# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_11 - 146 HTH_22 PF13309.1 64 7.1e-05 14.2 0.0 1 1 3.6e-06 0.00015 13.2 0.0 45 63 110 128 108 129 0.90 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 4_1 - 183 TIGR01173 TIGR01173 452 7.1e-09 26.2 0.2 1 1 2.5e-10 1e-08 25.7 0.2 390 430 109 149 100 158 0.89 # 52 # 600 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.492 3_1 - 283 rve_3 PF13683.1 67 1.8e-17 54.4 0.2 1 1 3.4e-18 3.4e-17 53.5 0.2 2 59 190 247 189 251 0.97 # 52 # 900 # -1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 1_15 - 81 rve_3 PF13683.1 67 3.8e-13 40.5 0.0 1 1 5.2e-14 5.3e-13 40.0 0.0 27 67 25 65 20 65 0.94 # 12649 # 12891 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.387 1_18 - 94 rve_3 PF13683.1 67 2.1e-05 15.7 0.0 1 1 3.3e-06 3.3e-05 15.1 0.0 2 30 39 67 38 89 0.83 # 14583 # 14864 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.383 1_7 - 179 rve_3 PF13683.1 67 2.7e-05 15.3 0.0 1 1 6e-06 6.1e-05 14.2 0.0 2 32 142 172 141 176 0.88 # 7035 # 7571 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 3_3 - 181 Cytidylate_kin2 PF13189.1 179 0.00041 11.9 0.0 1 2 9.1e-05 0.0037 8.8 0.0 1 22 2 23 2 44 0.81 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 Cytidylate_kin2 PF13189.1 179 0.00041 11.9 0.0 2 2 0.026 1.1 0.8 0.0 110 135 96 122 94 136 0.74 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_17 - 181 HTH_38 PF13936.1 44 2e-20 63.8 1.5 1 3 7.6e-19 1.6e-17 54.6 0.1 1 44 2 46 2 46 0.96 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_38 PF13936.1 44 2e-20 63.8 1.5 2 3 0.032 0.66 1.3 0.0 21 31 90 100 89 101 0.86 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_38 PF13936.1 44 2e-20 63.8 1.5 3 3 0.0018 0.037 5.3 0.1 29 42 108 121 107 122 0.88 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_19 - 344 HTH_38 PF13936.1 44 1.6e-06 19.3 0.2 1 2 7.3e-07 1.5e-05 16.2 0.1 8 41 28 61 26 62 0.92 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_19 - 344 HTH_38 PF13936.1 44 1.6e-06 19.3 0.2 2 2 0.081 1.7 0.1 0.0 33 41 128 136 127 136 0.88 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_11 - 146 HTH_8 PF02954.14 42 3.1e-06 18.4 1.0 1 2 0.0071 0.29 2.5 0.3 2 11 59 68 58 69 0.86 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_11 - 146 HTH_8 PF02954.14 42 3.1e-06 18.4 1.0 2 2 1.4e-06 5.5e-05 14.4 0.0 21 37 110 126 98 129 0.81 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 2_6 - 94 HTH_39 PF14090.1 70 0.00011 13.4 0.0 1 1 4.1e-06 0.00017 12.7 0.0 5 36 7 38 5 52 0.89 # 2250 # 2531 # -1 # ID=2_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.578 1_11 - 146 TetR_N PF00440.18 47 0.00014 13.1 0.0 1 1 8.5e-06 0.00035 11.9 0.0 15 36 106 127 99 127 0.89 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 3_3 - 181 AAA_19 PF13245.1 76 0.00017 13.0 0.0 1 1 1.8e-05 0.00072 11.0 0.0 15 33 5 22 2 36 0.85 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_1 - 283 rve PF00665.21 120 1.4e-25 81.4 0.1 1 1 5e-26 4.1e-25 79.9 0.0 2 118 104 216 103 218 0.95 # 52 # 900 # -1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 1_18 - 94 rve PF00665.21 120 6.5e-14 43.8 0.0 1 1 9e-15 7.4e-14 43.6 0.0 59 119 8 66 1 67 0.84 # 14583 # 14864 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.383 1_7 - 179 rve PF00665.21 120 7.6e-14 43.5 0.0 1 1 1.6e-13 1.4e-12 39.5 0.0 4 119 67 169 64 170 0.93 # 7035 # 7571 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 