# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_11 - 228 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 1.5e-05 16.9 0.0 1 2 0.00035 0.026 6.4 0.0 112 147 18 55 9 82 0.66 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 1_11 - 228 Cons_hypoth95 PF03602.10 183 1.5e-05 16.9 0.0 2 2 7e-05 0.0051 8.6 0.0 41 62 162 183 145 219 0.78 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 4_1 - 233 Zn_Tnp_IS1 PF03811.8 36 3.4e-23 73.4 4.5 1 1 8.6e-25 6.3e-23 72.6 4.5 1 36 1 36 1 36 0.99 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 2_20 - 518 ABC_tran PF00005.22 137 6.1e-05 15.8 0.0 1 1 2.2e-06 0.00016 14.5 0.0 12 40 226 255 216 298 0.81 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 2_20 - 518 CP_ATPgrasp_1 PF04174.8 330 0.0002 12.4 0.0 1 1 4.6e-06 0.00034 11.7 0.0 181 211 469 499 466 504 0.89 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_11 - 228 TIGR00095 TIGR00095 194 0.00028 12.7 0.0 1 2 0.0011 0.077 4.8 0.0 123 139 19 35 8 79 0.69 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 1_11 - 228 TIGR00095 TIGR00095 194 0.00028 12.7 0.0 2 2 0.00045 0.033 6.0 0.0 53 85 164 198 155 218 0.76 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 1_7 - 424 HHH_5 PF14520.1 60 0.00026 13.7 0.0 1 1 9.2e-06 0.00067 12.3 0.0 9 37 184 212 175 229 0.93 # 6689 # 7960 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 1_6 - 209 MobB PF03205.9 140 4.2e-05 15.8 0.1 1 1 1.6e-06 0.00012 14.3 0.0 10 42 11 41 1 46 0.79 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_21 - 199 TilS_C PF11734.3 74 0.00012 13.7 0.0 1 1 5.1e-06 0.00038 12.2 0.0 29 45 7 23 6 28 0.88 # 17351 # 17947 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.554 2_20 - 518 AAA_19 PF13245.1 76 7.2e-05 15.0 0.0 1 1 5.3e-06 0.00019 13.6 0.0 10 46 226 259 218 270 0.79 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 AAA_19 PF13245.1 76 0.00021 13.5 0.1 1 2 0.00019 0.007 8.6 0.0 20 48 11 35 9 44 0.84 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 AAA_19 PF13245.1 76 0.00021 13.5 0.1 2 2 0.021 0.78 2.1 0.0 42 63 135 158 118 184 0.76 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 CbiA PF01656.18 195 1.3e-22 72.6 0.0 1 1 3.1e-24 2.2e-22 71.8 0.0 1 158 3 141 3 179 0.75 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 3_1 - 96 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 3.1e-08 25.5 0.2 1 2 0.099 7.2 -1.3 0.0 6 14 4 12 3 13 0.83 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 3_1 - 96 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 3.1e-08 25.5 0.2 2 2 1.4e-09 1e-07 23.8 0.0 10 54 21 64 12 64 0.83 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_6 - 209 YhjQ PF06564.7 244 1.7e-05 16.7 0.3 1 2 1.8e-06 0.00013 13.8 0.3 4 38 3 37 1 50 0.89 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 YhjQ PF06564.7 244 1.7e-05 16.7 0.3 2 2 0.029 2.1 0.0 0.0 108 144 69 103 44 113 0.78 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 2_20 - 518 AAA_23 PF13476.1 202 0.00013 14.8 0.1 1 1 5.5e-06 0.0004 13.2 0.0 20 38 226 244 209 249 0.86 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_11 - 228 Methyltransf_26 PF13659.1 117 1.6e-11 36.8 0.1 1 2 3.5e-07 2.5e-05 16.8 0.0 57 114 7 71 2 74 0.72 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 1_11 - 228 Methyltransf_26 PF13659.1 117 1.6e-11 36.8 0.1 2 2 1.4e-07 1.1e-05 18.0 0.0 4 44 167 206 164 222 0.82 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 2_20 - 518 AAA_30 PF13604.1 196 0.00013 14.0 0.0 1 1 3.2e-06 0.00023 13.2 0.0 4 44 211 251 209 280 0.86 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_21 - 199 TIGR02433 TIGR02433 47 0.00017 13.2 0.1 1 1 7.7e-06 0.00056 11.6 0.0 30 45 8 23 7 25 0.91 # 17351 # 17947 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.554 3_1 - 96 GerE PF00196.14 58 1e-06 20.5 0.0 1 1 1.9e-08 1.4e-06 20.1 0.0 3 49 21 67 19 72 0.89 