# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_57 - 226 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 9.9e-06 18.5 0.0 1 2 0.00016 0.024 7.5 0.0 112 168 18 76 2 83 0.69 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_57 - 226 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 9.9e-06 18.5 0.0 2 2 5e-05 0.0073 9.1 0.0 41 62 162 183 145 213 0.80 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_114 - 536 HTH_IclR PF09339.5 52 0.00011 15.2 0.4 1 1 3.9e-06 0.00029 13.9 0.0 12 41 299 328 296 328 0.88 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_117 - 139 HTH_IclR PF09339.5 52 0.0003 13.9 0.2 1 1 1.5e-05 0.0011 12.0 0.0 15 40 103 128 98 129 0.86 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_92 - 864 ABC_tran PF00005.22 137 0.0012 12.6 0.0 1 1 2e-05 0.003 11.3 0.0 13 96 476 599 472 615 0.61 # 70362 # 72953 # 1 # ID=1_92;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_29 - 89 HTH_22 PF13309.1 64 0.00063 13.0 0.1 1 1 1.3e-05 0.0019 11.5 0.0 45 60 24 39 4 41 0.83 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_119 - 345 ADH_N PF08240.7 109 1.3e-25 82.8 0.1 1 1 2.1e-27 3.1e-25 81.5 0.0 2 108 26 135 25 136 0.95 # 102196 # 103230 # 1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_116 - 151 TIGR01173 TIGR01173 452 3e-11 35.9 3.2 1 2 9.5e-07 0.00014 13.9 0.0 292 341 5 54 4 57 0.94 # 100586 # 101038 # -1 # ID=1_116;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_116 - 151 TIGR01173 TIGR01173 452 3e-11 35.9 3.2 2 2 5.7e-11 8.5e-09 27.8 1.8 332 431 27 136 26 145 0.81 # 100586 # 101038 # -1 # ID=1_116;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_57 - 226 TIGR00095 TIGR00095 194 0.00041 13.2 0.0 1 2 0.001 0.15 4.8 0.0 123 138 19 34 7 78 0.76 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_57 - 226 TIGR00095 TIGR00095 194 0.00041 13.2 0.0 2 2 0.00033 0.049 6.4 0.0 53 83 164 196 155 209 0.76 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_32 - 209 TIGR00547 TIGR00547 204 3.9e-05 16.3 2.6 1 1 3.2e-07 4.8e-05 16.0 2.6 1 173 1 177 1 204 0.74 # 30907 # 31533 # 1 # ID=1_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.394 1_54 - 425 Cdd1 PF11731.3 93 0.00094 12.6 0.0 1 1 1.3e-05 0.002 11.6 0.0 10 46 178 214 139 227 0.84 # 45108 # 46382 # -1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.544 1_78 - 278 N6_Mtase PF02384.11 311 1.7e-10 33.9 0.0 1 1 1.8e-12 2.7e-10 33.2 0.0 25 117 139 237 130 247 0.86 # 61333 # 62166 # 1 # ID=1_78;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_90 - 30 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.0007 12.5 1.0 1 1 4.9e-06 0.00073 12.5 1.0 38 55 5 22 2 24 0.86 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_82 - 150 HTH_40 PF14493.1 91 4.3e-05 17.2 0.0 1 1 5.2e-07 7.6e-05 16.4 0.0 3 45 23 66 21 97 0.86 # 64958 # 65407 # 1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.331 1_114 - 536 HTH_38 PF13936.1 44 0.0011 12.1 0.2 1 1 2.4e-05 0.0035 10.4 0.2 15 42 300 327 281 329 0.81 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_29 - 89 DUF1492 PF07374.6 100 0.00031 14.3 0.1 1 1 4.5e-06 0.00067 13.2 0.0 74 94 24 44 14 47 0.88 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_105 - 764 MobB PF03205.9 140 0.00017 14.7 0.1 1 1 6.4e-06 0.00047 13.3 0.1 6 34 210 238 206 243 0.87 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_90 - 30 MobB PF03205.9 140 0.001 12.3 0.6 1 1 1.4e-05 0.0011 12.2 0.6 3 17 8 22 6 24 0.89 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_120 - 498 FGGY_N PF00370.16 245 4.4e-68 222.6 0.0 1 1 3.9e-70 5.8e-68 222.2 0.0 2 245 4 