# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_18 - 440 ATP-synt_ab PF00006.20 215 2.1e-77 252.1 0.0 1 1 3.1e-79 2.8e-77 251.7 0.0 2 215 149 358 148 358 0.99 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_52 - 48 HTH_IclR PF09339.5 52 0.00014 14.2 0.0 1 1 5.7e-06 0.00017 13.9 0.0 7 36 10 39 9 40 0.92 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_IclR PF09339.5 52 0.00014 14.2 0.0 1 1 5.7e-06 0.00017 13.9 0.0 7 36 10 39 9 40 0.92 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 HTH_IclR PF09339.5 52 0.00031 13.1 0.0 1 1 1.2e-05 0.00037 12.9 0.0 8 36 11 39 9 40 0.90 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_18 - 440 ABC_tran PF00005.22 137 0.00031 13.8 0.1 1 1 8.6e-06 0.00077 12.5 0.1 6 35 157 186 155 209 0.91 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_1 - 77 rve_3 PF13683.1 67 1.7e-19 61.9 0.3 1 1 1.3e-20 2.4e-19 61.5 0.3 12 67 9 60 3 60 0.96 # 1 # 231 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.442 3_16 - 77 rve_3 PF13683.1 67 3.1e-18 57.9 0.4 1 1 2.3e-19 4.2e-18 57.5 0.4 12 67 9 60 3 60 0.95 # 11337 # 11567 # -1 # ID=3_16;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.429 3_1 - 91 rve_3 PF13683.1 67 8.5e-18 56.5 0.3 1 1 7.3e-19 1.3e-17 55.9 0.3 12 66 9 59 3 59 0.94 # 1 # 273 # 1 # ID=3_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.425 5_1 - 45 rve_3 PF13683.1 67 2.2e-10 32.8 0.1 1 1 1.2e-11 2.2e-10 32.8 0.1 12 36 12 36 5 45 0.83 # 2 # 136 # -1 # ID=5_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 1_42 - 168 rve_3 PF13683.1 67 1e-08 27.4 0.1 1 1 1.1e-09 2e-08 26.5 0.0 2 42 124 164 123 167 0.91 # 32752 # 33255 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.488 3_10 - 194 HTH_38 PF13936.1 44 4.3e-06 19.0 0.5 1 2 0.033 2.9 0.4 0.1 5 15 16 26 14 30 0.85 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 3_10 - 194 HTH_38 PF13936.1 44 4.3e-06 19.0 0.5 2 2 5.3e-07 4.8e-05 15.7 0.0 3 39 150 186 148 187 0.94 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 2_1 - 48 DUF1492 PF07374.6 100 0.00023 14.1 0.0 1 1 7.9e-06 0.00024 14.0 0.0 70 93 20 43 2 46 0.77 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_52 - 48 DUF1492 PF07374.6 100 0.00024 14.0 0.0 1 1 8.8e-06 0.00026 13.9 0.0 71 93 21 43 2 46 0.78 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 DUF1492 PF07374.6 100 0.00024 14.0 0.0 1 1 8.8e-06 0.00026 13.9 0.0 71 93 21 43 2 46 0.78 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 3_13 - 107 HTH_34 PF13601.1 80 0.0001 15.1 0.0 1 1 1.5e-06 0.00014 14.7 0.0 2 44 16 58 15 64 0.95 # 9600 # 9920 # -1 # ID=3_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.555 1_7 - 402 TBPIP PF07106.8 169 0.0085 8.4 13.0 1 2 7.6e-05 0.0069 8.7 5.0 93 147 108 162 102 165 0.90 # 4721 # 5926 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_7 - 402 TBPIP PF07106.8 169 0.0085 8.4 13.0 2 2 0.002 0.18 4.1 1.0 65 100 344 378 328 393 0.72 # 4721 # 5926 # -1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.465 1_8 - 169 TIGR03302 TIGR03302 239 0.00017 13.6 0.2 1 1 3.6e-06 0.00032 12.6 0.2 26 59 29 62 13 95 0.79 # 5904 # 6410 # -1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.442 1_49 - 389 HTH_8 PF02954.14 42 4.5e-05 15.8 0.1 1 1 1e-06 9e-05 14.8 0.1 18 36 39 57 37 58 0.94 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 