# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_20 - 156 MADF_DNA_bdg PF10545.4 85 0.00018 14.6 0.0 1 1 4.4e-06 0.00043 13.4 0.0 31 65 27 62 23 86 0.80 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_79 - 565 K_oxygenase PF13434.1 341 5.5e-06 18.3 0.0 1 3 0.0039 0.38 2.4 0.0 187 220 94 125 59 130 0.79 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 K_oxygenase PF13434.1 341 5.5e-06 18.3 0.0 2 3 3.3e-06 0.00032 12.5 0.0 132 231 218 308 202 332 0.82 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 K_oxygenase PF13434.1 341 5.5e-06 18.3 0.0 3 3 0.057 5.5 -1.4 0.0 132 160 346 369 314 377 0.67 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_85 - 505 HTH_IclR PF09339.5 52 1.7e-07 23.6 0.2 1 2 4.1e-08 4e-06 19.3 0.0 17 41 14 38 1 38 0.81 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_85 - 505 HTH_IclR PF09339.5 52 1.7e-07 23.6 0.2 2 2 0.02 1.9 1.1 0.0 6 31 427 454 426 455 0.88 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_26 - 353 CP_ATPgrasp_1 PF04174.8 330 0.00092 10.7 0.0 1 2 0.072 7 -2.1 0.0 262 305 125 172 113 198 0.68 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_26 - 353 CP_ATPgrasp_1 PF04174.8 330 0.00092 10.7 0.0 2 2 2.5e-05 0.0024 9.3 0.0 78 106 276 304 269 342 0.83 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_86 - 262 DUF815 PF05673.8 250 0.00022 13.1 0.0 1 1 3.6e-06 0.00035 12.4 0.0 23 76 65 122 46 139 0.79 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_85 - 505 HTH_AsnC-type PF13404.1 42 0.00057 12.3 0.0 1 1 1.6e-05 0.0016 10.9 0.0 18 35 16 33 13 36 0.94 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_95 - 286 rve_3 PF13683.1 67 2e-14 45.8 0.1 1 1 3.5e-16 3.4e-14 45.0 0.1 4 67 213 277 210 277 0.95 # 78075 # 78932 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_85 - 505 HTH_40 PF14493.1 91 5.8e-05 16.2 0.0 1 1 4.2e-06 0.00041 13.5 0.0 10 36 12 38 6 51 0.90 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_85 - 505 HTH_38 PF13936.1 44 1.7e-05 17.2 0.2 1 1 3.9e-07 3.8e-05 16.1 0.2 13 41 7 36 5 38 0.87 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_79 - 565 FAD_oxidored PF12831.2 428 2.8e-06 19.4 3.6 1 1 2.9e-08 2.8e-06 19.4 3.6 2 41 100 138 99 167 0.83 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_47 - 680 UvrD-helicase PF00580.16 315 3.9e-39 127.6 0.1 1 1 5.6e-40 5.4e-38 123.8 0.1 2 307 6 260 5 268 0.91 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_56 - 402 TBPIP PF07106.8 169 0.019 7.3 30.0 1 3 9.1e-05 0.0088 8.4 11.0 59 166 131 235 129 239 0.82 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 TBPIP PF07106.8 169 0.019 7.3 30.0 2 3 0.0031 0.3 3.5 2.2 71 125 248 300 241 323 0.69 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 TBPIP PF07106.8 169 0.019 7.3 30.0 3 3 0.0011 0.11 4.9 2.8 71 115 325 369 314 381 0.83 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_79 - 565 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 1.2e-17 57.4 0.1 1 2 4.4e-14 4.3e-12 39.3 0.1 1 201 101 303 101 305 0.75 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 1.2e-17 57.4 0.1 2 2 9e-07 8.8e-05 15.5 0.0 93 147 320 375 309 430 0.76 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_7 PF13241.1 103 3.3e-07 23.4 1.2 1 2 5.4e-05 0.0052 9.9 0.2 9 38 99 128 96 184 0.89 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_7 PF13241.1 103 3.3e-07 23.4 1.2 2 2 1.4e-05 0.0014 11.8 0.1 8 41 270 306 264 380 0.74 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_73 - 226 TetR_N PF00440.18 47 3.4e-20 64.4 0.1 1 2 2.1e-20 6.7e-19 60.2 0.0 2 47 19 64 18 64 0.97 # 59943 # 60620 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.627 1_73 - 226 TetR_N PF00440.18 47 3.4e-20 64.4 0.1 2 2 0.038 1.2 1.8 0.1 1 