# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_19 - 343 ABC_tran PF00005.22 137 5.4e-07 21.6 0.0 1 1 2.7e-08 1e-06 20.6 0.0 7 35 156 184 153 207 0.86 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_19 - 343 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 1.9e-06 19.0 0.3 1 1 9e-08 3.4e-06 18.2 0.3 41 59 163 181 151 184 0.91 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_3 - 326 HTH_38 PF13936.1 44 0.0001 13.4 0.1 1 1 8.3e-06 0.00032 11.9 0.1 13 43 178 208 171 209 0.86 # 587 # 1564 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_19 - 343 MobB PF03205.9 140 0.00022 12.5 0.1 1 1 9.9e-06 0.00038 11.7 0.1 2 32 162 191 161 201 0.81 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_16 - 741 TIGR00873 TIGR00873 467 0.00042 10.3 0.0 1 2 0.0008 0.03 4.2 0.0 226 268 88 132 69 143 0.84 # 13590 # 15812 # -1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.514 1_16 - 741 TIGR00873 TIGR00873 467 0.00042 10.3 0.0 2 2 0.0013 0.049 3.5 0.0 433 456 310 333 247 341 0.76 # 13590 # 15812 # -1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.514 1_19 - 343 AAA_19 PF13245.1 76 0.00031 12.1 0.8 1 1 1.9e-05 0.00073 10.9 0.8 7 34 157 184 152 243 0.83 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_36 - 218 CbiA PF01656.18 195 6.9e-08 23.6 5.4 1 1 1e-08 3.9e-07 21.2 5.4 2 177 5 158 4 173 0.76 # 30803 # 31456 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.466 1_11 - 252 Phage_rep_org_N PF09681.5 121 0.00011 13.3 0.8 1 2 0.014 0.55 1.4 0.0 19 85 26 87 15 104 0.66 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 Phage_rep_org_N PF09681.5 121 0.00011 13.3 0.8 2 2 3.6e-05 0.0014 9.8 0.4 13 97 133 213 119 221 0.73 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_19 - 343 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00015 12.4 0.0 1 1 6.4e-06 0.00024 11.7 0.0 17 48 161 193 152 221 0.78 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_14 - 612 TraG-D_C PF12696.2 128 3.8e-07 21.6 0.0 1 1 2.1e-08 8e-07 20.6 0.0 22 96 419 497 411 526 0.76 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_36 - 218 MipZ PF09140.6 261 1.2e-10 32.4 8.3 1 3 1.5e-05 0.00056 10.5 0.7 5 26 6 27 3 38 0.79 # 30803 # 31456 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.466 1_36 - 218 MipZ PF09140.6 261 1.2e-10 32.4 8.3 2 3 5.1e-10 1.9e-08 25.1 0.8 82 149 58 125 31 174 0.84 # 30803 # 31456 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.466 1_36 - 218 MipZ PF09140.6 261 1.2e-10 32.4 8.3 3 3 0.021 0.81 0.2 0.0 220 255 179 214 144 216 0.78 # 30803 # 31456 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.466 1_3 - 326 Trp_repressor PF01371.14 88 0.00014 13.3 0.5 1 1 1.5e-05 0.00056 11.4 0.1 37 69 173 205 167 209 0.91 # 587 # 1564 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_32 - 121 HTH_25 PF13413.1 62 0.00012 13.3 0.4 1 1 7.8e-06 0.0003 12.0 0.4 1 22 5 26 5 36 0.93 # 27526 # 27888 # 1 # ID=1_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.383 1_19 - 343 AAA_22 PF13401.1 131 0.00027 12.6 0.1 1 2 0.079 3 -0.4 0.0 88 125 15 57 6 63 0.74 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_19 - 343 AAA_22 PF13401.1 131 0.00027 12.6 0.1 2 2 4.5e-05 0.0017 10.1 0.1 3 24 159 180 156 202 0.85 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_19 - 343 AAA_29 PF13555.1 62 6.2e-05 14.1 0.0 1 1 6.5e-06 0.00012 13.1 0.0 21 40 158 177 140 182 0.77 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_27 - 916 AAA_29 PF13555.1 62 0.00016 12.8 0.0 1 1 1.9e-05 0.00036 11.6 0.0 21 51 533 561 521 573 0.77 # 22747 # 25494 