252 3 252 0.98 # 103234 # 104727 # 1 # ID=1_120;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.439 1_144 - 187 DUF3584 PF12128.3 1201 0.00018 12.4 3.1 1 1 1.6e-06 0.00024 11.9 3.1 304 377 12 86 5 100 0.86 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_31 - 245 HTH_8 PF02954.14 42 0.0016 11.5 0.0 1 1 2.3e-05 0.0035 10.4 0.0 18 40 156 178 154 178 0.95 # 30017 # 30751 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_106 - 1768 AAA_19 PF13245.1 76 8.4e-08 25.4 1.4 1 2 0.045 6.7 0.1 0.0 20 60 450 490 434 501 0.75 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_106 - 1768 AAA_19 PF13245.1 76 8.4e-08 25.4 1.4 2 2 9.9e-09 1.5e-06 21.4 0.3 8 76 984 1049 977 1049 0.78 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_50 - 289 CbiA PF01656.18 195 7.7e-18 58.0 0.0 1 1 1.4e-19 1e-17 57.6 0.0 1 160 12 203 12 229 0.80 # 42415 # 43281 # 1 # ID=1_50;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.430 1_9 - 48 CbiA PF01656.18 195 2.2e-06 20.6 0.1 1 1 3.2e-08 2.4e-06 20.5 0.1 1 36 4 34 4 39 0.81 # 5580 # 5723 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.444 1_57 - 226 MethyltransfD12 PF02086.10 260 0.00037 13.4 0.0 1 2 0.013 1.9 1.3 0.0 176 188 19 31 12 92 0.81 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_57 - 226 MethyltransfD12 PF02086.10 260 0.00037 13.4 0.0 2 2 2.8e-05 0.0041 10.0 0.0 20 46 163 189 148 197 0.79 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_117 - 139 PAX PF00292.13 125 0.00026 14.2 0.0 1 1 4.2e-06 0.00062 13.0 0.0 23 56 96 129 86 136 0.89 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_140 - 264 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00019 14.3 0.1 1 1 8.2e-06 0.0004 13.3 0.1 16 54 178 217 165 217 0.81 # 122011 # 122802 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.663 1_51 - 344 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00024 14.1 0.1 1 2 0.00028 0.014 8.4 0.0 19 48 171 200 167 201 0.90 # 43281 # 44312 # 1 # ID=1_51;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.459 1_51 - 344 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00024 14.1 0.1 2 2 0.015 0.76 2.8 0.0 18 44 223 255 218 258 0.88 # 43281 # 44312 # 1 # ID=1_51;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.459 1_114 - 536 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00039 13.4 0.0 1 1 1.8e-05 0.00086 12.3 0.0 18 48 298 327 297 329 0.88 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_10 - 295 Rep_3 PF01051.16 222 1.3e-22 74.0 0.2 1 1 1.2e-24 1.7e-22 73.5 0.2 3 215 23 274 21 278 0.85 # 6230 # 7114 # 1 # ID=1_10;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.451 1_29 - 89 Terminase_5 PF06056.7 58 0.00023 14.2 0.0 1 1 4.1e-06 0.00061 12.8 0.0 18 38 26 46 23 59 0.81 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_90 - 30 AAA_23 PF13476.1 202 0.003 11.3 1.1 1 1 2.3e-05 0.0034 11.1 1.1 25 36 11 22 11 24 0.89 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_57 - 226 Methyltransf_26 PF13659.1 117 5e-12 39.4 0.1 1 2 3.9e-07 2.9e-05 17.6 0.0 53 111 3 68 2 85 0.74 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_57 - 226 Methyltransf_26 PF13659.1 117 5e-12 39.4 0.1 2 2 8.1e-08 6e-06 19.8 0.0 4 44 167 206 164 220 0.83 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_78 - 278 Methyltransf_26 PF13659.1 117 0.00069 13.1 0.0 1 1 5.3e-05 0.0039 10.7 0.0 3 62 171 237 169 263 0.81 # 61333 # 62166 # 1 # ID=1_78;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.525 1_90 - 30 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.0024 10.4 0.6 1 1 1.8e-05 0.0026 10.3 0.6 16 34 4 23 2 25 0.75 