16 179 194 179 196 0.91 # 59943 # 60620 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.627 1_85 - 505 TetR_N PF00440.18 47 0.00018 14.1 0.0 1 1 1.2e-05 0.00038 13.0 0.0 15 40 14 39 14 40 0.91 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_5 - 86 TetR_N PF00440.18 47 0.00054 12.5 0.0 1 1 3.1e-05 0.001 11.6 0.0 2 26 33 57 32 57 0.93 # 3012 # 3269 # 1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.415 1_47 - 680 AAA_19 PF13245.1 76 3.6e-10 32.4 0.1 1 1 2e-11 9.6e-10 31.0 0.1 14 75 21 86 11 87 0.88 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_86 - 262 AAA_19 PF13245.1 76 3.6e-07 22.8 0.0 1 1 1.9e-08 9.4e-07 21.4 0.0 11 37 101 126 95 147 0.81 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 KTI12 PF08433.5 270 0.00017 13.7 0.4 1 2 6.4e-05 0.0062 8.6 0.0 4 81 102 172 101 174 0.68 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 KTI12 PF08433.5 270 0.00017 13.7 0.4 2 2 0.0037 0.36 2.8 0.1 34 59 232 257 212 261 0.77 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_85 - 505 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 5.3e-06 18.8 0.1 1 1 1.7e-07 1.7e-05 17.2 0.0 23 48 12 37 9 38 0.91 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_95 - 286 rve PF00665.21 120 5.6e-29 93.6 0.0 1 1 3.6e-30 1.2e-28 92.5 0.0 2 120 123 239 122 239 0.97 # 78075 # 78932 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_83 - 560 rve PF00665.21 120 1.7e-26 85.6 0.0 1 1 9.9e-28 3.2e-26 84.7 0.0 2 120 173 313 172 313 0.95 # 66638 # 68317 # 1 # ID=1_83;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.647 1_85 - 505 rve PF00665.21 120 1.6e-15 50.2 0.2 1 1 9.5e-17 3.1e-15 49.2 0.2 4 119 127 253 125 254 0.95 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_86 - 262 MCM PF00493.18 331 0.0002 13.1 0.0 1 2 7.5e-06 0.00073 11.2 0.0 56 120 98 162 82 172 0.81 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 MCM PF00493.18 331 0.0002 13.1 0.0 2 2 0.034 3.3 -0.8 0.0 161 211 190 237 186 259 0.71 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_47 - 680 AAA_30 PF13604.1 196 0.00027 13.4 0.0 1 2 0.00018 0.0088 8.5 0.0 7 40 10 39 4 84 0.71 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 AAA_30 PF13604.1 196 0.00027 13.4 0.0 2 2 0.013 0.62 2.4 0.0 97 133 213 248 195 301 0.82 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_86 - 262 AAA_30 PF13604.1 196 0.00045 12.7 0.2 1 1 2.8e-05 0.0013 11.1 0.1 16 49 97 131 87 162 0.73 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_26 - 353 ATPgrasp_Ter PF15632.1 330 2.7e-130 426.7 0.0 1 1 3.2e-132 3.1e-130 426.5 0.0 1 329 4 344 4 345 0.98 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_79 - 565 F420_oxidored PF03807.12 96 0.0069 9.7 4.1 1 2 0.0023 0.23 4.9 1.2 2 31 100 126 99 131 0.87 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 F420_oxidored PF03807.12 96 0.0069 9.7 4.1 2 2 0.0075 0.73 3.3 0.1 1 34 271 300 271 323 0.87 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_96 - 92 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 8.1e-10 31.5 0.0 1 1 1.2e-11 1.2e-09 31.0 0.0 7 75 5 70 3 71 0.89 # 78929 # 79204 # -1 # ID=1_96;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_86 - 262 Bac_DnaA PF00308.13 219 1.2e-10 34.2 0.0 1 1 2.1e-12 2e-10 33.5 0.0 36 136 101 199 80 221 0.87 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_56 - 402 DivIC PF04977.10 80 0.01 8.2 33.9 1 6 0.0021 0.2 4.1 1.6 26 50 132 156 119 164 0.81 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 DivIC PF04977.10 80 0.01 8.2 33.9 2 6 0.0086 0.84 2.1 1.1 22 48 156 182 153 199 0.71 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 DivIC PF04977.10 80 0.01 8.2 33.9 3 6 0.017 1.6 1.2 0.5 17 47 207 237 200 240 0.71 