CbiA PF01656.18 195 1.4e-32 105.4 0.0 1 1 2.1e-34 1.9e-32 105.0 0.0 1 188 109 333 109 340 0.76 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 3_8 - 151 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 0.00029 13.1 0.1 1 1 4.8e-06 0.00043 12.5 0.1 18 54 69 104 61 104 0.90 # 5608 # 6060 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.371 1_42 - 168 rve PF00665.21 120 5.1e-32 103.3 0.0 1 1 5e-33 6.4e-32 103.0 0.0 2 120 36 152 35 152 0.97 # 32752 # 33255 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.488 5_2 - 218 rve PF00665.21 120 1.5e-14 46.9 0.0 1 1 1.9e-15 2.4e-14 46.2 0.0 3 104 114 212 112 214 0.93 # 78 # 731 # -1 # ID=5_2;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.428 3_4 - 62 rve PF00665.21 120 6e-10 32.1 0.0 1 1 5.2e-11 6.7e-10 31.9 0.0 28 83 5 58 3 61 0.94 # 1976 # 2161 # -1 # ID=3_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.522 5_1 - 45 rve PF00665.21 120 1e-05 18.4 0.1 1 1 9.5e-07 1.2e-05 18.2 0.1 102 120 12 30 6 30 0.89 # 2 # 136 # -1 # ID=5_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.407 3_16 - 77 rve PF00665.21 120 2.6e-05 17.1 0.1 1 1 3.2e-06 4.1e-05 16.5 0.1 102 120 9 27 4 27 0.89 # 11337 # 11567 # -1 # ID=3_16;partial=01;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.429 3_1 - 91 rve PF00665.21 120 2.7e-05 17.1 0.1 1 1 4.3e-06 5.6e-05 16.0 0.1 102 120 9 27 4 27 0.89 # 1 # 273 # 1 # ID=3_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.425 1_1 - 77 rve PF00665.21 120 2.7e-05 17.0 0.1 1 1 3.2e-06 4.1e-05 16.5 0.1 102 120 9 27 4 27 0.89 # 1 # 231 # 1 # ID=1_1;partial=10;start_type=Edge;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.442 1_52 - 48 Terminase_5 PF06056.7 58 5.8e-05 15.4 0.1 1 1 2.7e-06 8e-05 15.0 0.1 13 38 21 46 20 47 0.92 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 Terminase_5 PF06056.7 58 5.8e-05 15.4 0.1 1 1 2.7e-06 8e-05 15.0 0.1 13 38 21 46 20 47 0.92 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 Terminase_5 PF06056.7 58 5.9e-05 15.4 0.1 1 1 2.7e-06 8e-05 15.0 0.1 13 38 21 46 20 47 0.92 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_18 - 440 AAA_30 PF13604.1 196 0.00043 12.6 0.7 1 3 0.063 5.6 -0.8 0.0 47 72 61 86 53 96 0.91 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_18 - 440 AAA_30 PF13604.1 196 0.00043 12.6 0.7 2 3 0.00015 0.013 7.8 0.1 16 63 160 204 155 214 0.70 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_18 - 440 AAA_30 PF13604.1 196 0.00043 12.6 0.7 3 3 0.014 1.2 1.4 0.0 16 70 225 275 213 277 0.76 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_52 - 48 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 9e-14 44.0 0.0 1 1 5.2e-15 9.3e-14 44.0 0.0 1 47 1 45 1 47 0.94 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 9e-14 44.0 0.0 1 1 5.2e-15 9.3e-14 44.0 0.0 1 47 1 45 1 47 0.94 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 6.2e-13 41.4 0.0 1 1 3.6e-14 6.4e-13 41.3 0.0 1 47 1 45 1 47 0.94 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 2_3 - 32 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 8e-06 18.6 0.3 1 1 4.5e-07 8.2e-06 18.5 0.3 1 26 5 30 5 31 0.90 # 1096 # 1191 # 1 # ID=2_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 3_10 - 194 HTH_Tnp_1 PF01527.15 76 0.00011 15.0 0.1 1 1 1.4e-05 0.00026 13.7 0.1 11 40 155 184 153 