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_106 - 1768 AAA_30 PF13604.1 196 4.3e-43 140.6 16.0 1 2 0.00011 0.016 8.2 1.2 9 127 434 546 432 564 0.77 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_106 - 1768 AAA_30 PF13604.1 196 4.3e-43 140.6 16.0 2 2 7.5e-45 1.1e-42 139.3 3.5 2 186 971 1158 970 1162 0.91 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_144 - 187 YwqJ-deaminase PF14431.1 126 0.0088 9.4 3.2 1 2 0.082 12 -0.8 0.0 73 100 24 55 12 65 0.62 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_144 - 187 YwqJ-deaminase PF14431.1 126 0.0088 9.4 3.2 2 2 0.00011 0.016 8.5 1.2 38 124 79 167 58 169 0.66 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_13 - 134 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 2.4e-23 75.4 0.0 1 1 4.4e-25 3.3e-23 75.0 0.0 1 66 13 91 13 99 0.85 # 8581 # 8982 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_29 - 89 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 2.9e-19 62.3 0.0 1 1 4.8e-21 3.5e-19 62.1 0.0 1 75 1 71 1 72 0.96 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_140 - 264 GerE PF00196.14 58 9.9e-07 21.5 0.0 1 1 2.4e-08 1.8e-06 20.7 0.0 6 47 177 218 174 223 0.92 # 122011 # 122802 # -1 # ID=1_140;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.663 1_82 - 150 GerE PF00196.14 58 1.1e-06 21.4 0.0 1 1 2.5e-08 1.9e-06 20.6 0.0 2 55 17 70 16 73 0.96 # 64958 # 65407 # 1 # ID=1_82;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.331 1_105 - 764 TraG-D_C PF12696.2 128 1.1e-20 67.3 0.0 1 1 1.4e-22 2e-20 66.4 0.0 1 127 439 561 439 562 0.85 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_120 - 498 FGGY_C PF02782.11 198 1e-26 87.2 0.3 1 1 1.1e-28 1.7e-26 86.5 0.3 5 197 265 444 261 445 0.73 # 103234 # 104727 # 1 # ID=1_120;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.439 1_50 - 289 MipZ PF09140.6 261 1.1e-09 31.1 0.0 1 2 3.1e-06 0.00023 13.7 0.0 2 39 11 48 10 60 0.92 # 42415 # 43281 # 1 # ID=1_50;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.430 1_50 - 289 MipZ PF09140.6 261 1.1e-09 31.1 0.0 2 2 9.7e-07 7.2e-05 15.4 0.0 61 127 95 162 86 165 0.82 # 42415 # 43281 # 1 # ID=1_50;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.430 1_8 - 185 MipZ PF09140.6 261 2.1e-05 17.2 0.1 1 1 4.1e-07 3.1e-05 16.6 0.0 75 134 21 80 7 117 0.77 # 5084 # 5638 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.423 1_57 - 226 UPF0020 PF01170.13 180 2.7e-06 20.5 0.0 1 2 8.6e-05 0.013 8.5 0.0 102 123 16 37 3 89 0.71 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_57 - 226 UPF0020 PF01170.13 180 2.7e-06 20.5 0.0 2 2 2.9e-05 0.0043 10.1 0.0 27 54 162 188 158 216 0.72 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_29 - 89 DivIC PF04977.10 80 0.00034 13.6 3.4 1 1 1e-05 0.00052 13.0 3.4 32 64 55 87 52 88 0.88 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_144 - 187 DivIC PF04977.10 80 0.00058 12.8 7.4 1 2 0.0027 0.13 5.3 3.9 18 51 15 48 8 51 0.67 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_144 - 187 DivIC PF04977.10 80 0.00058 12.8 7.4 2 2 0.00033 0.016 8.2 0.1 21 49 58 86 54 95 0.88 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_11 - 280 DivIC PF04977.10 80 0.013 8.5 8.4 1 2 0.023 1.1 2.3 2.3 28 52 18 42 7 50 0.49 # 7348 # 8187 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.582 1_11 - 280 DivIC PF04977.10 80 0.013 8.5 8.4 2 2 0.00025 0.012 8.6 0.1 21 49 58 86 54 99 0.87 # 7348 # 8187 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.582 1_114 - 536 DDE_Tnp_ISL3 PF01610.12 249 1.9e-35 116.0 0.0 1 2 3.5e-22 5.1e-20 65.5 0.0 1 107 156 253 156 328 0.80 