# --- full sequence --- -------------- this domain ------------- hmm coord ali coord env coord # target name accession tlen query name accession qlen E-value score bias # of c-Evalue i-Evalue score bias from to from to from to acc description of target #------------------- ---------- ----- -------------------- ---------- ----- --------- ------ ----- --- --- --------- --------- ------ ----- ----- ----- ----- ----- ----- ----- ---- --------------------- 1_20 - 441 K_oxygenase PF13434.1 341 1.4e-117 384.8 0.0 1 1 2.3e-119 1.6e-117 384.6 0.0 1 340 2 332 2 333 0.96 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_18 - 323 HTH_IclR PF09339.5 52 0.00019 13.5 0.2 1 1 7.6e-06 0.00055 12.0 0.2 9 40 150 181 150 182 0.94 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 2_15 - 253 ABC_tran PF00005.22 137 1e-35 115.5 0.0 1 1 1.8e-37 1.3e-35 115.1 0.0 1 137 18 167 18 167 0.97 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 3_5 - 257 DDR PF08841.5 332 0.00033 11.9 0.0 1 1 6.9e-06 0.0005 11.4 0.0 253 296 77 120 64 132 0.88 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_18 - 323 HTH_AsnC-type PF13404.1 42 0.0005 12.1 0.9 1 2 3.9e-05 0.0028 9.7 0.1 14 39 156 181 154 183 0.89 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 1_18 - 323 HTH_AsnC-type PF13404.1 42 0.0005 12.1 0.9 2 2 0.073 5.3 -0.8 0.0 28 40 240 252 238 253 0.85 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 2_8 - 1054 Helicase_C PF00271.26 78 1.2e-08 27.2 0.0 1 1 4.3e-10 3.1e-08 25.9 0.0 36 77 884 926 866 927 0.85 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 1_26 - 94 HTH_38 PF13936.1 44 0.00034 12.7 0.0 1 1 1.6e-05 0.00058 11.9 0.0 17 36 22 41 16 44 0.92 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_18 - 323 HTH_38 PF13936.1 44 0.00046 12.2 1.6 1 1 0.0002 0.007 8.4 1.6 12 34 151 173 124 181 0.87 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 2_7 - 289 TIGR01830 TIGR01830 239 3.8e-13 41.8 1.3 1 1 7.4e-15 5.3e-13 41.3 1.3 2 168 7 165 6 175 0.75 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_20 - 441 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 6.5e-20 64.5 0.0 1 2 1.6e-18 1.2e-16 53.8 0.0 73 201 87 218 55 220 0.82 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_20 - 441 Pyr_redox_3 PF13738.1 203 6.5e-20 64.5 0.0 2 2 0.00011 0.0077 8.7 0.0 99 144 289 337 229 366 0.74 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_17 - 399 CbiA PF01656.18 195 1.7e-21 68.9 0.0 1 1 5e-23 3.6e-21 67.9 0.0 1 143 111 293 111 324 0.74 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 1_12 - 1229 Phage_rep_org_N PF09681.5 121 0.00061 11.8 0.0 1 3 0.057 4.1 -0.5 0.0 58 87 607 636 577 646 0.69 # 15234 # 18920 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.644 1_12 - 1229 Phage_rep_org_N PF09681.5 121 0.00061 11.8 0.0 2 3 0.014 0.98 1.5 0.0 37 91 662 712 659 722 0.86 # 15234 # 18920 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.644 1_12 - 1229 Phage_rep_org_N PF09681.5 121 0.00061 11.8 0.0 3 3 0.0015 0.11 4.6 0.0 35 85 1020 1070 1019 1082 0.93 # 15234 # 18920 # -1 # ID=1_12;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=None;rbs_spacer=None;gc_cont=0.644 1_18 - 323 Sigma70_r4_2 PF08281.7 54 2.2e-05 16.4 0.1 1 1 