 6.1e-06 19.0 0.0 13 42 176 204 166 212 0.80 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_8 - 193 DDE_Tnp_1_5 PF13737.1 112 2.3e-44 143.3 0.0 1 1 3.3e-46 3.8e-44 142.6 0.0 1 112 19 130 19 130 0.96 # 4879 # 5457 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.511 1_43 - 243 Sigma70_ECF PF07638.6 185 0.0001 15.1 0.0 1 1 1.5e-06 0.00017 14.4 0.0 148 179 174 205 164 210 0.84 # 38125 # 38853 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.310 1_26 - 263 DUF2813 PF11398.3 373 5.2e-05 15.5 0.0 1 1 1.4e-06 8.3e-05 14.8 0.0 23 71 30 78 19 85 0.85 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 2_15 - 103 DUF2813 PF11398.3 373 0.0004 12.6 0.1 1 1 7.5e-06 0.00043 12.5 0.1 210 289 8 84 1 91 0.83 # 8194 # 8502 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.346 1_21 - 259 LptE PF04390.7 155 0.00027 13.8 0.0 1 1 3.8e-06 0.00044 13.1 0.0 3 51 102 151 102 181 0.69 # 17892 # 18668 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.579 3_10 - 487 AAA_10 PF12846.2 304 7.7e-31 100.7 0.0 1 1 9.6e-33 1.1e-30 100.2 0.0 4 302 176 471 174 473 0.87 # 3555 # 5015 # -1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.465 1_26 - 263 AAA_13 PF13166.1 712 6.6e-05 14.6 0.0 1 2 6.6e-06 0.00077 11.1 0.0 16 39 29 52 16 73 0.85 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_26 - 263 AAA_13 PF13166.1 712 6.6e-05 14.6 0.0 2 2 0.0056 0.64 1.4 0.0 527 572 157 201 151 211 0.86 # 23445 # 24233 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.569 1_34 - 309 Yae1_N PF09811.4 39 1.8e-05 17.3 2.2 1 1 5.8e-07 3.4e-05 16.5 2.2 10 31 251 272 251 277 0.90 # 28643 # 29569 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.526 3_16 - 74 Yae1_N PF09811.4 39 0.00024 13.8 6.2 1 1 7.4e-06 0.00043 13.0 6.2 7 34 9 36 8 41 0.81 # 7834 # 8055 # -1 # ID=3_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_63 - 185 AAA_11 PF13086.1 236 9.3e-09 28.3 0.0 1 2 1.9e-07 2.2e-05 17.2 0.0 2 70 17 82 16 98 0.84 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 1_63 - 185 AAA_11 PF13086.1 236 9.3e-09 28.3 0.0 2 2 5.3e-05 0.0061 9.2 0.0 195 232 115 155 98 158 0.78 # 49509 # 50063 # 1 # ID=1_63;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.620 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/285d50c7-2658-418b-beed-7e8a789e4fff # Target file: checkm_output/bins/pm421/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm421/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/285d50c7-2658-418b-beed-7e8a789e4fff checkm_output/bins/pm421/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 10:05:36 2017 # [ok]