# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_6 - 340 ABC_tran PF00005.22 137 2.1e-05 17.2 0.0 1 1 1.1e-06 3.9e-05 16.3 0.0 14 65 174 223 166 293 0.75 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 ABC_tran PF00005.22 137 0.00046 12.9 0.1 1 1 3.8e-05 0.0013 11.4 0.0 6 37 213 244 211 328 0.80 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_38 - 277 BSP PF04450.7 205 7.2e-05 14.7 0.0 1 1 1.7e-06 0.00012 14.0 0.0 63 111 51 93 7 114 0.80 # 30601 # 31431 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.484 1_52 - 93 HTH_35 PF13693.1 78 0.00064 11.9 0.0 1 1 1.6e-05 0.0011 11.2 0.0 14 53 43 85 29 88 0.78 # 41720 # 41998 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.412 1_27 - 83 DUF2116 PF09889.4 59 0.0043 9.3 4.5 1 2 0.016 1.1 1.6 0.6 40 50 12 22 7 28 0.55 # 25231 # 25479 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.321 1_27 - 83 DUF2116 PF09889.4 59 0.0043 9.3 4.5 2 2 5.2e-05 0.0036 9.5 0.2 34 57 53 76 40 81 0.57 # 25231 # 25479 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.321 1_6 - 340 Sigma54_activat PF00158.21 168 5.3e-05 15.1 0.3 1 1 6.7e-06 0.00046 12.1 0.0 17 55 166 203 158 279 0.88 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_35 - 87 HTH_Tnp_Tc3_2 PF01498.13 72 0.00017 14.0 0.3 1 1 3.7e-06 0.00026 13.5 0.3 30 51 5 26 2 31 0.82 # 29612 # 29872 # 1 # ID=1_35;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=11bp;gc_cont=0.487 1_6 - 340 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 3.5e-05 15.7 0.0 1 1 2.6e-06 6.1e-05 14.9 0.0 39 58 169 191 145 195 0.83 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00053 11.9 0.0 1 1 4.4e-05 0.001 10.9 0.0 34 58 212 238 193 240 0.80 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 2_2 - 788 FtsK_SpoIIIE PF01580.13 205 0.00058 11.7 0.0 1 1 5e-05 0.0012 10.7 0.0 39 53 412 433 395 459 0.80 # 475 # 2838 # -1 # ID=2_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.355 1_41 - 217 MobB PF03205.9 140 5.6e-05 15.3 0.4 1 2 1.2e-05 0.00041 12.5 0.1 10 38 11 39 1 45 0.85 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_41 - 217 MobB PF03205.9 140 5.6e-05 15.3 0.4 2 2 0.075 2.6 0.2 0.0 44 66 83 108 59 129 0.63 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_6 - 340 MobB PF03205.9 140 0.00011 14.4 0.1 1 1 8.3e-06 0.00029 13.0 0.0 3 39 174 209 172 212 0.87 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_6 - 340 AAA_19 PF13245.1 76 2.4e-05 16.5 0.0 1 1 7.6e-07 5.3e-05 15.4 0.0 13 33 174 194 166 208 0.74 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_41 - 217 CbiA PF01656.18 195 5.4e-16 50.9 0.2 1 1 3.1e-17 1.1e-15 50.0 0.2 2 148 4 135 3 169 0.77 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_47 - 238 CbiA PF01656.18 195 0.00012 13.9 0.7 1 2 0.00038 0.013 7.2 0.1 2 17 4 19 3 23 0.87 # 38892 # 39605 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TATAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.315 1_47 - 238 CbiA PF01656.18 195 0.00012 13.9 0.7 2 2 0.0024 0.082 4.6 0.1 117 166 94 141 86 153 0.76 # 38892 # 39605 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TATAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.315 2_13 - 347 Rep_3 PF01051.16 222 2.3e-42 137.4 8.5 1 1 4.3e-44 3e-42 137.1 8.5 4 222 19 248 16 248 0.89 # 7445 # 8485 # -1 # ID=2_13;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.311 1_6 - 340 AAA_23 PF13476.1 202 