190 0.87 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_17 - 294 TIGR00464 TIGR00464 470 0.00031 12.1 1.8 1 1 2.6e-06 0.00023 12.5 0.4 350 424 39 115 17 132 0.82 # 11579 # 12460 # -1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.457 3_8 - 151 GerE PF00196.14 58 9.2e-10 30.5 0.2 1 1 7.4e-11 1.7e-09 29.7 0.2 8 56 66 114 61 116 0.92 # 5608 # 6060 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.371 1_52 - 48 GerE PF00196.14 58 0.00023 13.3 0.0 1 1 1e-05 0.00024 13.2 0.0 10 34 13 37 3 43 0.89 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 GerE PF00196.14 58 0.00023 13.3 0.0 1 1 1e-05 0.00024 13.2 0.0 10 34 13 37 3 43 0.89 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 GerE PF00196.14 58 0.0003 12.9 0.1 1 1 1.5e-05 0.00035 12.7 0.1 10 34 13 37 8 43 0.93 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_49 - 389 MipZ PF09140.6 261 3e-06 19.2 0.1 1 1 8.4e-08 7.6e-06 17.9 0.0 3 47 109 153 107 168 0.90 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 3_8 - 151 Sigma70_r4 PF04545.11 50 9.3e-06 17.7 0.0 1 1 1.6e-07 1.4e-05 17.1 0.0 5 48 62 104 61 105 0.87 # 5608 # 6060 # -1 # ID=3_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.371 1_18 - 440 TIGR00962 TIGR00962 503 1.2e-52 171.6 0.0 1 1 1.6e-54 1.5e-52 171.3 0.0 64 413 65 409 18 431 0.87 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_36 - 211 KH_4 PF13083.1 73 0.00029 13.3 0.0 1 2 0.027 2.5 0.7 0.0 19 42 11 33 3 35 0.76 # 27238 # 27870 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.449 1_36 - 211 KH_4 PF13083.1 73 0.00029 13.3 0.0 2 2 3.6e-05 0.0033 9.9 0.0 18 45 157 186 147 187 0.83 # 27238 # 27870 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.449 3_13 - 107 HTH_27 PF13463.1 68 6.2e-05 16.1 0.0 1 1 1e-06 9.3e-05 15.5 0.0 21 66 31 73 15 74 0.87 # 9600 # 9920 # -1 # ID=3_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.555 1_42 - 168 rve_2 PF13333.1 52 0.00022 14.1 0.0 1 1 5.3e-06 0.00048 13.0 0.0 1 24 142 165 142 167 0.89 # 32752 # 33255 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.488 1_49 - 389 MerR_1 PF13411.1 69 2.2e-09 29.8 0.0 1 1 7.3e-11 6.6e-09 28.3 0.0 2 43 41 87 40 97 0.77 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_27 - 272 HTH_AraC PF00165.18 42 1.6e-23 74.7 0.2 1 3 0.067 6.1 -0.3 0.0 7 24 134 152 133 153 0.84 # 20764 # 21579 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.414 1_27 - 272 HTH_AraC PF00165.18 42 1.6e-23 74.7 0.2 2 3 2.4e-11 2.1e-09 29.8 0.0 1 41 173 213 173 214 0.97 # 20764 # 21579 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.414 1_27 - 272 HTH_AraC PF00165.18 42 1.6e-23 74.7 0.2 3 3 7e-15 6.3e-13 41.0 0.1 6 41 227 263 225 264 0.93 # 20764 # 21579 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.414 1_49 - 389 HTH_3 PF01381.17 55 1.9e-05 17.3 0.0 1 1 5e-07 4.5e-05 16.1 0.0 10 41 40 71 32 87 0.84 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 2_1 - 48 HTH_23 PF13384.1 50 3.8e-11 35.1 0.0 1 1 2.4e-12 4.3e-11 35.0 0.0 8 41 12 45 7 47 0.92 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_52 - 48 HTH_23 PF13384.1 50 4.1e-11 35.1 0.0 1 1 2.6e-12 4.6e-11 34.9 0.0 8 41 12 45 7 47 0.93 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_23 PF13384.1 50 4.1e-11 35.1 0.0 1 1 2.6e-12 4.6e-11 34.9 0.0 8 41 12 45 7 47 0.93 