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.517 1_32 - 121 HTH_3 PF01381.17 55 2.8e-15 47.6 0.8 1 1 9.3e-17 3.5e-15 47.2 0.0 1 55 6 64 6 64 0.97 # 27526 # 27888 # 1 # ID=1_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.383 1_3 - 326 HTH_23 PF13384.1 50 3.7e-06 18.1 0.9 1 1 1.6e-07 6.1e-06 17.4 0.0 7 41 174 209 168 218 0.82 # 587 # 1564 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_3 - 326 HTH_7 PF02796.10 45 1.2e-06 19.9 1.8 1 1 4e-08 1.5e-06 19.6 0.1 4 38 168 202 167 206 0.95 # 587 # 1564 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_32 - 121 HTH_19 PF12844.2 64 2.8e-17 54.2 0.4 1 1 1.4e-18 5.2e-17 53.3 0.0 2 62 4 68 3 70 0.88 # 27526 # 27888 # 1 # ID=1_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.383 1_11 - 252 HTH_CodY PF08222.6 61 4.8e-06 17.5 0.2 1 2 8.9e-06 0.00034 11.6 0.0 16 36 67 87 50 105 0.84 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 HTH_CodY PF08222.6 61 4.8e-06 17.5 0.2 2 2 0.0026 0.099 3.6 0.1 9 41 174 206 168 213 0.85 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_14 - 612 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.8e-07 19.5 0.0 1 2 0.00017 0.0033 7.5 0.0 13 47 186 220 180 231 0.82 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_14 - 612 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 7.8e-07 19.5 0.0 2 2 8.7e-05 0.0016 8.5 0.0 265 381 419 540 412 544 0.77 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_19 - 343 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 9.3e-05 12.6 0.0 1 1 6.5e-06 0.00012 12.2 0.0 17 39 162 184 148 216 0.86 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_15 - 148 PFK PF00365.15 282 0.00045 10.7 0.2 1 1 1.7e-05 0.00065 10.2 0.2 189 248 40 99 31 101 0.93 # 13085 # 13528 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.412 1_3 - 326 HTH_28 PF13518.1 52 3.5e-05 15.4 0.2 1 1 2.3e-06 8.7e-05 14.1 0.2 1 35 173 208 173 209 0.90 # 587 # 1564 # -1 # ID=1_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.508 1_11 - 252 DUF2250 PF10007.4 93 8.2e-05 14.1 0.0 1 2 0.036 1.4 0.6 0.0 31 55 64 88 52 117 0.76 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 DUF2250 PF10007.4 93 8.2e-05 14.1 0.0 2 2 2.5e-05 0.00094 10.7 0.0 26 67 173 216 162 222 0.86 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_32 - 121 HTH_31 PF13560.1 64 5.6e-14 43.7 0.1 1 1 3.1e-15 1.2e-13 42.7 0.0 5 57 5 60 4 73 0.89 # 27526 # 27888 # 1 # ID=1_32;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.383 1_11 - 252 HTH_36 PF13730.1 55 0.00029 12.6 3.3 1 3 0.065 2.5 -0.0 0.1 32 50 13 35 10 35 0.77 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 HTH_36 PF13730.1 55 0.00029 12.6 3.3 2 3 4.5e-05 0.0017 10.1 0.1 9 55 37 85 34 85 0.81 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 HTH_36 PF13730.1 55 0.00029 12.6 3.3 3 3 0.024 0.9 1.4 0.1 3 54 146 198 144 199 0.70 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_19 - 343 T2SE PF00437.15 272 3.9e-53 171.6 0.0 1 1 1.2e-54 4.7e-53 171.3 0.0 6 256 17 294 12 312 0.92 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_27 - 916 NACHT PF05729.7 166 9.3e-05 13.7 0.0 1 1 1.1e-05 0.00022 12.5 0.0 5 31 539 565 536 573 0.87 # 22747 # 25494 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.517 1_19 - 343 NACHT PF05729.7 166 0.00024 12.3 1.2 1 1 2.4e-05 0.00046 11.4 1.2 2 21 162 181 161 184 0.91 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_19 - 343 AAA_17 PF13207.1 121 0.0028 10.1 3.6 1 1 0.00015 0.0056 9.1 2.8 2 17 163 178 162 180 0.92 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_19 - 