0.00021 14.0 1.6 1 1 1.5e-05 0.00053 12.7 0.7 22 39 174 191 161 192 0.85 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 AAA_23 PF13476.1 202 0.00046 12.9 0.3 1 1 0.00011 0.0038 9.9 0.0 19 36 218 235 201 239 0.81 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_22 - 749 zf-TFIIB PF13453.1 41 0.00016 13.3 0.8 1 2 0.00012 0.0083 7.8 0.1 2 23 635 656 634 657 0.91 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 1_22 - 749 zf-TFIIB PF13453.1 41 0.00016 13.3 0.8 2 2 0.003 0.21 3.3 0.1 2 12 698 708 682 725 0.74 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 1_6 - 340 Zeta_toxin PF06414.7 201 6.6e-06 17.7 0.0 1 1 3.2e-07 1.1e-05 16.9 0.0 15 49 170 205 161 246 0.80 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00055 11.4 0.1 1 2 0.037 1.3 0.4 0.0 30 56 34 59 33 86 0.91 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_15 - 498 Zeta_toxin PF06414.7 201 0.00055 11.4 0.1 2 2 0.00015 0.005 8.3 0.0 18 37 220 239 211 254 0.88 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_15 - 498 AAA_30 PF13604.1 196 3.6e-06 19.0 0.0 1 1 9.6e-08 6.6e-06 18.2 0.0 4 44 204 244 201 255 0.85 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_8 - 651 TraG-D_C PF12696.2 128 4.8e-28 90.0 0.3 1 2 0.034 2.4 0.5 0.1 82 126 310 348 301 350 0.66 # 5272 # 7224 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AATAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.361 1_8 - 651 TraG-D_C PF12696.2 128 4.8e-28 90.0 0.3 2 2 4.8e-29 3.3e-27 87.3 0.0 2 127 443 565 442 566 0.88 # 5272 # 7224 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AATAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.361 1_41 - 217 MipZ PF09140.6 261 2.6e-13 42.0 0.2 1 2 2e-09 1.4e-07 23.2 0.1 2 42 2 42 1 54 0.87 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_41 - 217 MipZ PF09140.6 261 2.6e-13 42.0 0.2 2 2 1.6e-07 1.1e-05 16.9 0.0 87 153 66 136 61 163 0.81 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 2_1 - 157 DivIC PF04977.10 80 0.0051 8.7 8.1 1 2 0.00018 0.013 7.5 1.0 18 49 43 74 30 81 0.78 # 3 # 473 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_1 - 157 DivIC PF04977.10 80 0.0051 8.7 8.1 2 2 0.0012 0.082 4.9 1.1 15 39 130 154 126 157 0.89 # 3 # 473 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_6 - 340 AAA PF00004.24 132 2e-05 17.2 0.0 1 1 5.6e-07 3.8e-05 16.3 0.0 2 67 175 250 174 253 0.76 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_22 - 749 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 3.2e-08 25.4 9.0 1 2 1.8e-09 1.3e-07 23.5 1.4 3 35 634 669 632 672 0.93 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 1_22 - 749 zf-C4_Topoisom PF01396.14 39 3.2e-08 25.4 9.0 2 2 0.00062 0.043 5.8 1.2 3 25 697 722 695 723 0.62 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 1_6 - 340 TIGR00382 TIGR00382 414 0.00048 11.2 0.0 1 1 8.9e-06 0.00061 10.9 0.0 113 140 168 194 95 210 0.79 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_41 - 217 TIGR00064 TIGR00064 279 0.00028 12.2 0.1 1 1 1.1e-05 0.00078 10.8 0.0 88 116 10 38 1 49 0.86 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_6 - 340 AAA_16 PF13191.1 185 5.6e-06 18.8 0.0 1 1 4.1e-07 9.4e-06 18.1 0.0 24 75 171 222 159 228 0.78 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 AAA_16 PF13191.1 185 7.1e-05 15.2 0.0 1 1 1.7e-05 0.0004 12.8 0.0 25 48 219 242 205 344 0.74 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 