5_1 - 235 rve PF00665.21 120 1.3e-13 42.7 0.1 1 2 0.074 0.61 1.9 0.0 78 102 27 49 6 54 0.84 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 5_1 - 235 rve PF00665.21 120 1.3e-13 42.7 0.1 2 2 3e-13 2.5e-12 38.7 0.0 9 119 75 182 70 183 0.89 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 1_19 - 344 rve PF00665.21 120 1.6e-09 29.6 0.1 1 1 4.7e-10 3.8e-09 28.4 0.0 19 119 205 306 188 307 0.87 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 3_3 - 181 AAA_24 PF13479.1 213 4.1e-05 14.9 0.0 1 1 1.2e-06 5.1e-05 14.5 0.0 6 33 3 34 1 99 0.87 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 Zeta_toxin PF06414.7 201 3.3e-05 14.7 0.0 1 2 2.1e-05 0.00086 10.1 0.0 19 50 3 32 1 39 0.78 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 Zeta_toxin PF06414.7 201 3.3e-05 14.7 0.0 2 2 0.0045 0.18 2.4 0.0 94 123 73 102 57 160 0.77 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_17 - 181 CPSase_L_D3 PF02787.14 123 2e-05 16.1 0.0 1 1 1.3e-06 5.3e-05 14.7 0.0 60 103 10 53 2 61 0.90 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_9 - 64 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 4e-18 56.9 0.1 1 1 4.5e-19 4.6e-18 56.7 0.1 2 47 18 63 17 63 0.97 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 3_2 - 104 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 1.2e-09 29.7 0.0 1 1 1.3e-10 1.3e-09 29.6 0.0 2 57 4 59 3 85 0.86 # 897 # 1208 # -1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 5_1 - 235 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.0001 13.9 0.3 1 1 2.2e-05 0.00022 12.9 0.3 4 51 6 58 4 63 0.79 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 1_11 - 146 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00012 13.7 0.0 1 1 2.1e-05 0.00022 12.9 0.0 20 50 104 133 92 143 0.75 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_22 - 213 TMP-TENI PF02581.12 180 3.1e-06 18.0 0.0 1 2 0.094 3.8 -1.8 0.0 99 121 9 29 4 62 0.69 # 17393 # 18031 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.660 1_22 - 213 TMP-TENI PF02581.12 180 3.1e-06 18.0 0.0 2 2 1.6e-07 6.5e-06 17.0 0.0 64 171 71 181 36 190 0.83 # 17393 # 18031 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.660 1_19 - 344 DDE_3 PF13358.1 146 1.3e-22 71.8 0.4 1 1 1e-23 2.1e-22 71.1 0.1 2 139 177 313 176 319 0.95 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 5_1 - 235 DDE_3 PF13358.1 146 0.00028 12.3 0.0 1 1 4.2e-05 0.00085 10.7 0.0 32 90 82 141 59 146 0.87 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 1_15 - 81 rve_2 PF13333.1 52 2.8e-10 31.9 1.2 1 1 1.9e-11 3.9e-10 31.4 1.2 8 51 25 72 22 73 0.92 # 12649 # 12891 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.387 3_1 - 283 rve_2 PF13333.1 52 7.2e-10 30.6 0.2 1 1 6.3e-11 1.3e-09 29.7 0.2 1 40 208 247 208 254 0.93 # 52 # 900 # -1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 1_9 - 64 MerR_1 PF13411.1 69 0.00013 13.4 0.0 1 1 5.3e-06 0.00022 12.7 0.0 1 23 40 62 40 63 0.95 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 3_3 - 181 cobW PF02492.14 178 0.00031 11.9 0.0 1 1 1.3e-05 0.00052 11.1 0.0 2 21 2 21 1 29 0.81 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 AAA_22 PF13401.1 131 6.4e-06 18.0 0.0 1 1 4.7e-07 1.9e-05 16.5 0.0 6 50 2 50 1 105 0.72 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 AAA_28 PF13521.1 163 6.4e-05 14.6 0.0 1 1 4.7e-06 0.00019 13.0 0.0 2 29 3 33 2 58 0.77 