# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_29 - 183 KaiC PF06745.8 227 5.1e-05 14.9 0.1 1 2 3.8e-06 0.00028 12.5 0.0 16 43 32 59 20 64 0.85 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 KaiC PF06745.8 227 5.1e-05 14.9 0.1 2 2 0.022 1.7 0.2 0.0 133 184 116 161 95 175 0.54 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 ABC_tran PF00005.22 137 4.9e-07 22.6 0.0 1 1 4e-08 9.8e-07 21.6 0.0 14 73 186 243 178 310 0.78 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 ABC_tran PF00005.22 137 2.7e-06 20.2 0.0 1 1 2.2e-07 5.4e-06 19.2 0.0 4 31 28 55 26 63 0.84 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_33 - 513 ABC_tran PF00005.22 137 0.00018 14.3 0.0 1 1 1.9e-05 0.00047 13.0 0.0 12 37 235 260 228 338 0.89 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 183 DUF815 PF05673.8 250 7e-05 14.3 0.0 1 1 1.2e-06 9.2e-05 13.9 0.0 19 74 3 56 1 83 0.74 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 Sigma54_activat PF00158.21 168 5e-07 21.8 0.0 1 1 2.3e-08 8.5e-07 21.1 0.0 5 47 18 61 14 77 0.81 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 Sigma54_activat PF00158.21 168 4.1e-06 18.8 0.0 1 2 1.4e-06 5.1e-05 15.3 0.0 12 46 173 207 164 223 0.81 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_27 - 352 Sigma54_activat PF00158.21 168 4.1e-06 18.8 0.0 2 2 0.034 1.2 1.0 0.0 42 91 234 284 229 291 0.76 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 3.4e-06 19.1 0.1 1 1 1.8e-07 6.6e-06 18.2 0.1 34 59 31 56 8 58 0.71 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 7.3e-06 18.0 0.0 1 1 3.4e-07 1.3e-05 17.3 0.0 20 58 163 203 150 205 0.82 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_4 - 326 TIGR01932 TIGR01932 318 1.3e-16 52.5 11.1 1 2 2.7e-11 2e-09 28.8 0.4 5 144 14 143 10 158 0.79 # 1474 # 2451 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.439 1_4 - 326 TIGR01932 TIGR01932 318 1.3e-16 52.5 11.1 2 2 2.7e-11 2e-09 28.8 5.4 174 279 142 254 140 292 0.80 # 1474 # 2451 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.439 1_4 - 326 TIGR01933 TIGR01933 261 1.3e-25 82.4 3.4 1 1 2.9e-27 2.1e-25 81.7 3.4 6 207 35 234 30 287 0.88 # 1474 # 2451 # 1 # ID=1_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.439 1_67 - 222 MobB PF03205.9 140 1.1e-06 20.9 0.1 1 2 1.9e-06 4.7e-05 15.6 0.1 10 38 13 41 3 48 0.81 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_67 - 222 MobB PF03205.9 140 1.1e-06 20.9 0.1 2 2 0.013 0.32 3.2 0.0 44 75 85 119 74 137 0.74 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 MobB PF03205.9 140 5.6e-05 15.4 0.0 1 1 1.3e-05 0.00031 12.9 0.0 3 21 38 56 36 76 0.88 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 MobB PF03205.9 140 0.00031 13.0 0.0 1 1 8e-05 0.002 10.3 0.0 4 24 187 207 185 221 0.81 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_27 - 352 AAA_19 PF13245.1 76 5.1e-07 21.9 0.0 1 1 4.8e-08 1.2e-06 20.7 0.0 5 35 178 207 174 230 0.82 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 AAA_19 PF13245.1 76 1.5e-05 17.2 0.0 1 1 2.7e-06 6.6e-05 15.1 0.0 5 35 228 258 224 281 0.82 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 183 AAA_19 PF13245.1 76 0.00047 12.4 0.0 1 1 0.00013 0.0033 9.7 0.0 8 30 33 55 26 58 0.70 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_67 - 222 CbiA PF01656.18 195 9.2e-19 60.1 0.2 1 1 5.7e-20 2.1e-18 58.9 0.2 2 174 6 161 5 182 0.70 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_52 - 251 CbiA PF01656.18 195 6.4e-08 24.7 0.5 1 1 4.4e-09 1.6e-07 23.4 0.4 3 46 8 51 7 195 0.69 