2_4 - 153 AAA_16 PF13191.1 185 0.00048 12.5 0.0 1 1 4e-05 0.00093 11.6 0.0 4 44 2 35 1 51 0.81 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_15 - 498 AAA_22 PF13401.1 131 5.4e-06 19.0 0.0 1 1 5.1e-07 1.2e-05 17.9 0.0 4 61 218 273 213 355 0.76 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_6 - 340 AAA_22 PF13401.1 131 4.6e-05 16.0 0.0 1 1 4e-06 9.1e-05 15.0 0.0 7 48 174 209 169 241 0.78 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 2_4 - 153 AAA_22 PF13401.1 131 0.00015 14.3 0.0 1 1 1.2e-05 0.00028 13.5 0.0 5 29 16 40 13 115 0.73 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_6 - 340 AAA_29 PF13555.1 62 0.00013 13.9 0.0 1 1 1.3e-05 0.0003 12.8 0.0 25 43 173 191 161 193 0.80 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 AAA_29 PF13555.1 62 0.00014 13.8 0.0 1 1 1.9e-05 0.00043 12.2 0.0 15 38 211 233 206 239 0.87 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 2_2 - 788 AAA_29 PF13555.1 62 0.00054 11.9 0.0 1 1 5.6e-05 0.0013 10.7 0.0 23 46 419 441 406 458 0.84 # 475 # 2838 # -1 # ID=2_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.355 1_41 - 217 TK PF00265.13 176 0.00039 12.4 0.0 1 1 8.9e-06 0.00062 11.7 0.0 13 46 13 46 4 104 0.74 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_41 - 217 SRP54 PF00448.17 196 1.7e-06 20.0 0.7 1 1 1e-07 6.9e-06 18.0 0.6 4 39 2 39 1 95 0.68 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_6 - 340 AAA_28 PF13521.1 163 0.00028 13.2 0.1 1 1 9.6e-06 0.00066 12.0 0.1 2 23 174 198 173 281 0.78 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_52 - 93 HTH_3 PF01381.17 55 2.1e-09 29.6 0.0 1 1 5.2e-11 3.6e-09 28.8 0.0 7 52 44 87 40 89 0.94 # 41720 # 41998 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.412 1_41 - 217 Fer4_NifH PF00142.13 273 1.3e-05 16.9 0.0 1 1 2.6e-07 1.8e-05 16.4 0.0 8 38 9 39 1 106 0.84 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_45 - 108 HTH_7 PF02796.10 45 0.00024 13.4 0.0 1 2 0.011 0.73 2.2 0.0 23 41 13 31 8 35 0.86 # 37585 # 37908 # -1 # ID=1_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AAAA;rbs_spacer=3bp;gc_cont=0.346 1_45 - 108 HTH_7 PF02796.10 45 0.00024 13.4 0.0 2 2 0.00011 0.0075 8.6 0.0 20 34 60 74 45 76 0.89 # 37585 # 37908 # -1 # ID=1_45;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AAAA;rbs_spacer=3bp;gc_cont=0.346 1_52 - 93 HTH_19 PF12844.2 64 3.4e-06 19.5 0.1 1 2 0.039 2.7 0.6 0.0 12 35 2 24 1 38 0.71 # 41720 # 41998 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.412 1_52 - 93 HTH_19 PF12844.2 64 3.4e-06 19.5 0.1 2 2 2.9e-07 2e-05 17.0 0.0 11 54 43 86 41 88 0.93 # 41720 # 41998 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.412 2_1 - 157 Ribosomal_S2 PF00318.15 211 0.095 4.2 9.4 1 2 0.00022 0.015 6.9 0.6 104 141 42 79 34 84 0.89 # 3 # 473 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_1 - 157 Ribosomal_S2 PF00318.15 211 0.095 4.2 9.4 2 2 0.0096 0.67 1.5 2.8 116 134 123 141 84 156 0.46 # 3 # 473 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_4 - 153 Arch_ATPase PF01637.13 234 0.00023 13.2 0.1 1 1 5.9e-06 0.00041 12.5 0.1 6 64 5 67 2 117 0.49 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_6 - 340 AAA_5 PF07728.9 139 0.00037 12.6 0.0 1 1 1.2e-05 0.00085 11.4 0.0 1 32 173 204 173 284 0.88 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_38 - 277 SprT-like PF10263.4 157 1.5e-31 101.5 0.0 1 2 