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_19 - 344 HTH_32 PF13565.1 77 6.5e-12 37.8 0.3 1 1 4.8e-13 6.5e-12 37.8 0.3 1 77 56 136 56 136 0.86 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_17 - 181 HTH_32 PF13565.1 77 4.8e-11 35.0 0.9 1 2 0.0019 0.026 7.1 0.0 46 75 18 41 6 43 0.76 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_32 PF13565.1 77 4.8e-11 35.0 0.9 2 2 2.4e-10 3.2e-09 29.2 0.2 1 75 38 118 38 120 0.76 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 5_1 - 235 HTH_32 PF13565.1 77 5.3e-07 22.1 0.2 1 1 1.7e-07 2.3e-06 20.0 0.0 26 76 5 50 2 51 0.83 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 1_19 - 344 HTH_23 PF13384.1 50 2.4e-11 34.7 3.2 1 1 1.4e-11 9.5e-11 32.8 0.2 4 50 27 73 24 73 0.94 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_17 - 181 HTH_23 PF13384.1 50 1.6e-10 32.1 0.4 1 3 2.4e-07 1.7e-06 19.3 0.0 9 40 14 45 8 51 0.86 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_23 PF13384.1 50 1.6e-10 32.1 0.4 2 3 0.0062 0.042 5.3 0.0 10 28 82 100 77 101 0.84 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_23 PF13384.1 50 1.6e-10 32.1 0.4 3 3 0.036 0.25 2.9 0.0 27 40 109 122 107 128 0.82 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_9 - 64 HTH_23 PF13384.1 50 4.1e-09 27.6 0.0 1 1 7.9e-10 5.4e-09 27.2 0.0 3 41 24 63 22 63 0.96 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 5_1 - 235 HTH_23 PF13384.1 50 2.5e-06 18.8 0.7 1 2 0.095 0.65 1.6 0.0 7 27 11 35 7 36 0.69 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 5_1 - 235 HTH_23 PF13384.1 50 2.5e-06 18.8 0.7 2 2 1.1e-05 7.6e-05 14.0 0.1 28 42 41 55 40 62 0.87 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 1_11 - 146 HTH_23 PF13384.1 50 3.8e-05 15.0 0.0 1 1 1.1e-05 7.2e-05 14.1 0.0 4 38 94 128 91 140 0.83 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 3_2 - 104 HTH_23 PF13384.1 50 0.00015 13.1 0.0 1 1 2.9e-05 0.0002 12.7 0.0 7 48 14 55 8 57 0.82 # 897 # 1208 # -1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 1_11 - 146 HTH_7 PF02796.10 45 5.5e-07 21.1 0.1 1 1 3.4e-08 1.4e-06 19.8 0.1 19 40 105 126 86 131 0.71 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_19 - 344 HTH_29 PF13551.1 112 3.1e-17 54.4 0.2 1 1 6.1e-18 6.3e-17 53.4 0.2 1 111 30 139 30 140 0.92 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_17 - 181 HTH_29 PF13551.1 112 1.9e-07 22.9 0.4 1 2 3.5e-07 3.6e-06 18.8 0.2 2 105 13 117 12 123 0.68 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_29 PF13551.1 112 1.9e-07 22.9 0.4 2 2 0.029 0.3 3.0 0.0 21 47 108 139 101 157 0.73 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_11 - 146 HTH_29 PF13551.1 112 5.4e-06 18.2 1.1 1 2 0.011 0.12 4.3 0.2 36 61 70 94 63 105 0.78 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_11 - 146 HTH_29 PF13551.1 112 5.4e-06 18.2 1.1 2 2 2.4e-05 0.00024 12.9 0.0 10 42 103 137 95 145 0.72 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_9 - 64 HTH_29 PF13551.1 112 0.00013 13.8 0.3 1 2 0.098 1 1.3 0.1 52 68 18 33 3 38 0.60 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 1_9 - 64 HTH_29 PF13551.1 112 0.00013 13.8 0.3 2 2 4.2e-05 0.00043 12.1 0.0 8 36 36 63 28 63 0.84 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 1_20 - 271 TIGR03413 TIGR03413 248 1.3e-06 19.3 0.7 1 1 6.9e-08 2.8e-06 18.2 0.7 20 96 84 165 76 251 0.71 # 16207 # 17019 # 1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.615 5_1 - 235 