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 3_10 - 194 HTH_23 PF13384.1 50 3.3e-06 19.5 0.0 1 1 4.8e-07 8.6e-06 18.1 0.0 2 41 152 191 151 192 0.91 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_49 - 389 HTH_23 PF13384.1 50 5.5e-05 15.6 0.2 1 1 9e-06 0.00016 14.1 0.2 17 37 39 59 32 61 0.87 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 3_10 - 194 HTH_7 PF02796.10 45 4.8e-12 38.4 0.0 1 1 6e-13 1.3e-11 37.0 0.0 1 44 147 190 147 190 0.97 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_52 - 48 HTH_7 PF02796.10 45 4.2e-06 19.4 0.0 1 1 2e-07 4.5e-06 19.3 0.0 10 39 10 39 2 44 0.86 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_7 PF02796.10 45 4.2e-06 19.4 0.0 1 1 2e-07 4.5e-06 19.3 0.0 10 39 10 39 2 44 0.86 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 HTH_7 PF02796.10 45 4.7e-06 19.2 0.0 1 1 2.3e-07 5.2e-06 19.1 0.0 10 39 10 39 2 44 0.86 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 2_1 - 48 HTH_19 PF12844.2 64 0.00015 14.6 0.1 1 1 8.6e-06 0.00026 13.8 0.1 11 34 20 43 16 44 0.93 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_52 - 48 HTH_19 PF12844.2 64 0.00015 14.6 0.1 1 1 9e-06 0.00027 13.8 0.1 11 34 20 43 17 44 0.93 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_19 PF12844.2 64 0.00015 14.6 0.1 1 1 9e-06 0.00027 13.8 0.1 11 34 20 43 17 44 0.93 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 1_52 - 48 HTH_29 PF13551.1 112 2.3e-07 23.7 0.0 1 1 1.2e-08 2.6e-07 23.6 0.0 4 36 14 45 12 47 0.94 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_29 PF13551.1 112 2.3e-07 23.7 0.0 1 1 1.2e-08 2.6e-07 23.6 0.0 4 36 14 45 12 47 0.94 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 HTH_29 PF13551.1 112 2.3e-07 23.7 0.0 1 1 1.2e-08 2.6e-07 23.6 0.0 4 36 14 45 12 47 0.94 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 3_10 - 194 HTH_29 PF13551.1 112 4.7e-05 16.3 1.3 1 2 0.0016 0.037 7.0 0.1 39 69 134 163 125 165 0.83 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 3_10 - 194 HTH_29 PF13551.1 112 4.7e-05 16.3 1.3 2 2 0.00025 0.0057 9.6 0.1 3 36 159 191 157 192 0.88 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_47 - 67 DDE_Tnp_IS66 PF03050.9 271 0.00073 11.5 0.0 1 1 8.1e-06 0.00073 11.5 0.0 31 90 2 56 1 66 0.77 # 36099 # 36299 # -1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.473 1_18 - 440 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00075 12.0 0.0 1 1 1.4e-05 0.0012 11.3 0.0 30 131 172 265 150 273 0.79 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_49 - 389 TIGR01968 TIGR01968 261 3.3e-06 19.0 0.2 1 2 6e-06 0.00054 11.8 0.0 3 38 108 143 106 145 0.94 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 TIGR01968 TIGR01968 261 3.3e-06 19.0 0.2 2 2 0.00061 0.054 5.2 0.0 102 143 225 265 213 312 0.88 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_38 - 213 FliH PF02108.11 128 3.9e-20 64.8 3.6 1 1 8.6e-22 7.7e-20 63.8 3.6 8 128 74 195 67 195 0.90 # 28478 # 29116 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_38 - 213 HrpE PF06188.7 191 1.6e-12 40.3 6.6 1 1 2.3e-14 2.1e-12 39.9 6.6 20 153 20 153 13 189 0.88 # 28478 # 29116 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_18 - 440 DUF87 PF01935.12 229 6e-05 15.7 0.4 1 1 1.3e-06 0.00012 14.7 0.2 24 47 163 186 162 193 0.91 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_52 - 48 HTH_28 PF13518.1 52 2.9e-10 32.8 0.0 1 1 1.4e-11 3.1e-10 32.7 0.0 4 36 13 45 10 47 0.94 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_28 PF13518.1 52 2.9e-10 32.8 0.0 1 1 1.4e-11 3.1e-10 32.7 0.0 4 36 13 45 10 47 0.94 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 HTH_28 PF13518.1 52 3.3e-10 32.6 0.0 1 1 1.6e-11 3.5e-10 32.5 0.0 4 36 13 45 10 47 0.94 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 3_10 - 194 HTH_28 PF13518.1 52 1.9e-06 20.6 0.0 1 1 2.3e-07 5.2e-06 19.2 0.0 1 36 156 191 156 192 0.88 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_27 - 272 HTH_18 PF12833.2 81 5.1e-26 83.4 0.7 1 3 0.069 6.2 -0.2 0.0 61 80 77 96 76 97 0.89 # 20764 # 21579 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.414 1_27 - 272 HTH_18 PF12833.2 81 5.1e-26 83.4 0.7 2 3 0.013 1.1 2.2 0.0 44 77 134 167 115 171 0.80 # 20764 # 21579 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.414 1_27 - 272 HTH_18 PF12833.2 81 5.1e-26 83.4 0.7 3 3 3.3e-26 2.9e-24 77.8 0.2 2 79 187 263 186 265 0.97 # 20764 # 21579 # 1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=4Base/6BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.414 1_49 - 389 HTH_31 PF13560.1 64 3.8e-05 16.6 0.0 1 1 1.2e-06 0.00011 15.2 0.0 12 45 37 69 32 89 0.84 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_5 - 77 Transposase_mut PF00872.13 381 1.7e-10 32.7 0.0 1 1 4.3e-12 1.9e-10 32.5 0.0 51 93 19 61 3 64 0.81 # 3321 # 3551 # -1 # ID=1_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.476 1_4 - 43 Transposase_mut PF00872.13 381 2.1e-10 32.4 0.0 1 1 4.8e-12 2.1e-10 32.3 0.0 337 376 2 41 1 42 0.95 # 3138 # 3266 # -1 # ID=1_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.380 1_18 - 440 AAA_25 PF13481.1 194 3.2e-05 16.2 0.2 1 1 8.4e-07 7.5e-05 14.9 0.0 24 157 151 267 135 285 0.69 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_38 - 213 NolV PF06635.7 207 8.6e-14 43.9 1.9 1 1 1.2e-15 1.1e-13 43.6 1.9 35 196 35 197 18 210 0.91 # 28478 # 29116 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 2_8 - 153 RA PF00788.18 93 0.00081 12.7 0.1 1 1 2.3e-05 0.0021 11.4 0.0 26 68 3 46 1 54 0.88 # 6264 # 6722 # 1 # ID=2_8;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_49 - 389 VirC1 PF07015.6 231 1.5e-05 16.9 0.1 1 2 2.5e-05 0.0022 9.8 0.0 4 42 109 147 107 153 0.91 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 VirC1 PF07015.6 231 1.5e-05 16.9 0.1 2 2 0.00091 0.082 4.7 0.0 100 140 251 291 217 321 0.72 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 MerR PF00376.18 38 3.1e-12 38.7 0.1 1 1 1.3e-13 1.2e-11 36.8 0.0 1 30 41 69 41 71 0.89 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 3_10 - 194 CENP-B_N PF04218.8 53 1.2e-06 20.7 0.0 1 1 2.9e-08 2.6e-06 19.6 0.0 7 44 152 189 148 190 0.94 # 7228 # 7809 # 1 # ID=3_10;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.514 1_18 - 440 TIGR01039 TIGR01039 462 2.3e-57 187.1 0.0 1 1 3.3e-59 3e-57 186.8 0.0 2 410 24 424 23 434 0.90 # 12658 # 13977 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_42 - 168 DDE_Tnp_IS240 PF13610.1 140 1.4e-08 27.6 0.0 1 1 1.9e-10 1.8e-08 27.3 0.0 2 123 41 165 40 167 0.90 # 32752 # 33255 # -1 # ID=1_42;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.488 1_52 - 48 HTH_26 PF13443.1 63 2.1e-05 17.5 0.0 1 1 