1.1e-29 7.5e-28 89.5 0.0 2 124 14 148 13 160 0.93 # 30601 # 31431 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.484 1_38 - 277 SprT-like PF10263.4 157 1.5e-31 101.5 0.0 2 2 3e-05 0.0021 10.1 0.0 88 150 180 256 177 263 0.66 # 30601 # 31431 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.484 1_6 - 340 ResIII PF04851.10 184 0.00016 13.9 0.0 1 1 3.9e-06 0.00027 13.2 0.0 22 51 165 197 136 210 0.70 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_8 - 651 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.1e-16 51.3 0.0 1 2 9e-05 0.0031 8.5 0.0 87 164 240 321 234 327 0.75 # 5272 # 7224 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AATAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.361 1_8 - 651 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 3.1e-16 51.3 0.0 2 2 1.6e-14 5.4e-13 40.6 0.0 161 369 352 568 346 580 0.78 # 5272 # 7224 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AATAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.361 1_6 - 340 TrwB_AAD_bind PF10412.4 386 0.00015 12.8 0.0 1 1 8.9e-06 0.00031 11.8 0.0 16 45 172 201 160 209 0.78 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_41 - 217 TIGR01968 TIGR01968 261 4.9e-08 24.7 0.7 1 2 2.3e-09 1.6e-07 22.9 0.3 3 39 2 38 1 41 0.94 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_41 - 217 TIGR01968 TIGR01968 261 4.9e-08 24.7 0.7 2 2 0.035 2.4 -0.6 0.0 103 143 69 109 62 146 0.79 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_6 - 340 AAA_18 PF13238.1 129 2e-05 17.3 0.0 1 1 1.2e-06 4.1e-05 16.3 0.0 3 42 176 219 175 268 0.81 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 2_4 - 153 AAA_18 PF13238.1 129 4.7e-05 16.1 0.0 1 1 2e-06 6.7e-05 15.6 0.0 1 92 18 128 18 138 0.77 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 3_1 - 172 B5 PF03484.10 70 1.4e-06 20.5 0.1 1 2 7.5e-05 0.0052 9.1 0.0 7 40 2 36 1 50 0.83 # 336 # 851 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 3_1 - 172 B5 PF03484.10 70 1.4e-06 20.5 0.1 2 2 5.7e-05 0.0039 9.5 0.0 16 69 87 154 75 155 0.73 # 336 # 851 # 1 # ID=3_1;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.351 1_8 - 651 Peptidase_M50 PF02163.17 192 0.0006 11.2 0.0 1 1 9.2e-06 0.00064 11.1 0.0 30 118 10 189 6 534 0.73 # 5272 # 7224 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AATAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.361 2_2 - 788 DUF87 PF01935.12 229 0.0003 13.0 0.1 1 1 1.2e-05 0.00082 11.6 0.0 20 39 415 434 412 455 0.86 # 475 # 2838 # -1 # ID=2_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.355 1_27 - 83 ATP-synt_8 PF00895.15 54 0.00051 12.7 0.0 1 1 7.3e-06 0.00051 12.7 0.0 5 49 5 49 4 54 0.88 # 25231 # 25479 # -1 # ID=1_27;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.321 1_38 - 277 WLM PF08325.5 186 0.00014 14.2 0.1 1 1 3e-06 0.00021 13.6 0.1 78 96 74 92 67 124 0.89 # 30601 # 31431 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.484 2_4 - 153 Sigma54_activ_2 PF14532.1 138 0.00069 12.1 0.0 1 1 2.1e-05 0.0015 11.0 0.0 24 114 18 123 5 126 0.65 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 3_4 - 68 HTH_31 PF13560.1 64 3.3e-05 16.5 0.0 1 1 6.4e-07 4.4e-05 16.1 0.0 6 34 7 35 6 40 0.93 # 1814 # 2017 # 1 # ID=3_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.358 1_6 - 340 DUF2075 PF09848.4 352 0.00032 12.1 0.0 1 1 6.4e-06 0.00044 11.6 0.0 3 28 173 198 171 228 0.84 