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_67 - 222 KTI12 PF08433.5 270 0.00036 12.2 0.1 1 1 8.2e-06 0.00061 11.5 0.1 11 41 13 43 4 86 0.87 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 MCM PF00493.18 331 9.2e-05 13.8 0.0 1 1 1.8e-06 0.00014 13.2 0.0 53 76 31 54 11 64 0.84 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 AAA_23 PF13476.1 202 1.5e-06 21.2 0.0 1 1 1.3e-07 3.2e-06 20.1 0.0 22 40 186 204 175 210 0.93 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 AAA_23 PF13476.1 202 1.8e-05 17.6 0.0 1 1 2.7e-06 6.7e-05 15.7 0.0 19 36 234 251 218 279 0.88 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 183 AAA_23 PF13476.1 202 3.1e-05 16.8 0.3 1 1 2.3e-06 5.6e-05 16.0 0.1 18 36 34 52 24 56 0.81 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 Zeta_toxin PF06414.7 201 3.8e-05 15.3 0.0 1 1 2.5e-06 9.1e-05 14.1 0.0 14 47 181 215 167 231 0.82 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00047 11.8 0.0 1 1 2.4e-05 0.00089 10.8 0.0 18 39 236 257 222 270 0.85 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_33 - 513 AAA_30 PF13604.1 196 4.1e-07 22.2 0.0 1 1 3e-08 7.5e-07 21.4 0.0 3 42 219 258 217 267 0.92 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 183 AAA_30 PF13604.1 196 0.00026 13.1 0.0 1 1 2.2e-05 0.00054 12.0 0.0 7 37 25 54 24 57 0.84 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 AAA_30 PF13604.1 196 0.00031 12.8 0.0 1 1 2.2e-05 0.00053 12.1 0.0 10 42 176 207 168 216 0.73 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_28 - 653 TraG-D_C PF12696.2 128 2.2e-27 88.0 0.0 1 1 5.7e-29 4.2e-27 87.0 0.0 2 127 427 551 426 552 0.87 # 17720 # 19678 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.417 1_67 - 222 MipZ PF09140.6 261 1.3e-13 43.1 0.4 1 1 3.6e-13 2.7e-11 35.5 0.4 3 131 5 112 3 133 0.82 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_27 - 352 AAA_21 PF13304.1 303 9.4e-05 14.9 0.0 1 1 3.4e-06 0.00025 13.5 0.0 3 29 187 214 186 328 0.86 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_27 - 352 AAA PF00004.24 132 4.3e-05 16.2 0.0 1 1 1.3e-06 9.8e-05 15.1 0.0 2 31 187 216 186 263 0.62 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_73 - 400 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 0.0088 8.1 9.2 1 3 0.0002 0.015 7.4 0.3 22 36 53 66 43 69 0.86 # 58688 # 59887 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.563 1_73 - 400 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 0.0088 8.1 9.2 2 3 0.0041 0.3 3.2 0.5 2 10 73 81 72 82 0.83 # 58688 # 59887 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.563 1_73 - 400 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 0.0088 8.1 9.2 3 3 0.022 1.6 0.9 0.2 3 15 362 374 361 379 0.86 # 58688 # 59887 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.563 1_27 - 352 TIGR00382 TIGR00382 414 0.00037 11.7 0.0 1 1 6.8e-06 0.0005 11.3 0.0 116 140 182 206 112 209 0.84 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 AAA_16 PF13191.1 185 3.8e-06 19.5 0.1 1 1 2.7e-07 6.6e-06 18.7 0.1 23 45 34 56 21 141 0.82 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_33 - 513 AAA_16 PF13191.1 185 6.8e-06 18.6 0.1 1 1 6.3e-07 1.6e-05 17.5 0.1 8 49 222 259 221 382 0.84 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_27 - 352 AAA_16 PF13191.1 185 0.00015 14.3 0.0 1 1 9.4e-06 0.00023 13.6 0.0 24 51 183 210 155 235 0.80 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 AAA_22 PF13401.1 131 3.2e-07 23.0 0.0 1 1 2.5e-08 6.1e-07 22.1 0.0 3 37 34 76 30 173 0.69 