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_33 - 764 TraG-D_C PF12696.2 128 3.8e-07 22.5 0.2 1 1 1.2e-08 8.6e-07 21.4 0.2 1 88 437 524 437 554 0.82 # 27612 # 29903 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_6 - 209 MipZ PF09140.6 261 1.4e-21 69.2 0.5 1 2 1.2e-12 8.7e-11 33.8 0.0 2 53 2 52 1 60 0.89 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 MipZ PF09140.6 261 1.4e-21 69.2 0.5 2 2 1.6e-12 1.2e-10 33.4 0.0 87 140 65 118 58 128 0.92 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_11 - 228 UPF0020 PF01170.13 180 3.7e-05 15.8 0.0 1 2 0.00042 0.031 6.3 0.0 103 117 17 31 4 86 0.79 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 1_11 - 228 UPF0020 PF01170.13 180 3.7e-05 15.8 0.0 2 2 0.00016 0.012 7.6 0.0 28 54 163 189 158 220 0.72 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 2_1 - 385 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 4.6e-35 113.5 0.2 1 1 1.3e-36 9.7e-35 112.4 0.0 6 213 128 362 123 362 0.96 # 3 # 1157 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.339 2_27 - 198 Trp_repressor PF01371.14 88 0.0002 13.7 0.0 1 1 4.1e-06 0.0003 13.2 0.0 1 40 103 142 103 151 0.95 # 22503 # 23096 # -1 # ID=2_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.370 2_20 - 518 AAA PF00004.24 132 0.00055 12.6 0.0 1 3 0.057 4.1 0.1 0.0 38 57 81 100 50 113 0.80 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 2_20 - 518 AAA PF00004.24 132 0.00055 12.6 0.0 2 3 0.00033 0.024 7.3 0.0 1 21 228 248 228 277 0.83 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 2_20 - 518 AAA PF00004.24 132 0.00055 12.6 0.0 3 3 0.049 3.6 0.3 0.0 9 66 442 508 436 515 0.61 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 TIGR00064 TIGR00064 279 0.00017 13.0 0.5 1 2 0.00073 0.053 4.8 0.1 89 116 11 38 1 45 0.88 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 TIGR00064 TIGR00064 279 0.00017 13.0 0.5 2 2 0.00024 0.018 6.4 0.0 153 175 68 90 60 99 0.82 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_11 - 228 N6_N4_Mtase PF01555.13 231 2.2e-37 121.2 0.0 1 2 5.1e-16 3.7e-14 45.2 0.0 1 114 21 124 21 133 0.91 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 1_11 - 228 N6_N4_Mtase PF01555.13 231 2.2e-37 121.2 0.0 2 2 6.4e-25 4.6e-23 74.3 0.0 169 228 141 200 126 203 0.90 # 10347 # 11030 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.566 2_20 - 518 AAA_16 PF13191.1 185 4.8e-05 15.8 0.0 1 1 2.3e-06 0.00017 14.1 0.0 8 52 213 254 212 330 0.81 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 2_20 - 518 AAA_22 PF13401.1 131 0.00022 13.9 0.0 1 1 6.5e-06 0.00047 12.8 0.0 6 28 227 249 222 330 0.78 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_29 - 283 Methyltransf_27 PF13708.1 194 2e-67 219.0 0.0 1 1 3.6e-69 2.6e-67 218.5 0.0 2 194 85 278 84 278 0.96 # 23028 # 23876 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.506 2_20 - 518 AAA_29 PF13555.1 62 2e-05 16.6 0.0 1 1 5.4e-07 3.9e-05 15.6 0.0 21 40 224 242 216 254 0.83 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 SRP54 PF00448.17 196 1.8e-07 23.2 0.1 1 1 1.5e-08 1.1e-06 20.7 0.1 4 98 2 91 1 134 0.80 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_28 - 84 HTH_3 PF01381.17 55 2.1e-05 16.9 0.0 1 2 1e-06 7.4e-05 15.1 0.0 1 34 6 39 6 45 0.90 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_28 - 84 HTH_3 PF01381.17 55 2.1e-05 16.9 0.0 2 2 0.083 6.1 -0.7 0.0 39 52 67 80 65 83 0.66 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 2_1 - 385 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 2.9e-20 64.2 2.8 1 1 4.3e-21 3.2e-19 60.8 2.8 137 393 122 373 3 385 0.79 # 3 # 1157 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.339 3_1 - 96 HTH_23 PF13384.1 50 2.4e-05 16.5 0.0 1 1 1e-06 3.7e-05 15.9 0.0 12 41 31 60 24 73 0.76 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_28 - 84 HTH_23 PF13384.1 50 2.6e-05 16.3 0.3 1 2 7e-06 0.00026 13.2 0.1 17 33 14 30 6 38 0.86 