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 DivIC PF04977.10 80 0.01 8.2 33.9 4 6 2.9e-05 0.0028 10.0 0.8 19 57 244 282 237 286 0.87 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 DivIC PF04977.10 80 0.01 8.2 33.9 5 6 0.0034 0.33 3.4 0.1 22 49 303 330 296 335 0.72 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_56 - 402 DivIC PF04977.10 80 0.01 8.2 33.9 6 6 0.00013 0.012 8.0 1.7 23 49 339 365 333 374 0.89 # 45561 # 46766 # 1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.475 1_39 - 99 Sigma70_r4 PF04545.11 50 3.2e-05 16.1 0.0 1 1 4.9e-07 4.8e-05 15.5 0.0 3 42 9 48 8 49 0.84 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_86 - 262 AAA PF00004.24 132 1e-07 25.1 0.0 1 1 1.8e-09 1.7e-07 24.4 0.0 1 111 102 202 102 230 0.70 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_39 - 99 HTH_37 PF13744.1 80 1.4e-08 27.3 0.0 1 1 2.1e-10 2e-08 26.9 0.0 23 76 18 70 10 73 0.92 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_47 - 680 Herpes_ori_bp PF02399.10 824 0.0005 10.9 0.0 1 1 8.6e-06 0.00084 10.2 0.0 52 108 20 82 9 218 0.83 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_20 - 156 HTH_27 PF13463.1 68 0.00034 13.8 0.3 1 2 3.7e-05 0.0036 10.6 0.0 1 44 3 48 3 49 0.87 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_20 - 156 HTH_27 PF13463.1 68 0.00034 13.8 0.3 2 2 0.037 3.6 0.9 0.1 17 42 112 138 106 149 0.81 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_72 - 400 TIGR01394 TIGR01394 594 0.0015 9.3 0.0 1 1 2.2e-05 0.0021 8.8 0.0 408 486 267 343 261 354 0.84 # 58665 # 59864 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.636 1_95 - 286 rve_2 PF13333.1 52 9.9e-16 50.5 0.1 1 1 1.9e-17 1.8e-15 49.7 0.1 1 50 229 283 229 284 0.92 # 78075 # 78932 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_75 - 145 MerR_1 PF13411.1 69 8.7e-20 63.2 0.0 1 1 4.5e-21 1.4e-19 62.5 0.0 2 67 9 75 8 77 0.96 # 61897 # 62331 # -1 # ID=1_75;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_80 - 121 MerR_1 PF13411.1 69 5.3e-14 44.7 0.0 1 1 2.6e-15 8.5e-14 44.0 0.0 1 68 4 72 4 73 0.97 # 65264 # 65626 # 1 # ID=1_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.697 1_85 - 505 MerR_1 PF13411.1 69 0.0001 15.0 0.0 1 1 8.2e-06 0.00026 13.6 0.0 2 30 17 45 16 51 0.90 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_84 - 287 AAA_16 PF13191.1 185 1.3e-05 18.1 0.0 1 2 1.6e-05 0.00076 12.3 0.0 8 52 45 94 43 146 0.70 # 68320 # 69180 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_84 - 287 AAA_16 PF13191.1 185 1.3e-05 18.1 0.0 2 2 0.0077 0.38 3.6 0.0 139 183 134 184 114 186 0.72 # 68320 # 69180 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_86 - 262 AAA_16 PF13191.1 185 0.00014 14.7 0.1 1 1 6.8e-06 0.00033 13.5 0.1 23 51 98 126 84 166 0.79 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_26 - 353 ATP-grasp_3 PF02655.9 161 6.5e-05 15.7 0.0 1 2 0.044 4.3 0.0 0.0 110 144 76 112 40 118 0.76 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_26 - 353 ATP-grasp_3 PF02655.9 161 6.5e-05 15.7 0.0 2 2 5.8e-06 0.00056 12.7 0.0 2 86 115 231 114 239 0.84 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_84 - 287 AAA_22 PF13401.1 131 3.7e-17 55.6 0.0 1 1 2e-18 6.5e-17 54.8 0.0 7 126 64 190 59 194 0.94 # 68320 # 69180 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_86 - 262 AAA_22 PF13401.1 131 2.7e-06 20.5 0.1 1 2 8.3e-06 0.00027 14.0 0.2 2 28 97 123 96 159 0.74 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 AAA_22 PF13401.1 131 2.7e-06 20.5 0.1 2 2 0.0062 0.2 4.7 0.0 87 117 151 196 132 204 0.62 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_47 - 680 AAA_22 PF13401.1 131 7.5e-06 19.0 0.1 1 2 0.00021 0.0069 9.4 0.0 4 65 17 75 13 100 0.79 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 