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_114 - 536 DDE_Tnp_ISL3 PF01610.12 249 1.9e-35 116.0 0.0 2 2 5e-17 7.5e-15 48.6 0.0 143 249 432 530 385 530 0.89 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_148 - 98 Sigma70_r4 PF04545.11 50 0.00027 13.7 0.1 1 1 2.6e-06 0.00038 13.2 0.1 10 47 14 53 8 53 0.84 # 129791 # 130084 # 1 # ID=1_148;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_116 - 151 TIGR00965 TIGR00965 271 0.007 9.0 3.3 1 2 3.4e-05 0.005 9.4 0.1 173 209 27 63 14 69 0.84 # 100586 # 101038 # -1 # ID=1_116;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_116 - 151 TIGR00965 TIGR00965 271 0.007 9.0 3.3 2 2 0.025 3.7 0.0 0.6 140 140 102 102 62 141 0.51 # 100586 # 101038 # -1 # ID=1_116;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.486 1_89 - 75 zf-dskA_traR PF01258.12 36 8.5e-10 31.7 7.6 1 1 8.4e-12 1.2e-09 31.2 7.6 2 35 33 66 31 67 0.92 # 69402 # 69626 # 1 # ID=1_89;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.507 1_106 - 1768 AAA PF00004.24 132 2.4e-05 18.0 0.4 1 3 0.042 6.2 0.5 0.0 53 90 102 141 86 165 0.70 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_106 - 1768 AAA PF00004.24 132 2.4e-05 18.0 0.4 2 3 0.00034 0.051 7.3 0.0 3 74 992 1080 990 1091 0.56 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_106 - 1768 AAA PF00004.24 132 2.4e-05 18.0 0.4 3 3 0.0018 0.27 4.9 0.1 29 99 1625 1695 1586 1728 0.74 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_51 - 344 KorB PF08535.5 93 2e-29 95.1 0.9 1 1 2.1e-31 3.1e-29 94.5 0.2 1 92 176 267 176 268 0.98 # 43281 # 44312 # 1 # ID=1_51;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.459 1_148 - 98 Rrf2 PF02082.15 83 0.0015 12.2 0.0 1 1 1.5e-05 0.0022 11.6 0.0 22 51 23 52 21 60 0.89 # 129791 # 130084 # 1 # ID=1_148;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_57 - 226 N6_N4_Mtase PF01555.13 231 6.1e-37 120.7 0.0 1 1 1.7e-36 2.4e-34 112.2 0.0 1 228 21 200 21 203 0.90 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_29 - 89 MerR_1 PF13411.1 69 1.5e-05 18.2 0.2 1 2 0.062 9.1 -0.3 0.0 36 44 4 12 1 16 0.79 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_29 - 89 MerR_1 PF13411.1 69 1.5e-05 18.2 0.2 2 2 5.3e-07 7.8e-05 15.9 0.1 3 47 24 68 23 86 0.76 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_105 - 764 AAA_16 PF13191.1 185 1.9e-05 18.2 0.0 1 1 8.5e-07 6.3e-05 16.5 0.0 22 120 202 298 198 341 0.65 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_92 - 864 AAA_16 PF13191.1 185 0.00022 14.7 0.0 1 1 1.4e-05 0.001 12.5 0.0 26 56 476 507 461 590 0.87 # 70362 # 72953 # 1 # ID=1_92;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_31 - 245 HTH_AraC PF00165.18 42 1.6e-16 53.1 0.0 1 2 1.6e-05 0.0012 12.2 0.0 2 30 150 178 149 179 0.89 # 30017 # 30751 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_31 - 245 HTH_AraC PF00165.18 42 1.6e-16 53.1 0.0 2 2 9.6e-14 7.1e-12 38.3 0.1 7 42 203 239 201 239 0.95 # 30017 # 30751 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_34 - 365 HTH_AraC PF00165.18 42 2.9e-07 23.7 0.2 1 1 2.1e-08 1.6e-06 21.4 0.1 17 42 320 346 318 346 0.93 # 32956 # 34050 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.353 1_90 - 30 AAA_29 PF13555.1 62 0.00013 14.9 0.2 1 1 9.1e-07 0.00013 14.9 0.2 24 42 6 24 1 26 0.81 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_117 - 139 HTH_Tnp_IS630 PF01710.11 120 0.00023 14.3 0.0 1 1 2.9e-06 0.00043 13.4 0.0 8 44 96 132 90 137 0.88 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_90 - 30 SRP54 PF00448.17 196 0.00073 12.5 0.7 1 1 4.9e-06 0.00073 12.5 0.7 3 18 7 22 5 25 0.88 