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_33 - 513 AAA_22 PF13401.1 131 1.2e-05 18.0 0.0 1 1 1e-06 2.5e-05 16.9 0.0 4 28 234 258 230 330 0.82 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_27 - 352 AAA_22 PF13401.1 131 0.00011 14.8 0.0 1 1 2.4e-05 0.00059 12.5 0.0 6 30 185 209 177 251 0.80 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_27 - 352 AAA_29 PF13555.1 62 1.2e-06 20.6 0.0 1 1 1.1e-07 2.6e-06 19.4 0.0 25 51 185 211 175 216 0.86 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 AAA_29 PF13555.1 62 1.6e-06 20.1 0.0 1 1 1.1e-07 2.7e-06 19.4 0.0 19 40 32 52 19 65 0.77 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_33 - 513 AAA_29 PF13555.1 62 2e-05 16.6 0.0 1 1 1.7e-06 4.3e-05 15.5 0.0 19 40 231 251 221 257 0.82 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_67 - 222 SRP54 PF00448.17 196 3.1e-05 15.9 0.1 1 1 1.3e-06 9.4e-05 14.4 0.1 11 94 13 90 4 111 0.68 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_27 - 352 AAA_28 PF13521.1 163 1.7e-05 17.3 0.1 1 1 6.2e-07 4.6e-05 15.9 0.0 2 32 186 221 185 291 0.82 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_62 - 81 HTH_3 PF01381.17 55 0.00043 12.6 0.1 1 1 1.2e-05 0.00088 11.6 0.0 1 25 10 34 10 34 0.89 # 52937 # 53179 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.416 1_33 - 513 Rad17 PF03215.10 519 0.00067 10.8 0.0 1 1 1.4e-05 0.0011 10.2 0.0 42 69 231 258 220 275 0.79 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_67 - 222 Fer4_NifH PF00142.13 273 2e-06 19.6 0.3 1 2 2e-07 7.4e-06 17.7 0.0 8 41 11 44 6 58 0.91 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_67 - 222 Fer4_NifH PF00142.13 273 2e-06 19.6 0.3 2 2 0.071 2.6 -0.5 0.1 30 74 81 124 65 133 0.74 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_52 - 251 Fer4_NifH PF00142.13 273 3.5e-05 15.5 0.6 1 2 2e-05 0.00072 11.2 0.1 5 46 9 51 5 95 0.73 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_52 - 251 Fer4_NifH PF00142.13 273 3.5e-05 15.5 0.6 2 2 0.011 0.42 2.1 0.0 146 200 153 208 141 213 0.81 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_62 - 81 HTH_19 PF12844.2 64 0.00029 13.4 0.5 1 1 4.8e-06 0.00036 13.1 0.5 2 18 8 24 7 70 0.84 # 52937 # 53179 # -1 # ID=1_62;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.416 1_27 - 352 NB-ARC PF00931.17 287 0.0003 12.1 0.2 1 1 1.8e-05 0.00068 11.0 0.1 13 40 177 204 169 213 0.81 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 NB-ARC PF00931.17 287 0.00033 12.0 0.0 1 1 1.4e-05 0.00052 11.4 0.0 4 50 23 66 20 76 0.74 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 Mg_chelatase PF01078.16 207 2.2e-06 19.4 0.0 1 1 1.1e-07 4e-06 18.6 0.0 7 53 169 214 166 244 0.82 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.00014 13.5 0.0 1 1 5.4e-06 0.0002 13.0 0.0 10 42 23 55 15 72 0.86 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 G-alpha PF00503.15 389 3.7e-07 21.5 0.0 1 1 1.2e-08 8.7e-07 20.3 0.0 43 124 168 260 141 344 0.78 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 Arch_ATPase PF01637.13 234 9.4e-05 14.6 0.0 1 1 5.2e-06 0.00019 13.6 0.0 8 43 223 257 221 270 0.90 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 183 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00014 14.0 0.1 1 1 7.3e-06 0.00027 13.1 0.2 16 122 33 139 24 142 0.52 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 AAA_5 PF07728.9 139 0.00022 13.4 0.0 1 1 1.1e-05 0.00039 12.7 0.0 1 31 185 215 185 280 0.90 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 AAA_5 PF07728.9 139 0.00039 