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_6 - 340 TIP49 PF06068.8 398 7.4e-05 13.9 0.0 1 1 1.7e-06 0.00012 13.2 0.0 53 81 174 202 159 209 0.80 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_6 - 340 T2SE PF00437.15 272 1.6e-65 213.1 0.0 1 1 1.2e-66 2.1e-65 212.6 0.0 9 270 20 319 14 321 0.96 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_15 - 498 T2SE PF00437.15 272 9.7e-35 112.1 0.0 1 1 8e-36 1.4e-34 111.6 0.0 10 271 89 367 82 368 0.84 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 2_4 - 153 T2SE PF00437.15 272 2.2e-05 15.8 0.0 1 1 1.9e-06 3.3e-05 15.2 0.0 115 146 5 33 2 45 0.84 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 2_2 - 788 T2SE PF00437.15 272 0.00015 13.0 0.0 1 1 1.4e-05 0.00024 12.4 0.0 115 161 407 451 341 460 0.72 # 475 # 2838 # -1 # ID=2_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.355 1_6 - 340 AAA_17 PF13207.1 121 4.1e-06 20.0 0.0 1 1 2.8e-07 6.4e-06 19.4 0.0 3 32 175 218 173 317 0.77 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 2_4 - 153 AAA_17 PF13207.1 121 7.1e-05 16.0 0.0 1 1 4e-06 9.3e-05 15.7 0.0 2 32 18 62 17 132 0.62 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_15 - 498 AAA_17 PF13207.1 121 0.00017 14.8 0.0 1 1 1.7e-05 0.00038 13.7 0.0 2 47 221 271 220 342 0.73 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_38 - 277 DZR PF12773.2 50 0.00036 12.8 0.3 1 1 1.1e-05 0.00074 11.8 0.3 14 40 234 261 225 265 0.80 # 30601 # 31431 # 1 # ID=1_38;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.484 1_6 - 340 AAA_25 PF13481.1 194 6.4e-05 14.8 0.0 1 1 1.3e-06 9.3e-05 14.3 0.0 28 139 166 291 144 298 0.62 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 2_4 - 153 Viral_helicase1 PF01443.13 234 0.0006 11.7 0.0 1 1 1.4e-05 0.00094 11.1 0.0 1 32 18 52 18 91 0.65 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_47 - 238 AAA_14 PF13173.1 128 8.1e-05 14.9 0.8 1 1 5.4e-06 0.00019 13.8 0.1 12 67 11 69 3 95 0.68 # 38892 # 39605 # 1 # ID=1_47;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TATAA;rbs_spacer=4bp;gc_cont=0.315 2_4 - 153 AAA_14 PF13173.1 128 0.00022 13.5 0.0 1 1 9.5e-06 0.00033 13.0 0.0 5 75 18 92 15 125 0.51 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_41 - 217 VirC1 PF07015.6 231 1.8e-10 32.6 0.2 1 1 7.2e-12 5e-10 31.2 0.2 3 56 2 53 1 205 0.70 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_41 - 217 ArgK PF03308.11 267 0.00042 11.5 0.3 1 2 0.00015 0.011 6.9 0.0 39 67 11 39 5 45 0.90 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_41 - 217 ArgK PF03308.11 267 0.00042 11.5 0.3 2 2 0.0024 0.16 3.0 0.1 135 173 67 104 53 197 0.74 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 1_8 - 651 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 1.8e-88 289.4 0.0 1 1 7.3e-90 2.5e-88 289.0 0.0 6 457 106 611 101 619 0.87 # 5272 # 7224 # 1 # ID=1_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AATAA;rbs_spacer=13bp;gc_cont=0.361 1_7 - 60 T4SS-DNA_transf PF02534.9 469 5.1e-06 17.6 0.0 1 1 1.6e-07 5.5e-06 17.5 0.0 54 79 17 42 15 58 0.89 # 5083 # 5262 # 1 # ID=1_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=9bp;gc_cont=0.372 1_15 - 498 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00031 13.3 0.0 1 1 1.5e-05 0.001 11.7 0.0 1 49 221 268 221 283 0.77 # 12786 # 14279 # 1 # ID=1_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.382 1_52 - 93 HTH_26 PF13443.1 63 0.00017 14.2 0.0 