343 TIGR02211 TIGR02211 221 0.00031 11.5 0.0 1 1 1.5e-05 0.00059 10.6 0.0 28 53 157 182 149 187 0.88 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_27 - 916 AAA_25 PF13481.1 194 8.7e-05 13.5 0.0 1 1 7.7e-06 0.00029 11.8 0.0 36 107 537 625 529 659 0.72 # 22747 # 25494 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.517 1_19 - 343 Pox_A32 PF04665.7 241 3.1e-06 18.1 0.0 1 1 1.2e-07 4.6e-06 17.6 0.0 16 46 163 193 153 220 0.75 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_36 - 218 VirC1 PF07015.6 231 3.2e-05 14.6 0.2 1 1 1.5e-05 0.00057 10.5 0.2 5 116 5 107 1 199 0.63 # 30803 # 31456 # 1 # ID=1_36;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.466 1_14 - 612 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 1.4e-06 18.6 0.0 1 2 1.4e-05 0.00054 10.1 0.0 31 84 167 230 128 271 0.72 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_14 - 612 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 1.4e-06 18.6 0.0 2 2 0.00018 0.0069 6.4 0.0 323 437 417 537 357 542 0.88 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_19 - 343 ATP_bind_1 PF03029.12 238 0.00014 13.0 0.1 1 1 5.6e-06 0.00021 12.4 0.1 1 23 165 187 165 194 0.86 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_16 - 741 Toprim_Crpt PF13342.1 62 3e-25 79.3 0.5 1 1 1.6e-26 6.1e-25 78.3 0.5 2 62 676 738 675 738 0.96 # 13590 # 15812 # -1 # ID=1_16;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGxAGG/AGGxGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.514 1_31 - 152 TIGR00922 TIGR00922 172 2.4e-06 18.7 0.0 1 1 9.6e-08 3.7e-06 18.1 0.0 33 102 27 98 4 117 0.73 # 26800 # 27255 # -1 # ID=1_31;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.428 1_11 - 252 TrmB PF01978.14 68 6.7e-05 14.2 0.5 1 2 0.00082 0.031 5.6 0.0 33 62 66 95 55 101 0.87 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 TrmB PF01978.14 68 6.7e-05 14.2 0.5 2 2 0.00062 0.023 6.0 0.1 21 56 168 203 144 212 0.80 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 HTH_Crp_2 PF13545.1 76 4.3e-07 21.3 0.1 1 1 2.7e-08 1e-06 20.0 0.0 20 68 47 98 36 103 0.80 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_27 - 916 AAA_10 PF12846.2 304 1.5e-33 108.0 0.0 1 1 2.5e-34 3.2e-33 106.9 0.0 2 294 535 825 534 832 0.89 # 22747 # 25494 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.517 1_14 - 612 AAA_10 PF12846.2 304 1.3e-07 22.8 0.0 1 2 2.2e-06 2.8e-05 15.1 0.0 4 66 191 260 188 337 0.77 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_14 - 612 AAA_10 PF12846.2 304 1.3e-07 22.8 0.0 2 2 0.0016 0.021 5.7 0.0 249 297 422 478 351 482 0.89 # 10300 # 12135 # -1 # ID=1_14;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.458 1_19 - 343 AAA_10 PF12846.2 304 0.00037 11.5 0.3 1 1 4.5e-05 0.00057 10.9 0.3 4 22 163 181 160 189 0.88 # 16615 # 17643 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.533 1_11 - 252 RPA_C PF08784.6 102 3.2e-05 15.9 0.0 1 2 0.0029 0.11 4.6 0.0 30 95 15 85 4 87 0.73 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 1_11 - 252 RPA_C PF08784.6 102 3.2e-05 15.9 0.0 2 2 0.0001 0.0039 9.2 0.0 65 95 169 199 128 199 0.78 # 8230 # 8985 # 1 # ID=1_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.377 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/9e775b2d-313e-42f5-8b77-a0c566373724 # Target file: checkm_output/bins/pm1457/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1457/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/9e775b2d-313e-42f5-8b77-a0c566373724 checkm_output/bins/pm1457/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:43:41 2017 # [ok]