AAA_22 PF13401.1 131 7.5e-06 19.0 0.1 2 2 0.0014 0.046 6.7 0.0 41 108 152 232 117 246 0.67 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_80 - 121 DUF977 PF06163.6 127 0.00029 13.5 0.1 1 1 5.9e-06 0.00057 12.5 0.0 27 70 4 47 2 65 0.90 # 65264 # 65626 # 1 # ID=1_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.697 1_86 - 262 TIGR00362 TIGR00362 437 4.4e-13 41.5 0.0 1 1 7.2e-15 7e-13 40.9 0.0 138 240 100 200 77 220 0.90 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_47 - 680 TIGR01074 TIGR01074 668 7e-52 169.0 0.0 1 2 4.7e-39 4.5e-37 120.1 0.0 2 304 5 308 4 404 0.84 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 TIGR01074 TIGR01074 668 7e-52 169.0 0.0 2 2 7.3e-17 7.1e-15 46.7 0.0 532 610 516 607 494 613 0.79 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_55 - 273 Methyltransf_27 PF13708.1 194 5.4e-47 152.7 0.0 1 1 6.8e-49 6.6e-47 152.4 0.0 3 194 72 266 70 266 0.95 # 44746 # 45564 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_86 - 262 AAA_29 PF13555.1 62 1.3e-05 17.5 0.0 1 1 2.8e-07 2.7e-05 16.5 0.0 5 47 80 125 78 136 0.83 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_79 - 565 Pyr_redox PF00070.22 80 3.5e-20 65.1 6.0 1 2 1.4e-06 0.00014 15.2 1.5 1 31 99 129 99 131 0.96 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 Pyr_redox PF00070.22 80 3.5e-20 65.1 6.0 2 2 6.2e-18 6.1e-16 51.6 0.2 1 74 271 345 271 354 0.90 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_85 - 505 HTH_Tnp_Tc3_1 PF11427.3 50 0.00061 12.3 0.1 1 1 1.6e-05 0.0016 11.0 0.1 20 42 15 37 11 41 0.91 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_86 - 262 AAA_28 PF13521.1 163 8.7e-06 18.6 1.1 1 1 4.6e-07 4.4e-05 16.3 0.8 1 24 101 124 101 239 0.90 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_79 - 565 HI0933_like PF03486.9 409 2.2e-08 25.8 3.7 1 2 1.2e-06 0.00012 13.5 2.5 2 33 99 130 98 138 0.91 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 HI0933_like PF03486.9 409 2.2e-08 25.8 3.7 2 2 7.2e-06 0.0007 10.9 0.0 82 164 284 366 276 385 0.83 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_47 - 680 TIGR00609 TIGR00609 1175 5e-16 50.4 0.0 1 3 0.0044 0.43 1.0 0.1 10 63 18 69 12 83 0.85 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 TIGR00609 TIGR00609 1175 5e-16 50.4 0.0 2 3 3e-11 2.9e-09 28.0 0.0 342 419 186 255 147 298 0.80 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 TIGR00609 TIGR00609 1175 5e-16 50.4 0.0 3 3 5.2e-08 5.1e-06 17.3 0.0 731 813 539 609 530 628 0.81 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_39 - 99 HTH_3 PF01381.17 55 6.8e-17 54.0 0.0 1 1 1.1e-18 1.1e-16 53.3 0.0 5 53 22 70 21 71 0.97 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_85 - 505 HTH_23 PF13384.1 50 3.7e-07 22.6 0.5 1 1 6e-08 1.2e-06 21.0 0.5 14 39 12 37 2 39 0.87 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_83 - 560 HTH_23 PF13384.1 50 3.9e-07 22.5 0.9 1 1 7.9e-08 1.5e-06 20.6 0.9 3 45 23 71 21 76 0.87 # 66638 # 68317 # 1 # ID=1_83;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.647 1_39 - 99 HTH_23 PF13384.1 50 6.9e-05 15.4 0.0 1 1 5.1e-06 9.9e-05 14.9 0.0 15 37 24 46 17 58 0.87 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_96 - 92 HTH_23 PF13384.1 50 0.00037 13.1 0.0 1 1 3.8e-05 0.00074 12.1 0.0 12 38 16 42 5 47 0.81 # 78929 # 79204 # -1 # ID=1_96;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_73 - 226 HTH_23 PF13384.1 50 0.00087 11.9 0.2 1 1 0.00024 0.0047 9.5 0.0 10 35 22 51 14 64 0.75 # 59943 # 60620 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.627 1_85 - 505 HTH_7 PF02796.10 45 4.7e-06 19.3 0.1 1 1 1.1e-07 1.1e-05 18.1 0.1 20 43 14 37 12 39 0.92 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_39 - 99 HTH_19 PF12844.2 64 7.2e-12 38.1 0.0 1 1 1.1e-13 1.1e-11 37.6 0.0 7 55 21 69 20 71 0.95 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_86 - 262 Mg_chelatase PF01078.16 207 0.00049 12.1 0.0 1 1 1.1e-05 0.001 11.1 0.0 23 43 100 120 96 153 0.86 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_83 - 560 HTH_29 PF13551.1 112 3.3e-06 20.1 0.3 1 1 6.9e-08 3.3e-06 20.1 0.3 13 77 39 109 27 132 0.79 # 66638 # 68317 # 1 # ID=1_83;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.647 1_85 - 505 HTH_29 PF13551.1 112 0.00032 13.7 0.0 1 1 1.8e-05 0.00089 12.3 0.0 9 34 13 37 9 66 0.92 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_79 - 565 Glyco_trans_4_4 PF13579.1 160 0.00019 14.5 1.7 1 1 4.2e-06 0.00041 13.4 0.1 2 26 276 306 276 340 0.70 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_9 PF13454.1 156 2.8e-05 16.8 2.8 1 3 0.0081 0.79 2.3 0.1 1 41 101 135 101 162 0.81 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_9 PF13454.1 156 2.8e-05 16.8 2.8 2 3 0.034 3.3 0.3 0.0 134 155 218 241 202 242 0.72 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_9 PF13454.1 156 2.8e-05 16.8 2.8 3 3 6.6e-06 0.00064 12.4 0.1 112 155 321 366 311 367 0.85 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 GIDA PF01134.17 392 2.5e-08 26.0 6.6 1 3 3.5e-10 3.3e-08 25.5 3.3 2 187 100 279 99 302 0.72 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 GIDA PF01134.17 392 2.5e-08 26.0 6.6 2 3 0.038 3.7 -0.9 0.0 3 31 273 301 271 315 0.84 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 GIDA PF01134.17 392 2.5e-08 26.0 6.6 3 3 0.018 1.8 0.1 0.1 349 385 393 429 387 433 0.77 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_8 PF13450.1 68 3.4e-05 16.7 1.2 1 2 3.5e-07 3.4e-05 16.7 1.2 1 35 102 135 102 155 0.90 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 NAD_binding_8 PF13450.1 68 3.4e-05 16.7 1.2 2 2 0.041 4 0.5 0.2 1 25 274 298 274 303 0.81 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_86 - 262 PhoH PF02562.11 205 1.2e-08 27.2 0.1 1 1 2.9e-10 2.8e-08 26.0 0.1 3 61 83 142 81 179 0.77 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 AAA_5 PF07728.9 139 0.00018 14.1 0.2 1 1 4.3e-06 0.00042 12.9 0.2 1 19 101 119 101 243 0.78 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_84 - 287 AAA_32 PF13654.1 509 0.00013 13.5 0.1 1 2 6.6e-06 0.00064 11.3 0.0 8 81 34 112 26 124 0.86 # 68320 # 69180 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_84 - 287 AAA_32 PF13654.1 509 0.00013 13.5 0.1 2 2 0.02 2 -0.3 0.1 472 502 255 285 242 286 0.89 # 68320 # 69180 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_84 - 287 TniB PF05621.6 302 3.3e-201 659.2 5.6 1 1 3.8e-203 3.7e-201 659.0 5.6 1 285 1 285 1 286 1.00 # 68320 # 69180 # 1 # ID=1_84;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.656 1_86 - 262 AAA_3 PF07726.6 131 0.0005 12.6 0.0 1 1 1.2e-05 0.0012 11.4 0.0 2 72 102 171 101 201 0.70 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_83 - 560 HTH_28 PF13518.1 52 8.1e-09 28.3 0.1 1 1 6.9e-10 3.3e-08 26.3 0.1 1 46 26 78 26 87 0.76 # 66638 # 68317 # 1 # ID=1_83;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.647 1_85 - 505 HTH_28 PF13518.1 52 6.1e-06 19.1 0.4 1 1 3.9e-07 1.9e-05 17.5 0.4 5 34 6 37 3 38 0.82 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_86 - 262 DnaB_C PF03796.10 259 0.00014 13.6 0.0 1 1 2.4e-06 0.00023 12.9 0.0 16 55 96 135 85 158 0.90 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_73 - 226 HTH_Tnp_1_2 PF13022.1 142 0.00077 12.1 0.0 1 1 1.2e-05 0.0011 11.6 0.0 22 77 24 73 5 79 0.76 # 59943 # 60620 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.627 1_75 - 145 MerR-DNA-bind PF09278.6 65 2e-21 69.1 0.6 1 1 9.7e-23 4.7e-21 