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_144 - 187 Mnd1 PF03962.10 188 0.0028 10.8 4.9 1 1 7.3e-05 0.0054 9.8 4.9 62 138 14 90 11 101 0.77 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_11 - 280 Mnd1 PF03962.10 188 0.018 8.1 4.6 1 2 0.0029 0.22 4.6 4.7 104 155 22 74 7 81 0.53 # 7348 # 8187 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.582 1_11 - 280 Mnd1 PF03962.10 188 0.018 8.1 4.6 2 2 0.0037 0.27 4.3 0.1 65 107 57 99 51 102 0.83 # 7348 # 8187 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.582 1_29 - 89 HTH_23 PF13384.1 50 1.3e-07 24.6 0.0 1 1 1.5e-08 3.2e-07 23.4 0.0 13 42 14 46 5 58 0.79 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_114 - 536 HTH_23 PF13384.1 50 5.7e-07 22.6 0.9 1 2 2.7e-08 5.7e-07 22.6 0.9 2 39 290 327 289 328 0.94 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_114 - 536 HTH_23 PF13384.1 50 5.7e-07 22.6 0.9 2 2 0.064 1.4 2.3 0.1 30 46 377 393 377 397 0.87 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_117 - 139 HTH_23 PF13384.1 50 6.4e-06 19.2 1.6 1 1 9.4e-07 2e-05 17.7 0.2 3 39 92 128 90 132 0.90 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_13 - 134 HTH_23 PF13384.1 50 7.1e-05 15.9 0.0 1 1 4.8e-06 0.0001 15.4 0.0 5 44 22 62 18 66 0.90 # 8581 # 8982 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_22 - 208 HTH_23 PF13384.1 50 0.00014 15.0 0.4 1 1 2e-05 0.00042 13.5 0.4 8 37 168 197 161 202 0.89 # 19493 # 20116 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_148 - 98 HTH_23 PF13384.1 50 0.00073 12.7 0.3 1 1 4.9e-05 0.001 12.2 0.3 7 45 16 56 11 61 0.78 # 129791 # 130084 # 1 # ID=1_148;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_71 - 557 HTH_23 PF13384.1 50 0.001 12.3 0.0 1 1 0.00018 0.0038 10.4 0.0 13 45 33 62 24 67 0.83 # 55816 # 57486 # 1 # ID=1_71;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.559 1_117 - 139 HTH_7 PF02796.10 45 1.9e-12 40.4 0.4 1 1 1.9e-13 6.9e-12 38.6 0.1 1 44 89 129 89 130 0.97 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_22 - 208 HTH_7 PF02796.10 45 5e-07 23.0 0.1 1 1 5.9e-08 2.2e-06 21.0 0.1 1 43 159 199 159 200 0.96 # 19493 # 20116 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_114 - 536 HTH_7 PF02796.10 45 5.1e-06 19.8 0.1 1 1 4.4e-07 1.6e-05 18.2 0.1 6 42 291 326 279 329 0.83 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_29 - 89 HTH_7 PF02796.10 45 0.00045 13.6 0.6 1 1 2.4e-05 0.0009 12.6 0.0 5 39 5 39 2 44 0.89 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_29 - 89 HTH_29 PF13551.1 112 2.8e-07 24.2 0.0 1 1 9.5e-09 4.7e-07 23.4 0.0 4 49 14 57 11 86 0.76 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_114 - 536 HTH_29 PF13551.1 112 1.7e-06 21.6 0.4 1 2 1.8e-06 9e-05 16.1 0.0 3 34 297 327 296 346 0.94 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_114 - 536 HTH_29 PF13551.1 112 1.7e-06 21.6 0.4 2 2 0.061 3 1.5 0.0 18 45 370 397 361 410 0.77 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_117 - 139 HTH_29 PF13551.1 112 0.00013 15.6 0.3 1 2 0.084 4.2 1.1 0.1 23 46 61 84 38 98 0.66 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_117 - 139 HTH_29 PF13551.1 112 0.00013 15.6 0.3 2 2 2.6e-05 0.0013 12.4 0.0 3 36 98 130 96 133 0.91 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_74 - 383 OrfB_Zn_ribbon PF07282.6 69 1.2e-27 88.8 1.0 1 1 3.7e-29 2.7e-27 87.7 1.0 1 67 284 351 284 353 0.98 # 58221 # 59369 # -1 # ID=1_74;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_67 - 402 OrfB_Zn_ribbon PF07282.6 69 2.5e-27 87.8 0.6 1 1 3.4e-29 2.5e-27 87.8 0.6 1 67 309 376 309 378 0.98 # 52744 # 53949 