# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_12 - 421 ABC_tran PF00005.22 137 0.00021 13.7 0.0 1 1 1e-05 0.00058 12.3 0.0 12 37 202 227 189 258 0.88 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 Sigma54_activat PF00158.21 168 0.00044 11.9 0.0 1 1 1.9e-05 0.0011 10.6 0.0 23 47 202 226 180 246 0.80 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_48 - 221 HTH_38 PF13936.1 44 0.00013 13.7 0.2 1 1 2.3e-06 0.00013 13.7 0.2 12 43 174 206 166 207 0.89 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_47 - 221 MobB PF03205.9 140 6e-06 18.1 0.7 1 2 1e-05 0.00058 11.7 0.3 2 37 4 40 3 52 0.86 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_47 - 221 MobB PF03205.9 140 6e-06 18.1 0.7 2 2 0.0016 0.09 4.6 0.0 44 75 85 119 72 133 0.81 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_25 - 257 Adenylsucc_synt PF00709.16 421 0.0011 9.8 4.4 1 2 1.2e-05 0.00067 10.4 0.2 157 229 49 122 31 126 0.75 # 21005 # 21775 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_25 - 257 Adenylsucc_synt PF00709.16 421 0.0011 9.8 4.4 2 2 0.011 0.6 0.7 0.7 142 177 194 230 147 253 0.53 # 21005 # 21775 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_12 - 421 AAA_19 PF13245.1 76 7.2e-07 21.1 0.0 1 1 2.8e-08 1.6e-06 20.0 0.0 10 35 202 225 197 257 0.79 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_47 - 221 CbiA PF01656.18 195 2.3e-15 48.6 0.6 1 1 1.1e-16 6.2e-15 47.2 0.6 2 167 6 155 5 180 0.73 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_12 - 421 KTI12 PF08433.5 270 1.7e-05 16.2 0.0 1 1 4.8e-07 2.7e-05 15.5 0.0 1 29 201 229 201 264 0.76 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_41 - 291 Rep_3 PF01051.16 222 6.2e-26 83.4 7.8 1 1 1.5e-27 8.7e-26 83.0 7.8 5 222 14 260 12 260 0.87 # 32975 # 33847 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_52 - 235 rve PF00665.21 120 9.8e-14 43.6 0.1 1 2 0.015 0.85 1.9 0.0 78 102 27 49 6 54 0.84 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_52 - 235 rve PF00665.21 120 9.8e-14 43.6 0.1 2 2 3.2e-14 1.8e-12 39.6 0.0 9 119 75 182 70 183 0.89 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_12 - 421 AAA_23 PF13476.1 202 0.00017 14.0 0.3 1 1 3e-06 0.00017 14.0 0.3 15 39 190 221 181 223 0.76 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_24 PF13479.1 213 1.6e-05 16.7 0.0 1 1 5.1e-07 2.9e-05 15.8 0.0 5 56 203 259 201 291 0.80 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 Zeta_toxin PF06414.7 201 2.3e-06 18.9 0.0 1 1 1.5e-07 4.2e-06 18.1 0.0 19 56 204 240 191 276 0.81 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_18 - 345 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00023 12.4 0.0 1 1 1.6e-05 0.00047 11.4 0.0 17 59 166 209 153 235 0.76 # 15372 # 16406 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.423 1_12 - 421 AAA_30 PF13604.1 196 7.8e-05 14.4 0.0 1 1 2.3e-06 0.00013 13.7 0.0 16 45 199 235 192 280 0.74 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_52 - 235 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00014 13.9 0.3 1 1 5.4e-06 0.00031 12.9 0.3 4 51 6 58 4 63 0.79 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_48 - 221 GerE PF00196.14 58 0.00043 11.7 0.2 1 1 1.4e-05 0.00083 10.8 0.2 13 47 178 213 174 215 0.81 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_54 - 157 TMP-TENI PF02581.12 180 4.7e-06 17.9 0.0 1 1 1e-07 5.9e-06 17.6 0.0 64 171 15 125 6 134 0.83 # 41774 # 42244 # -1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.665 1_17 - 612 TraG-D_C PF12696.2 128 5.7e-29 92.7 0.0 1 1 1.7e-30 9.6e-29 92.0 0.0 2 127 416 534 415 535 0.86 # 13534 # 15369 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_52 - 235 DDE_3 PF13358.1 146 0.00025 13.0 0.0 1 1 1.3e-05 0.00075 11.4 0.0 32 90 82 141 59 146 0.87 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_47 - 221 MipZ PF09140.6 261 4.3e-10 31.2 1.8 1 1 2.5e-09 1.4e-07 22.9 1.3 2 130 4 111 3 132 0.75 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_11 - 776 zinc-ribbons_6 PF07191.7 70 0.0086 8.1 4.5 1 1 3.5e-05 0.002 10.1 0.2 2 29 691 718 690 733 0.85 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_57 - 327 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 2.2e-35 114.2 0.1 1 1 7.6e-37 4.3e-35 113.2 0.1 5 212 138 312 135 313 0.90 # 43833 # 44813 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 1_6 - 85 DivIC PF04977.10 80 0.00091 10.9 5.2 1 2 0.055 3.1 -0.5 0.0 14 37 4 27 1 37 0.60 # 5375 # 5629 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.510 1_6 - 85 DivIC PF04977.10 80 0.00091 10.9 5.2 2 2 5.4e-06 0.00031 12.4 2.2 15 52 35 72 27 77 0.89 # 5375 # 5629 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.510 1_49 - 407 DDE_Tnp_ISL3 PF01610.12 249 8e-56 181.4 0.9 1 1 2e-57 1.1e-55 180.9 0.9 2 247 158 393 157 395 0.95 # 37876 # 39096 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.526 1_48 - 221 Trp_repressor PF01371.14 88 3e-05 16.1 0.1 1 1 1.7e-06 9.6e-05 14.4 0.1 36 69 170 203 164 216 0.87 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_5 - 92 Stn1 PF10451.4 256 0.00059 10.8 0.1 1 1 1.1e-05 0.00061 10.7 0.1 74 123 16 64 5 80 0.88 # 5082 # 5357 # -1 # ID=1_5;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.431 1_12 - 421 AAA PF00004.24 132 4.8e-16 51.3 0.0 1 1 4e-17 2.3e-15 49.1 0.0 1 131 204 315 204 316 0.85 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 Parvo_NS1 PF01057.12 272 0.0002 12.4 0.0 1 1 8e-06 0.00046 11.2 0.0 114 134 201 221 195 235 0.88 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_11 - 776 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 1.1e-11 36.3 15.8 1 3 0.024 1.4 0.7 0.0 9 22 560 574 558 575 0.87 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_11 - 776 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 1.1e-11 36.3 15.8 2 3 3.9e-12 2.2e-10 32.1 7.5 4 38 636 671 633 672 0.92 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_11 - 776 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 1.1e-11 36.3 15.8 3 3 0.00051 0.029 6.1 1.3 4 25 693 710 690 719 0.78 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_12 - 421 AAA_16 PF13191.1 185 4.2e-06 18.9 0.0 1 2 6.5e-07 3.7e-05 15.9 0.0 25 51 202 228 191 242 0.81 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_16 PF13191.1 185 4.2e-06 18.9 0.0 2 2 0.054 3.1 -0.2 0.0 146 171 246 274 234 285 0.74 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_22 PF13401.1 131 1.6e-06 20.4 0.1 1 2 2.8e-07 1.6e-05 17.2 0.1 7 45 204 234 198 241 0.85 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_22 PF13401.1 131 1.6e-06 20.4 0.1 2 2 0.047 2.7 0.3 0.0 77 113 239 274 234 291 0.63 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_48 - 221 NUMOD1 PF07453.8 37 0.00034 12.6 0.0 1 1 1.2e-05 0.00066 11.7 0.0 6 35 173 202 173 204 0.95 