12.7 0.0 1 1 2.1e-05 0.00078 11.7 0.0 1 19 37 55 37 60 0.90 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 ResIII PF04851.10 184 8.4e-05 14.9 0.1 1 1 2.6e-06 9.6e-05 14.7 0.1 22 45 27 55 6 141 0.81 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 ResIII PF04851.10 184 0.00025 13.4 0.0 1 1 1.3e-05 0.00049 12.4 0.0 22 49 173 206 140 223 0.76 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_28 - 653 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3e-19 61.3 0.0 1 2 5.1e-07 1.3e-05 16.4 0.0 74 128 221 277 218 287 0.82 # 17720 # 19678 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.417 1_28 - 653 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3e-19 61.3 0.0 2 2 5.2e-15 1.3e-13 42.8 0.0 163 369 340 554 287 562 0.82 # 17720 # 19678 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.417 1_29 - 183 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1e-06 20.0 0.2 1 2 8e-07 2e-05 15.8 0.0 15 36 35 56 25 60 0.90 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1e-06 20.0 0.2 2 2 0.012 0.3 2.0 0.0 30 49 121 140 120 146 0.89 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 0.0004 11.5 0.0 1 1 3.3e-05 0.00083 10.5 0.0 15 36 183 204 177 218 0.85 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_67 - 222 TIGR01968 TIGR01968 261 9.6e-13 40.2 0.2 1 2 2.3e-09 1.7e-07 23.0 0.1 2 49 3 47 2 60 0.86 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_67 - 222 TIGR01968 TIGR01968 261 9.6e-13 40.2 0.2 2 2 4.8e-07 3.5e-05 15.4 0.0 100 143 68 111 62 132 0.93 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 AAA_18 PF13238.1 129 8.4e-07 21.9 0.7 1 1 5.1e-08 9.4e-07 21.7 0.0 1 82 38 143 38 167 0.64 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 AAA_18 PF13238.1 129 4.5e-06 19.5 0.0 1 1 4.6e-07 8.4e-06 18.6 0.0 2 56 187 243 187 278 0.71 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 AAA_18 PF13238.1 129 3.3e-05 16.7 0.0 1 1 5.4e-06 0.0001 15.1 0.0 1 29 237 269 237 362 0.90 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_67 - 222 AAA_18 PF13238.1 129 6.8e-05 15.7 0.0 1 1 6.2e-06 0.00012 14.9 0.0 8 79 13 86 12 108 0.69 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 DUF258 PF03193.11 161 3.9e-06 18.6 0.0 1 1 5.9e-08 4.4e-06 18.4 0.0 17 59 16 59 2 142 0.71 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 DUF87 PF01935.12 229 9.4e-07 21.3 0.0 1 1 2.3e-08 1.7e-06 20.5 0.0 12 44 28 56 20 60 0.80 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 1.4e-06 20.9 0.0 1 1 7.6e-08 2.8e-06 19.9 0.0 6 108 20 142 18 157 0.66 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.0006 12.4 0.0 1 1 3.1e-05 0.0011 11.5 0.0 13 42 175 204 164 224 0.89 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 MMR_HSR1 PF01926.18 116 2.1e-05 17.0 0.1 1 1 5e-07 3.7e-05 16.2 0.1 2 37 38 72 37 166 0.65 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 DEAD PF00270.24 169 0.00013 13.9 0.0 1 1 3.1e-06 0.00023 13.2 0.0 5 61 25 108 21 179 0.62 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 Miro PF08477.8 119 3.1e-05 17.0 0.0 1 1 2.1e-06 5.2e-05 16.2 0.0 1 25 37 61 37 109 0.84 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 Miro PF08477.8 119 0.00026 14.0 0.0 1 1 2.3e-05 0.00056 12.9 0.0 2 95 186 300 185 316 0.75 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_52 - 251 Miro PF08477.8 119 0.00027 14.0 0.4 1 1 3.9e-05 0.00097 12.1 0.1 3 74 8 83 6 97 0.77 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_29 - 183 IIGP PF05049.8 376 0.00017 12.9 1.4 1 2 2.7e-06 0.0002 