# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_30 - 173 KaiC PF06745.8 227 1.4e-05 17.0 0.1 1 2 1.1e-06 9e-05 14.3 0.0 16 43 22 49 10 57 0.86 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 KaiC PF06745.8 227 1.4e-05 17.0 0.1 2 2 0.017 1.4 0.6 0.0 120 184 94 151 80 165 0.55 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 ABC_tran PF00005.22 137 5.5e-07 22.6 0.0 1 1 4e-08 1.1e-06 21.6 0.0 14 73 186 243 178 310 0.78 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 ABC_tran PF00005.22 137 3.2e-05 16.9 0.1 1 1 1.4e-06 3.9e-05 16.6 0.1 4 32 18 46 16 129 0.87 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_34 - 513 ABC_tran PF00005.22 137 0.00022 14.2 0.0 1 1 1.9e-05 0.00053 13.0 0.0 12 37 235 260 228 338 0.89 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_30 - 173 Sigma54_activat PF00158.21 168 2.4e-06 19.8 0.0 1 1 9.4e-08 3.9e-06 19.1 0.0 7 41 10 44 5 61 0.79 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 Sigma54_activat PF00158.21 168 3.6e-06 19.2 0.0 1 2 1e-06 4.2e-05 15.7 0.0 10 46 171 207 163 223 0.81 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 Sigma54_activat PF00158.21 168 3.6e-06 19.2 0.0 2 2 0.034 1.4 1.0 0.0 42 91 234 284 229 291 0.76 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 8.3e-06 18.0 0.0 1 1 3.4e-07 1.4e-05 17.3 0.0 20 58 163 203 150 205 0.82 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 6.2e-05 15.2 0.1 1 1 2.7e-06 0.00011 14.3 0.1 35 59 22 46 5 49 0.75 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_3 - 326 TIGR01932 TIGR01932 318 1.1e-15 49.5 11.6 1 2 1.7e-10 1.4e-08 26.2 0.5 5 144 14 143 10 158 0.79 # 1302 # 2279 # 1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_3 - 326 TIGR01932 TIGR01932 318 1.1e-15 49.5 11.6 2 2 2.7e-11 2.3e-09 28.8 5.4 174 279 142 254 140 292 0.80 # 1302 # 2279 # 1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_3 - 326 TIGR01933 TIGR01933 261 1.1e-24 79.6 4.1 1 1 2e-26 1.7e-24 78.9 4.1 6 207 35 234 30 287 0.88 # 1302 # 2279 # 1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_77 - 222 MobB PF03205.9 140 1.8e-06 20.4 0.1 1 2 1.3e-06 5.3e-05 15.6 0.1 10 38 13 41 3 48 0.81 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_77 - 222 MobB PF03205.9 140 1.8e-06 20.4 0.1 2 2 0.013 0.53 2.7 0.0 44 73 85 117 74 134 0.76 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_28 - 352 MobB PF03205.9 140 0.00035 13.0 0.0 1 1 5.4e-05 0.0023 10.3 0.0 4 24 187 207 185 221 0.81 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_13 - 79 TIGR03302 TIGR03302 239 0.00023 13.0 0.1 1 1 3.1e-06 0.00026 12.9 0.1 3 68 5 72 3 77 0.80 # 6260 # 6496 # 1 # ID=1_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.376 1_28 - 352 AAA_19 PF13245.1 76 6.2e-07 21.8 0.0 1 1 2.5e-08 1e-06 21.1 0.0 5 35 178 207 174 287 0.86 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 AAA_19 PF13245.1 76 2e-05 17.0 0.0 1 1 1.8e-06 7.5e-05 15.1 0.0 5 35 228 258 224 281 0.82 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_77 - 222 CbiA PF01656.18 195 4.9e-18 57.8 0.2 1 1 2.7e-19 1.1e-17 56.7 0.2 2 173 6 160 5 182 0.69 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_55 - 251 CbiA PF01656.18 195 7.3e-08 24.7 0.5 1 1 4.4e-09 1.8e-07 23.4 0.4 3 46 8 51 7 195 0.69 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_77 - 222 KTI12 PF08433.5 270 0.00044 12.1 0.0 1 1 8.9e-06 0.00075 11.4 0.0 11 41 13 43 4 64 0.83 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_30 - 173 MCM PF00493.18 331 0.00023 12.7 0.1 1 1 4e-06 0.00034 12.1 0.1 52 76 20 44 5 51 0.82 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 AAA_23 PF13476.1 202 1.5e-06 21.3 0.0 1 1 7.6e-08 3.2e-06 20.2 0.0 22 40 186 204 169 210 0.91 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 AAA_23 PF13476.1 202 2.7e-05 17.2 0.1 1 1 1.8e-06 7.6e-05 15.7 0.0 19 36 234 251 218 279 0.88 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_28 - 352 Zeta_toxin PF06414.7 201 4.1e-05 15.4 0.0 1 1 2.3e-06 9.9e-05 14.1 0.0 14 47 181 215 168 231 0.82 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00055 11.7 0.0 1 1 2.4e-05 0.001 10.8 0.0 18 39 236 257 222 270 0.85 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_34 - 513 AAA_30 PF13604.1 196 4.6e-07 22.2 0.0 1 1 2e-08 8.5e-07 21.4 0.0 3 42 219 258 217 267 0.92 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_28 - 352 AAA_30 PF13604.1 196 0.00032 13.0 0.0 1 1 1.3e-05 0.00054 12.2 0.0 10 42 176 207 168 216 0.74 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_29 - 653 TraG-D_C PF12696.2 128 2.6e-27 87.9 0.0 1 1 5.7e-29 4.8e-27 87.0 0.0 2 127 427 551 426 552 0.87 # 18350 # 20308 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_77 - 222 MipZ PF09140.6 261 1.6e-13 43.0 0.3 1 1 4.2e-13 3.5e-11 35.3 0.3 3 129 5 110 3 126 0.83 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_68 - 421 DDE_Tnp_1 PF01609.16 213 6.7e-35 113.2 0.2 1 1 1.7e-36 1.4e-34 112.1 0.0 6 213 128 362 123 362 0.96 # 51439 # 52701 # 1 # ID=1_68;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_28 - 352 AAA_21 PF13304.1 303 0.00011 14.9 0.0 1 1 3.4e-06 0.00029 13.5 0.0 3 29 187 214 186 328 0.86 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 AAA PF00004.24 132 4.8e-05 16.2 0.0 1 1 1.3e-06 0.00011 15.1 0.0 2 31 187 216 186 263 0.62 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_46 - 719 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 0.001 11.3 1.5 1 1 2.7e-05 0.0023 10.2 1.5 4 33 636 658 634 664 0.79 # 34785 # 36941 # 1 # ID=1_46;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.450 1_28 - 352 TIGR00382 TIGR00382 414 0.00039 11.8 0.0 1 1 6.3e-06 0.00053 11.4 0.0 116 140 182 206 112 209 0.83 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_81 - 54 P22_Cro PF14549.1 60 0.00065 12.1 0.0 1 1 1e-05 0.00084 11.8 0.0 8 29 11 32 5 41 0.85 # 59457 # 59618 # -1 # ID=1_81;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.481 1_30 - 173 AAA_16 PF13191.1 185 3.7e-06 19.7 0.1 1 1 2.2e-07 6.3e-06 18.9 0.1 23 47 24 48 11 131 0.83 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_34 - 513 AAA_16 PF13191.1 185 7.7e-06 18.6 0.1 1 1 6.3e-07 1.8e-05 17.5 0.1 8 49 222 259 221 382 0.84 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_28 - 352 AAA_16 PF13191.1 185 0.00015 14.4 0.0 1 1 8.9e-06 0.00025 13.7 0.0 24 51 183 210 155 235 0.79 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 AAA_22 PF13401.1 131 7e-07 22.1 0.0 1 1 4.8e-08 1.3e-06 21.2 0.0 3 37 24 67 20 162 0.72 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_34 - 513 AAA_22 PF13401.1 131 1.4e-05 18.0 0.0 1 1 1e-06 2.8e-05 16.9 0.0 4 28 234 258 230 330 0.82 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_28 - 352 AAA_22 PF13401.1 131 0.00013 14.8 0.0 1 1 2.4e-05 0.00067 12.5 0.0 6 30 185 209 177 251 0.80 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 AAA_29 PF13555.1 62 1.3e-06 20.6 0.0 1 1 1e-07 2.8e-06 