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_12 - 421 AAA_29 PF13555.1 62 0.00029 12.5 0.1 1 1 9.8e-06 0.00056 11.6 0.1 24 43 202 221 193 223 0.84 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 SRP54 PF00448.17 196 0.00025 12.6 0.0 1 1 1.4e-05 0.0004 11.9 0.0 3 41 203 239 201 266 0.80 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_47 - 221 SRP54 PF00448.17 196 0.00028 12.4 0.1 1 1 2.1e-05 0.0006 11.4 0.1 10 98 12 94 3 134 0.78 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_12 - 421 AAA_28 PF13521.1 163 6.7e-08 24.8 0.0 1 1 2.5e-09 1.4e-07 23.7 0.0 1 40 203 247 203 276 0.71 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_57 - 327 DDE_Tnp_1_3 PF13612.1 155 1.1e-10 33.6 0.0 1 1 3.5e-12 2e-10 32.7 0.0 5 151 137 292 134 296 0.73 # 43833 # 44813 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 1_52 - 235 HTH_32 PF13565.1 77 7.5e-07 22.1 0.2 1 1 5.6e-08 3.2e-06 20.0 0.0 26 76 5 50 2 51 0.83 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_36 - 81 HTH_3 PF01381.17 55 2.2e-05 16.4 0.0 1 1 7e-07 4e-05 15.6 0.0 1 22 10 31 10 36 0.87 # 29550 # 29792 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.436 1_48 - 221 HTH_23 PF13384.1 50 1.7e-06 19.8 0.2 1 1 5.9e-08 1.7e-06 19.8 0.2 10 40 176 206 170 211 0.88 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_52 - 235 HTH_23 PF13384.1 50 3.5e-06 18.8 0.7 1 2 0.032 0.9 1.6 0.0 7 27 11 35 7 36 0.69 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_52 - 235 HTH_23 PF13384.1 50 3.5e-06 18.8 0.7 2 2 3.7e-06 0.00011 14.0 0.1 28 42 41 55 40 62 0.87 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_47 - 221 Fer4_NifH PF00142.13 273 8.7e-07 20.4 0.2 1 1 3.7e-08 2.1e-06 19.2 0.1 6 41 9 44 5 52 0.91 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_48 - 221 HTH_7 PF02796.10 45 2.4e-07 22.7 1.8 1 2 0.0038 0.22 3.6 0.0 8 24 85 102 79 105 0.74 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_48 - 221 HTH_7 PF02796.10 45 2.4e-07 22.7 1.8 2 2 2.6e-07 1.5e-05 17.0 0.1 6 38 168 200 165 204 0.91 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_36 - 81 HTH_19 PF12844.2 64 0.00013 14.1 0.0 1 1 2.9e-06 0.00017 13.8 0.0 3 25 9 31 7 62 0.84 # 29550 # 29792 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.436 1_12 - 421 Mg_chelatase PF01078.16 207 1.1e-05 16.8 0.1 1 1 3.6e-07 2.1e-05 15.9 0.1 20 42 199 221 195 225 0.91 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_56 - 271 TIGR03413 TIGR03413 248 1.9e-06 19.2 0.6 1 1 7.7e-08 4.4e-06 18.0 0.6 20 95 84 164 77 251 0.71 # 42786 # 43598 # -1 # ID=1_56;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.614 1_52 - 235 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 6.1e-13 40.6 0.3 1 1 1.4e-14 7.8e-13 40.3 0.3 5 132 10 144 6 174 0.87 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_12 - 421 PhoH PF02562.11 205 0.00035 11.9 0.1 1 1 1.2e-05 0.00071 10.9 0.1 22 45 204 227 192 232 0.85 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_5 PF07728.9 139 2.5e-06 19.4 0.0 1 1 2.1e-07 1.2e-05 17.2 0.0 2 31 204 233 203 274 0.93 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_7 - 274 SprT-like PF10263.4 157 1e-26 85.6 0.0 1 1 7e-28 4e-26 83.7 0.0 1 124 12 148 12 270 0.80 # 5739 # 6560 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.522 1_12 - 421 TIGR00763 TIGR00763 795 0.00026 11.2 0.0 1 1 7.9e-06 0.00045 10.5 0.0 356 382 204 230 194 233 0.82 