1 1 4e-06 0.00028 13.5 0.0 11 52 45 85 40 88 0.90 # 41720 # 41998 # 1 # ID=1_52;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.412 2_1 - 157 ATP-synt_B PF00430.13 132 0.0042 9.3 9.5 1 2 2.9e-05 0.002 10.3 4.9 38 104 29 100 27 105 0.76 # 3 # 473 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 2_1 - 157 ATP-synt_B PF00430.13 132 0.0042 9.3 9.5 2 2 0.083 5.7 -0.9 0.1 53 63 121 131 113 154 0.59 # 3 # 473 # -1 # ID=2_1;partial=10;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.333 1_22 - 749 Zn-ribbon_8 PF09723.5 42 0.00033 13.0 2.4 1 2 0.00061 0.042 6.3 0.1 16 40 621 645 617 646 0.75 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 1_22 - 749 Zn-ribbon_8 PF09723.5 42 0.00033 13.0 2.4 2 2 0.00081 0.056 5.9 0.3 20 39 689 707 683 709 0.81 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 2_2 - 788 AAA_10 PF12846.2 304 6.6e-26 83.7 0.0 1 1 4.6e-27 1.1e-25 83.1 0.0 2 291 419 692 418 704 0.84 # 475 # 2838 # -1 # ID=2_2;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.355 2_4 - 153 AAA_10 PF12846.2 304 3.1e-05 15.8 0.2 1 2 7.1e-06 0.00016 13.5 0.0 2 23 16 38 15 58 0.74 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 2_4 - 153 AAA_10 PF12846.2 304 3.1e-05 15.8 0.2 2 2 0.093 2.1 -0.0 0.0 242 260 98 116 88 117 0.86 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_6 - 340 AAA_10 PF12846.2 304 0.00024 12.9 0.0 1 1 1.7e-05 0.00038 12.3 0.0 2 27 172 197 171 210 0.81 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_41 - 217 ArsA_ATPase PF02374.10 305 4.9e-07 21.4 0.0 1 1 1.4e-08 9.4e-07 20.5 0.0 3 49 3 49 1 89 0.81 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 2_11 - 96 CUE PF02845.11 42 0.00031 12.6 0.1 1 1 9.7e-06 0.00067 11.6 0.1 3 18 10 25 8 26 0.87 # 6618 # 6905 # -1 # ID=2_11;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.375 1_41 - 217 AAA_31 PF13614.1 157 0.00011 14.5 0.0 1 1 2.4e-06 0.00016 14.0 0.0 2 49 2 49 1 116 0.85 # 32463 # 33113 # 1 # ID=1_41;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=12bp;gc_cont=0.442 2_4 - 153 Kinesin PF00225.18 335 0.00059 10.9 0.0 1 1 9.2e-06 0.00063 10.8 0.0 66 94 6 34 2 90 0.88 # 3219 # 3677 # -1 # ID=2_4;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.320 1_6 - 340 IstB_IS21 PF01695.12 178 1.8e-05 16.6 0.0 1 1 5.4e-07 3.7e-05 15.6 0.0 44 70 168 194 142 210 0.86 # 4054 # 5073 # 1 # ID=1_6;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.369 1_21 - 116 SSB PF00436.20 104 1.5e-12 39.8 0.1 1 1 2.6e-14 1.8e-12 39.5 0.1 5 102 7 104 3 105 0.91 # 18588 # 18935 # 1 # ID=1_21;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=9bp;gc_cont=0.319 1_22 - 749 Zn_ribbon_recom PF13408.1 58 0.00042 13.0 8.1 1 2 1.6e-05 0.0011 11.7 0.9 8 41 635 666 632 671 0.87 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 1_22 - 749 Zn_ribbon_recom PF13408.1 58 0.00042 13.0 8.1 2 2 0.0029 0.2 4.4 1.2 7 40 697 732 696 739 0.78 # 19153 # 21399 # 1 # ID=1_22;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=TAA;rbs_spacer=5bp;gc_cont=0.387 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/dc99dfb2-c041-4fb0-a180-ab59f3916db8 # Target file: checkm_output/bins/pm1384/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1384/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/dc99dfb2-c041-4fb0-a180-ab59f3916db8 checkm_output/bins/pm1384/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:41:50 2017 # [ok]