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 9.5e-13 39.5 0.3 1 1 3e-14 1.2e-12 39.2 0.3 5 132 10 144 6 174 0.87 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 3_3 - 181 AAA_18 PF13238.1 129 8.1e-10 30.8 0.0 1 1 3.9e-11 1.6e-09 29.8 0.0 1 126 3 134 3 137 0.76 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_19 - 344 HTH_28 PF13518.1 52 6.9e-09 27.3 0.7 1 1 1.1e-08 7.4e-08 24.0 0.2 1 52 29 81 29 82 0.92 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 3_2 - 104 HTH_28 PF13518.1 52 3.7e-08 25.0 0.0 1 1 9.2e-09 6.3e-08 24.2 0.0 1 41 13 53 13 58 0.93 # 897 # 1208 # -1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 1_9 - 64 HTH_28 PF13518.1 52 3.7e-08 25.0 1.1 1 1 5.8e-09 3.9e-08 24.9 0.0 1 36 27 63 27 63 0.97 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 1_17 - 181 HTH_28 PF13518.1 52 6.6e-07 21.0 0.3 1 2 2e-05 0.00014 13.6 0.1 9 35 19 45 13 69 0.87 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_28 PF13518.1 52 6.6e-07 21.0 0.3 2 2 0.025 0.17 3.7 0.0 22 36 109 123 107 144 0.87 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 5_1 - 235 HTH_28 PF13518.1 52 2.4e-05 16.0 1.2 1 1 1.5e-05 0.0001 14.0 1.2 22 36 40 54 13 55 0.76 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 1_11 - 146 HTH_28 PF13518.1 52 9e-05 14.2 0.0 1 1 3.3e-05 0.00022 12.9 0.0 13 33 108 128 96 129 0.72 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_19 - 344 HTH_33 PF13592.1 60 4.8e-07 21.0 0.1 1 2 1.2e-08 4.8e-07 21.0 0.1 2 54 107 159 106 163 0.94 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_19 - 344 HTH_33 PF13592.1 60 4.8e-07 21.0 0.1 2 2 0.027 1.1 0.6 0.1 29 42 241 254 239 257 0.89 # 14961 # 15992 # 1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.509 1_12 - 464 UPF0236 PF06782.6 470 6.4e-07 19.7 0.7 1 1 6.3e-08 2.6e-06 17.7 0.4 334 406 364 441 257 448 0.70 # 9899 # 11290 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.516 3_3 - 181 NACHT PF05729.7 166 3.4e-05 15.2 0.1 1 1 2.1e-06 8.6e-05 13.9 0.0 2 21 2 21 1 29 0.91 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 AAA_17 PF13207.1 121 9.7e-07 21.3 0.0 1 1 4.8e-08 2e-06 20.3 0.0 1 32 2 34 2 175 0.59 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_22 - 213 PRAI PF00697.17 197 4.2e-45 145.3 0.0 1 1 1.1e-46 4.7e-45 145.2 0.0 1 194 5 205 5 208 0.93 # 17393 # 18031 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.660 1_11 - 146 Mga PF05043.8 87 9.6e-06 17.5 0.0 1 1 3.3e-07 1.3e-05 17.1 0.0 18 56 95 133 57 144 0.86 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 3_2 - 104 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 3.6e-05 14.6 0.0 1 1 3.5e-06 7.3e-05 13.6 0.0 7 44 4 42 4 45 0.93 # 897 # 1208 # -1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 1_9 - 64 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 0.00016 12.5 0.0 1 1 1.1e-05 0.00023 12.1 0.0 8 42 19 54 18 56 0.83 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 3_3 - 181 AAA_33 PF13671.1 143 1.2e-10 33.0 0.0 1 1 4.3e-12 1.7e-10 32.6 0.0 2 127 3 130 2 151 0.73 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_9 - 64 CENP-B_N PF04218.8 53 1.5e-07 22.5 0.2 1 1 5.1e-09 2.1e-07 22.0 0.2 4 44 20 61 18 62 0.86 # 7904 # 8095 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.479 3_3 - 181 APS_kinase PF01583.15 157 5.4e-06 17.8 0.0 1 2 1e-05 0.00042 11.6 0.0 4 24 2 22 1 30 0.89 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 3_3 - 