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_17 - 612 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.1e-23 72.8 0.0 1 1 2e-24 1.2e-22 72.2 0.0 165 380 331 548 300 552 0.86 # 13534 # 15369 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_47 - 221 TIGR01968 TIGR01968 261 1.4e-11 36.0 1.5 1 2 2.9e-10 1.6e-08 25.9 0.7 2 54 3 52 2 60 0.89 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_47 - 221 TIGR01968 TIGR01968 261 1.4e-11 36.0 1.5 2 2 5.8e-05 0.0033 8.5 0.0 101 143 69 111 63 135 0.90 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_57 - 327 DDE_Tnp_4 PF13359.1 158 1.2e-07 23.6 0.1 1 1 4.2e-09 2.4e-07 22.6 0.1 6 153 147 306 142 311 0.65 # 43833 # 44813 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 1_12 - 421 AAA_18 PF13238.1 129 9.2e-08 24.6 0.0 1 1 6.4e-09 3.7e-07 22.7 0.0 1 23 204 228 204 303 0.78 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_40 - 172 B5 PF03484.10 70 6.3e-05 14.9 0.0 1 2 0.032 1.8 0.6 0.0 12 38 7 35 1 50 0.76 # 30966 # 31481 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.411 1_40 - 172 B5 PF03484.10 70 6.3e-05 14.9 0.0 2 2 1e-05 0.00058 11.9 0.0 16 59 91 144 77 155 0.67 # 30966 # 31481 # -1 # ID=1_40;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.411 1_57 - 327 DDE_Tnp_1_6 PF13751.1 125 3.5e-09 28.9 0.2 1 1 1.7e-10 9.7e-09 27.4 0.2 63 123 257 314 244 315 0.80 # 43833 # 44813 # 1 # ID=1_57;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 1_48 - 221 HTH_28 PF13518.1 52 1.3e-05 17.3 0.3 1 1 1.3e-06 3.6e-05 15.9 0.3 2 35 172 206 171 206 0.88 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_52 - 235 HTH_28 PF13518.1 52 3.3e-05 16.0 1.2 1 1 5.1e-06 0.00014 14.0 1.2 22 36 40 54 13 55 0.76 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_12 - 421 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.00019 13.6 0.0 1 1 9.3e-06 0.00053 12.2 0.0 21 47 201 227 198 279 0.77 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_18 - 345 DEAD PF00270.24 169 0.00025 12.7 0.0 1 1 7.8e-06 0.00044 11.9 0.0 7 39 156 188 152 241 0.79 # 15372 # 16406 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.423 1_36 - 81 HTH_31 PF13560.1 64 1.1e-06 20.9 0.1 1 1 2.3e-08 1.3e-06 20.7 0.1 5 36 9 40 6 61 0.85 # 29550 # 29792 # -1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.436 1_12 - 421 TIP49 PF06068.8 398 0.00016 12.5 0.0 1 1 5.1e-06 0.00029 11.7 0.0 49 81 200 232 193 253 0.85 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_20 - 405 DLIC PF05783.6 472 0.0082 6.8 5.0 1 1 0.00026 0.015 6.0 5.0 353 459 90 202 78 209 0.70 # 16602 # 17816 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.489 1_18 - 345 T2SE PF00437.15 272 3e-46 149.5 0.0 1 1 1.3e-47 3.7e-46 149.3 0.0 12 246 26 286 15 317 0.88 # 15372 # 16406 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.423 1_12 - 421 T2SE PF00437.15 272 0.00026 12.0 0.0 1 1 2e-05 0.00057 10.9 0.0 129 155 202 228 167 250 0.85 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_17 PF13207.1 121 7e-12 38.4 0.3 1 1 5.7e-13 3.3e-11 36.2 0.1 1 110 203 304 203 418 0.75 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 AAA_25 PF13481.1 194 3.1e-05 15.5 0.0 1 1 2e-06 5.7e-05 14.7 0.0 36 58 204 226 197 311 0.80 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_18 - 345 AAA_25 PF13481.1 194 0.00017 13.1 0.0 1 1 9.6e-06 0.00027 12.5 0.0 21 52 152 183 137 226 0.87 # 15372 # 16406 # -1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.423 1_11 - 776 zf-FPG_IleRS PF06827.9 30 0.041 5.8 7.4 1 2 0.001 0.059 5.3 0.3 3 23 635 655 634 655 0.88 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_11 - 776 zf-FPG_IleRS PF06827.9 30 0.041 5.8 7.4 2 2 0.0065 0.37 2.7 1.8 3 27 692 712 690 713 0.89 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_54 - 157 PRAI PF00697.17 197 6.2e-37 119.1 0.0 1 1 1.2e-38 6.9e-37 119.0 0.0 51 194 1 149 1 152 0.92 # 41774 # 42244 # -1 # ID=1_54;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.665 1_12 - 421 RuvB_N PF05496.7 234 1.9e-05 15.9 0.0 1 1 1.5e-06 4.3e-05 14.7 0.0 47 73 198 224 156 232 0.79 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_48 - 221 RuvB_N PF05496.7 234 0.00022 12.4 0.2 1 1 1.5e-05 0.00044 11.4 0.0 78 119 46 86 40 101 0.90 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_12 - 421 AAA_14 PF13173.1 128 1e-05 17.5 0.0 1 1 6.4e-07 3.6e-05 15.8 0.0 4 51 203 251 200 285 0.63 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_47 - 221 VirC1 PF07015.6 231 8.2e-09 26.9 0.0 1 1 2.6e-10 1.5e-08 26.1 0.0 3 55 4 56 2 61 0.92 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_29 - 79 Penicillinase_R PF03965.11 115 0.00014 14.1 0.1 1 1 3e-06 0.00017 13.8 0.1 47 111 5 67 3 71 0.93 # 25527 # 25763 # -1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.468 1_49 - 407 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 4.8e-16 49.9 0.0 1 1 2e-17 1.2e-15 48.6 0.0 2 52 92 141 91 141 0.98 # 37876 # 39096 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.526 1_12 - 421 AAA_33 PF13671.1 143 6e-08 24.8 0.0 1 1 2.1e-09 1.2e-07 23.8 0.0 2 44 204 248 204 282 0.87 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_47 - 221 ArgK PF03308.11 267 0.00031 11.6 0.1 1 2 1.6e-05 0.00091 10.1 0.1 37 66 11 40 3 45 0.88 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_47 - 221 ArgK PF03308.11 267 0.00031 11.6 0.1 2 2 0.071 4 -1.8 0.0 154 174 88 107 63 144 0.54 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_17 - 612 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 9.5e-148 484.6 0.0 1 1 2.1e-149 1.2e-147 484.3 0.0 2 462 102 572 101 580 0.98 # 13534 # 15369 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_12 - 421 RNA_helicase PF00910.17 107 5.9e-05 15.4 0.0 1 1 3.9e-06 0.00022 13.5 0.0 1 26 204 229 204 253 0.77 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 APS_kinase PF01583.15 157 0.00021 13.1 0.0 1 1 8.7e-06 0.0005 11.9 0.0 5 33 204 232 201 237 0.85 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 NTPase_1 PF03266.10 168 9.3e-05 14.3 0.1 1 1 4.1e-06 0.00023 13.0 0.1 2 26 204 228 203 233 0.83 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_47 - 221 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00047 11.8 0.2 1 1 0.00015 0.0085 7.7 0.2 6 40 13 47 10 115 0.83 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_52 - 235 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 9.8e-53 170.0 0.0 1 1 2.4e-54 1.4e-52 169.5 0.0 4 139 75 212 73 213 0.99 # 39830 # 40534 # -1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.530 1_13 - 165 Nup35_RRM PF05172.8 101 0.00059 11.7 0.0 1 1 1.6e-05 0.0009 11.1 0.0 28 73 94 137 84 144 0.86 # 11840 # 12334 # -1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.491 1_11 - 776 Toprim_Crpt PF13342.1 62 2.4e-24 76.9 5.8 1 1 7.6e-26 4.3e-24 76.1 5.0 2 62 711 