67.9 0.5 1 65 51 113 51 113 0.95 # 61897 # 62331 # -1 # ID=1_75;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_80 - 121 MerR-DNA-bind PF09278.6 65 0.00077 12.8 7.4 1 1 2.5e-05 0.0012 12.1 7.4 1 64 47 108 47 109 0.85 # 65264 # 65626 # 1 # ID=1_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.697 1_85 - 505 HTH_24 PF13412.1 48 3.2e-07 22.6 0.1 1 1 2.1e-08 1e-06 21.0 0.1 7 39 2 37 1 39 0.90 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_39 - 99 HTH_24 PF13412.1 48 1.3e-05 17.4 0.0 1 1 4.5e-07 2.2e-05 16.7 0.0 14 36 23 45 17 46 0.86 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_86 - 262 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.00029 13.8 0.1 1 1 7.7e-06 0.00075 12.4 0.0 3 44 79 122 77 151 0.81 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_85 - 505 HTH_30 PF13556.1 59 0.00016 14.1 0.3 1 1 5.2e-06 0.0005 12.6 0.1 7 34 10 37 8 38 0.90 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_79 - 565 TIGR01292 TIGR01292 300 1.6e-19 62.3 2.9 1 2 3.8e-05 0.0037 8.6 1.1 3 39 100 136 98 142 0.89 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 TIGR01292 TIGR01292 300 1.6e-19 62.3 2.9 2 2 1.1e-18 1e-16 53.1 0.0 142 296 270 428 213 430 0.81 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_39 - 99 HTH_31 PF13560.1 64 4.3e-09 29.4 0.0 1 1 1e-10 5.1e-09 29.2 0.0 5 56 17 67 13 81 0.86 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_85 - 505 HTH_31 PF13560.1 64 0.00042 13.4 0.2 1 1 2.2e-05 0.0011 12.1 0.2 12 43 13 44 4 54 0.82 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_47 - 680 UvrD_C_2 PF13538.1 104 2.5e-11 36.5 0.0 1 1 8.4e-13 8.2e-11 34.9 0.0 40 104 520 607 486 607 0.81 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_85 - 505 HTH_36 PF13730.1 55 1.1e-05 18.4 0.0 1 1 2.9e-07 2.8e-05 17.1 0.0 26 47 16 37 2 38 0.88 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_83 - 560 HTH_Tnp_Mu_2 PF09039.6 108 9.9e-06 18.2 0.0 1 1 2.8e-07 2.7e-05 16.8 0.0 37 101 100 163 83 166 0.91 # 66638 # 68317 # 1 # ID=1_83;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.647 1_86 - 262 NACHT PF05729.7 166 0.0012 11.4 2.1 1 2 5.9e-05 0.0057 9.2 0.3 3 23 102 122 100 148 0.84 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 NACHT PF05729.7 166 0.0012 11.4 2.1 2 2 0.012 1.1 1.7 0.1 80 127 156 200 139 221 0.76 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 AAA_17 PF13207.1 121 0.00011 15.9 0.0 1 1 1.6e-06 0.00015 15.4 0.0 2 38 102 133 101 232 0.74 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_79 - 565 FAD_binding_2 PF00890.19 417 4.2e-06 18.6 4.7 1 3 4.3e-08 4.2e-06 18.6 4.7 2 32 100 130 99 137 0.90 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 FAD_binding_2 PF00890.19 417 4.2e-06 18.6 4.7 2 3 0.034 3.3 -0.8 0.1 143 204 311 369 297 388 0.72 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 FAD_binding_2 PF00890.19 417 4.2e-06 18.6 4.7 3 3 0.074 7.2 -1.9 0.0 376 402 388 408 377 424 0.82 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_17 - 214 Bd3614-deam PF14439.1 136 0.00011 15.0 0.1 1 1 1.6e-06 0.00016 14.4 0.1 3 68 47 112 45 122 0.77 # 13529 # 14170 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_86 - 262 AAA_25 PF13481.1 194 0.00011 14.6 0.0 1 1 1.8e-06 0.00017 13.8 0.0 29 57 95 123 76 170 0.86 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_47 - 680 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.5e-12 38.3 0.1 1 3 3.9e-07 3.8e-05 16.1 0.0 2 59 21 77 20 88 0.79 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.5e-12 38.3 0.1 2 3 0.00012 0.012 8.0 0.0 61 118 208 263 179 348 0.74 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 Viral_helicase1 PF01443.13 234 6.5e-12 38.3 0.1 3 3 0.0003 0.029 6.7 0.0 187 