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_28 - 84 HTH_23 PF13384.1 50 2.6e-05 16.3 0.3 2 2 0.048 1.8 1.0 0.0 5 22 63 82 59 83 0.75 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_6 - 209 Fer4_NifH PF00142.13 273 5.4e-05 14.9 0.2 1 1 2.3e-06 0.00017 13.3 0.0 8 38 9 39 2 46 0.89 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_28 - 84 HTH_19 PF12844.2 64 5.7e-05 15.6 0.0 1 1 1.2e-06 8.5e-05 15.1 0.0 7 53 9 56 5 67 0.87 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 4_1 - 233 zinc_ribbon_4 PF13717.1 36 0.00011 14.4 2.8 1 1 3.2e-06 0.00023 13.3 2.8 3 35 6 39 5 40 0.86 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 1_28 - 84 DUF1870 PF08965.5 118 0.00021 13.4 1.2 1 1 3.7e-06 0.00027 13.1 1.2 1 75 1 78 1 81 0.69 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 3_1 - 96 HTH_29 PF13551.1 112 0.00011 14.9 0.0 1 1 2.1e-06 0.00016 14.3 0.0 8 36 33 60 27 76 0.79 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 2_20 - 518 G-alpha PF00503.15 389 0.0005 11.2 0.0 1 2 0.069 5.1 -2.0 0.0 234 272 70 113 51 117 0.81 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 2_20 - 518 G-alpha PF00503.15 389 0.0005 11.2 0.0 2 2 1.9e-05 0.0014 9.7 0.0 58 87 225 254 214 312 0.83 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_27 - 69 UBA PF00627.26 37 8.4e-05 14.9 0.3 1 2 0.021 1.5 1.4 0.0 6 16 4 14 1 17 0.84 # 21960 # 22166 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 1_27 - 69 UBA PF00627.26 37 8.4e-05 14.9 0.3 2 2 1.3e-05 0.00097 11.5 0.0 5 22 35 52 32 55 0.88 # 21960 # 22166 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 2_11 - 195 DNA_pol3_delta PF06144.8 172 1.5e-06 20.3 0.0 1 1 3e-08 2.2e-06 19.7 0.0 35 99 92 152 74 179 0.80 # 6987 # 7571 # -1 # ID=2_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.403 1_33 - 764 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.7e-06 19.3 0.2 1 2 9.3e-05 0.0068 7.4 0.0 11 32 132 153 126 157 0.84 # 27612 # 29903 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_33 - 764 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.7e-06 19.3 0.2 2 2 3e-05 0.0022 9.0 0.1 247 332 440 525 427 555 0.88 # 27612 # 29903 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_6 - 209 TIGR01968 TIGR01968 261 1.2e-11 36.5 0.8 1 2 6.4e-11 4.7e-09 28.1 0.5 3 39 2 38 1 42 0.97 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 TIGR01968 TIGR01968 261 1.2e-11 36.5 0.8 2 2 0.00018 0.013 6.9 0.0 100 135 65 100 60 149 0.83 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 2_20 - 518 AAA_18 PF13238.1 129 0.00025 13.8 0.0 1 1 1.1e-05 0.0008 12.2 0.0 1 18 228 245 228 312 0.86 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_7 - 424 IMS_HHH PF11798.3 32 7.6e-09 27.8 0.2 1 1 3.1e-10 2.2e-08 26.3 0.2 6 32 175 201 170 201 0.92 # 6689 # 7960 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.519 4_1 - 233 HTH_Tnp_IS1 PF12759.2 46 4.7e-10 31.3 0.0 1 1 1.4e-11 1e-09 30.2 0.0 1 19 43 61 43 63 0.96 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 3_1 - 96 HTH_28 PF13518.1 52 0.00011 14.7 0.0 1 1 4.3e-06 0.00032 13.2 0.0 9 38 33 62 26 75 0.86 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_30 - 112 HTH_12 PF08461.5 66 0.00025 13.2 0.4 1 1 5.7e-06 0.00042 12.5 0.3 19 52 57 90 44 102 0.85 # 23963 # 24298 # -1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.435 1_28 - 84 HTH_31 PF13560.1 64 4.6e-07 22.5 2.0 1 2 1e-08 7.3e-07 21.9 1.2 3 43 3 43 2 57 0.86 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 1_28 - 84 HTH_31 PF13560.1 64 4.6e-07 22.5 2.0 2 2 0.1 7.3 -0.6 0.0 17 34 65 72 44 82 0.58 # 22197 # 22448 # -1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.560 2_20 - 518 T2SE PF00437.15 272 7.9e-42 135.4 0.1 1 1 2.7e-43 2e-41 134.1 0.0 10 271 97 373 90 374 0.85 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 AAA_17 PF13207.1 121 1.1e-05 18.7 0.0 1 1 8.2e-07 3e-05 17.3 0.0 9 77 11 84 9 205 