19.5 0.0 25 51 185 211 174 216 0.86 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 AAA_29 PF13555.1 62 1.3e-05 17.4 0.0 1 1 7.5e-07 2.1e-05 16.7 0.0 3 40 5 42 3 55 0.78 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_34 - 513 AAA_29 PF13555.1 62 2.2e-05 16.6 0.0 1 1 1.7e-06 4.9e-05 15.5 0.0 19 40 231 251 221 257 0.82 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_77 - 222 SRP54 PF00448.17 196 3.6e-05 15.9 0.1 1 1 1.2e-06 0.0001 14.4 0.1 11 94 13 90 4 113 0.69 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_28 - 352 AAA_28 PF13521.1 163 2e-05 17.3 0.1 1 1 6.2e-07 5.2e-05 15.9 0.0 2 32 186 221 185 291 0.82 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_43 - 135 A2L_zn_ribbon PF08792.5 33 0.0039 9.4 7.4 1 1 8.8e-05 0.0074 8.5 7.4 6 28 88 109 86 113 0.88 # 33418 # 33822 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.368 1_72 - 81 HTH_3 PF01381.17 55 0.00049 12.6 0.1 1 1 1.2e-05 0.001 11.6 0.0 1 25 10 34 10 34 0.89 # 54345 # 54587 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.416 1_34 - 513 Rad17 PF03215.10 519 0.00076 10.8 0.0 1 1 1.4e-05 0.0012 10.2 0.0 42 69 231 258 220 275 0.79 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_68 - 421 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 2.7e-27 87.6 3.5 1 2 0.0052 0.43 1.2 0.0 11 42 5 36 3 62 0.72 # 51439 # 52701 # 1 # ID=1_68;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_68 - 421 DDE_Tnp_1_4 PF13701.1 449 2.7e-27 87.6 3.5 2 2 1.5e-28 1.2e-26 85.4 2.2 137 438 122 418 41 420 0.82 # 51439 # 52701 # 1 # ID=1_68;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_77 - 222 Fer4_NifH PF00142.13 273 2.7e-06 19.3 0.2 1 1 2e-07 8.4e-06 17.7 0.0 8 41 11 44 6 58 0.91 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_55 - 251 Fer4_NifH PF00142.13 273 4e-05 15.5 0.6 1 2 2e-05 0.00082 11.2 0.1 5 46 9 51 5 95 0.73 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_55 - 251 Fer4_NifH PF00142.13 273 4e-05 15.5 0.6 2 2 0.011 0.48 2.1 0.0 146 200 153 208 141 213 0.81 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_72 - 81 HTH_19 PF12844.2 64 0.00033 13.4 0.5 1 1 4.8e-06 0.0004 13.1 0.5 2 18 8 24 7 70 0.84 # 54345 # 54587 # -1 # ID=1_72;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.416 1_28 - 352 NB-ARC PF00931.17 287 0.00023 12.7 0.0 1 1 1.2e-05 0.00052 11.5 0.0 11 40 175 204 165 213 0.84 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 NB-ARC PF00931.17 287 0.00044 11.8 0.0 1 1 1.7e-05 0.00073 11.1 0.0 4 52 13 58 10 66 0.75 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 Mg_chelatase PF01078.16 207 4e-06 18.8 0.0 1 1 1.7e-07 7.1e-06 17.9 0.0 9 53 171 214 166 244 0.81 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 Mg_chelatase PF01078.16 207 7.9e-05 14.5 0.0 1 1 2.6e-06 0.00011 14.1 0.0 9 42 12 45 6 68 0.85 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 G-alpha PF00503.15 389 4.8e-07 21.4 0.0 1 1 1.5e-08 1.2e-06 20.0 0.0 44 124 169 260 147 344 0.78 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00011 14.6 0.0 1 1 2.6e-06 0.00022 13.6 0.0 8 43 223 257 221 270 0.90 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_28 - 352 AAA_5 PF07728.9 139 0.00025 13.5 0.0 1 1 5.3e-06 0.00044 12.7 0.0 1 31 185 215 185 280 0.90 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 ResIII PF04851.10 184 0.00029 13.4 0.0 1 1 6.6e-06 0.00055 12.4 0.0 22 49 174 206 140 223 0.76 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_29 - 653 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 2.3e-18 58.5 0.0 1 2 4.6e-07 1.3e-05 16.6 0.0 74 128 221 277 218 289 0.82 # 18350 # 20308 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_29 - 653 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 2.3e-18 58.5 0.0 2 2 3.8e-14 1.1e-12 39.9 0.0 164 369 341 554 292 563 0.85 # 18350 # 20308 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_30 - 173 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.5e-05 16.3 0.1 1 2 1.1e-05 0.00031 12.0 0.0 15 36 25 46 15 51 0.90 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 1.5e-05 16.3 0.1 2 2 0.011 0.31 2.1 0.0 30 49 111 130 110 136 0.89 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 0.00044 11.5 0.0 1 1 3.2e-05 0.00091 10.5 0.0 15 36 183 204 176 218 0.85 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_77 - 222 TIGR01968 TIGR01968 261 1.1e-12 40.2 0.2 1 2 2.3e-09 1.9e-07 23.0 0.1 2 49 3 47 2 60 0.86 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_77 - 222 TIGR01968 TIGR01968 261 1.1e-12 40.2 0.2 2 2 5.2e-07 4.4e-05 15.2 0.0 100 143 68 111 62 122 0.93 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_28 - 352 AAA_18 PF13238.1 129 5e-06 19.5 0.0 1 1 4.6e-07 9.6e-06 18.6 0.0 2 56 187 243 187 278 0.71 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 AAA_18 PF13238.1 129 4.4e-05 16.5 0.0 1 1 5.4e-06 0.00011 15.1 0.0 1 29 237 269 237 362 0.90 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_77 - 222 AAA_18 PF13238.1 129 7.7e-05 15.7 0.0 1 1 6.2e-06 0.00013 14.9 0.0 8 79 13 86 12 108 0.69 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_30 - 173 AAA_18 PF13238.1 129 0.00011 15.2 0.2 1 1 9.1e-06 0.00019 14.4 0.2 1 82 28 133 28 157 0.53 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 DUF258 PF03193.11 161 4e-05 15.5 0.0 1 1 5.5e-07 4.6e-05 15.3 0.0 26 59 15 49 3 132 0.73 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_43 - 135 zf-CHC2 PF01807.15 98 0.00074 11.8 2.0 1 1 8.8e-06 0.00074 11.8 0.6 41 65 89 113 78 127 0.88 # 33418 # 33822 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.368 1_30 - 173 DUF87 PF01935.12 229 0.0001 14.8 0.0 1 1 2.2e-06 0.00019 14.0 0.0 12 43 18 45 8 50 0.77 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_47 - 69 ATP-synt_8 PF00895.15 54 0.00055 12.8 0.1 1 1 7.5e-06 0.00063 12.7 0.1 9 33 4 29 2 52 0.83 # 37185 # 37391 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.353 1_30 - 173 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 4.4e-06 19.5 0.0 1 1 2.5e-07 1e-05 18.3 0.0 6 108 10 132 7 147 0.65 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.00067 12.4 0.0 1 1 3.1e-05 0.0013 11.5 0.0 13 42 175 204 164 224 0.89 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 MMR_HSR1 PF01926.18 116 0.00036 13.2 0.0 1 1 7.7e-06 0.00065 12.3 0.0 2 37 28 62 27 151 0.64 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 Miro PF08477.8 119 0.00029 14.0 0.0 1 1 1.5e-05 0.00063 12.9 0.0 2 95 186 300 185 316 0.75 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_55 - 251 Miro PF08477.8 119 0.0003 14.0 0.4 1 1 2.6e-05 0.0011 12.1 0.1 3 74 8 83 6 97 0.77 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_30 - 173 DUF2075 PF09848.4 352 0.00043 11.9 0.0 1 1 5.2e-06 0.00043 11.9 0.0 3 25 27 49 25 130 0.82 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 T2SE PF00437.15 272 1.5e-65 213.4 0.0 1 1 6.4e-67 1.8e-65 213.1 0.0 5 266 29 327 