232 540 606 528 608 0.61 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_86 - 262 RuvB_N PF05496.7 234 0.00051 12.0 0.0 1 1 7.1e-06 0.00069 11.5 0.0 48 75 97 124 45 170 0.84 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_75 - 145 MerR PF00376.18 38 7.9e-14 43.9 0.2 1 1 4.5e-15 1.4e-13 43.1 0.2 1 38 9 46 9 46 0.99 # 61897 # 62331 # -1 # ID=1_75;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_80 - 121 MerR PF00376.18 38 1.2e-06 20.9 0.0 1 1 5.9e-08 1.9e-06 20.3 0.0 1 38 5 42 5 42 0.95 # 65264 # 65626 # 1 # ID=1_80;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.697 1_85 - 505 MerR PF00376.18 38 0.00012 14.5 0.1 1 1 8.7e-06 0.00028 13.3 0.1 1 28 17 43 17 48 0.85 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_86 - 262 AAA_33 PF13671.1 143 0.00036 13.3 0.2 1 1 8.9e-06 0.00086 12.1 0.2 2 36 102 142 102 255 0.67 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_55 - 273 ThiS-like PF14453.1 57 0.00073 12.3 0.0 1 1 1.7e-05 0.0016 11.2 0.0 25 54 165 194 146 196 0.94 # 44746 # 45564 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_79 - 565 AlaDh_PNT_C PF01262.16 168 2.3e-05 16.9 3.1 1 2 0.00051 0.05 6.0 0.8 15 50 92 127 89 130 0.90 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 AlaDh_PNT_C PF01262.16 168 2.3e-05 16.9 3.1 2 2 2.1e-05 0.002 10.5 0.1 16 58 265 307 257 339 0.84 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_60 - 476 DNA_methylase PF00145.12 335 3.1e-76 249.4 0.0 1 1 4.2e-78 4.1e-76 249.0 0.0 1 333 92 455 92 457 0.87 # 48616 # 50043 # -1 # ID=1_60;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.468 1_79 - 565 3HCDH_N PF02737.13 180 0.0031 10.0 6.4 1 2 0.0047 0.46 2.9 2.4 1 30 99 128 99 134 0.93 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 3HCDH_N PF02737.13 180 0.0031 10.0 6.4 2 2 9e-05 0.0088 8.6 0.1 2 39 272 309 271 348 0.73 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 Glyco_transf_4 PF13439.1 177 5.9e-06 19.0 0.1 1 1 1.3e-07 1.3e-05 17.8 0.1 13 40 276 303 272 356 0.82 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_95 - 286 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 8.7e-10 31.6 0.0 1 1 2e-11 1.9e-09 30.5 0.0 2 134 128 264 127 270 0.87 # 78075 # 78932 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_39 - 99 HTH_26 PF13443.1 63 2.5e-06 20.6 0.0 1 1 4.4e-08 4.2e-06 19.8 0.0 7 55 23 70 20 70 0.92 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_85 - 505 HTH_17 PF12728.2 51 0.00042 13.5 0.0 1 1 1.8e-05 0.0018 11.5 0.0 3 25 17 39 17 53 0.90 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_20 - 156 HTH_11 PF08279.7 55 3e-06 19.7 0.0 1 1 1.3e-07 6.3e-06 18.7 0.0 4 42 9 49 6 62 0.82 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_85 - 505 HTH_11 PF08279.7 55 0.00046 12.7 0.2 1 1 2.6e-05 0.0013 11.3 0.1 16 37 16 37 11 38 0.89 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_39 - 99 MarR_2 PF12802.2 62 3.6e-05 16.3 0.0 1 1 1.1e-06 5.4e-05 15.7 0.0 15 41 22 46 7 46 0.83 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_20 - 156 MarR_2 PF12802.2 62 0.00023 13.7 0.1 1 1 1.3e-05 0.00063 12.3 0.1 11 47 13 48 5 49 0.84 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_85 - 505 TrmB PF01978.14 68 0.0002 14.0 0.0 1 1 8e-06 0.00078 12.1 0.1 22 45 15 38 13 38 0.92 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_85 - 505 LacI PF00356.16 46 0.00019 13.9 0.0 1 1 4.1e-06 0.0004 12.9 0.0 1 23 17 39 17 44 0.91 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_79 - 565 Pyr_redox_2 PF07992.9 201 7.7e-44 142.8 0.0 1 1 3.2e-45 3.1e-43 140.8 0.0 2 199 100 410 99 412 0.96 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_26 - 353 ATP-grasp_4 PF13535.1 184 6.4e-27 87.3 0.0 1 2 0.065 6.3 -0.7 0.0 101 