12.7 0.4 16 54 16 54 4 63 0.85 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 IIGP PF05049.8 376 0.00017 12.9 1.4 2 2 0.047 3.5 -1.3 0.0 195 225 56 85 54 131 0.65 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 T2SE PF00437.15 272 1.1e-65 213.7 0.0 1 1 5.4e-67 1.3e-65 213.4 0.0 5 266 29 327 26 333 0.95 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 T2SE PF00437.15 272 3.9e-39 126.6 0.0 1 1 2.4e-40 6e-39 126.0 0.0 66 271 166 385 151 386 0.87 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 183 T2SE PF00437.15 272 2.3e-08 25.7 0.1 1 1 1.6e-09 4e-08 24.9 0.1 95 149 2 56 1 63 0.81 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 NACHT PF05729.7 166 0.0002 13.5 0.1 1 1 6.7e-06 0.00049 12.2 0.1 3 20 38 55 36 63 0.90 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 AAA_17 PF13207.1 121 5e-07 23.1 0.0 1 1 7.7e-08 1.1e-06 21.9 0.0 3 38 187 235 185 306 0.66 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_33 - 513 AAA_17 PF13207.1 121 4.8e-06 19.9 0.0 1 1 7.2e-07 1.1e-05 18.8 0.0 1 35 236 276 236 370 0.66 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_67 - 222 AAA_17 PF13207.1 121 6.8e-06 19.4 0.0 1 1 8.9e-07 1.3e-05 18.5 0.0 9 100 13 112 12 184 0.71 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 AAA_17 PF13207.1 121 4.8e-05 16.7 0.2 1 1 5.6e-06 8.3e-05 15.9 0.1 2 33 38 70 37 133 0.70 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_52 - 251 AAA_17 PF13207.1 121 0.00028 14.2 0.0 1 1 3.9e-05 0.00058 13.2 0.0 3 100 8 126 6 242 0.76 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_29 - 183 TIGR02211 TIGR02211 221 9.1e-06 17.5 0.2 1 1 2e-07 1.5e-05 16.7 0.2 15 51 19 55 6 63 0.76 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 AAA_25 PF13481.1 194 2.5e-05 16.2 0.0 1 2 9.7e-07 7.2e-05 14.7 0.0 33 56 35 58 24 80 0.84 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 AAA_25 PF13481.1 194 2.5e-05 16.2 0.0 2 2 0.072 5.3 -1.2 0.0 184 185 138 139 102 173 0.53 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 AAA_15 PF13175.1 415 3.4e-05 15.5 0.6 1 1 4.7e-07 3.5e-05 15.4 0.6 18 43 11 63 2 136 0.73 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 Pox_A32 PF04665.7 241 2.5e-05 16.1 0.0 1 1 7.4e-07 5.4e-05 15.0 0.0 3 74 174 241 172 258 0.80 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 AAA_14 PF13173.1 128 2.4e-05 16.8 0.1 1 1 1.3e-06 4.7e-05 15.8 0.1 3 49 36 79 34 156 0.71 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_33 - 513 AAA_14 PF13173.1 128 0.00012 14.4 0.0 1 1 8.8e-06 0.00033 13.1 0.0 3 39 235 268 233 341 0.80 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_67 - 222 VirC1 PF07015.6 231 1.6e-08 26.3 0.0 1 1 4.8e-10 3.6e-08 25.2 0.0 5 55 6 56 3 61 0.93 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 AAA_33 PF13671.1 143 2.6e-05 16.6 0.1 1 1 4.2e-06 0.00015 14.1 0.1 2 95 38 164 38 180 0.60 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_33 - 513 AAA_33 PF13671.1 143 0.00029 13.2 0.0 1 1 1.8e-05 0.00068 12.0 0.0 2 81 237 325 236 337 0.63 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_28 - 653 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 9.9e-90 293.7 0.0 1 1 1.9e-91 1.4e-89 293.2 0.0 20 456 127 591 102 601 0.88 # 17720 # 19678 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.417 1_27 - 352 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00036 12.6 0.0 1 1 9.6e-06 0.00071 11.6 0.0 1 25 188 212 188 219 0.85 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_27 - 352 PduV-EutP PF10662.4 143 