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_143 - 248 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 3.1e-68 223.3 0.9 1 1 2.4e-70 3.6e-68 223.1 0.9 90 271 1 197 1 197 0.98 # 124526 # 125269 # -1 # ID=1_143;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.575 1_105 - 764 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00024 14.3 0.0 1 1 3.1e-06 0.00047 13.3 0.0 27 82 211 260 201 333 0.83 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_126 - 234 PAPS_reduct PF01507.14 174 1.2e-09 31.6 0.3 1 2 0.0021 0.31 4.3 0.1 26 51 6 31 1 54 0.88 # 110182 # 110883 # -1 # ID=1_126;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.507 1_126 - 234 PAPS_reduct PF01507.14 174 1.2e-09 31.6 0.3 2 2 5.8e-10 8.5e-08 25.6 0.0 99 164 107 184 69 185 0.83 # 110182 # 110883 # -1 # ID=1_126;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.507 1_105 - 764 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1e-147 485.2 0.0 1 1 1.7e-149 1.3e-147 484.9 0.0 2 385 191 580 190 581 0.99 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_92 - 864 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 5.5e-05 15.3 0.0 1 1 1.5e-06 0.00011 14.4 0.0 16 71 475 536 470 545 0.79 # 70362 # 72953 # 1 # ID=1_92;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_50 - 289 TIGR01968 TIGR01968 261 3.8e-08 26.1 0.1 1 2 3.2e-07 4.7e-05 16.0 0.0 2 40 10 48 9 55 0.92 # 42415 # 43281 # 1 # ID=1_50;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.430 1_50 - 289 TIGR01968 TIGR01968 261 3.8e-08 26.1 0.1 2 2 8.1e-05 0.012 8.1 0.0 102 141 124 163 112 175 0.86 # 42415 # 43281 # 1 # ID=1_50;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.430 1_54 - 425 IMS_HHH PF11798.3 32 6.4e-08 25.9 0.1 1 1 1.1e-09 1.7e-07 24.6 0.1 6 32 175 201 172 201 0.91 # 45108 # 46382 # -1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.544 1_57 - 226 Methyltransf_15 PF09445.5 164 0.0016 11.5 0.0 1 2 0.035 5.1 0.1 0.0 53 79 4 29 2 33 0.90 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_57 - 226 Methyltransf_15 PF09445.5 164 0.0016 11.5 0.0 2 2 7.1e-05 0.01 8.8 0.0 3 31 166 194 164 207 0.86 # 48015 # 48692 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.584 1_92 - 864 DUF87 PF01935.12 229 3.9e-05 17.0 0.0 1 1 9.1e-07 0.00013 15.2 0.0 26 213 477 655 474 670 0.62 # 70362 # 72953 # 1 # ID=1_92;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_29 - 89 HTH_28 PF13518.1 52 4.9e-08 26.4 0.0 1 1 4.9e-09 2.4e-07 24.2 0.0 7 46 16 55 10 58 0.83 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_114 - 536 HTH_28 PF13518.1 52 9.5e-06 19.1 6.9 1 2 7e-07 3.5e-05 17.3 0.0 4 34 297 327 296 342 0.82 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_114 - 536 HTH_28 PF13518.1 52 9.5e-06 19.1 6.9 2 2 0.099 4.9 0.8 0.0 25 44 377 396 375 407 0.84 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_13 - 134 HTH_28 PF13518.1 52 0.00024 14.6 0.0 1 1 7.1e-06 0.00035 14.1 0.0 5 39 27 62 23 67 0.81 # 8581 # 8982 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_119 - 345 Gp_dh_N PF00044.19 151 0.001 12.5 0.1 1 1 2.2e-05 0.0032 10.9 0.1 85 130 231 275 169 292 0.81 # 102196 # 103230 # 1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_31 - 245 HTH_18 PF12833.2 81 6.4e-17 55.0 0.0 1 1 1.6e-18 1.2e-16 54.1 0.0 2 80 163 239 162 240 0.96 # 30017 # 30751 # 1 # ID=1_31;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.312 1_34 - 365 HTH_18 PF12833.2 81 5.8e-09 29.5 0.1 1 1 1.5e-10 1.1e-08 28.6 0.1 1 81 268 347 268 347 0.96 # 32956 # 34050 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.353 1_74 - 383 TIGR00344 