181 APS_kinase PF01583.15 157 5.4e-06 17.8 0.0 2 2 0.0021 0.086 4.1 0.1 34 72 107 147 91 157 0.86 # 1300 # 1842 # -1 # ID=3_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.558 1_3 - 126 DDE_Tnp_IS1 PF03400.8 131 4.7e-73 235.1 2.5 1 1 1.3e-74 5.2e-73 235.0 2.5 7 131 1 125 1 125 1.00 # 1953 # 2330 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.529 5_1 - 235 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 3.1e-53 171.2 0.0 1 1 2.1e-54 4.3e-53 170.7 0.0 4 139 75 212 73 213 0.99 # 64 # 768 # 1 # ID=5_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.532 3_1 - 283 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 4.6e-13 41.0 0.1 1 1 3e-14 6.2e-13 40.6 0.1 2 139 109 247 108 248 0.92 # 52 # 900 # -1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 1_11 - 146 HTH_26 PF13443.1 63 4.6e-05 15.3 0.0 1 1 2.3e-06 9.4e-05 14.3 0.0 1 31 95 128 95 137 0.88 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_11 - 146 HTH_17 PF12728.2 51 0.00034 12.6 0.0 1 1 4.5e-05 0.0019 10.2 0.0 7 23 113 129 109 142 0.81 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_17 - 181 HTH_11 PF08279.7 55 2.6e-07 21.9 0.2 1 2 6.6e-05 0.0013 10.0 0.0 8 37 15 44 12 45 0.85 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_11 PF08279.7 55 2.6e-07 21.9 0.2 2 2 0.00021 0.0043 8.4 0.0 20 39 104 123 95 130 0.89 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_11 - 146 HTH_11 PF08279.7 55 2.2e-06 19.0 0.0 1 1 3.1e-07 6.3e-06 17.5 0.0 14 37 106 129 98 142 0.85 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_11 - 146 HTH_5 PF01022.15 47 0.00029 12.2 0.0 1 1 1.2e-05 0.0005 11.4 0.0 12 36 104 128 92 138 0.84 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_17 - 181 TrmB PF01978.14 68 0.0001 13.7 0.0 1 2 0.0018 0.076 4.5 0.0 19 45 19 45 12 46 0.85 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 TrmB PF01978.14 68 0.0001 13.7 0.0 2 2 0.00037 0.015 6.7 0.0 24 47 101 124 96 130 0.85 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 3_2 - 104 Phage_terminase PF10668.4 60 0.00013 13.4 0.0 1 1 4.9e-06 0.0002 12.8 0.0 11 44 14 47 1 49 0.77 # 897 # 1208 # -1 # ID=3_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.590 1_17 - 181 HTH_20 PF12840.2 61 2.3e-05 15.8 0.0 1 2 0.00024 0.0048 8.4 0.0 19 46 14 44 3 45 0.85 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_17 - 181 HTH_20 PF12840.2 61 2.3e-05 15.8 0.0 2 2 0.0029 0.06 4.9 0.0 26 50 101 125 87 128 0.75 # 13942 # 14484 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.366 1_11 - 146 HTH_20 PF12840.2 61 8.4e-05 14.1 0.1 1 1 1.3e-05 0.00027 12.5 0.0 27 46 110 129 94 130 0.88 # 9438 # 9875 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.553 1_7 - 179 HTH_21 PF13276.1 60 1.8e-18 58.1 0.8 1 1 1.6e-19 3.2e-18 57.2 0.8 19 57 7 49 3 58 0.84 # 7035 # 7571 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 3_1 - 283 HTH_21 PF13276.1 60 1.7e-11 35.7 0.2 1 1 2.4e-12 4.9e-11 34.2 0.2 4 59 36 89 34 90 0.93 # 52 # 900 # -1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.574 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/9087022a-7cf6-4777-9161-a7958c88c2e6 # Target file: checkm_output/bins/pm190/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm190/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/9087022a-7cf6-4777-9161-a7958c88c2e6 checkm_output/bins/pm190/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:54:53 2017 # [ok]