1.6e-06 0.00011 14.1 0.1 26 50 159 183 155 184 0.93 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 1_15 - 338 Rep_3 PF01051.16 222 4.8e-36 116.8 0.4 1 1 8.2e-38 5.9e-36 116.5 0.4 3 215 25 278 23 284 0.94 # 21583 # 22596 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 2_15 - 253 AAA_23 PF13476.1 202 0.00081 12.2 0.1 1 1 1.9e-05 0.0013 11.5 0.1 25 37 34 46 29 51 0.88 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 SMC_N PF02463.14 220 3e-06 19.0 0.2 1 1 3.6e-07 2.6e-05 16.0 0.2 28 186 32 184 14 208 0.69 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 1_17 - 399 MipZ PF09140.6 261 3.2e-07 22.1 0.2 1 2 2.3e-05 0.0017 9.9 0.0 2 53 110 166 109 190 0.73 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 1_17 - 399 MipZ PF09140.6 261 3.2e-07 22.1 0.2 2 2 2e-05 0.0015 10.1 0.1 90 135 236 281 222 287 0.89 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 1_18 - 323 Trp_repressor PF01371.14 88 1e-05 17.9 0.6 1 1 3.1e-07 2.2e-05 16.8 0.6 15 69 126 179 116 189 0.84 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 2_15 - 253 AAA_21 PF13304.1 303 3.3e-16 52.5 0.1 1 2 5.8e-10 4.2e-08 25.9 0.1 4 28 33 59 31 80 0.74 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 AAA_21 PF13304.1 303 3.3e-16 52.5 0.1 2 2 1.2e-09 8.5e-08 24.9 0.0 220 285 122 184 84 216 0.76 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 1_26 - 94 Sigma70_r4 PF04545.11 50 4.6e-06 18.4 0.1 1 1 1.4e-07 9.7e-06 17.3 0.1 4 36 9 41 7 48 0.79 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 3_5 - 257 AAA PF00004.24 132 2e-07 23.7 0.0 1 1 5.6e-09 4.1e-07 22.7 0.0 2 96 68 161 67 211 0.77 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 1_26 - 94 HTH_37 PF13744.1 80 2.6e-08 26.1 0.1 1 1 9.4e-10 3.4e-08 25.7 0.1 25 74 19 67 7 70 0.91 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_18 - 323 HTH_37 PF13744.1 80 0.00059 12.1 3.8 1 1 1.2e-05 0.00043 12.5 1.2 27 60 155 186 123 191 0.85 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 1_26 - 94 HTH_25 PF13413.1 62 0.00054 12.1 0.1 1 1 1e-05 0.00074 11.7 0.1 6 33 21 48 16 57 0.90 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 3_5 - 257 AAA_16 PF13191.1 185 8.7e-07 21.5 0.1 1 2 3.1e-07 1.1e-05 17.9 0.0 7 51 50 91 45 107 0.76 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 3_5 - 257 AAA_16 PF13191.1 185 8.7e-07 21.5 0.1 2 2 0.044 1.6 1.1 0.0 126 166 107 149 96 166 0.68 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 2_15 - 253 AAA_16 PF13191.1 185 3.3e-05 16.4 1.4 1 1 2.7e-06 9.8e-05 14.8 1.4 24 63 28 67 15 207 0.77 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 3_5 - 257 AAA_22 PF13401.1 131 2.8e-05 16.7 0.0 1 1 1.6e-06 0.00012 14.7 0.0 5 30 65 90 61 161 0.72 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 2_15 - 253 AAA_29 PF13555.1 62 3.1e-05 15.9 0.1 1 1 8.4e-07 6.1e-05 15.0 0.1 22 40 27 45 16 54 0.82 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_7 - 289 adh_short_C2 PF13561.1 241 4.5e-10 32.1 0.7 1 1 8.8e-12 6.3e-10 31.6 0.7 5 164 12 162 9 168 0.80 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 2_7 - 289 adh_short PF00106.20 167 5.4e-19 61.1 3.6 1 1 1.2e-20 8.7e-19 60.5 3.6 2 163 5 160 4 164 0.86 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_26 - 94 HTH_3 PF01381.17 55 1.3e-15 49.5 0.0 1 1 2.8e-17 2e-15 48.9 0.0 5 53 21 69 20 70 0.95 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 2_7 - 289 Epimerase PF01370.16 236 1.4e-08 26.8 0.3 1 1 3e-10 2.1e-08 26.3 0.3 1 164 6 169 6 194 0.68 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_26 - 94 HTH_23 PF13384.1 50 8.5e-06 17.8 0.0 1 1 3.1e-07 1.1e-05 17.5 0.0 15 37 23 45 13 65 0.88 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_18 - 323 HTH_23 PF13384.1 50 0.00022 13.3 0.0 1 1 1.8e-05 0.00066 11.8 0.0 13 40 153 182 150 188 0.82 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 1_17 - 399 Fer4_NifH PF00142.13 273 0.00069 11.2 0.0 1 1 1.7e-05 0.0013 10.4 0.0 8 74 117 188 110 197 0.77 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 1_26 - 94 HTH_19 PF12844.2 64 5.6e-09 28.5 0.0 1 1 1.1e-10 7.9e-09 28.0 0.0 7 53 20 66 19 69 0.93 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 2_7 - 289 NAD_binding_10 PF13460.1 183 1.6e-09 30.5 0.6 1 1 2.8e-11 2e-09 30.1 0.6 1 78 6 88 6 164 0.81 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_20 - 441 NAD_binding_9 PF13454.1 156 1.2e-06 20.9 3.8 1 3 2.2e-05 0.0016 10.7 0.1 61 154 63 149 39 151 0.65 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_20 - 441 NAD_binding_9 PF13454.1 156 1.2e-06 20.9 3.8 2 3 0.018 1.3 1.2 0.1 2 24 185 206 184 222 0.79 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_20 - 441 NAD_binding_9 PF13454.1 156 1.2e-06 20.9 3.8 3 3 0.00025 0.018 7.2 0.0 122 155 293 331 268 332 0.78 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_19 - 732 Plug PF07715.10 108 1.4e-22 72.5 1.9 1 1 5.7e-24 4.1e-22 71.1 1.9 3 107 43 144 41 145 0.95 # 26150 # 28345 # -1 # ID=1_19;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA/GGAG/GAGG;rbs_spacer=11-12bp;gc_cont=0.547 2_8 - 1054 ResIII PF04851.10 184 1.1e-05 17.8 0.1 1 2 2.1e-06 0.00015 14.1 0.0 6 86 17 106 7 136 0.77 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 2_8 - 1054 ResIII PF04851.10 184 1.1e-05 17.8 0.1 2 2 0.017 1.2 1.3 0.0 148 183 261 304 240 305 0.76 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 2_8 - 1054 SNF2_N PF00176.18 299 1.7e-08 26.0 0.0 1 2 3.2e-05 0.0023 9.1 0.0 20 56 31 68 18 88 0.67 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 2_8 - 1054 SNF2_N PF00176.18 299 1.7e-08 26.0 0.0 2 2 7.1e-07 5.1e-05 14.6 0.0 128 227 253 372 236 390 0.74 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 1_17 - 399 TIGR01968 TIGR01968 261 0.00027 12.5 0.0 1 2 0.0015 0.11 3.9 0.0 4 27 111 134 108 153 0.79 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 1_17 - 399 TIGR01968 TIGR01968 261 0.00027 12.5 0.0 2 2 0.00034 0.025 6.0 0.0 102 136 235 269 229 280 0.88 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 2_15 - 253 TIGR00611 TIGR00611 365 4.2e-05 14.9 0.0 1 2 1.6e-05 0.0012 10.2 0.0 12 55 16 60 10 109 0.69 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 TIGR00611 TIGR00611 365 4.2e-05 14.9 0.0 2 2 0.003 0.22 2.7 0.0 306 337 160 191 146 210 0.77 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 DUF258 PF03193.11 161 0.00016 13.4 0.0 1 1 3.4e-06 0.00024 12.7 0.0 19 59 11 52 2 96 0.79 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 1_18 - 323 HTH_24 PF13412.1 48 3.3e-08 25.3 0.5 1 1 3.2e-09 1.2e-07 23.6 0.1 14 39 156 181 152 183 0.93 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 1_26 - 94 HTH_24 PF13412.1 48 0.00016 13.6 0.0 1 1 6.9e-06 0.00025 12.9 0.0 14 36 22 44 17 45 0.89 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_20 - 441 TIGR01292 TIGR01292 300 0.00095 10.1 0.0 1 2 0.0048 0.35 1.7 0.1 70 112 109 152 89 201 0.59 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_20 - 441 TIGR01292 TIGR01292 300 0.00095 10.1 0.0 2 2 0.00042 0.03 5.2 0.0 178 253 273 352 268 365 0.79 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 2_8 - 1054 DEAD PF00270.24 169 4.3e-09 28.5 0.1 1 2 3.3e-06 0.00024 13.1 0.0 16 112 38 135 19 147 0.76 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 2_8 - 1054 DEAD PF00270.24 169 4.3e-09 28.5 0.1 2 2 3.7e-06 0.00027 12.9 0.0 118 163 258 304 239 309 0.86 # 6528 # 9689 # -1 # ID=2_8;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.587 1_26 - 94 HTH_31 PF13560.1 64 2.9e-10 32.7 0.1 1 1 1e-11 3.7e-10 32.4 0.1 4 58 15 70 12 80 0.85 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_18 - 323 HTH_31 PF13560.1 64 0.0013 11.4 4.7 1 1 4.7e-05 0.0017 11.1 3.5 8 44 154 187 103 191 0.81 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 1_15 - 338 HTH_36 PF13730.1 55 0.00036 13.1 0.0 1 1 2.3e-05 0.0016 11.0 0.0 6 55 214 267 207 267 0.84 # 21583 # 22596 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 3_5 - 257 NACHT PF05729.7 166 3.5e-06 19.2 0.0 1 2 7.3e-05 0.0053 8.9 0.0 3 26 67 90 65 107 0.85 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 3_5 - 257 NACHT PF05729.7 166 3.5e-06 19.2 0.0 2 2 0.0001 0.0074 8.4 0.0 72 163 120 211 105 214 0.74 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 2_15 - 253 TIGR02211 TIGR02211 221 2.1e-32 104.5 0.0 1 1 4.4e-34 3.2e-32 103.9 0.0 17 219 14 213 4 215 0.81 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 3_5 - 257 TIGR03346 TIGR03346 853 3.5e-11 34.2 0.0 1 1 6.3e-13 4.5e-11 33.8 0.0 159 332 29 194 13 205 0.84 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 2_15 - 253 AAA_25 PF13481.1 194 0.00018 13.4 0.0 1 1 5.1e-06 0.00036 12.4 0.0 30 110 25 98 6 134 0.71 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 AAA_15 PF13175.1 415 0.00038 12.0 0.3 1 2 0.00066 0.048 5.0 0.0 27 42 33 48 13 90 0.83 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 AAA_15 PF13175.1 415 0.00038 12.0 0.3 2 2 0.00066 0.048 5.0 0.2 373 397 160 184 151 191 0.92 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 1_18 - 323 HTH_Tnp_ISL3 PF13542.1 52 0.00027 12.6 0.2 1 1 1.7e-05 0.0012 10.5 0.0 22 50 153 182 150 184 0.88 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 2_15 - 253 AAA_33 PF13671.1 143 0.0001 14.7 0.0 1 1 7.1e-06 0.00051 12.4 0.0 4 98 33 187 31 203 0.72 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 2_15 - 253 SbcCD_C PF13558.1 90 0.00018 13.9 0.0 1 1 3.8e-05 0.0027 10.1 0.0 28 89 134 182 117 183 0.73 # 18600 # 19358 # 1 # ID=2_15;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.622 3_5 - 257 RNA_helicase PF00910.17 107 0.00056 12.6 0.0 1 1 1.6e-05 0.0011 11.6 0.0 2 24 68 90 67 115 0.84 # 3570 # 4340 # -1 # ID=3_5;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=AGGA;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.497 2_7 - 289 Eno-Rase_NADH_b PF12242.3 78 4e-05 15.9 0.0 1 1 1.2e-06 8.9e-05 14.7 0.0 40 74 4 37 2 52 0.87 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_26 - 94 HTH_26 PF13443.1 63 0.00023 13.9 0.0 1 1 5.2e-06 0.00037 13.2 0.0 7 53 22 67 19 73 0.89 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_15 - 338 HTH_11 PF08279.7 55 0.00047 12.3 0.3 1 1 0.00021 0.015 7.5 0.3 13 43 229 265 218 276 0.71 # 21583 # 22596 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 1_26 - 94 MarR_2 PF12802.2 62 0.00026 13.1 0.0 1 1 1.1e-05 0.0004 12.5 0.0 11 39 16 43 5 45 0.75 # 36389 # 36670 # 1 # ID=1_26;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=3Base/5BMM;rbs_spacer=13-15bp;gc_cont=0.628 1_18 - 323 MarR_2 PF12802.2 62 0.00027 13.1 0.2 1 1 3.4e-05 0.0012 11.0 0.2 11 45 152 183 151 190 0.89 # 24652 # 25620 # 1 # ID=1_18;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.552 2_7 - 289 RmlD_sub_bind PF04321.12 287 7.4e-06 17.4 0.2 1 1 1.7e-07 1.2e-05 16.7 0.1 2 88 5 113 4 131 0.79 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_15 - 338 HTH_20 PF12840.2 61 0.0003 13.1 0.1 1 1 1.3e-05 0.00093 11.5 0.0 19 58 225 271 203 274 0.82 # 21583 # 22596 # -1 # ID=1_15;partial=00;start_type=GTG;rbs_motif=AGGAG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.546 1_17 - 399 AAA_31 PF13614.1 157 2.9e-06 19.7 0.0 1 2 0.0019 0.13 4.6 0.0 8 53 116 166 109 209 0.79 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 1_17 - 399 AAA_31 PF13614.1 157 2.9e-06 19.7 0.0 2 2 5.7e-06 0.00041 12.7 0.0 109 148 236 274 234 279 0.88 # 23448 # 24644 # 1 # ID=1_17;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.541 2_7 - 289 NmrA PF05368.8 233 1.1e-05 17.2 0.4 1 1 1.9e-07 1.4e-05 16.9 0.4 1 93 6 121 6 153 0.79 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 1_20 - 441 FMO-like PF00743.14 532 4.7e-07 20.7 0.0 1 2 3.9e-07 2.8e-05 14.9 0.0 85 202 97 199 80 216 0.76 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 1_20 - 441 FMO-like PF00743.14 532 4.7e-07 20.7 0.0 2 2 0.00089 0.064 3.8 0.0 316 337 317 338 306 348 0.79 # 28368 # 29690 # -1 # ID=1_20;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGAG/GAGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.601 2_7 - 289 KR PF08659.5 181 1.4e-05 17.3 4.0 1 1 6.8e-07 4.9e-05 15.5 4.0 3 162 6 158 5 165 0.80 # 5848 # 6714 # 1 # ID=2_7;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.593 2_3 - 295 GATA PF00320.22 36 0.00013 13.8 0.1 1 1 4.6e-06 0.00033 12.5 0.1 21 31 31 41 29 45 0.87 # 1914 # 2798 # -1 # ID=2_3;partial=00;start_type=ATG;rbs_motif=GGA/GAG/AGG;rbs_spacer=5-10bp;gc_cont=0.597 # # Program: hmmsearch # Version: 3.1b1 (May 2013) # Pipeline mode: SEARCH # Query file: /tmp/fe255392-6579-46f6-85ec-dc8da65c106c # Target file: checkm_output/bins/pm1333/genes.faa # Option settings: hmmsearch --domtblout checkm_output/bins/pm1333/hmmer.analyze.txt --noali --notextw -E 0.1 --domE 0.1 --cpu 1 /tmp/fe255392-6579-46f6-85ec-dc8da65c106c checkm_output/bins/pm1333/genes.faa # Current dir: /mnt/data/azomer/reads-for-assembly/files/output/allcontigs/output_1512029421078392887 # Date: Thu Nov 30 09:40:35 2017 # [ok]