TIGR00344 847 3.1e-05 15.5 0.5 1 1 6.3e-07 4.6e-05 14.9 0.5 682 777 163 255 154 269 0.76 # 58221 # 59369 # -1 # ID=1_74;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_67 - 402 TIGR00344 TIGR00344 847 5.4e-05 14.7 0.9 1 1 1.1e-06 7.8e-05 14.1 0.9 683 778 189 281 178 301 0.77 # 52744 # 53949 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_90 - 30 DEAD PF00270.24 169 0.00031 13.7 0.2 1 1 2.1e-06 0.00031 13.7 0.2 14 30 5 21 1 27 0.86 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_22 - 208 HTH_31 PF13560.1 64 0.0011 12.6 4.6 1 1 0.00031 0.045 7.5 4.6 6 34 139 197 137 199 0.81 # 19493 # 20116 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_106 - 1768 UvrD_C_2 PF13538.1 104 3.8e-08 26.9 0.1 1 1 1e-09 1.5e-07 25.0 0.1 3 103 1347 1452 1345 1453 0.74 # 87398 # 92701 # 1 # ID=1_106;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.613 1_67 - 402 HTH_OrfB_IS605 PF12323.3 46 2.1e-20 65.3 0.0 1 1 6.3e-22 4.7e-20 64.2 0.0 1 43 1 45 1 48 0.91 # 52744 # 53949 # 1 # ID=1_67;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_74 - 383 HTH_OrfB_IS605 PF12323.3 46 3.5e-09 29.4 0.6 1 1 1.2e-10 8.8e-09 28.1 0.6 19 46 1 28 1 28 0.95 # 58221 # 59369 # -1 # ID=1_74;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_90 - 30 T2SE PF00437.15 272 4.3e-05 15.9 0.5 1 1 3e-07 4.5e-05 15.9 0.5 127 147 4 24 2 26 0.86 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_9 - 48 VirC1 PF07015.6 231 0.00042 12.9 0.0 1 1 2.9e-06 0.00042 12.9 0.0 1 29 1 29 1 39 0.85 # 5580 # 5723 # -1 # ID=1_9;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.444 1_148 - 98 Penicillinase_R PF03965.11 115 0.0016 12.0 0.2 1 1 1.5e-05 0.0023 11.5 0.2 4 44 12 53 11 54 0.92 # 129791 # 130084 # 1 # ID=1_148;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_97 - 205 HTH_13 PF11972.3 54 0.0012 12.1 0.1 1 1 3.3e-05 0.0049 10.2 0.1 9 36 107 134 104 139 0.91 # 75417 # 76031 # 1 # ID=1_97;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.582 1_105 - 764 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 4.6e-13 41.9 0.0 1 1 8.4e-14 1.2e-11 37.2 0.0 141 390 291 524 245 575 0.76 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_18 - 228 Trans_reg_C PF00486.23 77 1.4e-26 85.7 0.0 1 1 1.6e-28 2.4e-26 85.0 0.0 1 77 146 221 146 221 0.96 # 15751 # 16434 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.512 1_117 - 139 HTH_26 PF13443.1 63 0.00018 15.2 0.1 1 1 2.8e-06 0.00041 14.0 0.0 6 38 102 133 100 137 0.87 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_114 - 536 HTH_17 PF12728.2 51 0.00048 13.9 0.0 1 1 1.1e-05 0.0016 12.2 0.0 10 30 314 334 308 342 0.80 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_144 - 187 Zn-ribbon_8 PF09723.5 42 0.0035 10.8 3.1 1 2 0.00028 0.041 7.4 0.8 25 34 116 125 111 128 0.86 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_144 - 187 Zn-ribbon_8 PF09723.5 42 0.0035 10.8 3.1 2 2 0.0064 0.95 3.0 0.1 15 34 145 162 142 168 0.69 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_148 - 98 HTH_11 PF08279.7 55 6.4e-05 16.1 0.0 1 1 5.8e-07 8.5e-05 15.7 0.0 3 51 14 66 13 72 0.81 # 129791 # 130084 # 1 # ID=1_148;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_29 - 89 HTH_5 PF01022.15 47 0.0004 13.5 0.1 1 2 1.9e-05 0.0028 10.8 0.0 6 31 10 37 9 40 0.85 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_29 - 89 HTH_5 PF01022.15 47 0.0004 13.5 0.1 2 2 0.035 5.2 0.4 0.1 8 27 56 75 53 80 0.66 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_117 - 139 TrmB PF01978.14 68 0.00044 13.4 0.0 1 1 5.3e-06 0.00079 12.6 0.0 19 44 103 128 98 130 0.88 # 101158 # 101574 # -1 # ID=1_117;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_92 - 864 AAA_10 PF12846.2 304 1.1e-44 146.5 0.0 1 1 4.7e-46 2.3e-44 145.4 0.0 1 291 474 760 474 767 0.89 # 70362 # 72953 # 1 # ID=1_92;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.548 1_105 - 764 AAA_10 PF12846.2 304 1.1e-15 51.3 0.0 1 1 5.4e-16 2.7e-14 46.7 0.0 3 302 206 520 205 522 0.77 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_90 - 30 AAA_10 PF12846.2 304 0.0011 11.9 0.4 1 1 2.2e-05 0.0011 11.9 0.4 2 18 6 22 5 25 0.91 # 69630 # 69719 # 1 # ID=1_90;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.556 1_148 - 98 HTH_20 PF12840.2 61 6.9e-05 16.1 0.0 1 1 6.6e-07 9.8e-05 15.6 0.0 13 52 14 55 12 62 0.82 # 129791 # 130084 # 1 # ID=1_148;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.480 1_144 - 187 AAA_13 PF13166.1 712 0.00012 14.1 0.1 1 1 9.8e-07 0.00014 13.8 0.1 362 441 6 85 1 101 0.89 # 125483 # 126043 # -1 # ID=1_144;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.592 1_50 - 289 AAA_31 PF13614.1 157 1.4e-06 21.8 0.0 1 1 3.9e-08 5.8e-06 19.8 0.0 1 135 10 151 10 171 0.82 # 42415 # 43281 # 1 # ID=1_50;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.430 1_115 - 292 FMO-like PF00743.14 532 1.7e-10 33.1 0.0 1 1 1.4e-12 2e-10 32.9 0.0 276 426 40 187 2 201 0.78 # 99679 # 100554 # 1 # ID=1_115;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.526 1_119 - 345 ADH_zinc_N PF00107.21 130 1.3e-20 66.8 0.0 1 1 1.3e-22 1.9e-20 66.2 0.0 2 129 177 303 176 304 0.96 # 102196 # 103230 # 1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_54 - 425 DNA_pol_lambd_f PF10391.4 52 0.00064 12.8 0.0 1 1 1.2e-05 0.0018 11.3 0.0 5 29 183 207 179 216 0.86 # 45108 # 46382 # -1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.544 1_68 - 185 SSB PF00436.20 104 7.1e-43 138.2 0.5 1 1 5.7e-45 8.5e-43 138.0 0.5 1 100 6 109 6 113 0.95 # 54600 # 55154 # 1 # ID=1_68;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.605 1_119 - 345 ADH_zinc_N_2 PF13602.1 127 3.6e-08 27.8 0.0 1 1 4.2e-10 6.3e-08 27.1 0.0 8 119 219 332 206 334 0.80 # 102196 # 103230 # 1 # ID=1_119;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.401 1_43 - 310 Glyco_trans_4_3 PF12000.3 171 4.9e-06 19.7 0.0 1 2 0.00018 0.027 7.5 0.0 14 84 112 182 97 188 0.77 # 38483 # 39412 # -1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_43 - 310 Glyco_trans_4_3 PF12000.3 171 4.9e-06 19.7 0.0 2 2 3.4e-05 0.005 9.9 0.0 19 65 209 256 201 260 0.90 # 38483 # 39412 # -1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.544 1_114 - 536 Phage_AlpA PF05930.7 51 0.00044 13.4 0.0 1 1 1.4e-05 0.001 12.3 0.0 6 31 308 333 307 335 0.94 # 98056 # 99663 # 1 # ID=1_114;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.542 1_29 - 89 Phage_AlpA PF05930.7 51 0.00081 12.6 0.0 1 1 2.4e-05 0.0017 11.5 0.0 8 25 26 43 24 48 0.89 # 28551 # 28817 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.521 1_105 - 764 GTP_EFTU PF00009.22 188 6.2e-05 15.9 0.0 1 2 2.7e-05 0.004 10.0 0.0 2 28 203 229 202 251 0.90 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_105 - 764 GTP_EFTU PF00009.22 188 6.2e-05 15.9 0.0 2 2 0.0028 0.42 3.4 0.0 51 85 354 386 331 394 0.89 # 85107 # 87398 # 1 # ID=1_105;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/f242eaa4-e39a-48f0-b953-4ff421d3bf9d # Target file: checkm_output/bins/pm1778/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1778/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/f242eaa4-e39a-48f0-b953-4ff421d3bf9d checkm_output/bins/pm1778/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:51:46 2017 # [ok]