26 333 0.95 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 T2SE PF00437.15 272 4.4e-39 126.6 0.0 1 1 2.4e-40 6.8e-39 126.0 0.0 66 271 166 385 151 386 0.87 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_30 - 173 T2SE PF00437.15 272 2.1e-05 16.2 0.0 1 1 1.2e-06 3.5e-05 15.4 0.0 115 149 12 46 1 54 0.78 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 NACHT PF05729.7 166 0.00071 11.9 0.1 1 1 2.1e-05 0.0017 10.6 0.0 3 20 28 45 26 54 0.90 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 AAA_17 PF13207.1 121 5.9e-07 23.0 0.0 1 1 7.7e-08 1.3e-06 21.9 0.0 3 38 187 235 185 306 0.66 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 AAA_17 PF13207.1 121 5.5e-06 19.9 0.0 1 1 7.2e-07 1.2e-05 18.8 0.0 1 35 236 276 236 370 0.66 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_77 - 222 AAA_17 PF13207.1 121 7.9e-06 19.4 0.0 1 1 9.5e-07 1.6e-05 18.4 0.0 9 100 13 112 12 167 0.68 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_55 - 251 AAA_17 PF13207.1 121 0.00032 14.2 0.0 1 1 3.9e-05 0.00066 13.2 0.0 3 100 8 126 6 242 0.76 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_30 - 173 AAA_17 PF13207.1 121 0.00061 13.3 0.1 1 1 6.2e-05 0.001 12.5 0.1 2 32 28 59 27 126 0.74 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_43 - 135 DZR PF12773.2 50 0.00023 13.7 3.0 1 1 4e-06 0.00034 13.1 3.0 2 41 76 114 75 118 0.85 # 33418 # 33822 # 1 # ID=1_43;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.368 1_30 - 173 TIGR02211 TIGR02211 221 4e-05 15.5 0.2 1 1 8e-07 6.7e-05 14.8 0.2 22 51 16 45 4 53 0.82 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 AAA_25 PF13481.1 194 0.00015 13.9 0.0 1 2 4.8e-06 0.0004 12.5 0.0 33 56 25 48 15 78 0.82 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 AAA_25 PF13481.1 194 0.00015 13.9 0.0 2 2 0.073 6.1 -1.2 0.0 176 185 120 129 94 163 0.54 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 Pox_A32 PF04665.7 241 3.2e-05 16.0 0.0 1 1 8.3e-07 7e-05 14.8 0.0 4 74 175 241 172 258 0.80 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_34 - 513 AAA_14 PF13173.1 128 0.00014 14.4 0.0 1 1 4.4e-06 0.00037 13.1 0.0 3 39 235 268 233 341 0.80 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_77 - 222 VirC1 PF07015.6 231 1.1e-08 27.0 0.1 1 2 4.8e-10 4.1e-08 25.2 0.0 5 55 6 56 3 61 0.93 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_77 - 222 VirC1 PF07015.6 231 1.1e-08 27.0 0.1 2 2 0.043 3.6 -0.8 0.0 121 179 114 177 95 213 0.59 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_30 - 173 AAA_33 PF13671.1 143 2.8e-05 16.7 0.0 1 1 1.3e-06 5.3e-05 15.8 0.0 2 99 28 157 28 170 0.75 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_34 - 513 AAA_33 PF13671.1 143 0.0003 13.3 0.0 1 1 1.8e-05 0.00077 12.0 0.0 2 81 237 325 236 337 0.63 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_29 - 653 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 2.6e-88 289.2 0.0 1 1 4.6e-90 3.9e-88 288.6 0.0 20 456 127 591 102 601 0.88 # 18350 # 20308 # 1 # ID=1_29;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.420 1_30 - 173 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00037 13.4 0.0 1 1 6.6e-06 0.00056 12.8 0.0 1 65 28 92 28 131 0.71 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00041 12.6 0.0 1 1 9.6e-06 0.00081 11.6 0.0 1 25 188 212 188 219 0.85 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 PduV-EutP PF10662.4 143 1.6e-05 17.1 0.0 1 2 0.00041 0.035 6.3 0.0 103 135 12 44 6 