774 710 774 0.96 # 8164 # 10491 # -1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.477 1_19 - 66 HTH_17 PF12728.2 51 3e-07 22.8 0.0 1 1 1.3e-08 3.8e-07 22.5 0.0 2 49 4 58 3 60 0.85 # 16403 # 16600 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.354 1_48 - 221 HTH_17 PF12728.2 51 0.0001 14.7 0.0 1 2 0.011 0.31 3.5 0.0 16 30 89 103 77 112 0.85 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_48 - 221 HTH_17 PF12728.2 51 0.0001 14.7 0.0 2 2 0.00029 0.0084 8.6 0.0 5 24 187 206 185 214 0.89 # 37125 # 37787 # 1 # ID=1_48;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.520 1_30 - 170 TIGR00922 TIGR00922 172 4e-08 25.1 0.0 1 1 1.5e-09 8.7e-08 24.0 0.0 55 110 51 106 28 143 0.86 # 25714 # 26223 # -1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_12 - 421 SKI PF01202.17 158 0.00046 12.2 0.0 1 1 1.9e-05 0.0011 11.0 0.0 1 32 210 243 210 266 0.77 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_26 - 918 AAA_10 PF12846.2 304 4.1e-35 113.7 0.0 1 1 3.7e-36 1e-34 112.4 0.0 3 294 539 825 538 832 0.93 # 21785 # 24538 # -1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.463 1_4 - 93 AAA_10 PF12846.2 304 1.2e-06 20.2 0.0 1 1 5.3e-08 1.5e-06 19.9 0.0 241 267 6 32 2 51 0.90 # 4807 # 5085 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_7 - 274 DNA_RNApol_7kD PF03604.8 32 0.00047 11.8 0.9 1 1 1.4e-05 0.00078 11.1 0.9 1 23 244 266 244 268 0.97 # 5739 # 6560 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.522 1_25 - 257 AAA_13 PF13166.1 712 7.9e-05 13.3 7.2 1 2 1.7e-06 9.5e-05 13.0 0.0 316 409 29 122 8 141 0.89 # 21005 # 21775 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_25 - 257 AAA_13 PF13166.1 712 7.9e-05 13.3 7.2 2 2 0.014 0.8 0.1 5.6 87 155 161 229 146 254 0.40 # 21005 # 21775 # -1 # ID=1_25;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_47 - 221 ArsA_ATPase PF02374.10 305 3.8e-09 28.0 0.1 1 1 1.2e-10 7e-09 27.2 0.1 4 43 6 45 3 61 0.91 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_47 - 221 AAA_31 PF13614.1 157 4.5e-07 22.0 0.0 1 2 8.5e-07 4.9e-05 15.4 0.0 1 41 3 43 3 57 0.90 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_47 - 221 AAA_31 PF13614.1 157 4.5e-07 22.0 0.0 2 2 0.0021 0.12 4.4 0.0 111 151 73 112 63 115 0.83 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 1_12 - 421 TIGR02397 TIGR02397 355 9.4e-05 13.5 0.1 1 1 3e-06 0.00017 12.7 0.1 40 57 205 222 201 228 0.89 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_12 - 421 IstB_IS21 PF01695.12 178 2.8e-06 18.9 0.0 1 1 8.2e-08 4.7e-06 18.2 0.0 49 86 203 237 197 256 0.73 # 10495 # 11757 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.409 1_19 - 66 Phage_AlpA PF05930.7 51 4.9e-05 15.2 0.1 1 1 1.3e-06 7.7e-05 14.6 0.1 2 34 2 40 1 56 0.83 # 16403 # 16600 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=3-4bp;gc_cont=0.354 1_47 - 221 GTP_EFTU PF00009.22 188 1.3e-07 23.3 0.1 1 1 2.6e-09 1.5e-07 23.1 0.1 15 139 15 153 6 211 0.72 # 36082 # 36744 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.490 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/57982420-480a-4321-9375-8cd8fabc960c # Target file: checkm_output/bins/pm1627/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1627/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/57982420-480a-4321-9375-8cd8fabc960c checkm_output/bins/pm1627/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:48:01 2017 # [ok]