154 40 76 21 95 0.57 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_26 - 353 ATP-grasp_4 PF13535.1 184 6.4e-27 87.3 0.0 2 2 3.2e-28 3.1e-26 85.1 0.0 2 182 114 293 113 296 0.93 # 20954 # 22012 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.509 1_79 - 565 DFP PF04127.10 185 0.00075 12.0 2.4 1 2 0.00039 0.038 6.4 0.4 28 51 105 128 99 156 0.83 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 DFP PF04127.10 185 0.00075 12.0 2.4 2 2 0.0014 0.13 4.7 0.1 32 53 281 302 276 336 0.77 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_39 - 99 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 0.00028 13.6 0.0 1 1 5e-06 0.00049 12.8 0.0 28 48 26 46 20 47 0.93 # 31438 # 31734 # 1 # ID=1_39;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 1_79 - 565 DAO PF01266.19 358 4.1e-09 28.6 11.7 1 3 1.4e-08 1.3e-06 20.3 0.7 1 38 99 134 99 190 0.84 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 DAO PF01266.19 358 4.1e-09 28.6 11.7 2 3 0.032 3.1 -0.6 0.1 3 31 273 301 271 307 0.75 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_79 - 565 DAO PF01266.19 358 4.1e-09 28.6 11.7 3 3 9.4e-07 9.1e-05 14.3 0.5 152 208 314 372 307 433 0.74 # 63552 # 65246 # 1 # ID=1_79;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.652 1_20 - 156 HTH_20 PF12840.2 61 5.7e-05 15.8 0.4 1 2 6.5e-05 0.0021 10.8 0.0 19 50 17 48 7 49 0.91 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_20 - 156 HTH_20 PF12840.2 61 5.7e-05 15.8 0.4 2 2 0.027 0.88 2.4 0.1 7 20 108 121 103 142 0.72 # 15295 # 15762 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.496 1_85 - 505 HTH_20 PF12840.2 61 0.00019 14.1 0.2 1 1 1.7e-05 0.00053 12.7 0.0 13 45 1 36 1 38 0.94 # 69291 # 70805 # 1 # ID=1_85;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_73 - 226 HTH_20 PF12840.2 61 0.00023 13.8 0.1 1 1 5.4e-05 0.0017 11.0 0.0 21 46 30 55 18 63 0.85 # 59943 # 60620 # 1 # ID=1_73;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.627 1_47 - 680 UvrD_C PF13361.1 351 1.5e-22 73.3 0.0 1 3 0.1 9.7 -1.7 0.0 61 100 32 71 21 90 0.80 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 UvrD_C PF13361.1 351 1.5e-22 73.3 0.0 2 3 0.0019 0.19 3.9 0.0 74 118 332 377 287 388 0.79 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_47 - 680 UvrD_C PF13361.1 351 1.5e-22 73.3 0.0 3 3 2.6e-22 2.5e-20 66.0 0.0 290 347 538 607 517 611 0.91 # 36707 # 38746 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_88 - 280 Pterin_bind PF00809.17 210 2.5e-58 189.7 0.0 1 1 3e-60 3e-58 189.5 0.0 1 210 7 216 7 216 0.98 # 72381 # 73220 # -1 # ID=1_88;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.617 1_86 - 262 IstB_IS21 PF01695.12 178 3e-69 224.8 0.1 1 1 4.1e-71 4e-69 224.4 0.1 2 177 55 230 54 231 0.98 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_86 - 262 AAA_11 PF13086.1 236 0.00044 12.7 0.3 1 1 8.7e-06 0.00084 11.8 0.3 6 44 89 142 82 260 0.72 # 70792 # 71577 # 1 # ID=1_86;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.501 1_95 - 286 HTH_21 PF13276.1 60 1.2e-10 34.1 3.5 1 2 0.038 3.7 0.6 0.1 38 54 13 31 7 37 0.70 # 78075 # 78932 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 1_95 - 286 HTH_21 PF13276.1 60 1.2e-10 34.1 3.5 2 2 1.3e-12 1.2e-10 34.1 3.5 6 59 47 99 39 100 0.82 # 78075 # 78932 # -1 # ID=1_95;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.472 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/2979e15b-d9fd-4b29-ac75-9de82b627ef5 # Target file: checkm_output/bins/pm258/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm258/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/2979e15b-d9fd-4b29-ac75-9de82b627ef5 checkm_output/bins/pm258/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 10:01:04 2017 # [ok]