0.75 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 2_20 - 518 AAA_17 PF13207.1 121 2e-05 17.9 0.1 1 1 2.2e-06 8.2e-05 15.9 0.0 1 23 227 249 227 342 0.74 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 AAA_25 PF13481.1 194 8.5e-05 14.4 0.1 1 1 6.2e-06 0.00023 13.1 0.0 42 87 10 44 3 90 0.78 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 2_20 - 518 AAA_25 PF13481.1 194 0.00021 13.1 0.0 1 2 7.5e-05 0.0027 9.5 0.0 19 65 211 260 200 270 0.72 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 2_20 - 518 AAA_25 PF13481.1 194 0.00021 13.1 0.0 2 2 0.046 1.7 0.4 0.0 153 190 297 337 292 340 0.73 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 VirC1 PF07015.6 231 2.5e-09 29.0 0.0 1 1 7.1e-11 5.2e-09 27.9 0.0 3 172 2 164 1 206 0.74 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 3_1 - 96 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 4.4e-05 15.1 0.0 1 1 9.7e-07 7.1e-05 14.5 0.0 29 50 38 59 34 60 0.89 # 986 # 1273 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 4_1 - 233 DDE_Tnp_IS1 PF03400.8 131 5.7e-80 258.3 1.0 1 1 1.3e-81 9.5e-80 257.6 1.0 1 131 102 232 102 232 0.99 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 4_1 - 233 zinc_ribbon_5 PF13719.1 37 3.8e-05 15.7 2.4 1 1 1.2e-06 8.7e-05 14.6 2.4 3 36 6 40 5 41 0.83 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 2_20 - 518 DAP3 PF10236.4 309 0.00046 11.6 0.0 1 1 1.2e-05 0.00087 10.7 0.0 21 42 223 244 214 253 0.86 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 4_1 - 233 Zn_Tnp_IS1595 PF12760.2 46 0.0024 10.2 5.3 1 1 1.7e-05 0.0012 11.1 2.3 21 46 8 38 5 38 0.74 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 1_33 - 764 AAA_10 PF12846.2 304 1.9e-05 16.6 1.0 1 1 2.4e-06 5.7e-05 15.1 1.0 2 287 137 501 136 514 0.62 # 27612 # 29903 # -1 # ID=1_33;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.502 1_6 - 209 AAA_10 PF12846.2 304 0.00011 14.1 0.0 1 1 7.6e-06 0.00018 13.4 0.0 11 39 11 39 3 66 0.90 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 2_20 - 518 AAA_10 PF12846.2 304 0.00016 13.6 0.0 1 1 1.3e-05 0.00031 12.7 0.0 4 30 228 256 226 304 0.78 # 15683 # 17236 # -1 # ID=2_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.470 1_6 - 209 ArsA_ATPase PF02374.10 305 3.2e-08 25.4 0.9 1 3 1.2e-09 8.5e-08 24.0 0.1 3 48 3 48 1 69 0.85 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 ArsA_ATPase PF02374.10 305 3.2e-08 25.4 0.9 2 3 0.053 3.9 -1.2 0.0 121 135 69 85 47 86 0.75 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 ArsA_ATPase PF02374.10 305 3.2e-08 25.4 0.9 3 3 0.075 5.5 -1.7 0.0 205 234 132 161 118 202 0.65 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 4_1 - 233 DUF2387 PF09526.5 71 0.00056 12.3 0.2 1 1 1.8e-05 0.0013 11.2 0.2 10 45 7 44 5 62 0.74 # 16 # 714 # -1 # ID=4_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.545 1_6 - 209 AAA_31 PF13614.1 157 3.1e-06 19.6 0.0 1 2 2.5e-07 1.8e-05 17.1 0.0 2 42 2 42 1 55 0.88 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_6 - 209 AAA_31 PF13614.1 157 3.1e-06 19.6 0.0 2 2 0.055 4 -0.2 0.0 109 127 68 86 62 113 0.68 # 5875 # 6501 # -1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.429 1_27 - 69 Yae1_N PF09811.4 39 4e-07 22.0 3.5 1 1 9e-09 6.6e-07 21.3 3.5 11 30 9 28 8 30 0.79 # 21960 # 22166 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.512 1_18 - 455 SSB PF00436.20 104 1.7e-06 20.4 0.0 1 1 4.8e-08 3.5e-06 19.4 0.0 1 34 6 39 6 53 0.81 # 14785 # 16149 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.581 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/3d263c12-309d-4a52-b2bc-28d3c9c7d919 # Target file: checkm_output/bins/pm1612/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1612/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/3d263c12-309d-4a52-b2bc-28d3c9c7d919 checkm_output/bins/pm1612/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:47:43 2017 # [ok]