9.6e-07 2.9e-05 17.0 0.0 6 33 17 44 14 46 0.93 # 40644 # 40787 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 4_6 - 48 HTH_26 PF13443.1 63 2.1e-05 17.5 0.0 1 1 9.6e-07 2.9e-05 17.0 0.0 6 33 17 44 14 46 0.93 # 3195 # 3338 # 1 # ID=4_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.361 2_1 - 48 HTH_26 PF13443.1 63 2.1e-05 17.5 0.0 1 1 8.3e-07 2.5e-05 17.2 0.0 6 33 17 44 9 46 0.93 # 12 # 155 # -1 # ID=2_1;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.340 1_49 - 389 HTH_17 PF12728.2 51 3.4e-07 23.3 0.0 1 2 3.9e-08 3.5e-06 20.0 0.0 4 30 42 68 39 76 0.85 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 HTH_17 PF12728.2 51 3.4e-07 23.3 0.0 2 2 0.082 7.4 -0.2 0.0 17 32 206 221 204 228 0.77 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_38 - 213 ATP-synt_B PF00430.13 132 5.6e-05 15.7 9.5 1 2 6.7e-07 6e-05 15.6 6.6 57 132 33 108 21 108 0.94 # 28478 # 29116 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_38 - 213 ATP-synt_B PF00430.13 132 5.6e-05 15.7 9.5 2 2 0.034 3.1 0.4 0.0 93 127 166 200 140 204 0.77 # 28478 # 29116 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 3_13 - 107 HTH_5 PF01022.15 47 1.9e-21 68.3 0.4 1 1 3e-23 2.7e-21 67.8 0.4 1 45 13 58 13 60 0.98 # 9600 # 9920 # -1 # ID=3_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.555 1_32 - 88 FtsA PF14450.1 120 2.8e-05 16.7 0.0 1 1 3.8e-07 3.4e-05 16.5 0.0 37 91 8 84 2 87 0.87 # 25675 # 25938 # 1 # ID=1_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.424 3_13 - 107 HTH_20 PF12840.2 61 1.5e-12 40.0 0.2 1 1 2.4e-14 2.2e-12 39.5 0.2 2 61 6 65 5 65 0.98 # 9600 # 9920 # -1 # ID=3_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.555 1_38 - 213 TIGR01144 TIGR01144 147 5.2e-05 15.6 3.0 1 1 5.8e-07 5.2e-05 15.6 3.0 51 130 31 110 21 127 0.86 # 28478 # 29116 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.451 1_49 - 389 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.5e-06 20.2 0.0 1 2 1.2e-06 0.0001 14.1 0.0 9 40 115 147 109 154 0.90 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 ArsA_ATPase PF02374.10 305 1.5e-06 20.2 0.0 2 2 0.0021 0.19 3.4 0.0 125 136 233 244 223 256 0.89 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 AAA_31 PF13614.1 157 1.9e-06 20.6 0.1 1 2 7.8e-06 0.0007 12.3 0.0 2 49 108 155 107 179 0.86 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 1_49 - 389 AAA_31 PF13614.1 157 1.9e-06 20.6 0.1 2 2 0.00067 0.06 6.0 0.1 115 151 228 267 211 271 0.81 # 37800 # 38966 # -1 # ID=1_49;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.440 2_3 - 32 BrkDBD PF09607.5 58 0.00052 12.4 0.0 1 1 6.6e-06 0.00059 12.2 0.0 3 18 8 23 7 31 0.74 # 1096 # 1191 # 1 # ID=2_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 5_2 - 218 HTH_21 PF13276.1 60 1.8e-09 30.3 0.8 1 1 3.6e-11 3.2e-09 29.5 0.8 3 59 45 99 40 100 0.86 # 78 # 731 # -1 # ID=5_2;partial=00;start_type=TTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.428 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/0d558ad7-f513-4bdd-bb68-b74419d0430b # Target file: checkm_output/bins/pm1506/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1506/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/0d558ad7-f513-4bdd-bb68-b74419d0430b checkm_output/bins/pm1506/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:44:56 2017 # [ok]