1.4e-05 17.1 0.0 1 2 0.00041 0.03 6.3 0.0 103 135 12 44 6 48 0.87 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_27 - 352 PduV-EutP PF10662.4 143 1.4e-05 17.1 0.0 2 2 0.00013 0.0095 7.9 0.0 5 22 187 204 184 212 0.90 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_44 - 722 Toprim_Crpt PF13342.1 62 1.6e-20 65.1 5.4 1 1 2.2e-22 1.6e-20 65.1 5.4 1 61 653 716 653 717 0.96 # 36098 # 38263 # 1 # ID=1_44;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.447 1_73 - 400 Zn_Tnp_IS1595 PF12760.2 46 0.005 9.2 6.7 1 2 0.0026 0.19 4.1 1.2 19 32 73 85 57 97 0.74 # 58688 # 59887 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.563 1_73 - 400 Zn_Tnp_IS1595 PF12760.2 46 0.005 9.2 6.7 2 2 0.0005 0.037 6.4 0.4 8 32 350 374 346 379 0.84 # 58688 # 59887 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.563 1_22 - 786 AAA_10 PF12846.2 304 1.2e-22 73.1 0.0 1 1 3.4e-23 5.1e-22 71.1 0.0 2 291 424 698 423 709 0.78 # 11477 # 13834 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.433 1_29 - 183 AAA_10 PF12846.2 304 6.2e-07 21.5 0.0 1 2 2e-05 0.0003 12.7 0.0 3 22 37 56 35 66 0.84 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_29 - 183 AAA_10 PF12846.2 304 6.2e-07 21.5 0.0 2 2 0.0012 0.018 6.9 0.0 234 260 115 141 110 167 0.79 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_27 - 352 AAA_10 PF12846.2 304 0.0001 14.2 0.0 1 1 1.3e-05 0.0002 13.3 0.0 3 34 185 216 183 224 0.81 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_52 - 251 AAA_10 PF12846.2 304 0.00011 14.2 0.3 1 1 7.8e-06 0.00012 14.1 0.3 3 67 6 81 4 246 0.85 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_33 - 513 AAA_10 PF12846.2 304 0.0007 11.5 0.1 1 1 9.2e-05 0.0014 10.6 0.1 4 26 237 259 234 264 0.85 # 23773 # 25311 # 1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_67 - 222 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.7e-07 20.5 0.0 1 1 4.3e-08 1.6e-06 19.8 0.0 4 39 6 41 3 55 0.88 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_52 - 251 ArsA_ATPase PF02374.10 305 9.5e-05 14.0 0.0 1 1 6.7e-06 0.00025 12.6 0.0 5 41 8 46 5 98 0.77 # 47412 # 48164 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.356 1_67 - 222 AAA_31 PF13614.1 157 7.5e-08 24.9 0.0 1 2 1.7e-06 0.00013 14.4 0.0 3 41 5 43 3 57 0.87 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_67 - 222 AAA_31 PF13614.1 157 7.5e-08 24.9 0.0 2 2 0.00012 0.0088 8.5 0.0 106 151 68 112 63 115 0.92 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_27 - 352 IstB_IS21 PF01695.12 178 2.4e-05 16.3 0.0 1 1 1.2e-06 4.4e-05 15.4 0.0 44 68 180 204 157 238 0.92 # 16649 # 17704 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_29 - 183 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00062 11.7 0.0 1 1 2.4e-05 0.0009 11.2 0.0 41 65 29 53 4 73 0.78 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_67 - 222 GTP_EFTU PF00009.22 188 1e-07 24.1 0.0 1 1 4.3e-09 1.6e-07 23.4 0.0 15 116 15 124 10 200 0.78 # 55907 # 56572 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.443 1_29 - 183 GTP_EFTU PF00009.22 188 0.00039 12.4 0.1 1 1 3.4e-05 0.0013 10.7 0.0 5 28 37 60 33 67 0.86 # 19725 # 20273 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/aaf25e7b-b9c1-4923-83d7-de3571bb09b5 # Target file: checkm_output/bins/pm260/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm260/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/aaf25e7b-b9c1-4923-83d7-de3571bb09b5 checkm_output/bins/pm260/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 10:01:04 2017 # [ok]