48 0.87 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_28 - 352 PduV-EutP PF10662.4 143 1.6e-05 17.1 0.0 2 2 0.00013 0.011 7.9 0.0 5 22 187 204 184 212 0.90 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_46 - 719 Toprim_Crpt PF13342.1 62 9.3e-22 69.2 3.8 1 1 1.4e-23 1.1e-21 68.9 2.5 1 60 653 712 653 714 0.92 # 34785 # 36941 # 1 # ID=1_46;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.450 1_46 - 719 Zn_Tnp_IS1595 PF12760.2 46 0.0035 9.9 2.1 1 2 0.04 3.3 0.3 0.0 2 18 455 471 454 473 0.84 # 34785 # 36941 # 1 # ID=1_46;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.450 1_46 - 719 Zn_Tnp_IS1595 PF12760.2 46 0.0035 9.9 2.1 2 2 0.00045 0.038 6.6 2.1 21 44 636 656 630 658 0.85 # 34785 # 36941 # 1 # ID=1_46;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.450 1_24 - 786 AAA_10 PF12846.2 304 6.3e-23 74.2 0.0 1 1 1.5e-23 2.6e-22 72.2 0.0 2 291 424 698 423 709 0.78 # 12109 # 14466 # 1 # ID=1_24;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.435 1_30 - 173 AAA_10 PF12846.2 304 6.3e-06 18.4 0.0 1 2 0.00018 0.0031 9.6 0.0 3 21 27 45 25 52 0.83 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_30 - 173 AAA_10 PF12846.2 304 6.3e-06 18.4 0.0 2 2 0.0012 0.021 6.9 0.0 234 260 105 131 100 154 0.81 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_28 - 352 AAA_10 PF12846.2 304 0.00012 14.3 0.0 1 1 1.3e-05 0.00023 13.3 0.0 3 34 185 216 183 224 0.81 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_55 - 251 AAA_10 PF12846.2 304 0.00012 14.2 0.3 1 1 7.8e-06 0.00013 14.1 0.3 3 67 6 81 4 246 0.85 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_34 - 513 AAA_10 PF12846.2 304 0.00081 11.5 0.1 1 1 9.2e-05 0.0015 10.6 0.1 4 26 237 259 234 264 0.85 # 24373 # 25911 # 1 # ID=1_34;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.482 1_77 - 222 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.1e-06 20.5 0.0 1 1 4.3e-08 1.8e-06 19.8 0.0 4 39 6 41 3 55 0.88 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_55 - 251 ArsA_ATPase PF02374.10 305 0.00011 14.0 0.0 1 1 6.7e-06 0.00028 12.6 0.0 5 41 8 46 5 98 0.77 # 44697 # 45449 # 1 # ID=1_55;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_77 - 222 AAA_31 PF13614.1 157 8.7e-08 24.9 0.0 1 2 1.7e-06 0.00015 14.4 0.0 3 41 5 43 3 57 0.87 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_77 - 222 AAA_31 PF13614.1 157 8.7e-08 24.9 0.0 2 2 0.00012 0.01 8.4 0.0 106 151 68 112 63 114 0.91 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 1_28 - 352 IstB_IS21 PF01695.12 178 2.3e-05 16.5 0.0 1 1 1e-06 4.4e-05 15.6 0.0 44 68 180 204 155 238 0.91 # 17279 # 18334 # 1 # ID=1_28;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.406 1_30 - 173 IstB_IS21 PF01695.12 178 0.00082 11.5 0.0 1 1 3e-05 0.0013 10.8 0.0 41 65 19 43 4 54 0.80 # 20355 # 20873 # 1 # ID=1_30;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_77 - 222 GTP_EFTU PF00009.22 188 5.4e-07 21.8 0.0 1 1 1e-08 8.4e-07 21.2 0.0 15 115 15 123 10 204 0.75 # 57316 # 57981 # 1 # ID=1_77;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.441 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/e8210c90-de39-4d6c-8e5c-3861259d11e3 # Target file: checkm_output/bins/pm1597/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1597/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/e8210c90-de39-4d6c-8e5c-3861259d11e3 checkm_output/bins/pm1597/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:47:12 2017 # [ok]